Опыт использования высокопроизводительного параллельного секвенирования ДНК для характеристики молекулярно-генетических особенностей ангиомиолипом почки


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Ангиомиолипома - одна из наиболее типичных форм патологии почек при туберозном склерозе. Поскольку туберозный склероз как генетическое заболевание ассоциирован с мутациями в генах TSC1 и TSC2, мутационное профилирование ангиомиолипом до сих пор также ограничивалось лишь этими двумя генами. Нами впервые проведен скрининг мутаций широкой панели генов, вовлеченных в опухолеобразование, в операционном материале и крови больных ангиомиолипомой методом высокопроизводительного параллельного секвенирования. Секвенирование ДНК опухолевых образцов выявило мутации в общей сложности в З0 из 409 исследованных генов. Выявлены мутации гена TSC2 как герминативной, так и соматической природы. Помимо TSC2 наибольшее количество нуклеотидных замен в днк опухолей обнаружено в гене ROS1. Интересно, что все обследованные нами пациентки являются носительницами полиморфизма в гене CYP2D6 (c.G1094A:p.R365H), частота встречаемости которого в общей популяции не превышает !0%. Дальнейший поиск и характеристика мутаций в расширенной выборке больных внесут вклад в изучение биологии ангиомиолипомы почки и обеспечат основу для разработки новых способов профилактики и лечения этого заболевания.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Е. Б Кузнецова

ГБОУ ВПО «Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова» МЗ РФ; ФБГНУ «Медико-генетический научный центр»

Email: kuznetsova.k@bk.ru
ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики человека; ведущий научный сотрудник лаборатории эпигенетики к.б.н.

К. М Мосякова

ГБОУ ВПО «Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова» МЗ РФ

Email: cristina.imago27@yandex.ru
младший научный сотрудник НИИ урологии и репродуктивного здоровья человека, аспирант кафедры урологии

А. С Танас

ФБГНУ «Медико-генетический научный центр»; ГБОУ ВПО «Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова» М3 РФ

Email: tanas80@gmail.com
старший научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики человека; старший научный сотрудник лаборатории эпигенетики; доцент кафедры медицинской и молекулярной генетикик.б.н.

М. С Чаплыгина

ФБГНУ «Медико-генетический научный центр»

Email: chaplygina.90@mail.ru
ординатор

Е. А Алексеева

ФБГНУ «Медико-генетический научный центр»

Email: katrina_5@inbox.ru
научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики человека; научный сотрудник лаборатории эпигенетики

Е. В Шпоть

ГБОУ ВПО «Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова» МЗ РФ

Email: shpot@inbox.ru
заведующий отделом онкоурологии НИИ урологии и репродуктивного здоровья человека, доцент кафедры урологии

К. И Аношкин

ГБОУ ВПО «Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова» М3 РФ

Д. В Залетаев

ГБОУ ВПО «Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова» МЗ РФ; ФБГНУ «Медико-генетический научный центр»; ГБОУ ВПО «Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова» М3 РФ

Email: zalnem@mail.ru
заведующий лабораторией молекулярной генетики человека; заведующий лабораторией эпигенетики; профессор кафедры молекулярной биологии д.б.н.

А. З Винаров

ГБОУ ВПО «Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова» МЗ РФ

Email: avinarov@mail.ru
профессор, заместитель директора по научной работе НИИ уронефрологии и репродуктивного здоровья человекад.м.н.

В. В Стрельников

ФБГНУ «Медико-генетический научный центр»; ГБОУ ВПО «Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова» М3 РФ

Email: vstrel@list.ru
ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики человека; ведущий научный сотрудник лаборатории эпигенетики; профессор кафедры медицинской и молекулярной генетики д.б.н.

Список литературы

  1. Harabayashi T., Shinohara N., Katano H., Nonomura K., Shimizu T., Koyanagi T. Management of renal angiomyolipomas associated with tuberous sclerosis complex. J. Urol. 2004; 171(1): 102-105.
  2. Forbes S.A., Beare D., Gunasekaran P., Leung K., Bindal N., Boutselakis H., Ding M., Bamford S., Cole C., Ward S., Kok C.Y., Jia M., De T., Teague J.W., Stratton M.R., McDermott U., Campbell P.J. COSMIC: exploring the world’s knowledge of somatic mutations in human cancer. Nucleic Acids Res. 2015; 43(D1): D805-D811.
  3. Wang K., Li M., Hakonarson H. ANNOVAR: Functional annotation of genetic variants from next-generation sequencing data. Nucleic Acids Res. 2010; 38: e164.
  4. Sherry S.T., Ward M.H., Kholodov M., Baker J., Phan L., Smigielski E.M., Sirotkin K. dbSNP: the NCBI database of genetic variation. Nucleic Acids Res. 2001; 29(1): 308-311.
  5. Robinson J.T., Thorvaldsdottir H., Winckler W., Guttman M., Lander E.S., Getz G., Mesirov J.P. Integrative Genomics Viewer. Nature Biotechnology. 2011; 29: 24-26.
  6. Rendtof N.D., Bjerregaard B., Frödin M., Kjaergaard S., Hove H., Skovby F., Brondum-Nielsen K., Schwartz M.; Danish Tuberous Sclerosis Group. Analysis of 65 tuberous sclerosis complex (TSC) patients by TSC2 DGGE, TSC1/ TSC2 MLPA, and TSC1 long-range PCR sequencing, and report of 28 novel mutations. Human mutation. 2005; 26(4): 374-383.
  7. Jansen F.E., Braams O., Vincken K.L., Algra A., Anbeek P., Jennekens-Schinkel A., Halley D., Zonnenberg B.A., van den Ouweland A., van Huffelen A.C., van Nieuwenhuizen O., Nellist M. Overlapping neurologic and cognitive phenotypes in patients with TSC1 or TSC2 mutations. Neurology. 2008; 70(12): 908-915.
  8. Yang H.M., Choi H.J., Hong D.P., Joo S.Y., Lee N.E., Song J.Y., Choi Y.L., Lee J., Choi D., Kim B., Park H.J., Park J.B., Kim S.J. The analysis of mutations and exon deletions at TSC2 gene in angiomyolipomas associated with tuberous sclerosis complex. Exp. Mol. Pathol. 2014; 97(3): 440-444.
  9. Li J., Zhu M., Wang Y.L. Malignant epithelioid angiomyolipoma of the kidney with pulmonary metastases and p53 gene mutation. World J. Surg. Oncol. 2012; 10: 213.
  10. Kawaguchi K.I., Oda Y., Nakanishi K., Saito T., Tamiya S., Nakahara K., Matsuoka H., Tsuneyoshi M. Malignant transformation of renal angiomyolipoma: a case report. Am. J. Surg. Pathol. 2002; 26(4): 523-529.
  11. Lim S.D., Kim W., Ahn G., Kwon G.Y. Protein expression and mutational analysis of epidermal growth factor receptor in renal angiomyolipomas. Pathol. Int. 2007; 57(9): 584-588.
  12. Bissler J.J., Kingswood J.C. Renal angiomyolipomata. Kidney Int. 2004; 66(3): 924-934.
  13. Logginidou H., Ao X., Russo I., Henske E.P. Frequent estrogen and progesterone receptor immunoreactivity in renal angiomyolipomas from women with pulmonary lymphangioleiomyomatosis. Chest. 2000; 117(1): 25-30.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать