We have fulfilled in silico research of number, structure, distribution and location of direct and inverted repeated sequences in eight complete genomes of unicellular cyanobacteria. Analysis of whole genome repeats has shown utility of this approach for purposes of molecular phylogeny and ecological genomics. Comparative analysis of nonrandom repeats patterns has allowed: 1) to confirm the close genetic relationship of two Prochlorococcus marinus strains (MED4 and SS120) that have reduced genomes and inhabit the econiches with different light intensities; 2) to suggest the close phylogenetic relationship of genomes Prochlorococcus marinus MIT9313 and Synechococcus WH8102 that significantly differ by sets of lightharvesting photosystem; 3) to reveal specific differences in genome organization between marine and freshwater cyanobacteria.
Исследование in silico структуры, количества, распределения и локализации (внутригенной и межгенной) прямых и инвертированных повторяющихся последовательностей в геномах восьми одноклеточных цианобактерий показало перспективность такого подхода в полногеномном анализе для решения задач молекулярной филогении и экологической геномики. Сравнительный анализ распределения неслучайных повторов позволил: подтвердить высокую степень генетического родства двух штаммов Prochlorococcus marinus (MED4 и SS120), обладающих редуцированными геномами и обитающих в различных по уровням освещенности эконишах; установить филогенетическую близость геномов Prochlorococcus marinus MIT9313 иSynechococcus WH8102, существенно различающихся по набору белков светособирающих комплексов фотосистем, но занимающих сходные ниши в морских экосистемах; выявить характерные различия в геномной организации между морскими и пресноводными видами одноклеточных цианобактерий.