ОПТИМИЗАЦИЯ МЕТОДА МУЛЬТИТАРГЕТНОЙ ОДНОНУКЛЕОТИДНОЙ ЭЛОНГАЦИИ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ СОМАТИЧЕСКИХ МУТАЦИЙ ПРИ ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫХ НОВООБРАЗОВАНИЯХ


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Введение. Молекулярное профилирование опухолевого материала необходимо для персонализированного подхода в лечении пациентов со злокачественными новообразованиями. Выявление соматических мутаций новообразований в генах EGFR и KRAS позволяет прогнозировать течение заболевания и индивидуализировать терапию. Одним из высокочувствительных методов для детекции точечных мутаций является мультитаргетная однонуклеотидная элонгация (МОЭ). Цель. Оптимизировать метод МОЭ для детекции клинически значимых аберраций в генах EGFR и KRAS в опухолевом материале. Материал и методы. Генетический материал был выделен из 31 образца немелкоклеточного рака легкого, из которых 9 были фиксированы формалином и залиты парафином. Основные лабораторные характеристики МОЭ сравнивали с показателями полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени, цифровой ПЦР и секвенированием по Сэнгеру. Результаты. Создан протокол для верификации аберраций в генах EGFR и KRAS. Определен порог чувствительности метода МОЭ, который составил 48 копий/мкл мутантной ДНК. Было показано, что лабораторные характеристики метода сопоставимы с ПЦР в реальном времени. МОЭ способен детектировать аберрации в опухолевом материале, фиксированным формалином и залитым парафином. По нашим данным, МОЭ превосходит прямое секвенирование по Сэнгеру по количеству выявленных точечных мутаций: соответственно 26 и 3%. Заключение. МОЭ является высокочувствительным и сравнительно быстрым многопараметрическим методом генотипирования опухолевого материала.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

А. А Мусаелян

ФГБОУ ВО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И.П. Павлова» Минздрава России

Российская Федерация, Санкт-Петербург

И. В Чистяков

ФГБОУ ВО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И.П. Павлова» Минздрава России

кандидат медицинских наук Российская Федерация, Санкт-Петербург

В. Д Назаров

ФГБОУ ВО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И.П. Павлова» Минздрава России

Email: nazarov19932@mail.ru
Российская Федерация, Санкт-Петербург

С. В Лапин

ФГБОУ ВО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И.П. Павлова» Минздрава России

кандидат медицинских наук Российская Федерация, Санкт-Петербург

М. В Согоян

ФГБОУ ВО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И.П. Павлова» Минздрава России

Российская Федерация, Санкт-Петербург

С. Е Хальчицкий

ФГБУ «Научно-исследовательский детский ортопедический институт имени Г.И. Турнера» Минздрава России

кандидат биологических наук Российская Федерация, Санкт-Петербург

В. Л Эмануэль

ФГБОУ ВО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И.П. Павлова» Минздрава России

доктор медицинских наук, профессор Российская Федерация, Санкт-Петербург

Т. В Лобачевская

ФГБОУ ВО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И.П. Павлова» Минздрава России

кандидат медицинских наук Российская Федерация, Санкт-Петербург

А. Л Акопов

ФГБОУ ВО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И.П. Павлова» Минздрава России

