АНАЛИЗ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ ВИРУСА КЕМЕРОВО И ЕГО ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЕ СВЯЗИ С ВИРУСАМИ ГРУППЫ ГРЕЙТ-АЙЛЕНД


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Вирус Кемерово является арбовирусом, принадлежащим к роду Orbivirus семейства Reoviridae. Он способен вызывать у человека заболевания с симптомами менингоэнцефалита. Современные данные о генетическом разнообразии вируса Кемерово, его базовых эпидемиологических характеристиках и вкладе в структуру инфекций, передающихся клещами, недостаточны. Для изучения генетического разнообразия вируса и его взаимоотношений с родственными вирусами, представителями группы Грейт-Айленд, проведено секвенирование геномов 10 штаммов вируса Кемерово, изолированных из разных источников на территории Российской Федерации в период с 1962 по 1975 гг., и филогенетический анализ полученных нуклеотидных последовательностей. Установлен процент нуклеотидной идентичности представителей группы Грейт-Айленд по сегменту, кодирующему последовательность белка VP3. На основании полученных данных обсуждаются генетическое родство вирусов группы Грейт-Айленд и возможные пути их распространения.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Марина Викторовна Сафонова

ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Email: marina-iris@mail.ru
научный сотрудник 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. За

Владимир Георгиевич Дедков

ФБУН «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера» Роспотребнадора

Email: vdedkov@cmd.su
к.м.н., заместитель директора по научной работе Санкт-Петербург, Россия

Анатолий Петрович Гмыль

ФГАОУ ВО «Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова» Минздрава России (Сеченовский Университет); ФГБНУ «Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов им. М.П. Чумакова» РАН

к.б.н., доцент кафедры организации и технологии иммунобиологических препаратов; заведующий лабораторией биохимии Москва, Россия

Галина Григорьевна Карганова

ФГБНУ «Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов им. М.П. Чумакова» РАН; ФГБОУ ВПО «Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова»

Email: karganova@bk.ru
д.б.н., профессор, заведующая лабораторией арбовирусов; профессор кафедры вирусологии биологического факультета Москва, Россия

Анна Сергеевна Сперанская

ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Email: anna.speranskaya@pcr.ms
к.б.н., научный сотрудник Москва, Россия

Алексей Дмитриевич Неверов

ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Email: neva@cmd.su
к.б.н., руководитель группы биоинформатики Москва, Россия

Геннадий Геннадьевич Федонин

ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Email: gennady.fedonin@gmail.com
к. физ.-мат. н., биоинформатик-программист Москва, Россия

Анна Владимировна Валдохина

ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Email: tsybina.katja@gmail.com
младший научный сотрудник Москва, Россия

Екатерина Владимировна Пимкина

ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Email: anna_valdokhina@yandex.ru
младший научный сотрудник Москва, Россия

Камиль Фаридович Хафизов

ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Email: khafizov@cmd.su
к.м.н., руководитель научной группы разработки новых методов диагностики на основе технологии секвенирования следующего поколения Москва, Россия

Евгения Николаевна Самохина

ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Email: Yumi@cmd.su
научный сотруник Москва, Россия

Герман Александрович Шипулин

ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Email: german@pcr.ru
к.м.н., руководитель отделения молекулярной диагностики и эпидемиологии Москва, Россия

Список литературы

  1. Belaganahalli M.N., Maan S., Maan N.S., Brownlie J., Tesh R., Attoui H., Mertens RR Genetic characterization of the tick-borne orbiviruses. Viruses 2015; 7(5): 2185-209. doi: 10.3390/v7052185
  2. Mertens P.P.C., Maan S., Samuel A., Attoui H. Orbiviruses, reoviridae in Virus Taxonomy. Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Tondon, UK, 2005; 466-83.
  3. Brown S.E., Gorman B.M., Tesh R.B., Knudson D.L. Isolation of bluetongue and epizootic hemorrhagic disease viruses from mosquitoes collected in Indonesia. Vet. Microbiol. 1992; 32(3-4): 241-52.
  4. Martins L.C., Diniz J.A., Silva E.V., Barros V.L., Monteiro H.A., Azevedo R.S., Quaresma J.A., Vasconcelos P.F. Characterization of minacu virus (reoviridae: Orbivirus) and pathological changes in experimentally infected newborn mice. Int. J. Exp. Pathol. 2007; 88(1): 63-73. doi: 10.1111/j.l3652613.2006.00516.x
  5. Vieira С de M., Nunes M.R., da Silva E.V., Carvalho V.L., Nunes Neto J.P., Cruz A.C., Casseb S.M., Vasconcelos H.B., Quaresma J.A., Vasconcelos P.F. Full-length sequencing and genetic characterization of Breu Branco virus (reoviridae, orbivirus) and two related strains isolated from anopheles mosquitoes. J. Gen. Virol. 2009; 90(9): 2183-90. doi: 10.1099/vir.0.010165-0
  6. Belaganahalli M.N., Maan S., Maan N.S., Nomikou K., Guimera M., Brownlie J., Tesh R., Attoui H., Mertens P.P. Full genome sequencing of Corriparta virus, identifies California mosquito pool virus as a member of the corriparta virus species. PLoS One 2013; 27; 8(8): e70779. doi: 10.1371/joumal.pone.0070779
  7. Kapoor A., Tesh R.B., Duraisamy R., Popov V.L., Travassos da Rosa A.P., Lipkin W.I. A novel mosquito-borne orbivirus species found in south-east asia. J. Gen. Virol. 2013; 94(5):1051-7. doi: 10.1099/vir.0.046748-0
  8. Cooper E., Anbalagan S., Klumper P., Scherba G., Simonson R.R., Hause B.M. Mobuck virus genome sequence and phylogenetic analysis: Identification of a novel orbivirus isolated from a white-tailed deer in Missouri, USA. J. Gen. Virol. 2014; 95(1): 110-6. doi: 10.1099/vir.0.058800-0
  9. Zhao G., Krishnamurthy S., Cai Z., Popov V.L., Travassos da Rosa A.P., Guzman H., Cao S., Virgin H.W., Tesh R.B., Wang D. Identification of novel viruses using virushunter -An automated data analysis pipeline. PLoS One 2013; 8(10): е78470. doi: 10.1371/joumal.pone.0078470
  10. Karabatsos N. International Catalogue of Arboviruses Including Certain Other Viruses of Vertebrates, 3rd ed. American Society of Tropical Medicine and Hygiene: San Antonio, TX, USA, 1985.
  11. Attoui H., Mohd J.F., Belhouchet M., Biagini P., Cantaloube J.F., de Micco P., de Lamballerie X. Expansion of family Reoviridae to include nine-segmented dsRNA viruses: isolation and characterization of a new virus designated Aedes pseudoscutellaris reovirus assigned to a proposed genus (Dinovernavirus). Virology 2005; 343(2): 212-23. doi: 10.1016/j.virol.2005.08.028
  12. Belaganahalli M.N., Maan S., Maan N.S., Nomikou K., Pritchard I., Lunt R., Kirkland P.D., Attoui H., Brownlie J., Mertens P.P. Full genome sequencing and genetic characterization of Eubenangee viruses identify Pata virus as a distinct species within the genus Orbiviru. PLoS One 2012; 7(3): е31911. doi: 10.1371/journal.pone.0031911
  13. Maan N.S., Maan S., Belaganahalli M.N., Ostlund E.N., Johnson D.J., Nomikou K., Mertens P.P. Identification and differentiation of the twenty six bluetongue virus serotypes by RT-PCR amplification of the serotype-specific genome segment 2. PLoS One 2012; 7(2): e32601. doi: 10.1371/joumal.pone.0032601
  14. Attoui H., Maan S.S., Anthony S.J., Mertens P.P. Bluetongue virus, other orbiviruses and other reoviruses: Their relationships and taxonomy. In: Bluetongue. Monograph, 1st ed. London, UK: Elsevier/Academic Press; 2009: 23-552.
  15. Chumakov M.P., Ernek E., Kozuch O., Sarmanov E., Sergeeva G.I., Tapupere V.O., Bychkova M.B., Karpovich L.G., Libikova H., Rehacek J., Mayer V. Report on Isolation from Ixodes persulcatus ticks and from patients in Western Siberia of a virus differing from agent of tick-borne encephalitis. Acta Virol. 1963; 7(1): 82-3.
  16. Libikovâ H., Tesarová J., Rajcâni J. Experimental infection of monkeys with Kemerovo virus. Acta Virol. 1970; 14(1): 64-9.
  17. King A., Adams M.J., Carstens E.B. eds. In Virus Taxonomy, Classification and Nomenclature of Viruses. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, 2012. https://talk.ictvonline.org/ictv-reports/ictv_9th_report/
  18. Черкасский Б.Л. Инфекционные и паразитарные болезни человека. Справочник по эпидемиологии. М.: Медицинская газета, 1994. 617 с.
  19. Dedkov V.G., Markelov M.L., Gridneva К.А., Bekova M.V., Gmyl A.R, Kozlovskaya L.I., Karganova G.G., Romanova L.Yu., Pogodina V.V, Yakimenko V.V., Shipulin G.A. Prevalence of Kemerovo virus in Ixodid ticks from the Russian Federation. Ticks Tick Borne Dis. 2014; 5(6): 651-5. doi: 10.1016/j.ttbdis.2014.04.017
  20. Dedkov V.G., Dubina D.A., Yurchenko O.A., Bekova M.V., Valdokhina A.V., Shipulin G.A. Characterization of two strains of Tribec virus isolated in Ukraine. Vector Borne Zoonotic. Dis. 2014; 14(11): 808-16. doi: 10.1089/vbz.2014.1683
  21. Belhouchet M., Mohd J.F., Tesh J.R., Grimes J., Maan S., Mertens P.P., Attoui H. Complete sequence of Great Island virus and comparison with the T2 and outer-capsid proteins of Kemerovo, Lipovnik and Tribec viruses (genus Orbivirus, family Reoviridae). J. Gen. Virol. 2010; 91(12): 2985-93. doi: 10.1099/vir.0.024760-0
  22. Maan S., Rao S., Maan N.S., Anthony S.J., Attoui H., Samuel A.R., Mertens P.P. Rapid cDNA synthesis and sequencing techniques for the genetic study of bluetongue and other dsRNA viruses. J. Virol. Methods 2007; 143(2): 132-9. doi: 10.1016/j.jviromet.2007.02.016
  23. Edgar R.C. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Res. 2004; 32(5): 1792-7. doi: 10.1093/nar/gkh340
  24. Nei M., Kumar S. Molecular Evolution and Phylogenetics. 8. Cambridge University Press 2001; 77(1): 117-20.
  25. Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011; 28(10): 2731-9. doi: 10.1093/molbev/msrl21
  26. Ejiri H., Lim C.К., Isawa H., Kuwata R., Kobayashi D., Yamaguchi Y., Takayama-Ito M., Kinoshita H., Kakiuchi S., Horiya M., Kotaki A., TakasakiT., Maeda K., Hayashi T., Sasaki T., Kobayashi M., Saijo M., Sawabe K. Genetic and biological characterization of Muko virus, a new distinct member of the species Great Island virus (genus Orbivirus, family Reoviridae), isolated from ixodid ticks in Japan. Arch. Virol. 2015; 160(12): 2965-77. doi: 10.1007/s00705-015-2588-7.
  27. Юдин K., Фирсова Л.В. Фауна России и сопредельных стран. Птицы. T. II, вып. 2. Ржанкообразные. СПб: Наука, 2002. 667 р.
  28. Рябицев В.К. Птицы Урала, Приуралья и Западной Сибири. 3-е изд., испр. и доп. Екатеринбург: Урал, 2008. 634 с.
  29. Gresikova М., Nosek J., Kozuch О., Ernek E., Lichard M. Study on ecology of Tribec virus. Acta Virol. 1965; 9(1): 83-8.
  30. Libikova H., Rehacek J., Somogyiova J. Viruses related to Kemerovo virus in Ixodes ricinus ticks in Czechoslovakia. Acta Virol. 1965; 9(1): 76-82.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах