Objective. Determination of the prevalence of drug-resistance mutations to direct-acting antiviral drugs (DAAs) in hepatitis C virus (HCV) genotype 3a.
Materials and methods. The study included 44 patients diagnosed with chronic hepatitis C, genotype 3a. Five patients (11.4%) had a history of DAA therapy for chronic hepatitis C without virological response. HCV RNA sequencing was performed using the HCV-seq NGS panel.
Results. Genomic sequences were obtained for all samples, and therapy resistance mutations were analyzed. The following mutation frequencies were observed in NS3: A166S/T – 20.5%; D168R – 2.3%; I170V – 11.4%; in NS5a: A30K/S/T – 9.1%; L31I – 2.3%; S62T/L – 22.7%; Y93H – 4.5%; in NS5b: K100R – 2.3%. Quasispecies were analyzed for resistance mutations in five patients with a history of unsuccessful DAA therapy. Patient 1 was found to have the A30K mutation, while quasispecies analysis revealed P32L and Y93H in 10% and 14% of reads, respectively. Patient 2 was found to have the 28M and 62L mutations and the A30S quasivariant (10%). The viral genome of patient 3 also contained the 28M and 62L mutations; quasispecies were absent. Patient 4 was found to have the A30K mutation, and patient 5 had the S62L mutation.
Conclusion. Investigation of HCV resistance mutations is advisable in patients with a history of unsuccessful therapy. Additional quasispecies analysis can identify hidden resistance mutations that can lead to treatment failure and relapse.
Цель исследования. Определение распространенности мутаций лекарственной резистентности вируса гепатита C (ВГС) генотипа 3a к препаратам прямого противовирусного действия (ПППД).
Материалы и методы. В исследование были включены 44 пациента с диагнозом «хронический гепатит С, генотип 3а». Пять (11,4%) пациентов имели в анамнезе опыт терапии хронического гепатита С ПППД с отсутствием вирусологического ответа. Секвенирование РНК ВГС осуществляли при помощи NGS-панели HCV-seq.
Результаты. Для всех образцов получены геномные последовательности и проанализированы мутации резистентности к терапии. Наблюдали следующую частоту встречаемости мутаций в NS3: A166S/T – 20,5%, D168R – 2,3%, I170V – 11,4%, в NS5a: A30K/S/T – 9,1%, L31I – 2,3%, S62T/L – 22,7%, Y93H – 4,5%, в NS5b: K100R – 2,3%. У 5 пациентов c опытом неуспешной терапии ПППД в анамнезе проанализированы квазивиды на наличие мутаций резистентности к терапии: у пациента 1 была выявлена мутация A30K, при анализе квазивидов в 10 и 14% прочтений регистрировались P32L и Y93H соответственно. У пациента 2 обнаружены мутации 28M и 62L и квазивариант A30S (10%). Вирусный геном у пациента 3 также содержал мутации 28M и 62L, квазивиды вируса отсутствовали. У пациента 4 была обнаружена мутация A30K, у пациента 5 – S62L.
Заключение. Исследование мутаций резистентности ВГС целесообразно у пациентов с неуспешной терапией в анамнезе. Дополнительный анализ квазивидов позволяет выявить скрытые мутации резистентности, которые могут приводить к неэффективности лечения и рецидивам инфекции.