Virusuria as a component of the urine microbiota and its significance for assessing the health of the urinary tract: a descriptive clinical study
- Authors: Naboka Y.L1, Gudima I.A.1, Mordanov S.V1, Krakhotkin D.V1, Il’yash A.V1, Kogan M.I1, Sizyakin D.V.1, Ibishev K.S1
-
Affiliations:
- Rostov State Medical University
- Issue: No 1 (2020)
- Pages: 12-18
- Section: Articles
- URL: https://journals.eco-vector.com/1728-2985/article/view/312415
- DOI: https://doi.org/10.18565/urology.2020.1.12-18
- ID: 312415
Cite item
Abstract
Keywords
Full Text
About the authors
Yu. L Naboka
Rostov State Medical University
Email: nagu22@mail.ru
I. A. Gudima
Rostov State Medical University
Email: nagu22@mail.ru
S. V Mordanov
Rostov State Medical University
Email: labmed@mail.ru
D. V Krakhotkin
Rostov State Medical University
Email: den_surgeon@mail.ru
A. V Il’yash
Rostov State Medical University
Email: annailyash@yandex.ru
M. I Kogan
Rostov State Medical University
Email: dept_kogan@mail.ru
D. V. Sizyakin
Rostov State Medical University
Email: dsiziakin@mail.ru
Kh. S Ibishev
Rostov State Medical University
Email: ibishev22@mail.ru
References
- Thomas-White K., Brady M., Wolfe A.J., Mueller E.R. The bladder is not sterile: history and current discoveries on the urinary microbiome. Curr Bladder Dysfunct Rep. 2016; 11( 1): 18-24. doi: 10.1007/s11884-016-0345-8.
- Wolfe A.J., Brubaker L. Sterile Urine and the Presence of Bacteria. Eur Urol. 2015;68(2):173-174. doi: 10.1016/j.eururo.2015.02.041.
- Karstens L., Asquith M., Davin S., Stauffer P., Fair D., Gregory W.T., Rosenbaum J.T., McWeeney S.K., NardosR. Does the Urinary Microbiome Play a Role in Urgency Urinary Incontinence and Its Severity? Front Cell Infect Microbiol. 2016;6:78. doi: 10.3389/fcimb.2016.00078.
- Kogan M.I., Naboka Y.L., Ibishev K.S., Gudima I.A., Naber K.G. Human urine is not sterile - shift of paradigm. Urol Int. 2015;94(4):445-452. doi: 10.1159/000369631.
- Santiago-Rodriguez T.M., Ly M., Bonilla N., Pride D.T. The human urine virome in association with urinary tract infections. Front Microbiol. 2015;6:14. doi: 10.3389/fmicb.2015.00014.
- Mueller E.R., Wolfe A.J., Brubaker L. Female urinary microbiota. Curr Opin Urol. 2017;27(3):282-286. doi: 10.1097/M0U.0000000000000396.
- Santiago-Rodriguez T.M. Identification and Quantification of DNA Viral Populations in Human Urine Using Next Generation Sequencing Approaches. Methods Mol Biol. 2018;1838:191-200. doi: 10.1007/978- 1-4939-8682-8_14.
- Siddiqui H., Nederbragt A.J., Lagesen K., Jeansson S.L., Jakobsen K.S. Assessing diversity of the female urine microbiota by high throughput sequencing of 16S rDNA amplicons. BMC Microbiol. 2011;11:244. doi: 10.1186/1471-2180-11-244
- Pearce M.M., Hilt E.E., Rosenfeld A.B., Zilliox M.J., Thomas-White K., Fok C., Kliethermes S., Schreckenberger P.C., Brubaker L., Gai X., Wolfe A.J. The female urinary microbiome: a comparison of women with and without urgency urinary incontinence. MBio. 2014;5(4):e01283-14. doi: 10.1128/mBio.01283-14
- Nelson D.E., Van Der Pol B., Dong Q., et al. Characteristic male urine microbiomes associate with asymptomatic sexually transmitted infection. PLoS One. 2010;5(11):e14116. doi: 10.1371/journal.pone.0014116
- Крахоткин Д.В., Иванов С.Н., Набока Ю.Л., Коган М.И., Гудима И.А., Ильяш А.В., Савкин М.Э., Красулин В.В., Сизякин Д.В. Вирусные патогены при урологических заболеваниях. Медицинский вестник Юга России. 2018;9(4): 14-21. doi: 10.21886/2219-8075-2018-9-414-21
- Jhang J.F., Hsu Y.H., Peng C.W., Jiang Y.H., Ho H.C., Kuo H.C.. Epstein-Barr Virus as a Potential Etiology of Persistent Bladder Inflammation in Human Interstitial Cystitis/Bladder Pain Syndrome. J Urol. 2018;200(3):590-596. doi: 10.1016/j.juro.2018.03.133
- Ибишев Х.С., Крахоткин Д.В., Васильев А.А., Крайний П.А. Рецидивирующая инфекция нижних мочевых путей вирусной этиологии. Вестник урологии. 2017;5(1):26-31. doi: 10.21886/2308-6424-2017-5-1-26-31
- Bradshaw C.S., Tabrizi S.N., Read T.R., Garland S.M., Hopkins C.A., Moss L.M., Fairley C.K. Etiologies of nongonococcal urethritis: bacteria, viruses, and the association with orogenital exposure. J Infect Dis. 2006;193(3):336-345. doi: 10.1086/499434
- Гомберг М.А., Винаров А.З., Евдокимов В.В. Герпетическая инфекция в урологической практике. Эффективная фармакотерапия. 2012;43:6-9
- Р.С. Козлов, В.В. Меньшиков, В.С. Михайлова, Б.Ф. Шуляк, Т.И. Долгих, А.Н. Круглов, Е.В. Алиева, В.Е. Маликова. Бактериологический анализ мочи: Клинические рекомендации. М., 2014
- Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности: Методические указания. М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2010
- Abeles S.R., Pride D.T. Molecular bases and role of viruses in the human microbiome. J Mol Biol. 2014;426(23):3892-3906. Doi: 10.1016/j. jmb.2014.07.002.
- Duerkop B.A., Hooper L.V. Resident viruses and their interactions with the immune system. Nat Immunol. 2013;14(7):654-659. Doi: 10.1038/ ni.2614.
- Hooper L.V., Littman D.R., Macpherson A.J. Interactions between the microbiota and the immune system. Science. 2012;336(6086):1268-1273. doi: 10.1126/science.1223490.
- Набока Ю.Л., Коган М.И., Васильева Л.И., Гудима И.А., Мирошниченко Е.А., Ибишев Х.С. Бактериальная микст инфекция у женщин с хроническим рецидивирующим циститом. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2011;1:8-12
- Siddiqui H., Nederbragt A.J., Lagesen K., Jeansson S.L., Jakobsen K.S. Assessing diversity of the female urine microbiota by high throughput sequencing of 16S rDNA amplicons. BMC Microbiol. 2011;11:244. doi: 10.1186/1471-2180-11-244
- Набока Ю.Л., Ильяш А.В., Крахоткин Д.В. Вирусо-бактеральные ассоциации, верифицированные в моче здоровых людей (пилотное исследование). Вестник урологии. 2018;6(3):44-49. doi: 10.21886/2308-6424-2018-6-3-44-49
- Набока Ю.Л., Коган М.И., Морданов С.В., Ибишев Х.С., Ильяш А.В., Гудима И.А. Бактериально-вирусная микробиота мочи при неосложнённой рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей (пилотное исследование). Вестник урологии. 2019;7(4):13-19. doi: 10.21886/2308-6424-2019-7-4-13-19
- Arora N., Novak Z., Fowler K.B., Boppana S.B., Ross S.A. Cytomegalovirus viruria and DNAemia in healthy seropositive women. J Infect Dis. 2010;202(12):1800-1803. doi: 10.1086/657412.
- Boukoum H., Nahdi I., Sahtout W., Skiri H., Segondy M., Aouni M. BK and JC virus infections in healthy patients compared to kidney transplant recipients in Tunisia. Microb Pathog. 2016;97:204-208. Doi: 10.1016/j. micpath. 2016.06.015.
- Lee S.H., Hong S.H., Lee J.Y., Hwang T.K., Kim K.S., Lee H., Choi Y.J. Asymptomatic hematuria associated with urinary polyomavirus infection in immunocompetent patients. J Med Virol. 2014;86(2):347-353. doi: 10.1002/jmv.23724.
- Moustafa A., Li W., Singh H., Moncera K.J., Torralba M.G., Yu Y., Manuel O., Biggs W., Venter J.C., Nelson K.E., Pieper R., Telenti A. Microbial metagenome of urinary tract infection. Sci Rep. 2018;8( 1):4333. doi: 10.1038/s41598-018-22660-8.
- Rani A., Ranjan R., McGee H.S., Metwally A., Hajjiri Z., Brennan D.C., Finn P.W., Perkins D.L. A diverse virome in kidney transplant patients contains multiple viral subtypes with distinct polymorphisms. Sci Rep. 2016;6:33327. doi: 10.1038/srep33327
- Garretto A., Thomas-White K., Wolfe A.J., Putonti C. Detecting viral genomes in the female urinary microbiome. J Gen Virol. 2018;99(8):1141- 1146. doi: 10.1099/jgv.0.001097.
- Varyukhina S., Freitas M., Bardin S., Robillard E., Tavan E, Sapin C., Grill J.P., Trugnan G. Glycan-modifying bacteria-derived soluble factors from Bacteroides thetaiotaomicron and Lactobacillus casei inhibit rotavirus infection in human intestinal cells. Microbes Infect. 2012;14(3):273-278. doi: 10.1016/j.micinf.2011.10.007.
- Gounder A.P., Wiens M.E., Wilson S.S., Lu W., Smith J.G. Critical determinants of human a-defensin 5 activity against non-enveloped viruses. J Biol Chem. 2012;287(29):24554-24562. doi: 10.1074/jbc. M112.354068.
- Gao W., Weng J., Gao Y., Chen X. Comparison of the vaginal microbiota diversity of women with and without human papillomavirus infection: a cross-sectional study. BMC Infect Dis. 2013;13:271. doi: 10.1186/14712334-13-271.