<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="research-article" dtd-version="1.2" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">Molekulyarnaya Meditsina (Molecular medicine)</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">Molekulyarnaya Meditsina (Molecular medicine)</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Молекулярная медицина</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">1728-2918</issn><issn publication-format="electronic">2499-9490</issn><publisher><publisher-name xml:lang="en">Russkiy Vrach Publishing House</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">678682</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.29296/24999490-2025-02-09</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en"><subject>Original research</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru"><subject>Оригинальные исследования</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject>Research Article</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">Study of the mutational landscape of primary foci and metastases of papillary carcinoma in the <italic>BRAF, KRAS</italic> and <italic>EGFR</italic> genes, their relationship with the clinical characteristics of the tumor</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Изучение мутационного ландшафта первичных очагов и метастазов папиллярной карциномы по генам <italic>BRAF, KRAS</italic> и <italic>EGFR</italic>, их связь с клиническими характеристиками опухоли</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0009-0001-0409-3297</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Asanova</surname><given-names>Elvina Refatovna</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Асанова</surname><given-names>Эльвина Рефатовна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Order of the Red Banner of Labor, S.I. Georgievsky Medical Institute, Junior Scientific Worker</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>Ордена Трудового Красного Знамени Медицинский институт им. С.И. Георгиевского, младший научный сотрудник</p></bio><email>elyabiolog@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-5920-8664</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Maksimova</surname><given-names>Polina Evgenievna</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Максимова</surname><given-names>Полина Евгеньевна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Order of the Red Banner of Labor, S.I. Georgievsky Medical Institute, junior scientific worker Central Research Laboratory, Resident doctor specializing in hematology</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>Ордена Трудового Красного Знамени Медицинский институт им. С.И. Георгиевского, младший научный сотрудник Центральной научно-исследовательской лаборатории, врач ординатор по специальности гематология</p></bio><email>pmaksq@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-4732-0311</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Zima</surname><given-names>Dmitry Vladimirovich</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Зима</surname><given-names>Дмитрий Владимирович</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Saint Luke’s multidisciplinary Clinical Hospital, surgeon, Candidate of Medical Sciences</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>Многопрофильная клиническая больница Святителя Луки, врач-хирург, кандидат медицинских наук</p></bio><email>dmitrii_zima@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-7795-5882</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Khabarov</surname><given-names>Oleg Robertovich</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Хабаров</surname><given-names>Олег Робертович</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Order of the Red Banner of Labor, S.I. Georgievsky Medical Institute, surgeon, assistant department of multidisciplinary clinical training</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>Ордена Трудового Красного Знамени Медицинский институт им. С.И. Георгиевского, врач-хирург, ассистент кафедры многопрофильной клинической подготовки</p></bio><email>khabar.68@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-9447-3292</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Fedotov</surname><given-names>Vasily Vladimirovich</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Федотов</surname><given-names>Василий Владимирович</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Order of the Red Banner of Labor, S.I. Georgievsky Medical Institute, pathologist Department of Pathomorphology and Molecular Oncology of the Central Research Laboratory</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>Ордена Трудового Красного Знамени Медицинский институт им. С.И. Георгиевского, врач-патологоанатом отдела патоморфологии и молекулярной онкологии Центральной научно-исследовательской лаборатории</p></bio><email>v.v.fedotoff@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-8216-4196</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Zyablitskaya</surname><given-names>Evgenia Yurievna</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Зяблицкая</surname><given-names>Евгения Юрьевна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Order of the Red Banner of Labor, S.I. Georgievsky Medical Institute, leading scientific worker Central Research Laboratory, Doctor of Medical Sciences, Professor</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>Ордена Трудового Красного Знамени Медицинский институт им. С.И. Георгиевского, ведущий научный сотрудник Центральной научно-исследовательской лаборатории, доктор медицинских наук, профессор</p></bio><email>evgu79@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="en">FSAEI HE “V.I. Vernadsky Crimean Federal University”</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">ФГАОУ ВО «Крымский федеральный университет им. В.И. Вернадского»</institution></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff2"><aff><institution xml:lang="en">FSFEI HE Pavlov First St. Petersburg State Medical University</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">ФГБОУ ВО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. акад. И.П. Павлова»</institution></aff></aff-alternatives><pub-date date-type="pub" iso-8601-date="2025-04-20" publication-format="electronic"><day>20</day><month>04</month><year>2025</year></pub-date><volume>23</volume><issue>2</issue><issue-title xml:lang="en"/><issue-title xml:lang="ru"/><fpage>71</fpage><lpage>76</lpage><history><date date-type="received" iso-8601-date="2025-04-18"><day>18</day><month>04</month><year>2025</year></date><date date-type="accepted" iso-8601-date="2025-04-18"><day>18</day><month>04</month><year>2025</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; 2025, Russkiy Vrach Publishing House</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; 2025, ИД "Русский врач"</copyright-statement><copyright-year>2025</copyright-year><copyright-holder xml:lang="en">Russkiy Vrach Publishing House</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="ru">ИД "Русский врач"</copyright-holder><ali:free_to_read xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" start_date="2030-05-20"/></permissions><self-uri xlink:href="https://journals.eco-vector.com/1728-2918/article/view/678682">https://journals.eco-vector.com/1728-2918/article/view/678682</self-uri><abstract xml:lang="en"><p><bold>Introduction.</bold> Due to the rapidly growing incidence of tumor pathology of the thyroid gland, the range of molecular genetic research methods used to study the targets of targeted drugs, prognosis and surgical tactics is growing.</p> <p><bold>Aim. </bold>To study the frequency of mutations of the BRAF, KRAS, EGFR genes in neoplastic diseases of the thyroid gland, their relationship with Bethesda categories at the preoperative stage, invasion and the presence of metastases.</p> <p><bold>Methods. </bold>The material was taken from FFPE blocks of the thyroid glands of operated patients. DNA analysis was carried out on 73 histologically verified samples: 53 with papillary carcinoma (11 of them – follicular variant, 42 – classic), 16 – with follicular adenoma, 4 – with autoimmune thyroiditis. We used DNA extraction and real-time PCR with Test-Gen reagents, Russia. Comparisons were made using the Pearson chi-square test.</p> <p><bold>Results. </bold>In the classic variant of papillary carcinoma, the BRAF V600E mutation is more often detected; in the follicular variant of papillary carcinoma, the following mutations are identified: BRAF, and more often BRAF V600K, as well as EGFR, KRAS. In follicular adenoma, mutations were found only in the KRAS gene. In most cases, the BRAF V600E mutation was found in patients with the classic variant of papillary carcinoma, having a Bethesda VI category at the preoperative stage. The BRAF V600K mutation is also more common among patients with Bethesda category VI, and the absence of this mutation is associated with female gender and lack of tumor vascular invasion. When analyzing the status of genes in primary tumors and metastases, discordance in the BRAF gene was revealed, which indicates the possible development of such clonal evolution of the tumor.</p> <p><bold>Conclusion. </bold>The ability to identify key genes involved in the development of oncotransformation of the thyroid epithelium is promising and contributes to personalization and selection of drugs that affect oncogenesis.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p><bold>Введение. </bold>В связи с быстрорастущей заболеваемостью опухолевой патологией щитовидной железы (ЩЖ) растет спектр применяемых молекулярно-генетических методов исследований для изучения мишеней таргетных препаратов, прогноза и хирургической тактики.</p> <p><bold>Цель</bold> исследования. Изучить частоту мутаций генов BRAF, KRAS, EGFR при неопластических заболеваниях ЩЖ, их связь с категориями Bethesda на предоперационном этапе, инвазией и наличием метастазов.</p> <p><bold>Методы. </bold>Материал взят из FFPE-блоков ЩЖ прооперированных пациентов. ДНК-анализ проведен на 73 гистологически верифицированных образцах: 53 – папиллярной карциномой (ПК) (11 из них – фолликулярный вариант, 42 – классический), 16 – с фолликулярной аденомой, 4 – с аутоиммунным тиреоидитом. Использовали экстракцию ДНК и ПЦР в реальном времени с реагентами Тест-Ген (Россия). Сравнение выполняли с помощью критерия χ<sup>2</sup> Пирсона.</p> <p><bold>Результаты.</bold> При классическом варианте ПК чаще выявляется мутация BRAF V600E, при фолликулярном варианте ПК выявлены такие мутации: BRAF, причем чаще BRAF V600K, а также EGFR, KRAS. При фолликулярной аденоме обнаружены мутации только в гене KRAS. В большинстве случаев мутация BRAF V600E обнаружена у пациентов с классическим вариантом ПК, имеющих на предоперационном этапе категорию Bethesda VI. Мутация BRAF V600K чаще встречается также среди пациентов с категорией Bethesda VI, а отсутствие этой мутации ассоциируется с женским полом и отсутствием сосудистой инвазии опухоли. При анализе статуса генов в первичных опухолях и метастазах выявлена дискордантность по гену BRAF, что указывает на возможное развитие такой клональной эволюции опухоли.</p> <p><bold>Заключение.</bold> Возможность выявления ключевых генов, участвующих в развитии онкотрансформации тиреоидного эпителия, является перспективным и способствует персонализации, подбору препаратов, влияющих на онкогенез.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="en"><kwd>thyroid gland</kwd><kwd>gene mutations</kwd><kwd>DNA analysis</kwd><kwd>BRAF</kwd><kwd>KRAS</kwd><kwd>EGFR</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>щитовидная железа</kwd><kwd>мутации генов</kwd><kwd>ДНК-анализ</kwd><kwd>BRAF</kwd><kwd>KRAS</kwd><kwd>EGFR</kwd></kwd-group><funding-group><funding-statement xml:lang="en">The work was funded within the framework of the state assignment of the Ministry of Education and Science of Russia FZEG-2023-0009 “Study of the heterogeneity of the tumor microenvironment as a factor in its aggressiveness and resistance to therapy.”</funding-statement><funding-statement xml:lang="ru">Финансирование работы осуществлялось в рамках государственного задания Минобрнауки России FZEG-2023-0009 «Изучение гетерогенности микроокружения опухоли как фактора ее агрессивности и резистентности к терапии».</funding-statement></funding-group></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><mixed-citation>Brent G.A. Mechanisms of thyroid hormone action. J. Clin. Invest. 2012; 122 (9): 3035–43. DOI: 10.1172/JCI60047</mixed-citation></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>Kostopoulou E., Miliordos K., Spiliotis B. Genetics of primary congenital hypothyroidism-a review. Hormones (Athens). 2021; 20 (2): 225–36. DOI: 10.1007/s42000-020-00267-x</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><mixed-citation>Hegedüs, L. The Thyroid Nodule. New England J. of Medicine. 2004; 351 (17): 1764–71. DOI: 10.1056/nejmcp031436</mixed-citation></ref><ref id="B4"><label>4.</label><mixed-citation>Gudmundsson J., Sulem P., Gudbjartsson D.F., Jonasson J.G., Sigurdsson A., Bergthorsson J.T., He H., Blondal T., Geller F., Jakobsdottir M., Magnusdottir D.N., Matthiasdottir S., Stacey S.N., Skarphedinsson O.B., Helgadottir H., Li W., Nagy R., Aguillo E., Faure E., Prats E., Saez B., Martinez M., Eyjolfsson G.I., Bjornsdottir U.S., Holm H., Kristjansson K., Frigge M.L., Kristvinsson H., Gulcher J.R., Jonsson T., Rafnar T., Hjartarsson H., Mayordomo J.I., de la Chapelle A., Hrafnkelsson J., Thorsteinsdottir U., Kong A., Stefansson K. Common variants on 9q22.33 and 14q13.3 predispose to thyroid cancer in European populations. Nat Genet. 2009; 41 (4): 460–4. DOI: 10.1038/ng.339</mixed-citation></ref><ref id="B5"><label>5.</label><mixed-citation>Cooper D.S., Biondi B. Subclinical thyroid disease. Lancet. 2012; 379 (9821): 1142–54. DOI: 10.1016/S0140-6736(11)60276-6</mixed-citation></ref><ref id="B6"><label>6.</label><mixed-citation>Xing M. Molecular pathogenesis and mechanisms of thyroid cancer. Nat Rev Cancer. 2013; 13 (3): 184–99. DOI: 10.1038/nrc3431</mixed-citation></ref><ref id="B7"><label>7.</label><mixed-citation>Nikiforov Y.E. Molecular diagnostics of thyroid tumors. Arch Pathol Lab Med. 2011; 135 (5): 569–77. DOI:10.5858/2010-0664-RAIR</mixed-citation></ref><ref id="B8"><label>8.</label><mixed-citation>Seib C.D., Sosa J.A. Evolving Understanding of the Epidemiology of Thyroid Cancer. Endocrinol Metab Clin North Am. 2019; 48 (1): 23–35. DOI: 10.1016/j.ecl.2018.10.002</mixed-citation></ref><ref id="B9"><label>9.</label><mixed-citation>Nikiforova M.N., Lynch R.A., Biddinger P.W., Alexander E.K., Dorn G.W. 2nd, Tallini G., Kroll T.G., Nikiforov Y.E. RAS point mutations and PAX8-PPAR gamma rearrangement in thyroid tumors: evidence for distinct molecular pathways in thyroid follicular carcinoma. J. Clin. Endocrinol Metab. 2003; 88 (5): 2318–26. DOI: 10.1210/jc.2002-021907. PMID: 12727991</mixed-citation></ref><ref id="B10"><label>10.</label><mixed-citation>Kim S., Lee K.E., Myong J.P., Park J., Kim M. H. EGFR gene copy number and protein expression in papillary thyroid carcinoma: Correlation with clinicopathologic features and behavior of tumor. Annals of Surgical Oncology, 2015; 22 (1): 273–9. DOI:10.1245/s10434-014-3760-8</mixed-citation></ref><ref id="B11"><label>11.</label><mixed-citation>Bikas A., Vachhani S., Jensen K., Vasko V., Burman K.D. Targeted therapies in thyroid cancer: an extensive review of the literature. Expert Rev Clin Pharmacol. 2016; 9 (10): 1299–313. DOI: 10.1080/17512433.2016.1204230</mixed-citation></ref><ref id="B12"><label>12.</label><mixed-citation>Lee J.H., Lee E.S., Kim Y.S. Clinicopathologic significance of BRAF V600E mutation in papillary carcinomas of the thyroid: a meta-analysis. Cancer. 2007; 110 (1): 38–46. DOI: 10.1002/cncr.22754</mixed-citation></ref><ref id="B13"><label>13.</label><mixed-citation>Tufano R.P., Teixeira G.V., Bishop J., Carson K.A., Xing M. BRAF mutation in papillary thyroid cancer and its value in tailoring initial treatment: a systematic review and meta-analysis. Medicine (Baltimore). 2012; 91 (5): 274–86. DOI: 10.1097/MD.0b013e31826a9c71</mixed-citation></ref><ref id="B14"><label>14.</label><mixed-citation>Bal C., Ballal S. Is There Any True Association Between BRAF V600E Mutation and Recurrence, Particularly in Low-Risk, Papillary Thyroid Cancer? J. Clin. Oncol. 2015; 33 (22): 2481. DOI: 10.1200/JCO.2014.60.0999</mixed-citation></ref><ref id="B15"><label>15.</label><mixed-citation>Czarniecka A., Oczko-Wojciechowska M., Barczyński M. BRAF V600E mutation in prognostication of papillary thyroid cancer (PTC) recurrence. Gland Surg. 2016; 5 (5): 495–505. DOI: 10.21037/gs.2016.09.09</mixed-citation></ref><ref id="B16"><label>16.</label><mixed-citation>Долгов В.В., Шабалова И.П., Селиванова А.В. Лабораторная диагностика заболеваний щитовидной железы. Иммунохимические, иммуноцитохимические, молекулярно-генетические исследования, атлас традиционной и жидкостной цитологии, клиническая интерпретация лабораторных данных. Триада, 2022; 288. [Dolgov V.V., Shabalova I.P., Selivanova A.V. Laboratory diagnosis of thyroid diseases. Immunochemical, immunocytochemical, molecular genetic studies, atlas of traditional and liquid-based cytology, clinical interpretation of laboratory data. Triada, 2022; 288 (in Russian)]</mixed-citation></ref><ref id="B17"><label>17.</label><mixed-citation>Федянин М.Ю., Эльснукаева Х.Х., Тюляндин С.А. Внутриопухолевая гетерогенность и клональная эволюция рака толстой кишки. Успехи молекулярной онкологии. 2017; 4 (1): 24–34. [Fedyanin M.Yu., Elsnukaeva H.H., Tjulandin S.A. Heterogeneity and clonal evolution of colorectal cancer. Advances in Molecular Oncology. 2017; 4 (1): 24–34 (In Russian)]</mixed-citation></ref></ref-list></back></article>
