Разработка и апробация ДНК-чипа для индикации возбудителей особо опасных инфекций


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Постоянная необходимость мониторинга за особо опасными инфекционными заболеваниями обусловливает актуальность разработки новых эффективных методов идентификации возбудителей этих заболеваний. Цель исследования. Создание и апробация набора реагентов, включающего ДНК-чип, для выявления возбудителей сибирской язвы, чумы, туляремии, холеры, легионеллеза и бруцеллеза. Материалы и методы. Олигонуклеотидные зонды, несущие аминогруппы на 5-конце, наносились на поверхность слайдов с альдегидным покрытием с помощью плоттера для бесконтактной печати. После выделения ДНК из анактивированных культур проводили стадию мультипраймерной ПЦР, затем стадию транскрипции с включением РНК-детектирующей метки. Продукты транскрипции гибридизовали на ДНК-чипе, затем с помощью лазерного сканера проводили анализ флюоресцентных профилей. Результаты. Разработан набор реагентов, включающих ДНК-чип, для выявления возбудителей особо опасных инфекционных заболеваний, позволяющий провести анализ 48 образцов. Время анализа составляет 5,5 ч. Заключение. Набор реагентов обладает чувствительностью и специфичностью, что дает возможность применять его я в лабораториях регионального уровня и референсных центрах.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Елена Александровна Пудова

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора; НИИ медицины труда РАН

Email: el_pudov@mail.ru
мл. науч. сотр. группы генной инженерии и биотехнологии

Татьяна Александровна Чеканова

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора; НИИ медицины труда РАН

Email: tchekanova74@mail.ru
канд. биол. наук, ст. науч. сотр. группы генной инженерии и биотехнологии

Михаил Леонидович Маркелов

НИИ медицины труда РАН

Email: mikhailmarkelov@gmail.com
канд. биол. наук, ст. науч. сотр. группы постгеномных технологий

Владимир Георгиевич Дедков

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора; НИИ медицины труда РАН

Email: vgdedkov@yandex.ru
мл. науч. сотр. группы генной инженерии и биотехнологии

Нина Петровна Кирдяшкина

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора; НИИ медицины труда РАН

Email: nkirdyashkina@mail.ru
лаборант-технолог группы генной инженерии и биотехнологии

Ирина Петровна Карасева

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: irkesha@list.ru
лаборант-технолог группы генной инженерии и биотехнологии

Алексей Игоревич Сажин

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: alexey.sazhin@gmail.com
мл. науч. сотр. группы генной инженерии и биотехнологии

Тимофей Сергеевич Зацепин

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: tsz@yandex.ru
канд. хим. наук, науч. сотр. группы постгеномных технологий

Денис Валерьевич Уткин

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора

Email: rusrapi@mikrobe.ru
канд. биол. наук, вед. науч. сотр. лаб. диагностических технологий

Наталия Александровна Осина

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора

Email: rusrapi@mikrobe.ru
канд. биол. наук, зав. лаб. молекулярной диагностики

Светлана Анатольевна Щербакова

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора

Email: rusrapi@mikrobe.ru
д-р биол. наук, зав. лаб. оперативной диагностики, зав. отд. диагностики инфекционных болезней

Герман Александрович Шипулин

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: german@pcr.ru
канд. мед. наук, зав. отд. молекулярной диагностики и эпидемиологии

Список литературы

  1. Воробьев А.А. Критериально-рейтинговая система оценки степени опасности биоагентов и концепция создания международной коалиционной программы по биобезопасности. Журн. микробиол. 2007; 1: 105-108.
  2. Онищенко Г.Г., Сандахчиев Л.С., Нетесов С.В., Мартынюк Р.А. Биотерроризм: национальная и глобальная угроза. Вестник РАН2003; 73(3): 195-204.
  3. X. Hu G., Van der Auwera S., Timmery L., Zhu J., Mahillon. Distribution, Diversity, and Potential Mobility of Extrachromosomal Elements Related to the Bacillus anthracis pX01 and pX02 Virulence plasmids. Appl. Envir. Microbiol. 2009; 75: 3016-3028.
  4. Mukhopadhyay S., Akmal A., Stewart A.C., Hsia R., Read T.D. Identification of Bacillus anthracis spore component antigens conserved across diverse Bacillus cereus sensu lato strains. Mol. Cell. Proteomics 2009; 8: 1174-1191.
  5. Смирнова Н.И., Челдышова Н.Б., Горяев А.А., Лозовский Ю.В., Кутырев В.В. Эволюция генома Vibrio cholerae: пути формирования атипичных штаммов. Проблемы особо опасных инфекций 2008; 97: 5-11.
  6. Safa A., Nair G.B., Kong R.Y.C. Evolution of new variants of Vibrio cholerae 01. Cell 2009; 18(1): 46-54.
  7. Huang J., Zhu Y., Wen H., Zhang J., Huang Sh., Niu J. et al. Quadruplex Real-Time PCR Assay for Detection and Identification of Vibrio cholerae 01 and 0139 Strains and Determination of Their Toxigenic Potential. Applied and Environmental Microbiology 2009; 75(22): 6981-6985.
  8. Faruque Sh. M., Balakrish G. Nair., eds. Vibrio cholerae: genomics and molecular biology. Poole: Horizon Scientific Press, 2008; 101-123.
  9. Sebbane F., Jarrett C., Gardner D., Long D., Hinnebusch B.J. The Yersinia pestis caf1M1A1 fimbrial capsule operon promotes transmission by flea bite in a mouse model of bubonic plague. Infect. Immun. 2009; 77: 1222-1229.
  10. Fey P.D., Dempsey M. M.P., 0lson M.E., Chrustowski M.S., Engle J.L., Jay J.J. et al. Molecular Analysis of Francisella tularensis Subspecies tularensis and holarctica. Am. J. Clin. Pathol. 2007; 128: 926-935.
  11. Тартаковский И.С., Темежникова Н.Д., Карпова Т.И. Легионеллез: проблемы и перспективы лабораторной диагностики. Проблемы особо опасных инфекций 2005; 90: 276-280.
  12. Edwards M.T., Fry N.K., Harrison T.G. Clonal population structure of Legionella pneumophila inferred from allelic profiling. Microbiology 2008; 154: 852-864.
  13. Wang Zh., Niu J., Wang Sh., Lv Y., Wu Q. In vivo differences in the virulence, pathogenicity, and induced protective immunity of wboA mutants from genetically different parent Brucella spp. Clin. Vaccine Immunol. 2013; 20: 174-180.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© ООО «Бионика Медиа», 2014

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах