Цифровые решения (VGARus, SOLAR, «EpidSmart – модуль COVID») в системе эпидемиологического надзора за новой коронавирусной инфекцией (COVID-19)

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Цель исследования. Оценка, демонстрация эффективности и перспективы использования программных решений (цифровых платформ) в системе эпидемиологического надзора за инфекционными болезнями.

Материалы и методы. Обобщены сведения о функционировании программных решений в составе системы эпидемиологического надзора за период 2020–2023 гг. Проведен анализ сведений молекулярно-генетического мониторинга по данным платформы VGARus (Virus Genome Aggregator of Russia – платформа агрегирования результатов расшифровок генома возбудителей инфекционных и паразитарных заболеваний) за 2020–2023 гг., а также результатов ПЦР-исследований по данным платформы SOLAR (System of laboratory aggregation results – платформа агрегирования результатов лабораторных исследований) за 2022–2023 гг. и динамики заболеваемости новой коронавирусной инфекцией (COVID-19) населения Российской Федерации.

Результаты. Разработанные программные решения позволили эффективно модернизировать подсистемы эпидемиологического надзора за COVID-19 за счет изменений в сборе и хранении информации, а также при формировании эпидемиологического диагноза и краткосрочного прогноза. Представленные решения служат надежным источником обратной связи для повышения эффективности эпидемиологического контроля.

Заключение. Обосновано использование цифровых платформенных решений, созданных Центральным НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора. Показана эффективность разработанных платформ: VGARus, выполняющей роль системы агрегации информации о геномах вирусов; SOLAR, позволяющей использовать данные результатов ПЦР-исследований для контроля за распространением возбудителя; «EpidSmart – модуль COVID», которая используется в качестве аналитического инструмента для проведения оперативного и ретроспективного эпидемиологического анализа и прогноза распространения генетических вариантов патогенов. Внедрение подобных программных решений является перспективным для совершенствования эпидемиологического надзора за другими инфекционными болезнями.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Василий Геннадьевич Акимкин

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: crie@pcr.su
ORCID iD: 0000-0003-4228-9044

академик РАН, д.м.н., профессор, директор

Россия, Москва

Дмитрий Васильевич Дубоделов

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: dubodelov@cmd.su
ORCID iD: 0000-0003-3093-5731

к.м.н., старший научный сотрудник, лаборатория вирусных гепатитов

Россия, Москва

Анна Сергеевна Есьман

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: esman@cmd.su
ORCID iD: 0000-0002-5456-7649

научный сотрудник лаборатории молекулярных методов изучения генетических полиморфизмов

Россия, Москва

Станислав Николаевич Кузин

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: kuzin@cmd.su
ORCID iD: 0000-0002-0616-9777

д.м.н., профессор, заведующий лаборатории вирусных гепатитов

Россия, Москва

Светлана Викторовна Углева

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: ugleva@cmd.su
ORCID iD: 0000-0002-1322-0155

д.м.н., доцент, руководитель научно-аналитического отдела

Россия, Москва

Анна Сергеевна Черкашина

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: cherkashina@pcr.ms
ORCID iD: 0000-0001-7970-7495

к.х.н., руководитель научной группы генной инженерии и биотехнологии

Россия, Москва

Камиль Фаридович Хафизов

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: khafizov@cmd.su
ORCID iD: 0000-0001-5524-0296

к.б.н., заведующий лаборатории геномных исследований

Россия, Москва

Наталья Владимировна Сычева

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: sycheva.n@cmd.su
ORCID iD: 0000-0001-8557-6540

младший научный сотрудник лаборатории инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи

Россия, Москва

Марина Игоревна Корабельникова

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: korabelnikova@cmd.su
ORCID iD: 0000-0002-2575-8569

научный сотрудник лаборатории вирусных гепатитов

Россия, Москва

Гасан Алиевич Гасанов

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: gasanov@cmd.su
ORCID iD: 0000-0002-0121-521X

специалист научно-аналитического отдела

Россия, Москва

Павел Владимирович Садофьев

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: sadofev@cmd.su
ORCID iD: 0009-0005-8892-9766

программист информационных систем

Россия, Москва

Александр Андреевич Самсонов

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: samsonov@cmd.su
ORCID iD: 0009-0007-8036-1883

руководитель группы по управлению проектами

Россия, Москва

Денис Валерьевич Стратулат

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: stratylat@cmd.su
ORCID iD: 0009-0005-3483-9597

руководитель информационно-аналитической службы

Россия, Москва

Ангелина Андреевна Монахова

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: monaxova.angelina@mail.ru
ORCID iD: 0009-0000-9950-2649

аспирант

Россия, Москва

Список литературы

  1. Беляков В.Д., Дегтярев А.А., Иванников Ю.Г. Качество и эффективность противоэпидемических мероприятий. Л.: Медицина, 1981. 304 с./Beliakov V.D., Degtiarev A.A., Ivannikov Yu.G. [The quality and effectiveness of anti-epidemic measures]. Leningrad: Medicine, 1981. 304 p. (In Russ.).
  2. Черкасский Б.Л. Теоретическое обоснование структуры эпидемиологического надзора. В кн: Эпидемиологический надзор за инфекционными болезнями: Сб. науч. тр. М., 1987/Cherkasskу B.L. [Theoretical substantiation of the structure of epidemiological surveillance. In: Epidemiological surveillance of infectious diseases]. Moscow, 1987. (In Russ.).
  3. Покровский В.И., ред. Руководство по эпидемиологии инфекционных болезней [В 2 т.]. T. 1. М.: Медицина, 1993. 464 с./Pokrovskу V.I., еd. [Handbook of Epidemiology of infectious diseases [In 2 volumes]. V.1. Moscow: Medicine, 1993. 464 p. (In Russ.).
  4. Virtanen P., Gommers R., Oliphant T.E., Haberland M., Reddy T., Cournapeau D., et. al. SciPy 1.0: Fundamental Algorithms for Scientific Computing in Python. Nature Methods 2020; (17): 261–272. doi: 10.1038/s41592-019-0686-2
  5. The pandas development team. (2024). pandas-dev/pandas: Pandas (v2.2.2). Zenodo. doi: 10.5281/zenodo.10957263
  6. Seabold S., Perktold J. Statsmodels: Econometric and Statistical Modeling with Python, 2010. doi: 10.25080/Majora-92bf1922-011
  7. Акимкин В.Г., Семененко Т.А., Хафизов К.Ф., Углева С.В., Дубоделов Д.В., Колосовская Е.В. Стратегия геномного эпидемиологического надзора. Проблемы и перспективы. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии 2024; 101(2): 163–172. doi: 10.36233/0372-9311-507/Akimkin V.G., Semenenko T.A., Khafizov K.F., Ugleva S.V., Dubodelov D.V., Kolosovskaya E.N. [Genomic surveillance strategy. Problems and perspectives]. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology 2024; 101(2): 163–172. (In Russ.). doi: 10.36233/0372-9311-507
  8. Акимкин В.Г., Семененко Т.А., Углева С.В., Дубоделов Д.В., Кузин С.Н., Яцышина С.Б. и др. COVID-19 в России: эпидемиология и молекулярно-генетический мониторинг. Вестник РАМН 2022; 77(4): 254–260. doi: 10.15690/vramn2121/Akimkin V.G., Semenenko T.A., Ugleva S.V., Dubodelov D.V., Kuzin S.N,, Yacyshina S.B. et al. [COVID-19 in Russia: Epidemiology and Molecular Genetic Monitoring]. Annals of the Russian Academy of Medical Sciences 2022; 77(4): 254–260. (In Russ.). doi: 10.15690/vramn2121
  9. Esman A., Dubodelov D., Khafizov K., Kotov I.A., Roev G., Golubev A. et al. Development and Application of Real-Time PCR-Based Screening for Identification of Omicron SARS-CoV-2 Variant Sublineages. Genes 2023; 14(6): 1218. doi: 10.3390/genes14061218
  10. Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Смоленский В.Ю. COVID-19: научно-практические аспекты борьбы с пандемией в Российской Федерации. Саратов: ООО «Амирит», 2021. 608 с./Popova A.Yu., Ezhlova E.B., Smolenskу V.Yu. [COVID-19: scientific and practical aspects of combating the pandemic in the Russian Federation]. Saratov: «Amiri», 2021. 608 p. (In Russ.).
  11. Котов И.А., Аглетдинов М.Р., Роев Г.В., Пимкина Е.В., Надтока М.И., Пересадина А.В. и др. Геномный надзор за SARS-CoV-2 в Российской Федерации: возможности платформы VGARus. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии 2024; 101(4): 435–447. doi: 10.36233/0372-9311-554/Kotov I.A., Agletdinov M.R., Roev G.V., Pimkina E.V., Nadtoka M.I., Transplantina A.V. et al. [Genomic surveillance of SARS-CoV-2 in Russia: insights from the VGARus platform]. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology 2024; 101(4): 435–447. (In Russ.). doi: 10.36233/0372-9311-554
  12. Акимкин В.Г. Эпидемиология и диагностика COVID-19. Мониторинг эволюционных изменений вируса SARS-CoV-2. Вестник РАН 2024; 92(7): 647–653. doi: 10.31857/S0869587322070027/Akimkin V.G. [Epidemiology and diagnosis of COVID-19. Monitoring of the evolutionary changes of the SARS-CoV-2 virus]. Herald of the Russian Academy of Sciences 2024; 92(7): 647–653. (In Russ.). doi: 10.31857/S0869587322070027
  13. Акимкин В.Г., Хафизов К.Ф., Дубоделов Д.В., Воронин Е.М., Черкашина А.С. и др. Молекулярно-генетический мониторинг и технологии цифровой трансформации в современной эпидемиологии. Вестник РАМН 2023; 78(4): 363–369. doi: 10.15690/vramn13672/Akimkin V.G., Khafizov K.F., Dubodelov D.V., Voronin E.M., Cherkashina A.S. et al. [Molecular genetic monitoring and digital transformation technologies in modern epidemiology]. Annals of the Russian Academy of Medical Sciences 2023; 78(4): 363–369. (In Russ.). doi: 10.15690/vramn13672
  14. Акимкин В.Г., Семененко Т.А., Дубоделов Д.В., Хафизов К.Ф., Углева С.В. Теория саморегуляции паразитарных систем и COVID-19. Вестник РАМН 2024; 79(1): 33–41. doi: 10.15690/vramn11607/Akimkin V.G., Semenenko T.A., Dubodelov D.V., Khafizov K.F., Ugleva S.V. [The theory of self-regulation of parasitary systems and COVID-19]. Annals of the Russian Academy of Medical Sciences 2024; 79(1): 33–41. (In Russ.). doi: 10.15690/vramn11607

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Структура системы эпидемиологического надзора

Скачать (20KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Взаимодействие платформ VGARus, SOLAR и «EpidSmart - модуль COVID»

Скачать (101KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Использование программных платформ в системе эпидемиологического надзора за COVID-19

Скачать (106KB)
Метаданные

© ООО «Бионика Медиа», 2025