Быстрый анализ мочи на значимую бактериурию и бета-лактамную резистентность уропатогенных энтеробактерий
- Авторы: Шипицына Е.В.1, Хуснутдинова Т.А.1,2, Головешкина Е.Н.3, Громова А.В.3, Скачкова Т.С.3, Крысанова А.А.1,2, Савичева А.М.1,2
-
Учреждения:
- ФГБНУ «Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта»
- ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет» Минздрава России
- ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
- Выпуск: № 2 (2023)
- Страницы: 87-97
- Раздел: Оригинальные статьи
- URL: https://journals.eco-vector.com/0300-9092/article/view/337990
- DOI: https://doi.org/10.18565/aig.2022.266
- ID: 337990
Цитировать
Полный текст
Открытый доступ
Доступ предоставлен
Доступ платный или только для подписчиков
Аннотация
Цель: Разработка способа быстрого анализа мочи на гены бета-лактамной резистентности уропатогенных энтеробактерий и определение его диагностических характеристик по сравнению с культуральным методом.
Материалы и методы: Было исследовано 214 проб мочи, полученных у женщин репродуктивного возраста. Чувствительность выделенных уропатогенов к антибиотикам исследовали диско-диффузионным методом. Для количественной ПЦР мочи на значимую бактериурию использовали набор реагентов «АмплиСенс ИМП-монитор-FL» (ЦНИИ эпидемиологии). Гены бета-лактамной резистентности выявляли с использованием наборов реагентов «БакРезиста GLA» («ДНК-Технология»), «РЕЗИСТОМ.OXA10» и «РЕЗИСТОМ.DHA» («Литех»).
Результаты: По результатам культурального исследования значимая бактериурия была обнаружена у 111 женщин. В подавляющем большинстве случаев (94/111; 85%) были выявлены энтеробактерии. Чувствительность и специфичность количественной ПЦР для выявления значимой бактериурии (≥104 КОЕ/мл) составили для разных уропатогенов 93–100% и 90–100% соответственно. Фенотипическая и генотипическая резистентность к бета-лактамам была выявлена в 33% (30/91) и 27% (25/91) изолятов энтеробактерий соответственно. Гены бета-лактамаз CTX-M, TEM и DHA выявлялись с частотой 14% (13/91), 20% (18/91) и 2% (2/91) соответственно. Все образцы с отрицательным тестом на гены бета-лактамаз имели чувствительный бета-лактамный фенотип. Выявление генотипа бета-лактамной резистентности предсказывало резистентный фенотип с чувствительностью 87%, специфичностью 100%, прогностической значимостью положительных и отрицательных результатов 100 и 94% соответственно.
Заключение: Разработан способ быстрого анализа мочи методом ПЦР на значимую бактериурию и бета-лактамную резистентность уропатогенных энтеробактерий.
Полный текст
Об авторах
Елена Васильевна Шипицына
ФГБНУ «Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта»
Автор, ответственный за переписку.
Email: shipitsyna@inbox.ru
д.б.н., в.н.с. отдела медицинской микробиологии
Россия, Санкт-ПетербургТатьяна Алексеевна Хуснутдинова
ФГБНУ «Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта»; ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет» Минздрава России
Email: husnutdinovat@yandex.ru
к.м.н., н.с. отдела медицинской микробиологии; ассистент кафедры клинической лабораторной диагностики
Россия, Санкт-Петербург; Санкт-ПетербургЕлена Николаевна Головешкина
ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Email: elenagoloveshkina@yandex.ru
к.б.н., заведующий лабораторией молекулярной диагностики и эпидемиологии инфекций органов репродукции
Россия, МоскваАнастасия Владимировна Громова
ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Email: gromova@cmd.su
к.б.н., н.с. лаборатории молекулярной диагностики и эпидемиологии инфекций органов репродукции
Россия, МоскваТатьяна Сергеевна Скачкова
ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Email: skachkova@inbox.ru
с.н.с. лаборатории молекулярной диагностики и эпидемиологии инфекций органов репродукции
Россия, МоскваАнна Александровна Крысанова
ФГБНУ «Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта»; ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет» Минздрава России
Email: krusanova.anna@mail.ru
к.м.н., н.с. отдела медицинской микробиологии; ассистент кафедры клинической лабораторной диагностики
Россия, Санкт-Петербург; Санкт-ПетербургАлевтина Михайловна Савичева
ФГБНУ «Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта»; ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет» Минздрава России
Email: savitcheva@mail.ru
заслуженный деятель науки РФ, д.м.н., профессор, руководитель отдела медицинской микробиологии; заведующая кафедрой клинической лабораторной диагностики
Россия, Санкт-Петербург; Санкт-ПетербургСписок литературы
- Ansaldi Y., Martinez de Tejada Weber B. Urinary tract infections in pregnancy. Clin. Microbiol. Infect. 2022 Aug 27; S1198-743X. https://dx.doi.org/10.1016/ J.CMI.2022.08.015.
- De Angelis G., Del Giacomo P., Posteraro B., Sanguinetti M., Tumbarello M. Molecular mechanisms, epidemiology, and clinical importance of β-lactam resistance in enterobacteriaceae. Int.. J Mol. Sci. 2020; 21(14): 5090. https://dx.doi.org/10.3390/IJMS21145090.
- Bush K. Past and present perspectives on β-lactamases. Antimicrob. Agents Chemother. 2018; 62(10): e01076-18. https://dx.doi.org/10.1128/ AAC.01076-18.
- Bonkat G., Bartoletti R., Bruyère F., Cai T., Geerlings S.E., Köves B. et al. EAU guidelines on urological infections. 2022. Available at: https://d56bochluxqnz.cloudfront.net/documents/full-guideline/ EAU-Guidelines-on-Urological-Infections-2022.pdf
- Министерство здравоохранения Российской Федерации. Клинические рекомендации. Инфекция мочевых путей при беременности. 2021. Доступно по: https://roag-portal.ru/recommendations_obstetrics
- Kaye K.S., Rice L.B., Dane A.L., Stus V., Sagan O., Fedosiuk E. et al. Fosfomycin for injection (ZTI-01) versus piperacillin-tazobactam for the treatment of complicated urinary tract infection including acute pyelonephritis: ZEUS, a phase 2/3 randomized trial. Clin. Infect. Dis. 2019; 69(12): 2045-56. https://dx.doi.org/10.1093/CID/CIZ181.
- Sojo-Dorado J., López-Hernández I., Rosso-Fernandez C., Morales I.M., Palacios-Baena Z.R., Hernández-Torres A. et al. Effectiveness of fosfomycin for the treatment of multidrug-resistant escherichia coli bacteremic urinary tract infections: a randomized clinical trial. JAMA Netw Open. 2022; 5(1): e2137277. https://dx.doi.org/10.1001/JAMANETWORKOPEN.2021.37277.
- Fleece M.E., Pholwat S., Mathers A.J., Houpt E.R. Molecular diagnosis of antimicrobial resistance in Escherichia coli. Expert Rev. Mol. Diagn. 2018; 18(3): 207-17. https://dx.doi.org/10.1080/14737159.2018.1439381.
- De Angelis G., Grossi A., Menchinelli G., Boccia S., Sanguinetti M., Posteraro B. Rapid molecular tests for detection of antimicrobial resistance determinants in Gram-negative organisms from positive blood cultures: a systematic review and meta-analysis. Clin. Microbiol. Infect. 2020; 26(3): 271-80. https://dx.doi.org/10.1016/J.CMI.2019.11.009.
- Wojno K.J., Baunoch D., Luke N., Opel M., Korman H., Kelly C. et al. Multiplex PCR based urinary tract infection (UTI) analysis compared to traditional urine culture in identifying significant pathogens in symptomatic patients. Urology. 2020; 136: 119-26. https://dx.doi.org/10.1016/j.urology.2019.10.018.
- Sun Z., Liu W., Zhang J., Wang S., Yang F., Fang Y. et al. The direct semi-quantitative detection of 18 pathogens and simultaneous screening for nine resistance genes in clinical urine samples by a high-throughput multiplex genetic detection system. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2021; 11: 660461. https://dx.doi.org/10.3389/fcimb.2021.660461.
- Van Der Zee A., Roorda L., Bosman G., Ossewaarde J.M. Molecular diagnosis of urinary tract infections by semi-quantitative detection of uropathogens in a routine clinical hospital setting. PLoS One. 2016; 11(3): e0150755. https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0150755.
- Martinez-Martinez L., Cantón Spain R., Stefani S., Skov R., Glupczynski Y., Nordmann P. et al. EUCAST guidelines for detection of resistance mechanisms and specific resistances of clinical and/or epidemiological importance. 2017. Available at: https://www.eucast.org/fileadmin/src/media/PDFs/EUCAST_files/Resistance_mechanisms/EUCAST_detection_of_resistance_mechanisms_170711.pdf
- Bujang M.A., Adnan T.H. Requirements for minimum sample size for sensitivity and specificity analysis. J. Clin. Diagn. Res. 2016; 10(10): YE01. https://dx.doi.org/10.7860/JCDR/2016/18129.8744.
- Tofteland S., Haldorsen B., Dahl K.H., Simonsen G.S., Steinbakk M., Walsh T.R. et al. Effects of phenotype and genotype on methods for detection of extended-spectrum-β-lactamase-producing clinical isolates of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in Norway. J. Clin. Microbiol. 2007; 45(1): 199-205. https://dx.doi.org/10.1128/JCM.01319-06.
- Tuite N., Reddington K., Barry T., Zumla A., Enne V. Rapid nucleic acid diagnostics for the detection of antimicrobial resistance in Gram-negative bacteria: Is it time for a paradigm shift? J. Antimicrob. Chemother. 2014; 69(7): 1729-33. https://dx.doi.org/10.1093/jac/dku083.
- Ny S., Edquist P., Dumpis U., Gröndahl-Yli-Hannuksela K., Hermes J., Kling A.M. et al. Antimicrobial resistance of Escherichia coli isolates from outpatient urinary tract infections in women in six European countries including Russia. J. Glob. Antimicrob. Resist. 2019; 17: 25-34. https://dx.doi.org/10.1016/ j.jgar.2018.11.004.
- Палагин И.С., Сухорукова М.В., Дехнич А.В., Эйдельштейн М.В. Перепанова Т.С., Козлов Р.С. и др. Антибиотикорезистентность возбудителей внебольничных инфекций мочевых путей в России: результаты многоцентрового исследования «ДАРМИС-2018». КМАХ. 2019; 21(2): 134-46. https://dx.doi.org/10.36488/cmac.2019.2.134-146.
Дополнительные файлы
