HIV-1 drug resistance in patients with virological inefficiency on ART in Russia in 2013-2021


Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription or Fee Access

Abstract

Objective. To assess the prevalence and pattern of HIV-1 drug resistance (DR) among patients with virological failure on ART in Russia in 2013 to 2021. Materials and methods. The investigation used plasma samplesfrom 831 HIV-infected patients with virologicalfailure on ART. The nucleotide sequences of the pol gene fragments encoding protease and a part of reverse transcriptase were obtained for all the patients; for 273 of them, the nucleotide sequences of the pol gene fragment encoding HIV-1 integrase were additionally obtained. The Stanford University HIVdb version 9.0 and the REGA HIV-1 Subtyping Tool version 3.0 were used to determine HIV-1 subtypes; the HIV Blast search in the Los Alamos HIV sequence database was applied to clarify the results; the HIVdb version 9.0 was employed to identify resistance mutations and to determine the predictive HIV-1 DR. Results. The sample included mainly the genetic types of virus A6 (728; 87.6%), CRF 02 AG (21; 2.5%), B (59; 7.1%), and CRF6 02A1 (15; 1,8%). 82.4% of patients with ineffective therapy showed a predictive DR to at least one drug: more commonly to NIOT (74.2%) and NNIOt (67.3%), less commonly to AI (12.1%) and IP (9.6%). Resistance to NIOT + NNRTI was simultaneously established in most cases (45.8-57%). Multiclass resistance to IP + NIOT + NNIOT + AI was detected only in 1.1% of cases. Conclusion. There is a need for a centralized HIV-1 DR test for patients with virological falure on ART in order to select effective therapy regimens and to minimize the occurrence and further spread of resistant HIV-1 types in Russia.

Full Text

Restricted Access

About the authors

Alina A. Kirichenko

Central Research Institute of Epidemiology, Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being

Email: kotova-kirichenko@mail.ru
Researcher

Dmitry E. Kireev

Central Research Institute of Epidemiology, Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being

Email: dmitkireev@yandex.ru
Cand. Med. Sci., Head, Laboratory of Diagnostics and Molecular Epidemiology of HIV infection

Anastasia V. Shlykova

Central Research Institute of Epidemiology, Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being

Email: murzakova_a.v@mail.ru
Researcher

Alexey E. Lopatukhin

Central Research Institute of Epidemiology, Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being

Email: a.lopatukhin@gmail.com
Researcher

Ilya A. Lapovok

Central Research Institute of Epidemiology, Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being

Email: i_ lapovok@mail.ru
Cand. Biol. Sci., Senior Researcher

Daria V. Saleeva

Central Research Institute of Epidemiology, Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being

Email: dasha_ saleeva@inbox.ru
Junior Researcher

Alexey V. Kravchenko

Central Research Institute of Epidemiology, Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being

Email: alexey-kravtchenko@yandex.ru
MD, Leading Researcher

Vadim V. Pokrovsky

Central Research Institute of Epidemiology, Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being

Email: pokrovsky.vad@yandex.ru
Academician of the Russian Academy of Sciences, MD, Head, HIV Department

References

  1. Справка по ВИЧ-инфекции в Российской Федерации на 31.12.2020. М., 2018. http://www.hivrussia.info/wp-content/ uploads/2021/03/VICH-infektsiya-v-Rossijskoj-Federatsii-na-31.12.2020-pdf
  2. Cohen M.S., Chen Y.Q., McCauley M., Gamble T., Hosseinipour M.C., Kumarasamy N. et al.; HPTN 052 Study Team. Antiretroviral Therapy for the Prevention of HIV-1 Transmission. N. Engl. J. Med. 2016; 375(9): 830-839. doi: 10.1056/NEJMoa1600693
  3. Cohen M.S., Chen Y.Q., McCauley M., Gamble T., Hosseinipour M.C., Kumarasamy N. et al.; HPTN 052 Study Team. Prevention of HIV-1 infection with early antiretroviral therapy. N. Engl. J. Med. 2011; 365(6): 493-505. doi: 10.1056/ NEJMoa1105243
  4. Rodger A.J., Cambiano V., Bruun T., Vernazza P., Collins S., van Lunzen J. et al.; PARTNER Study Group. Sexual Activity Without Condoms and Risk of HIV Transmission in Serodifferent Couples When the HIV-Positive Partner Is Using Suppressive Antiretroviral Therapy. JAMA 2016; 316(2): 171-181. doi: 10.1001/ jama.2016.5148.
  5. Rodger A.J., Cambiano V., Bruun T., Vernazza P., Collins S., Degen O et al.; PARTNER Study Group. Risk of HIV transmission through condomless sex in serodifferent gay couples with the HIV-positive partner taking suppressive antiretroviral therapy (PARTNER): final results of a multicentre, prospective, observational study. Lancet 2019; 393(10189): 2428-2428. doi: 10.1016/S0140-6736(19)30418-0
  6. Ладная Н.Н., Покровский В.В., Дементьева Л.А., Соколова Е.В. Эпидемическая ситуация по ВИЧ-инфекции в Российской Федерации в 2019 г. Эпидемиол. инфекц. болезни. Актуал. вопр. 2020; 10(3): 17-26. DOI: https://dx.doi.org/10.18565/epidem.2020.10.3.17-26
  7. Pokrovskaya A.V., Popova A.A., Suvorova Z.K., Dementieva L.A., Pokrovsky V.V. Progress in HIV Cascade in Russia from 2011 to 2019. Journal of the International AIDS Society 2020: 23(S7): e25616
  8. Clutter D.S., Jordan M.R., Bertagnolio S., Shafer R.W. HIV-1 drug resistance and resistance testing. Infect. Genet. Evol. 2016; 46: 292-307. doi: 10.1016/j.meegid.2016.08.031
  9. Surveillance of HIV drug resistance in adults receiving ART (acquired HIV drug resistance): concept note. WHO, 2014. 46 p. https://apps.who.int/iris/handle/10665/112801
  10. Guidelines on the public health response to pretreatment HIV drug resistance. Geneva: WHO, 2017. 84 p. https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/255880/9789241550055-eng.pdf
  11. WHO HIVResNet HIV drug resistance laboratory operational framework. Geneva: WHO, 2020. 82 p. https://www.who.int/publications/i/item/978-92-4-000987-5
  12. Yang W.L., Kouyos R., Scherrer A.U., Bon J., Shah C., Yerly S. et al. Swiss HIV Cohort Study. Assessing the Paradox Between Transmitted and Acquired HIV Type 1 Drug Resistance Mutations in the Swiss HIV Cohort Study From 1998 to 2012. J. Infect. Dis. 2015; 212(1): 28-38. doi: 10.1093/infdis/jiv012.
  13. Rocheleau G., Brumme C.J., Shoveller J., LimaV.D., Harrigan P.R. Longitudinal trends of HIV drug resistance in a large Canadian cohort, 1996-2016. Clin. Microbiol. Infect. 2018; 24(2): 185-191. doi: 10.1016/j.cmi.2017.06.014
  14. Егорова Н., Михайлов А., Лисенков Д., Бабихина К., Головин С. Результаты исследования рынка диагностических тест-систем для выявления и мониторинга лечения ВИЧ-инфекции в России в 2018-2019 г. СПб.: Коалиция по готовности к лечению, 2020; 76 с.
  15. Кириченко А.А., Мурзакова А.В., Киреев Д.Е. Структура и уровень мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ-1 у пациентов с вирусологической неудачей лечения. Материалы IX Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика 2017». М.: ООО «Юлис», 2017; 462-463
  16. Коломеец А.Н., Довгополюк Е.С., Сергеева И.В., Ястребов В.К., Тюменцев А.Т. Показатели лекарственной устойчивости вируса иммунодефицита человека к антиретровирусным препаратам у ВИЧ-инфицированных лиц в Сибирском федеральном округе в 2010-2012 гг. Вопросы вирусологии 2015; 60(1): 20-23
  17. Плотникова Ю.К., Ревизор А.О., Пономарева О.А., Круглова Е.А. Генетическое разнообразие ВИЧ-1 на территории Иркутской области. Материалы IX Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика 2017». М.: ООО «Юлис», 2017; 479-480
  18. Останкова Ю.В., Щемелев А.Н., Зуева Е.Б., Чурина М.А., Валутите Д.Э., Семенов А.В. Молекулярная эпидемиология и фармакорезистентность ВИЧупациентов с вирусологической неэффективностью антиретровирусной терапии в Архангельской области. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии 2019; 11(4): 79-90. https://doi.org/10.22328/2077-9828-2019-11-4-79-90
  19. PhillipsA.N., StoverJ., CambianoV., Nakagawa F., Jordan M.R., Pillay D. et al. Impact of HIV Drug Resistance on HIV/ AIDS-Associated Mortality, New Infections, and Antiretroviral Therapy Program Costs in Sub-Saharan Africa. J. Infect. Dis. 2017; 215(9): 1362-1365. doi: 10.1093/infdis/jix089.
  20. Кириченко А.А., Киреев Д.Е., Кравченко А.В., Покровская А.В., Куимова У.А., Сизова Н.В. и др. Оценка лекарственной устойчивости ВИЧ-1 к элсульфавирину и эффективность его применения среди российских пациентов, ранее не получавших антиретровирусные препараты. Журнал инфектологии 2020; 12(5): 29-39. https://doi.org/10.22625/2072-6732-2020-12-5-29-39
  21. Лаповок И.А., ЛопатухинА.Э., КиреевД.Е., Казеннова Е.В., Лебедев А.В., Бобкова М.Р. и др. Молекулярноэпидемиологический анализ вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в России в 1987-2015 гг. Тер. архив 2017; 89(11): 44- 49. doi: 10.17116/terarkh2017891144-49
  22. Кириченко А.А., Киреев Д.Е., Лопатухин А.Э., Мурзакова А.В., Лаповок И.А., Ладная Н.Н., Покровский В.В. Уровень и структура лекарственной устойчивости ВИЧ-1 среди пациентов без опыта приема антиретровирусных препаратов с момента начала применения антиретровирусной терапии в Российской Федерации. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии 2019; 11(2): 75-83. DOI: http://dx.doi.org/10.22328/2077-9828-2019-11-2-75-83
  23. Казеннова Е.В., Лаповок И.А., Лага В.Ю., Васильев А.В., Бобкова М.Р. Естественные полиморфизмы гена pol варианта ВИЧ-1 IDU-A. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии 2012; 4(4): 44-51
  24. Устойчивость, репликативные свойства и фитнес ВИЧ. В кн: Лекарственная устойчивость ВИЧ. М.: Человек, 2014. 288 с
  25. Kolomeets A.N., Varghese V., Lemey P., Bobkova M.R., Shafer R.W. A uniquely prevalent nonnucleoside reverse transcriptase inhibitor resistance mutation in Russian subtype A HIV-1 viruses. AIDS 2014; 28(17): F1-8. doi: 10.1097/QAD.0000000000000485
  26. Chimukangara B., Lessells R.J., Rhee S.Y., Giandhari J., Kharsany A.B.M., Naidoo K. et al. Trends in Pretreatment HIV-1 Drug Resistance in Antiretroviral Therapynaive Adults in South Africa, 2000-2016: A Pooled Sequence Analysis. EClinicalMedicine 2019; (9): 26-34. doi: 10.1016/j.eclinm.2019.03.006
  27. Matias-Florentino M., Chaillon A., Avila-Rios S., Mehta S.R., Paz-Juirez H.E., Becerril-Rodriguez M.A. et al. Pretreatment HIV drug resistance spread within transmission clusters in Mexico City. J. Antimicrob. Chemother. 2020; 75(3): 656-667. doi: 10.1093/jac/dkz502
  28. Little S.J., Frost S.D.W., Wong J.K., Smith D.M., Pond S.L., Ignacio C.C. et al. Persistence of transmitted drug resistance among subjects with primary human immunodeficiency virus infection. J. Virol. 2008; 82(11): 5510-5518. D0I:10.1128/JVI.02579-07
  29. Покровский В.В., Юрин О.Г., Кравченко А.В., Беляева В.В., Буравцова В.В., Деулина М.О. и др. Рекомендации по лечению ВИЧ-инфекции и связанных с ней заболеваний, химиопрофилактике заражения ВИЧ. Эпидемиол. инфекц. болезни. Актуал. вопр. 2019; (4, приложение). 88 с. https://epidemiology-journal.ru/ru/archive/edition/10017
  30. Castagna A., Maggiolo F., Penco G., Wright D., Mills A., Grossberg R. et al.; VIKING-3 Study Group. Dolutegravir in antiretroviral-experienced patients with raltegravir- and/ or elvitegravir-resistant HIV-1: 24-week results of the phase III VIKING-3 study. J. Infect. Dis. 2014; 210(3): 354-362. doi: 10.1093/infdis/jiu051

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML

Copyright (c) 2021 Bionika Media

This website uses cookies

You consent to our cookies if you continue to use our website.

About Cookies