О математическом моделировании молекулярных нано-машин


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Представлены основные идеи нового подхода к математическому моделированию «нано-машин» - макромолекулярных структур, прототипами которых являются белки-ферменты. В центре подхода лежит моделирование многомасштабной флуктуационно-динамической подвижности белка ультраметрическим случайным процессом. В терминах p-адических уравнений вида «реакция - диффузия» предложена модель, демонстрирующая работу молекулярной машины. Показано, что подобное многомасштабное моделирование позволяет обнаружить неожиданные возможности селективного управления функциональным циклом.

Об авторах

Владик Аванесович Аветисов

Институт химической физики им. Н. Н. Семенова РАН

Email: avetisov@chph
д.ф.-м.н., зав. лабораторией, лаб. теории сложных систем; Институт химической физики им. Н. Н. Семенова РАН

Альберт Хакимович Бикулов

Институт химической физики им. Н. Н. Семенова РАН

Email: bikulov1903@rambler.ru
к.ф.-м.н., старший научный сотрудник, лаб. теории сложных систем; Институт химической физики им. Н. Н. Семенова РАН

Александр Петрович Зубарев

Самарский государственный университет

Email: , apzubarev@mail.ru
к.ф.-м.н., ведущий научный сотрудник, лаб. математической физики; Самарский государственный университет

Список литературы

  1. Jencks W. P. Catalysis in Chemistry and Enzymology. New York: McGraw-Hill, 1969.
  2. Шайтан К. В., Рубин А. Б. Конформационная динамика белков и простейшие молекулярные «машины» // Биофизика, 1982. Т. 27, No 3. С. 386-390.
  3. Блюменфельд Л. А. Проблемы биологической физики / Физика жизненных процессов. М.: Наука, 1974. 336 с.
  4. Fenimore P. W., Frauenfelder H., McMahom B. H., Young R. D. Proteins are paradigms of stochastic complexity // Physica A, 2005. Vol. 351, no. 1. Pp. 1-13.
  5. Frauenfelder H., Wolynes P. Biomolecules: Where the physics of complexity and simplicitymeet // Physics Today, 1994. Vol. 47, no. 2. Pp. 58-64.
  6. Avetisov V. A., Bikulov A. Kh., Kozyrev S. V. Application of p-adic analysis to models of breaking of replica symmetry // J. Phys. A, Math. Gen., 1999. Vol. 32, no. 50. Pp. 8785-8791.
  7. Avetisov V. A., Bikulov A. Kh., Kozyrev S. V., Osipov V. A. p-adic models of ultrametric diffusion constrained by hierarchical energy landscapes // J. Phys. A, Math. Gen., 2002. Vol. 35, no. 2. Pp. 177-189.
  8. Avetisov V. A., Bikulov A. Kh. Osipov V. A. p-Adic description of characteristic relaxation in complex systems // J. Phys. A, Math. Gen., 2003. Vol. 36, no. 15. Pp. 4239-4246.
  9. Avetisov V. A., Bikulov A. Kh. Protein ultrametricity and spectral diffusion in deeply frozen proteins // Biophys. Rev. and Lett., 2008. Vol. 3, no. 3. Pp. 387-396.
  10. Владимиров В. С, Волович И. В., Зеленов Е. И. p-Адический анализ и математическая физика. М.: Физматлит, 1994. 352 с.
  11. Zelenov E. I. p-Adic analysis and mathematical physics. Vol. 1 / Series on Soviet and East European Mathematics. Singapore: World Scientific Publishing Co., Inc., 1994. 319 pp.
  12. Avetisov V. A., Bikulov A. Kh., Zubarev A. P. First passage time distribution and the number of returns for ultrametric random walks // J. Phys. A, Math. Theor., 2009. Vol. 42, no. 8. Pp. 085003-08521.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Самарский государственный технический университет, 2011

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.