Анализ распространенности мутаций лекарственной устойчивости в гене pol ВИЧ-1 среди ВИЧ-инфицированных в Иркутской области


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Цель исследования. Оценка ситуации по распространению субтипов, рекомбинантных форм, а также резистентных вариантов ВИЧ на территории Иркутской области. Материалы и методы. Представлены данные анализа нуклеотидных последовательностей гена pol ВИЧ-1, кодирующего ферменты: протеазу, обратную транскриптазу и интегразу. Для исследования была использована плазма крови от 65 ВИЧ-инфицированных лиц, постоянно проживающих в Иркутской области. При помощи коммерческих тест-систем выделяли РНК, проводили реакцию обратной транскрипции, полимеразную цепную реакцию и циклическое секвенирование. Нуклеотидные последовательности детектировали методом капиллярного электрофореза в автоматическом анализаторе молекул. Результаты. По данным филогенетического анализа, 62 последовательности (95,38%) кластеризовались с вариантом IDU-A субтипа А1 ВИЧ-1, 2 образца группировались с рекомбинантной формой CRF02-AG, 1 образец - с субтипом В. Резистентные к антиретровирусным препаратам штаммы вируса обнаружены у 63% пациентов. Выявлен широкий спектр штаммов с лекарственной устойчивостью: резистентность к ингибиторам протеазы - в 10,77% случаев, к нуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы - в 58,46%, к ненуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы - в 35,38%, к ингибиторам интегразы - в 3,08%. Доля монорезистентных штаммов составила 34,15%, полирезистентных к двум и более группам препаратов - 65,85%. Заключение. На территории Иркутской области доминирует субтип А1 ВИЧ-1; выявление других субтипов свидетельствует о возможном усилении миграционной активности населения. Спектр штаммов с лекарственной устойчивостью соответствует наиболее часто назначаемым в нашем регионе схемам высокоактивной антиретровирусной терапии.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Ю. К Плотникова

Иркутский областной центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями

Email: plot18@ya.ru
канд. мед. наук, гл. врач

О. А Пономарева

Иркутский областной центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями

Email: poa@aids38.ru
зав. отд-нием молекулярно-биологических исследований

А. О Ревизор

Иркутский областной центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями

Email: rao@aids38.ru
биолог отд-ния молекулярно-биологических исследований 664035, Иркутск, ул. Спартаковская, д. 11 Телефон: +7(3952) 77-79-58

Е. А Круглова

Иркутский областной центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями

Email: atomarnaya@mail.ru
врач отд-ния молекулярно-биологических исследований

Список литературы

  1. Hemelaar J. Implications of HIV diversity for the HIV-1 pandemic. Journal of Infections 2013; 66: 391-400.
  2. HIV Sequence Compendium 2015. http://www.liiv.lanl.gov/con-tent/sequence/HIV /COMPENDIUM/2015compendium.html. Дата просмотра 15.09.2015.
  3. Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR. AIDS Rev. 2013; 15: 204-212.
  4. Дементьева Н.Е., Сизова Н.В., Лисицина З.Н., Беляков Н.А. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика ВИЧ-инфекции в Санкт-Петербурге. Медицинский академический журнал 2012; 12(2): 97-104.
  5. Лаповок И.А., Лага В.Ю., Васильев А.В., Саламов Г.Г., Казеннова Е.В., Матковский И.А., Мохний Г.А., Мельник Т.А., Бобкова М.Р. Молекулярно-генетический анализ области гена pol, кодирующей интегразу ВИЧ-1, среди пациентов из России и Украины. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии 2012; 4(2): 73-81.
  6. Bernard E.J., Azad Y., Vandamme A.M., Weait M., Geretti A.M. HIV forensics: pitfalls and acceptable standards in the use of phylogeneti/ anatysisas evidence in criminal investigations of HIV transmission. H/VMedicme 2007; 8: 382-387.
  7. Metzker M.L., Mindell D.P., Liu X.M., Ptak R.G., Gibbs R.A., Hillis D.M. Molecular evidence of HIV-1 transmission in a criminal case. PNAS 2002; 99(22): 14292-14297.
  8. Беляков Н.А., Розенталь В.В., Дементьева Н.Е., Виноградова Т.Н., Сизова Н.В. Моделирование и общие закономерности циркуляции субтипов и рекомбинантных форм ВИЧ. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии 2012; 4(2): 7-18.
  9. Лебедев А.В., Казеннова Е.В., Лага В.Ю., Лаповок И.А., Глущенко Н.В., Бобкова М.Р., Плотникова Ю.К., Пономарева О.А., Нешумаев Д.А. Характеристика генетических вариантов ВИЧ-1, выделенных на территории Иркутской области в 2012 году. XXII Российский национальный конгресс «Человек и лекарство». Тезисы докладов. М., 2015; 227.
  10. Tamura K., Nei M. Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees. Molecular Biology and Evolution 1993; 10: 512-526.
  11. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution 2013; 30: 2725-2729.
  12. Казеннова Е.В., Лаповок И.А., Васильев А.В., Лага В.Ю., Грезина Л.А., Волова Л.Ю., Бобкова М.Р. Проблемы субтипирования ВИЧ-1 на основе анализа гена pol и способы их разрешения. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии 2010; 2(3): 42-48.
  13. Struck D., Lawyer G., Ternes A., Schmit J., Perez Bercoff D. COMET: adaptive context-based modeling for ultrafast HIV-1 subtype identification. Nucleic Acids Res. 2014; 42(18): 144-155.
  14. Agwu A.L., Bethel J., Hightow-Weidman L.B., Sleasman J.W., Wilson C.M., Rudy B., Kapogiannis B.G. Substantial multiclass transmitted drug resistance and drug-relevant polymorphisms among treatment-naive behaviorally HIV-Infected youth. AIDS Patient Care and STDs 2012; 26(4): 193-196.
  15. Murillo W., Morales S., Paz-Bailey G., Castillo J., Pascale J.M., Albert J., Lorenzana de Rivera I. Transmitted drug resistance among newly diagnosed HIV-1 infected individuals in three Central American countries. 6th IAS Conference on HIV Pathogenesis, Treatment and Prevention. July 17-20, 2011, Roma. http://pag. ias2011.org/Abstracts.aspx?AID=. Дата просмотра 18.09.2015.
  16. Taylor S., Allen S., Fidler S., White D., Gibbson S. Stop Study: After discontinuation of efavirenz, plasma concentrations may persist for
  17. weeks or longer. 11th Conference on retroviruses and opportunistic infections. February 8, 2004, San Francisco. http://www.retroconference.org/ 2004/cd/Abstract/131.htm. Дата просмотра 18.09.2015.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© ООО «Бионика Медиа», 2016

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах