The complement system and antimicrobial peptides (AMPs) are known to be vital humoral factors of innate immunity. Earlier we showed the double-sided influence of arenicin-1 (Ar-1), the AMP from a sea polychaeta Arenicola marina, on the complement activation. In this work we studied the binding of Ar-1 to C3b protein, the fragment of the central complement component C3, using surface plasmon resonance. We also performed molecular docking and molecular dynamics of interaction between C3b fragment - C3c - and Ar-1. All these data showed that the influence of Ar-1 on complement activation might be realized through the interaction with C3b, the most important component for complement activation. Ar-1 may be used for the design of new complement regulators for treating complement-related diseases.
Система комплемента и антимикробные пептиды (АМП) являются важнейшими компонентами врожденного иммунитета. Ранее мы показали разнонаправленное влияние ареницина-1 (Ar-1), АМП из морской полихеты Arenicola marina, на активацию комплемента. В этой работе мы изучали связывание Ar-1 с белком C3b, фрагментом центрального компонента комплемента C3, с помощью поверхностного плазмонного резонанса. Мы также провели моделирование взаимодействия фрагмента C3b - C3c - и пептида Ar-1 с помощью методов молекулярного докинга и молекулярной динамики. Все эти данные дают возможность предположить, что влияние Ar-1 на активацию комплемента может быть реализовано через взаимодействие с C3b, наиболее важным компонентом для активации комплемента. Ar-1 может быть использован для разработки новых регуляторов системы для лечения заболеваний, связанных с комплементом.