Ecological geneticsEcological geneticsЭкологическая генетика1811-09322411-9202Eco-Vector546410.17816/ecogen5335-45ArticlesСтатьиResearch ArticleMolecular-genetic characterization of the human non-hypervariable GC-rich minisatellite UPS29 of gene CENTB5МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА НЕГИПЕРВАРИАБЕЛЬНОГО ГЦ-БОГАТОГО МИНИСАТЕЛЛИТА ЧЕЛОВЕКА UPS29 ГЕНА CENTB5SuchkovaIrina OСучковаИрина Олеговнаirsuchkova@mail.ruShubinaDaria MШубинаДарья Михайловнаiem@iem.spb.ruSasinaLudmila KСасинаЛюдмила Константиновнаsassina2001@hotmail.comSlominskaNatalia OСломинскаяНаталия АлександровнаVasilyevVadim BВасильевВадим БорисовичAlenina, Natalia VАленинаНаталья VBaderMikhael FБадерМишель FPatkinEugene LПаткинЕвгений Львовичelp44@mail.ruInstitute of Experimental Medicine, St. Petersburg, RFИнститут экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, РФMax Delbr?ck Center for Molecular Medicine, Berlin, GermanyЦентр Молекулярной медицины Макса Дельбрюка , Берлин, Германия1509200753VOL 5, NO3 (2007)ТОМ 5, №3 (2007)354514112016Copyright ©; 2007, Suchkova I.O., Shubina D.M., Sasina L.K., Slominska N.O., Vasilyev V.B., Alenina,  N.V., Bader M.F., Patkin E.L.Copyright ©; 2007, Сучкова И.О., Шубина Д.М., Сасина Л.К., Сломинская Н.А., Васильев В.Б., Аленина Н.V., Бадер М.F., Паткин Е.Л.2007Suchkova I.O., Shubina D.M., Sasina L.K., Slominska N.O., Vasilyev V.B., Alenina,  N.V., Bader M.F., Patkin E.L.Сучкова И.О., Шубина Д.М., Сасина Л.К., Сломинская Н.А., Васильев В.Б., Аленина Н.V., Бадер М.F., Паткин Е.Л.http://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://journals.eco-vector.com/ecolgenet/article/view/5464

Human minisatellite UPS29 localized in one of CENTB5 introns was studied in silico and using molecular genetic analysis. For the first time there were revealed seven UPS29 alleles which contained 6-24 repeated units. Allele consisting of 17 repeats was prevailed (91,5 %). Frequency of other alleles varied from 0,29 % to 4,39 %. UPS29 heterozygosity was 12,3 %. Minisatellite UPS29 was classified as low polymorphic and non hypervariable.

Проведены компьютерный и молекулярно-генетический анализы минисателлита человека UPS29, локализованного в интроне гена CENTB5. Впервые обнаружено 7 аллелей UPS29, содержащих от 6 до 24 повторов. Преобладающим (91,5 %) являлся аллель UPS29 из 17 повторов, частота остальных аллелей колебалась от 0,29 до 4,39 %. Гетерозиготность UPS29 составила 12,3 %. По полученным результатам UPS29 отнесен к классу низкополиморфных негипервариабельных минисателлитов.

МИНИСАТЕЛЛИТНАЯ ДНКГЕТЕРОЗИГОТНОСТЬгенетическая изменчивостьВНУТРИМОЛЕКУЛЯРНЫЕ ОБМЕНЫАйала Ф. Современная генетика. В 3-х т., Т.3.: пер. с англ./Айала Ф., Кайгер Дж.; пер. с англ. Базыки-на А. Д. -М.: Мир, 1988. -335 с.Аксенова М. Г. Аллельный полиморфизм гена переносчика дофамина в группах больных эндогенными психозами. Связь с патологическими синдромами/Аксенова М. Г., Голимбет В. Е., Алфимова М. В., Носиков В. В.//Молекулярная биология. -2000. -Т. 34, № 4. -С. 696-700.Ивантер Э. В. Основы биометрии: введение в статистический анализ биологических явлений и процессов/Ивантер Э. В., Коросов А. В. -Петрозаводск.: Изд-во Петрозаводского гос. университета, 1992. -168 с.Кайданов Л. З. Генетика популяций//Кайданов Л. З. -М.: Высш. шк., 1996. -320 с.Паткин Е. Л. Сателлитные ДНК и болезни -возможные механизмы. Нестабильность минисателлитов/Паткин Е. Л., Гайцхоки В. С.//Генетика. -2000. -Т. 36, № 9. -С. 1189-1194.Patkin E. L., Gaitskhoki V.S. Satellite DNAs and diseases -possible mechanisms: minisatellite instability//Rus. J. Genetics. -2000. -Vol. 36, N 9. -P. 989-993.).Плохинский Н.А. Биометрии//Плохинский Н. А. -М.: Изд-во МГУ, 1970. -368 с.Andreassen R. De novo mutation and allelic diversity at minisatellite locus D7S22 investigated by allele-specific four-state MVR-PCR analysis/Andreassen R., Olaisen B.//Hum. Mol. Genet. -1998. -Vol. 7. -P. 2113-2120.Benson G. Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences/Benson G.//Nucl. Acid Res. -1999. -Vol. 27. -P. 573-580.Birth and evolution history of a human minisatellite/Boan F., Blanco M. G., Quinteiro J. [et al.]//Mol. Biol. Evol. -2004. -Vol. 21. -P. 228-235.Boan F. Molecular characterization of a new human minisatellite that is able to form single-stranded loops in vitro and recognized by nuclear proteins/Boan F., Gonzalez A. I., Rodriguez J. M., Gomez-Marquez J.//FEBS Letters. -1997. -Vol. 418. -P. 251-257.Boan F. A non-hypervariable human minisatellite strongly stimulates in vitro intramolecular homologous recombination/Boan F., Rodriguez J. M., Gomez-Marquez J.//J. Mol. Biol. -1998. -Vol. 278. -P. 499-505.Brukner I. Sequence dependent bending propensity of DNA as revealed by DNAse I: Parameters for trinucleotides/Brukner I., Sanchez R., Suck D., Pongor S.//EMBO J. -1995. -Vol. 14. -P. 1812-1818.Buard J. Complex recombination events att the hypetmutable minisatellite CEB1 (D2S90)/Buard J.,Vergnaud G.//EMBO J. -1994. -Vol. 13. -P. 3203-3210.Denoeud F. Predicting human minisatellite polymorphism/Denoeud F., Vergnaud G., Benson G.//Genome Res. -2003. -Vol. 13. -P. 856-867.Goodsell D. S. Bending and curvature calculations in B-DNA/Goodsell D. S., Dickerson R. E.//Nucl. Acids Res. -1994. -Vol. 22. -P. 5497-5503.Human chromosomal fragile site FRA16B is amplified AT-rich minisatellite repeat/Yu S., Mangelsdorf M., Hewett D. [et al. ]//Cell. -1997. -Vol. 88. -P. 367-374.Jobling M. A. Hypervariable digital DNA codes for human paternal lineages: MVR-PCR at the Y-specific minisatellite, MSY1 (DYF155S1)/Jobling M. A., Biuzekri N., Taylor P. G.//Hum. Mol. Genet. -1998. -Vol. 7. -P. 643-653.MacKenzie A. A serotonin transporter gene intron 2 polymorphic region, correlated with affective disoders, has allele-dependent differential enhancerlike properties in the mouse embryo/MacKenzie A.,Quinn J.//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1999. -Vol. 96. -P. 15251 -15255.Molecular basis for expression of common and rare fragile sites/Zlotorynski E., Rahat A., Skaug J. [et al.]//Mol. Cell Biol. -2003. -Vol. 23. -P. 7143-7151.Ovarian canser risk in BRCA1 carriers is modified by the HRAS1 variable number of tandem repeat (VNTR) locus/Phelan C. M., Rebbeck T. R., Weber B. L. [et al.]//Nat. Genet. -1996. -Vol. 12. -P. 309-311.Papadakis E. N. Genetic analysis of H-ras intron-1 polymorphic and variabletandem repeatregions in human breast cancer/Papadakis E. N., Dokianakis D. N.,Spandidos D. A.//Int J. Biol. Markers. -2003. -Vol. 18. -P. 195-199.Structure of Chi hotspots of generalized recombination/Smith G. R., Kunes S. M., Schultz D. W. [et al.]//Cell. -1981. -Vol. 24. -P. 429-436.The use synthetic tandem repeats to isolate new VNTR loci: cloning of a human hypermutable sequence/Vergnaud G., Moriat D., Apiou F. [et al.]//Genomics. -1991. -Vol. 11. -P. 135-144.Vergnaud G. Minisatelletes: mutability and genome architecture/Vergnaud G., Denoeud F.//Genet. Res. -2000. -Vol. 10. -P. 899-907.Weinreb A. Site of uneqiual sister chromatid exchange contains a potential Z-DNA-froming tract/Weinreb A.,Katzenberg D. R.//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1988. -Vol. 85. -P. 529-533.