доктор медицинских наук, профессор Российская Федерация, Санкт-Петербург

Список литературы

  1. Srinivasan M., Sedmak D., Jewell S. Effect of fixatives and tissue processing on the content and integrity of nucleic acids. Am. J. Pathol. 2002. https://doi.org/10.1016/ S0002-9440(10)64472-0.
  2. Gerlinger M., Rowan A.J., Horswell S., Larkin J., Endesfelder D., Gronroos E. et al. Intratumor Heterogeneity and Branched Evolution Revealed by Multiregion Sequencing. N. Engl. J. Med. 2012. https:// doi.org/10.1056/NEJMoa1113205.
  3. Dias-Santagata D., Akhavanfard S., David S.S., Vernovsky K., Kuhlmann G., Boisvert S.L. et al. Rapid targeted mutational analysis of human tumours: A clinical platform to guide personalized cancer medicine. EmBo Mol. Med. 2010. https://doi. org/10.1002/emmm.201000070.
  4. Lovly C.M., Dahlman K.B., Fohn L.E., Su Z., Dias-Santagata D., Hicks D.J. et al. Routine multiplex mutational profiling of melanomas enables enrollment in genotype-driven therapeutic trials. PLoS One. 2012. https:// doi.org/10.1371/journal.pone.0035309.
  5. Sequist L.V, Heist R.S., Shaw A.T., Fidias P., Rosovsky R., Temel J.S. et al. Implementing multiplexed genotyping of non-small-cell lung cancers into routine clinical practice. Ann Oncol. 2011. https://doi.org/10.1093/ annonc/mdr489.
  6. Cernomaz A.T., Macovei I.I., Pavel I., Grigoriu C., Marinca M., Baty F et al. Comparison of next generation sequencing, SNaPshot assay and real-time polymerase chain reaction for lung adenocarcinoma EGFR mutation assessment. BMC Pulm Med. 2016; 16. https:// doi.org/10.1186/s12890-016-0250-0.
  7. Zhao Y., Zhang X.-Y., Guo J.-J., Zeng A.-Z., Hu J.-L., Huang W-X. et al. Simultaneous Genotyping and Quantification of Hepatitis B Virus for Genotypes B and C by Real-Time PCR Assay J. Clin. Microbiol. 2010; 48: 3690 LP-3697.
  8. Jakobsen M.R., Tolstrup M., Søgaard O.S., Jørgensen L.B., Gorry P.R., Laursen A. et al. Transmission of HIV-1 Drug-Resistant Variants: Prevalence and Effect on Treatment Outcome. Clin Infect Dis. 2010. https://doi. org/10.1086/650001.
  9. Li Q., Yang F, Liu R., Luo L., Yang Y, Zhang L. et al. Prevalence and molecular characterization of glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency at the China-Myanmar border. PLoS One. 2015. https:// doi.org/10.1371/journal.pone.0134593.
  10. Chen Y, Liu Y, Wang B., Mao J., Wang T., Ye K. et al. Development and validation of a fetal genotyping assay with potential for noninvasive prenatal diagnosis of hereditary hearing loss. Prenat Diagn. 2016. https://doi.org/10.1002/pd.4962.
  11. Palacajornsuk P., Halter C., Isakova V., Tarnawski M., Farmar J., Reid M.E. et al. Detection of blood group genes using multiplex SNaPshot method. Transfusion. 2009. https:// doi.org/10.1111/j.1537-2995.2008.02053.x.
  12. Mehta B., Daniel R., Phillips C., McNevin D. Forensically relevant SNaPshot® assays for human DNA SNP analysis: a review. Int J. Legal Med. 2017. https://doi.org/10.1007/ s00414-016-1490-5.
  13. van Oers J.M.M., Lurkin I., van Exsel A.J.A., Nijsen Y, van Rhijn B.W.G., van der Aa M.N.M. et al. A simple and fast method for the simultaneous detection of nine fibroblast growth factor receptor 3 mutations in bladder cancer and voided urine. Clin. Cancer Res. 2005. https://doi. org/10.1158/1078-0432.CCR-05-1045.
  14. Smith D.L., Lamy A., Beaudenon-Huibregtse S., Sesboüé R., Laosinchai-Wolf W., Sabourin J.C. et al. A multiplex technology platform for the rapid analysis of clinically actionable genetic alterations and validation for BRAF p.V600E detection in 1549 cytologic and histologic specimens. Arch Pathol Lab Med. 2014. https://doi.org/10.5858/ arpa.2013-0002-OA.
  15. Кушлинский Н.Е., Герштейн Е.С., Овчинникова Л.К., Дигаева М.А., Воротников И.К., Давыдов М.И. Биологические маркеры опухолей в клинике - достижения, проблемы, перспективы. Российский био-терапевтический журнал. 2009; 3.
  16. Su Z., Dias-Santagata D., Duke M., Hutchinson K., Lin Y.L., Borger D.R. et al. A platform for rapid detection of multiple oncogenic mutations with relevance to targeted therapy in non-small-cell lung cancer. J. Mol. Diagnostics. 2011; 13: 74-84. https:// doi.org/10.1016/j.jmoldx.2010.11.010.
  17. Kawamura T., Kenmotsu H., Omori S., Nakashima K., Wakuda K., Ono A. et al. Clinical Factors Predicting Detection of T790M Mutation in Rebiopsy for EGFR-Mutant Non-small-cell Lung Cancer. Clin. Lung Cancer. 2018; 19: 247-52. https://doi. org/10.1016/j.cllc.2017.07.002.
  18. Lavdovskaia E.D., Iyevleva A.G., Sokolenko A.P., Mitiushkina N.V, Preobrazhenskaya E.V., Tiurin VI. et al. EGFR T790M Mutation in TKI-Naive Clinical Samples: Frequency, Tissue Mosaicism, Predictive Value and Awareness on Artifacts. Oncol Res Treat. 2018; 41. ht-tps://doi.org/10.1159/000491441.
  19. Perizzolo M., Winkfein B., Hui S., Krulicki W., Chan J.A., Demetrick D.J. IDH mutation detection in formalin-fixed paraffin-embedded gliomas using multiplex PCR and singlebase extension. Brain Pathol. 2012. https:// doi.org/10.1111/j.1750-3639.2012.00579.x.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© ИД "Русский врач", 2019

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах