ULTILOCUS SEQUENCING TYPING OF HAEMOPHILUS INFLUENZAE SEROTYPE b IN THE EPIDEMIOLOGICAL HIB-MENINGITIS SURVEILLANCE IN RUSSIA


如何引用文章

全文:

开放存取 开放存取
受限制的访问 ##reader.subscriptionAccessGranted##
受限制的访问 订阅或者付费存取

详细

Haemophilus influenzae serotype b bacteria belong to the common causative agents of purulent bacterial meningitis in children. An analysis of the information obtained using multilocus sequencing typing (MLST) allows genetic characterization of circulating pathogens and determination of the contribution of the representatives of these or those sequence types and clonal complexes in the epidemic process when retrospectively or prospectively assessing the epidemiological situation. The review provides an analysis of the results of using MLST to Russian H. influenzae serotype b isolates, which are available in the database http://pubmlst.org/hinfluenzae, and the epidemiological characteristics of the identified sequence types and clonal complexes.

全文:

受限制的访问

作者简介

Konstantin MIRONOV

Email: mironov@pcr.ru
Central Research Institute of Epidemiology, Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Welfare Moscow, Russia

参考

  1. Зверев В.В., Семенов Б.Ф., Хаитов Р.М., ред. Вакцины и вакцинация: национальное руководство. М.: ГЭОТАР-Медиа; 2011. 880 с. Zverev V.V., Semenov B.F., Haitov R.M. ^ds.). [Vaccines and vaccination: national guidelines]. Moscow: GEOTAR-Media; 2011. 880 p. (In Russ.).
  2. Платонов А.Е., Королева И.С, Платонова О.В., Покровский В.И. Заболеваемость гнойными менингитами у детей в возрасте до 5 лет в Москве. Эпидемиол. и инфекц. бол. 2006; (4): 36-43. Platonov A.E., Koroleva I.S., Platonova O.V., Pokrovskiy V.I. [The incidence of purulent meningitis in children under 5 years in Moscow]. Epidemiologiya i Infektsionnye Bolezni 2006; (4): 36-43. (In Russ.).
  3. Спирихина Л.В., Закроева И.М., Королева И.С., Лыткина И.Н., Пяева А.П. Гнойные бактериальные менингиты неменингококковой этиологии в Москве за 2002-2010 гг. Эпидемиол. инфекц. болезни. Актуал. вопр. 2011; (3): 17-23. Spirikhina L.V., Zakroyeva I.M., Koroleva I.S., Lytkina I.N., Pyaeva A.P. [Purulent bacterial meningitides of non-meningococcal etiology in Moscow in 2002-2010]. Épidemiologiâ i infekcionnye bolezni. Аktual’nye voprosy 2011; (3): 17-23. (In Russ.).
  4. Peltola H. Worldwide Haemophilus influenzae type b disease at the beginning of the 21st century: global analysis of the disease burden 25 years after the use of the polysaccharide vaccine and a decade after the advent of conjugates. Clin. Microbiol. Rev. 2000; 13(2): 302-317.
  5. Миронов К.О. Клональные комплексы Neisseria meningitidis, циркулирующие на территории России, и их роль в эпидемическом процессе менингококковой инфекции. Эпидемиол. инфекц. болезни. Актуал. вопр. 2016; (6): 52-61. Mironov K.O. [Clonal complexes of Neisseria meningitidis circulating in the regions of Russia and their role in epidemic process of meningococcal infection]. Épidemiologiâ i infekcionnye bolezni. Аktual’nye voprosy 11. 2016; (6): 52-61. (In Russ.).
  6. Платонов А.Е., Шипулин Г.А., Платонова О.В. Мультилокусное секвенирование - новый метод генотипирования бактерий и первые результаты его применения. Генетика 2000; 36(5): 597-605. Platonov A.E., Shipulin G.A., Platonova O.V. [Multilocus sequencing - a new method of genotyping bacteria and first results of its use]. Genetika 2000; 36(5): 597-605. (In Russ.).
  7. Feil E.J., Li B.C., Aanensen D.M., Hanage W.P., Spratt B.G. eBURST: Inferring Patterns of Evolutionary Descent among Clusters of Related Bacterial Genotypes from Multilocus Sequence Typing Data. J. Bacteriol. 2004; 186(5): 1518-30.
  8. Jolley К.А., Maiden M.C.J. BIGSdb: Scalable analysis of bacterial genome variation at the population level. BMC Bioinformatics 2010; (11): 595.
  9. Шипулин Г.А., Манзенюк И.Н. Вклад Центрального НИИ эпидемиологии в развитие отечественной молекулярной диагностики. Эпидемиол. инфекц. болезни. Актуал. вопр. 2014; (2): 21-7. Shipulin G.A., Manzenyuk I.N. [Contribution of the Central Research Institute of Epidemiology to the development of Russian molecular diagnosis]. Épidemiologiâ i infekcionnye bolezni. Аktual’nye voprosy 18. 2014; (2): 21-7. (In Russ.).
  10. Миронов К.О. Платонов А.Е., Королева И.С., Шипулин Г.А. Генетические взаимоотношения московских и зарубежных штаммов Haemophilus influenzae серотипа b. Журн. микробиол. 2006; (6): 14-20. Mironov K.O., Platonov A.E., Koroleva I.S., Shipulin G.A. [Genetic relationships of Moscow and foreign strains of Haemophilus influenzae, serotype b]. Zhurnal Mikrobiologii, Epidemiologii i Immunologii 2006; (6): 14-20. (In Russ.).
  11. Платонов А.Е., Миронов К.О., Яцышина С.Б., Королева И.С., Платонова О.В., Гущин А.Е., Шипулин Г.А. Характеристика московских штаммов Haemophilus influenzae типа b методом мультилокусного секвенирования -типирования. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология 2003; (2): 21-5. Platonov A.E., Mironov K.O., Iatsyshina S.B., Koroleva I.S., Platonova O.V., Gushchin A.E., Shipulin G.A. [Multilocus sequence-typing for characterization of Moscow strains of Haemophilus influenzae type b]. Molekulyarnaya Genetika, Mikrobiologiya i Virusologiya 2003; (2): 21-5. (In Russ.).
  12. Миронов К.О., Платонов А.Е., Николаев М.К., Королева И.С., Шипулин Г.А. Генетическая характеристика штаммов Haemophilus influenzae серотипа b, изолированных в регионах России. Журн. микробиол. 2010; (1): 24-8. Mironov K.O., Platonov A.E., Nikolaev M.K., Koroleva I.S., Shipulin G.A. [Genetic characteristic of Haemophilus influenzae type B strains isolated in Russian regions]. Zhurnal Mikrobiologii, Epidemiologii i Immunologii 2010; (1): 24-8. (In Russ.).
  13. Миронов К.О., Тагаченкова Т.А., Королева И.С., Платонов А.Е., Шипулин Г.А. Результаты генетической характеристики Neisseria meningitidis и Haemophilus influenzae серотипа b (Hib). Медицинский алфавит. Эпидемиология и санитария 2010; (2): 13-4. Mironov K.O., Tagachenkova T.A., Koroleva I.S., Platonov A.E., Shipulin G.A. [The results of genetic characteristics Neisseria meningitidis and Haemophilus influenzae serotype b (Hib)]. Medicinskiy Alfavit. Epidemiologiya i Sanitariya 2010; (2): 13-14. (In Russ.).
  14. Платонов А.Е., Николаев М.К. Заболеваемость гнойными менингитами у детей в возрасте до 5 лет в регионах России. Эпидемиол. и инфекц. бол. 2007; (3): 10-8. Platonov A.E., Nikolaev M.K. [The incidence of purulent meningitis in children under 5 years in the regions of Russia]. Epidemiologiya i Infektsionnye Bolezni 2007; (3): 10-8. (In Russ.).
  15. Эпидемиология и вакцинопрофилактика инфекции, вызываемой Haemophilus influenzae типа b: Методические рекомендации МР 3.3.1.0001-10. М., 2010. [Epidemiology and vaccination of infection caused by Haemophilus influenzae type b. Methodological recommendations 3.3.1.0001-10]. Moscow: Rospotrebnadzor Publ.; 2010. (In Russ.).
  16. Миронов К.О., Тагаченкова Т.А., Платонов А.Е., Яковенко М.Л., Королева И.С., Шипулин Г.А. Генетические характеристики бактерий Haemophilus influenzae серотипа b, вызывавших гнойный менингит у детей в г. Москве в 2007-2009 гг. Журн. микробиол. 2010; (4): 3-8. Mironov K.O., Tagachenkova T.A., Platonov A.E., Iakovenko M.L., Koroleva I.S., Shipulin G.A. [Genetic characteristics of Haemophilus influenzae type b isolated from children with bacterial meningitis in Moscow in 2007-2009]. Zhurnal Mikrobiologii, Epidemiologii i Immunologii 2010; (4): 3-8. (In Russ.).
  17. Meats E., Feil E.J., Stringer S., Cody A.J., Goldstein R., Kroll J.S., Popovic T., Spratt B.G. Characterization of encapsulated and noncapsulated Haemophilus influenzae and determination of phylogenetic relationships by multilocus sequence typing. J. Clin. Microbiol. 2003; 41(4): 1623-36.
  18. Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson’s index of diversity. J. Clin. Microbiol. 1988; (26): 2465-66.
  19. Musser J.M., Kroll J.S., Moxon E.R., Selander R.K. Clonal population structure of encapsulated Haemophilus influenzae. Infect. Immun. 1988; 56(8): 1837-45.
  20. Erwin A.L., Sandstedt S.A., Bonthuis PJ., Geelhood J.L., Nelson K.L., Unrath W.C., Diggle M.A., Theodore M.J., Pleatman C.R., Mothershed E.A., Sacchi C.T., Mayer L.W., Gilsdorf J.R., Smith A.L. Analysis of genetic relatedness of Haemophilus influenzae isolates by multilocus sequence typing. J. Bacteriol. 2008; 190(4): 1473-83.
  21. Девяткина Н.П., Ильина Т.В., Королева И.С., Мартынов Ю.В., Демина А.А. Особенности заболеваемости гнойными менингитами, вызванными Streptococcus pneumoniae и Haemophilus influenzae типа b. Журн. микробиол. 1990; (1): 45-49. Deviatkina N.P., Il’ina T.V., Koroleva I.S., Martynov Iu.V., Demina A.A. [The characteristics of suppurative meningitis morbidity caused by Streptococcus pneumoniae and Haemophilus influenza type b]. Zhurnal Mikrobiologii, Epidemiologii i Immunologii 1990; (1): 45-49. (In Russ.).
  22. Демина А.А. Эпидемиологический надзор за менингококковой инфекцией и гнойными бактериальными менингитами. Эпидемиол. и инфекц. бол. 1999; (2): 25-8. Demina A.A. [Epidemiological surveillance of meningococcal infection and purulent bacterial meningitis]. Epidemiologiya i Infektsionnye Bolezni 1999; (2): 25-8. (In Russ.).
  23. Королева И.С., Демина А.А., Платонов А.Е., Белошицкий Г.В., Грачева А.М, Спирихина Л.В., Закроева И.М., Миронов К.О., Быкова Р.Н. Эпидемиологический надзор за гнойными бактериальными менингитами: материалы 20-летних наблюдений. Эпидемиология и вакцинопрофилактика 2003; (5): 10-3. Koroleva I.S., Demina A.A., Platonov A.E., Beloshitskiy G.V., Gracheva A.M., Spirikhina L.V., Zakroyeva I.M., Mironov K.O., Bykova R.N. [Epidemiological surveillance for purulent bacterial meningitis: the results of the 20-year-old observations]. Epidemiologiya i Vakcinoprofilaktika 2003; (5): 10-3. (In Russ.).
  24. Bennett J.V., Platonov A.E., Slack M.P.E., Mala P., Burton A.H., Robertson S.E. Haemophilus influenzae type b (Hib) meningitis in the pre-vaccine era: a global review of incidence, age distribution, and case-fatality rates. Document WHO/ V&B/02.18. Geneva, World Health Organization, 2002; 1-92.
  25. Черкасский Б.Л. Глобальная эпидемиология. М.: Практическая медицина; 2008. 447 с. Cherkasskiy B.L. [Global epidemiology]. Moscow: Prakticheskaya medicina; 2008. 447 p. (In Russ.).

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载
##common.cookie##