Журнал основан в 2003 году.

В 2007 году – Журнал включен в "Список ВАК".

В 2009 году – Получено предложение от издательства Springer о создании англоязычной версии журнала.

В 2010 году – Достигнута договоренность об условиях издания англоязычной версии.

В 2011 году – Вышел первый выпуск англоязычной версии Russian Journal of Genetics: Applied Research. Два (из шести) выпусков в год отданы Экологической генетике.

В 2017 году журнал Экологическая генетика включен в SCOPUS с глубиной охвата по 2017 год включительно.

В 2018 году Журнал Russian Journal of Genetics: Applied Research прекратил существование.

С 2019 года Экологическая генетика выходит на двух языках - русском и английском - и включена в RSCI.

В 2022 году журнал включен в Белый список.
С 2024 года журнал индексируется в базе CNKI.