СТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ГЕНОМА КЛИНИЧЕСКИ ЗНАЧИМОГО ШТАММА HELICOBACTER PYLORI HP42K, ИЗОЛИРОВАННОГО ОТ ПАЦИЕНТКИ УЧРЕЖДЕНИЯ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ РЕСПУБЛИКИ БЕЛАРУСЬ


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Введение. Использование геномных подходов позволяет подробно изучить патогенетический потенциал бактерии Helicobacter pylori. Цель. Исследовать структурно-функциональную организацию генома H. pylori, изолированного в Республике Беларусь. Методы. С использованием высокопроизводительного секвенирования на базе геномного анализатора Ion PGM System проведен геномный анализ клинически значимого изолята Н. pylori. Результаты. Изучение структурной и функциональной организации генома изолята H. pylori HP42Kможет выявить патогенетические и антигенные детерминанты, позволяющие прогнозировать его клинические свойства. Установлено наличие локусов, не связанных с канцерогенезом: 5 ДНК-мотивов AATAAGATA и EPIYA-ABC мотив в структуре cagA гена, а также выявление oipA гена, и аллелей s1 и m1a гена vacА. Идентифицированы 3 кольцевые последовательности, представленные хромосомной и плазмидными ДНКH.pylori, которые депонированы в GenBank NCBI с идентификационными номерами CP034314.1, CP034313.1 и CP034312.1. Заключение. Анализ генома изолята H. pylori HP42K показал, что его патогенетические особенности ассоциированы с развитием гастродуоденальной патологии и не связаны с канцерогенными эффектами.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Е. В Воропаев

Учреждение образования «Гомельский государственный медицинский университет»

Email: e.voropaev@gsmu.by
кандидат медицинских наук, доцент Республика Беларусь, Гомель

О. Ю Баранов

Учреждение образования «Гомельский государственный медицинский университет»

доктор биологических наук, доцент Республика Беларусь, Гомель

Л. Н Валентович

Институт микробиологии НАН Беларуси

кандидат биологических наук Республика Беларусь, Минск

О. В Осипкина

Учреждение образования «Гомельский государственный медицинский университет»

Республика Беларусь, Гомель

А. А Зятьков

Учреждение образования «Гомельский государственный медицинский университет»

Республика Беларусь, Гомель

Н. А Бонда

Государственное учреждение «Гомельский областной центр гигиены, эпидемиологии и общественного здоровья»

Республика Беларусь, Гомель

А. В Воропаева

Учреждение образования «Гомельский государственный медицинский университет»

кандидат биологических наук, доцент Республика Беларусь, Гомель

Э. Н Платошкин

Учреждение образования «Гомельский государственный медицинский университет»

кандидат медицинских наук, доцент Республика Беларусь, Гомель

В. М Мицура

Учреждение образования «Гомельский государственный медицинский университет»

доктор медицинских наук, доцент Республика Беларусь, Гомель

А. С Шафорост

Учреждение образования «Гомельский государственный медицинский университет»

Республика Беларусь, Гомель

Список литературы

  1. Marshall B.J., Warren J.R. Unidentified curved bacilli in the stomach of patients with gastritis and peptic ulceration. Lancet. 1984; 1 (8390): 1311-5.
  2. Calvet X., Ramirez Lâzaro M-J., Lehours P., Mégraud F. Diagnosis and epidemiology of Helicobacter pylori infection. Helicobacter. 2013; 18 (Suppl 1): 5-11.
  3. Franco A.T., Johnston E., Krishna U., Yamaoka Y, Israel D.A., Nagy T.A., Wroblewski L.E., Piazuelo M.B., Correa P, Peek R.M. Regulation of gastric carcinogenesis by Helicobacter pylori virulence factors. Cancer Res. 2008; 68 (2): 379-87.
  4. Moss S.F. The Clinical Evidence Linking Helicobacter pylori to Gastric Cancer. Cell Mol. Gastroenterol Hepatol. 2016; 3 (2): 183-91.
  5. Baltrus D.A., Blaser M.J., Guillemin K. Helicobacter pylori Genome Plasticity. Genome Dyn. 2009; 6: 75-90.
  6. Chang C-C, Kuo W-S, Chen Y-C, Perng C-L, Lin H-J, Ou Y-H. Fragmentation of CagA Reduces Hummingbird Phenotype Induction by Helicobactorpylori. PLoS One. 2016; 11 (3): e0150061.
  7. Batista S.A., Rocha G.A., Rocha A.M., Saraiva I.E., Cabral M.M., Oliveira R.C., Queiroz D.M. Higher number of Helicobacter pylori CagA EPIYA C phosphorylation sites increases the risk of gastric cancer, but not duodenal ulcer. BMC Microbiol. 2011; 11: 61.
  8. Amieva M., Peek R.M. Pathobiology of Helicobacter pylori-Induced Gastric Cancer. Gastroenterology. 2016; 150 (1): 64-78.
  9. Morales-Espinosa R., Gonzalez-Valencia G., Delgado G., Méndez J.L., Torres J., Cravioto A. Frequency and characterization of vapD gene in Helicobacter pylori strains of different vacA and cag-PAI genotype. Bioquimia. 2008; 33 (2): 43-50.
  10. Loh J.T., Shaffer C.L., Piazuelo M.B., Bravo L.E., McClain M.S., Correa P., Cover T.L. Analysis of cagA in Helicobacter pylori strains from Colombian populations with contrasting gastric cancer risk reveals a biomarker for disease severity. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2011; 20 (10): 2237-49.
  11. Mardis E.R. The impact of next-generation sequencing technology on genetics. Trends Genet. 2008; 24 (3): 133-41.
  12. Tatusova T., DiCuccio M., Badretdin A., Chetvernin V, Nawrocki E.P., Zaslavsky L., Lomsadze A., Pruitt K.D., Borodovsky M., Ostell J. NCBI prokaryotic genome annotation pipeline. Nucleic Acids Res. 2016; 44 (14): 6614-24.
  13. Воропаева А.В., Воропаев Е.В., Баранов О.Ю., Жаворонок С.В., Пиманов С.И., Макаренко Е.В., Падутов В.Е. Алгоритм определения генотипов и аллельных вариантов Helicobacter pylori с использованием полимеразной цепной реакции. Гомель: Учреждение образования «Гомельский государственный медицинский университет», 2009; 31.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© ИД "Русский врач", 2020

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах