T7 BACTERIOPHAGE PROMOTER: IS RELATION BETWEEN SPECIFICITY AND SEQUENCE MEDIATED BY DNA DUPLEX PHYSICS?

Abstract

Full Text

Узнавание промотора РНК-полимеразой в процессе транскрипции является фундаментальной проблемой молекулярной генетики. Несмотря на длительный интерес исследователей, эта область продолжает развиваться. Большие успехи могут обеспечить методы NGS и мутационный анализ. Недавно подобная работа [1] проведена с целью изучения активности промотора бактериофага Т7. Авторы получили 7847 вариантов консенсусного промотора. Такие варианты имели от 1 до 10 замен; для для них была оценена активность (как соотношение уровней транскрипта РНК и ДНК). Полученные данные подтвердили многие представления о значении отдельных положений промоторной последовательности и ее областей. В данной работы мы провели дальнейший анализ данных [1], выявив согласованность в изменениях отдельных пар оснований промоторных последовательностей и функциональных областей промотора T7. В частности, выявлена высокая согласованность мутаций (их совместное присутствие в отдельном про-моторном варианте) для петли специфичности (specificity loop of binding region). Область инициации транскрипции (в которой происходит открытие дуплекса) характеризуется наименьшим количеством замен, которые при этом редко сочетаются между собой. В ходе работы отмечена группа промоторных вариантов, имеющих точную консенсусную последовательность и случайный нуклеотид в положении -2. Все 4 таких варианта получены в [1] и высокоактивны. При расчете для таких последовательностей профилей электростатического потенциала и склонностью к изгибам установлены очень существенные изменения при замене в названной позиции. В случае электростатического потенциала замены Т на А достаточно, чтобы характерный для промоторов класса II паттерн профилей перешёл в таковой для класса III [2].