Epidemiоlоgy and infectious diseases. Сurrent itemsEpidemiоlоgy and infectious diseases. Сurrent itemsЭпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы2226-69762414-9640Bionika Media71622310.18565/epidem.2026.16.2.44-51Original InvestigationsОригинальные исследованияResearch ArticleGenotype-associated changes in the composition of intestinal microbiota in patients with chronic hepatitis C: an age-and-sex-adjusted analysisГенотип-ассоциированные изменения состава кишечной микробиоты у пациентов с хроническим гепатитом С: анализ с учетом половозрастных особенностейhttps://orcid.org/0000-0003-0483-7329StomaIgor O.СтомаИгорь Олегович
Belarus

MD, Professor, Rector

д.м.н., профессор, ректор

gsmu@gsmu.byhttps://orcid.org/0000-0002-0610-1422TseykoZinaida A.ЦейкоЗинаида Анатольевна
Belarus

Departmental Assistant, Department of Infectious Diseases

ассистент кафедры инфекционных болезней

tzeiko.zinaida@yandex.byhttps://orcid.org/0000-0001-9148-487XKovalevAlexey A.КовалевАлексей Алексеевич
Belarus

Senior Lecturer, Department of Medical and Biological Physics

старший преподаватель кафедры медицинской и биологической физики

kovalev.data.analysis.gsmu@yandex.byhttps://orcid.org/0000-0002-9435-6109VoropaevEvgenii V.ВоропаевЕвгений Викторович
Belarus

Cand. Med. Sci., Associate Professor, Vice President for Research

к.м.н., доцент, проректор по научной работе

voropaev.evgenii@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-1931-4224OsipkinaOlga V.ОсипкинаОльга Викторовна
Belarus

Head, Research Laboratory

заведующий научно-исследовательской лабораторией

olga.osipkina@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-9542-3791ZyatkovAliaksey A.ЗятьковАлексей Александрович
Belarus

Senior Researcher, Research Laboratory

старший научный сотрудник научно-исследовательской лаборатории

ziatskovaa@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-6725-5353ShaforostAlexander S.ШафоростАлександр Сергеевич
Belarus

Senior Researcher, Research Laboratory

старший научный сотрудник научно-исследовательской лаборатории

asofocl@mail.ruGomel State Medical UniversityГомельский государственный медицинский университет1007202616244510807202608072026Copyright ©; 2026, Bionika MediaCopyright ©; 2026, ООО «Бионика Медиа»2026Bionika MediaООО «Бионика Медиа»https://journals.eco-vector.com/2226-6976/about/editorialPolicies#purchaseIssuehttps://journals.eco-vector.com/2226-6976/article/view/716223

Objective. Comparative analysis the composition of the intestinal microbiota in patients with chronic HCV infection, infected with genotypes 1 and 3, taking into account age- and sex-adjusted characteristics.

Materials and methods. A single-center, cross-sectional clinical study including 119 patients with chronic hepatitis C was conducted. Gut microbial diversity was determined using 16S rRNA metagenomic sequencing. High-throughput sequencing was performed using the MiSeq genetic analyzer (Illumina, USA) using a protocol based on the analysis of variable regions of the 16S rRNA gene. Data were analyzed using Kraken2.

Results. In patients with HCV genotype 1, an increase in the number of such taxa as Helicobacter (padj < 0.001), Shewanella (padj = 0.101), Terribacillus (padj < 0.001), Providencia (padj = 0.050), Coprobacter (padj < 0.001), Duodenibacillus (padj = 0.044), Paraclostridium (padj = 0.008), Monoglobus (padj < 0.001), etc. was noted. And in patients with HCV genotype 3 - Yersinia (padj = 0.003), Citrobacter (padj = 0.010), Brevibacterium (padj = 0.001), Latilactobacillus (padj < 0.001), Butyrivibrio (padj = 0.085), Bombilactobacillus (padj < 0.001), etc.

Conclusion. Infection with HCV genotype 1 was associated with a metabolic imbalance with an increase in the abundance of opportunistic microorganisms, sulfate-reducing bacteria (Nitratidesulfovibrio (padj = 0.014), and bacteria involved in bile acid metabolism (Gordonibacter (padj = 0.112)). Patients with genotype 3 exhibit a mixed picture: an increase in the abundance of potential pathogens and a maintained presence of beneficial bacteria.

Цель исследования. Сравнительный анализ состава кишечной микробиоты пациентов с хронической HCV-инфекцией, инфицированных вирусом генотипов 1 и 3, с учетом половозрастных особенностей.

Материалы и методы. Проведено одноцентровое поперечное клиническое исследование, в которое включены 119 пациентов с хроническим гепатитом С. Определен состав микробного разнообразия кишечника методом метагеномного секвенирования 16S рРНК. Высокопроизводительное секвенирование проводили с помощью генетического анализатора MiSeq (Illumina, США) с использованием протокола, основанного на анализе вариабельных регионов гена 16S рРНК. Данные анализировали с использованием Kraken2.

Результаты. У пациентов с генотипом 1 HCV отмечено увеличение численности таких таксонов, как Helicobacter (padj < 0,001), Shewanella (padj = 0,101), Terribacillus (padj < 0,001), Providencia (padj = 0,050), Coprobacter (padj < 0,001), Duodenibacillus (padj = 0,044), Paraclostridium (padj = 0,008), Monoglobus (padj < 0,001) и др. А у пациентов с генотипом 3 HCV – Yersinia (padj = 0,003), Citrobacter (padj = 0,010), Brevibacterium (padj = 0,001), Latilactobacillus (padj < 0,001), Butyrivibrio (padj = 0,085), Bombilactobacillus (padj < 0,001) и др.

Заключение. При инфицировании генотипом 1 HCV отмечено изменение метаболического баланса с увеличением численности условно-патогенных микроорганизмов, сульфатредуцирующих бактерий (Nitratidesulfovibrio (padj = 0,014) и бактерий, участвующих в метаболизме желчных кислот (Gordonibacter (padj = 0,112)). У пациентов с генотипом 3 наблюдается смешанная картина: увеличивается численность потенциальных патогенов и сохраняется представленность полезных бактерий.

chronic hepatitis Cintestinal microbiotaHCV genotypemicrobiomemetagenomic sequencingхронический гепатит Скишечная микробиотагенотип HCVмикробиомметагеномное секвенированиеRepublican budget, extra-budgetary funds of the Gomel State Medical University.Республиканский бюджет; внебюджетные средства УО «Гомельский государственный медицинский университет».Liu Z., Shi O., Zhang T., Li J., Xingdong C. Disease burden of viral hepatitis A, B, C and E: A systematic analysis. J. Viral Hepat. 2020; 27(12): 1284–1296. DOI: 10.1111/jvh.13371Morozov V.A., Lagaye S. Hepatitis C virus: Morphogenesis, infection and therapy. World J. Hepatol. 2018; 10(2): 186–212. DOI: 10.4254/wjh.v10.i2.186Zhang L., Zi L., Kuang T., Wang K., Qiu Z., Wu Z. et al. Investigating causal associations among gut microbiota, metabolites, and liver diseases: a Mendelian randomization study. Front. Endocrinol. (Lausanne) 2023; 14: 1159148. DOI: 10.3389/fendo.2023.1159148Rodríguez J.M., Murphy K., Stanton C., Ross R.P., Kober O.I., Juge N. et al. The composition of the gut microbiota throughout life, with an emphasis on early life. Microb. Ecol. Health Dis. 2015; 26: 26050. DOI: 10.3402/mehd.v26.26050Стома И.О., Цейко З.А., Воропаев Е.В., Осипкина О.В., Ковалев А.А., Зятьков А.А. и др. Изменения кишечной микробиоты на фоне хронической HCV-инфекции в зависимости от генотипа вируса. Проблемы здоровья и экологии 2025; 22(2): 147–160. [Stoma I.O., Tseiko Z.A., Voropaev E.V., Osipkina O.V., Kovalev A.A., Ziatskov A.A. et al. Changes in the intestinal microbiota with a background of chronic HCV infection,depending on the genotype of the virus. Health and Ecology Issue 2025; 22(2): 147–160. (In Russ.)]. DOI 10.51523/2708-6011.2025-22-2-18Papamichael K., Konstantopoulos P., Mantzaris G.J. Helicobacter pylori infection and inflammatory bowel disease: is there a link? World J. Gastroenterol. 2014; 20(21): 6374–6385. DOI: 10.3748/wjg.v20.i21.6374Wie S.H. Clinical significance of Providencia bacteremia or bacteriuria. Korean J. Intern. Med. 2015; 30(2): 167–169. DOI: 10.3904/kjim.2015.30.2.167Henry E.A, Devereux R., Maki J.S., Gilmour C.C., Woese C.R., Mandelco L. et al. Characterization of a new thermophilic sulfate-reducing bacterium Thermodesulfovibrio yellowstonii, gen. nov. and sp. nov.: its phylogenetic relationship to Thermodesulfobacterium commune and their origins deep within the bacterial domain. Arch. Microbiol. 1994; 161(1): 63–69.Campbell C., McKenney P.T., Konstantinovsky D., Isaeva O.I., Schizas M., Verter J. et al. Bacterial metabolism of bile acids promotes generation of peripheral regulatory T-cells. Nature 2020; 581(7809): 475–479. DOI: 10.1038/s41586-020-2193-0.Walter J. Ecological role of lactobacilli in the gastrointestinal tract: implications for fundamental and biomedical research. Appl. Environ. Microbiol. 2008; 74(16): 4985–4996. DOI: 10.1128/AEM.00753-081Loomba R., Seguritan V., Li W., Long T., Klitgord N., Bhatt A. et al. Gut Microbiome-Based Metagenomic Signature for Non-invasive Detection of Advanced Fibrosis in Human Nonalcoholic Fatty Liver Disease. Cell Metab. 2017; 2;25(5): 1054–1062.e5. DOI: 10.1016/j.cmet.2017.04.001Singh V., Lee G., Son H., Koh H., Kim E.S., Unno T. et al. Butyrate producers, «The Sentinel of Gut»: Their intestinal significance with and beyond butyrate, and prospective use as microbial therapeutics. Front. Microbiol. 2023; 13: 1103836. DOI: 10.3389/fmicb.2022.1103836Schneider R., Munk M., Lebuhnv B. Importance of Defluviitalea raffinosedens for Hydrolytic Biomass Degradation in Co-Culture with Hungateiclostridium thermocellum. Microorganisms 2020; 8(6): 915. DOI: 10.3390/microorganisms8060915Lee N.Y., Suk K.T., The Role of the Gut Microbiome in Liver Cirrhosis Treatment. Int. J. Mol. Sci. 2021; 22(1): 199. DOI: 10.3390/ijms22010199