Клональные группы уропатогенных escherichia coli, выделенных в российской федерации в 2004–2019 гг.

Обложка
  • Авторы: Слукин П.В.1, Фурсова Н.К.1, Светоч Э.А.1, Перепанова Т.С.2, Ершова М.Г.3, Полетаева Е.Д.3, Круглов А.Н.4, Припутневич Т.В.5
  • Учреждения:
    1. Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора
    2. НИИ урологии и интервенционной радиологии им. Н.А. Лопаткина – филиал НМИЦ радиологии Минздрава России
    3. Инфекционная клиническая больница № 1 Департамента здравоохранения Ярославской области
    4. Московский многопрофильный клинический центр «Коммунарка» Департамента здравоохранения города Москвы
    5. Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии им. академика В.И. Кулакова Минздрава России
  • Выпуск: Том 14, № 1 (2024)
  • Страницы: 55-61
  • Раздел: Оригинальные исследования
  • URL: https://journals.eco-vector.com/2226-6976/article/view/630519
  • DOI: https://doi.org/10.18565/epidem.2024.14.1.55–61
  • ID: 630519

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Цель исследования. Идентификация и характеристика клональных групп E. coli, выделенных от пациентов с инфекциями мочевыводящих путей в Российской Федерации в 2004–2019 гг.

Материалы и методы. Штаммы E. coli (n = 303), выделенные в 2004–2019 гг. из образцов мочи пациентов с урологическими диагнозами. В работе использованы микробиологические, молекулярно-генетические и биоинформатические методы оценки резистентности и вирулентности, а также молекулярно-генетические методы идентификации филогенетических групп, О-групп и сиквенс-типов.

Результаты. Показано широкое распространение в России уропатогенных штаммов клональной группы O25-B2-ST131, кроме того, выявлены клональные группы O2-B2-ST141, O89-A-ST744, O4/O6-B2-ST127, B1-ST58, D-ST69, O2/O6-B2-ST73, A-CC10 и O75-B2-CC14.

Заключение. Оценка распространения клональных групп уропатогенных штаммов в России позволяет оценивать эпидемическую ситуацию, прогнозировать ее развитие в будущем, а также определять оптимальные направления терапии.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Павел Владимирович Слукин

Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: xopgi@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-4976-0145

научный сотрудник отдела молекулярной микробиологии

Россия, п. Оболенск, Московская область

Надежда Константиновна Фурсова

Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора

Email: n-fursova@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-6053-2621

к.б.н., ведущий научный сотрудник отдела молекулярной микробиологии

Россия, п. Оболенск, Московская область

Эдуард Арсеньевич Светоч

Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора

Email: svetoch@obolensk.org
ORCID iD: 0000-0002-3185-1954

д.в.н., профессор, главный научный сотрудник отдела молекулярной микробиологии

Россия, п. Оболенск, Московская область

Тамара Сергеевна Перепанова

НИИ урологии и интервенционной радиологии им. Н.А. Лопаткина – филиал НМИЦ радиологии Минздрава России

Email: perepanova2003@mail.ru

д.м.н., профессор, руководитель группы инфекционно-воспалительных заболеваний и клинической фармакологии

Россия, Москва

Марина Григорьевна Ершова

Инфекционная клиническая больница № 1 Департамента здравоохранения Ярославской области

Email: mary.erschowa2013@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-4691-648X

заведующая микробиологической лабораторией

Россия, Ярославль

Елена Дмитриевна Полетаева

Инфекционная клиническая больница № 1 Департамента здравоохранения Ярославской области

Email: mary.erschowa2013@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-7074-6989

врач-бактериолог

Россия, Ярославль

Александр Николаевич Круглов

Московский многопрофильный клинический центр «Коммунарка» Департамента здравоохранения города Москвы

Email: kruglov_a_n@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-6849-0008

к.б.н., старший научный сотрудник, заведующий лабораторией клинической микробиологии

Россия, Москва

Татьяна Валерьевна Припутневич

Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии им. академика В.И. Кулакова Минздрава России

Email: t_priputnevich@oparina4.ru
ORCID iD: 0000-0002-4126-9730

член-корр. РАН, д.м.н., профессор, директор

Россия, Москва

Список литературы

  1. Кузнецова М.В., Проворова С.В., Кубарев О.Г., Юдин Д.П., Каримова Н.В., Баяндина Н.В. и др. Сравнительная характеристика штаммов уропатогенной Escherichia coli, выделенных в условиях поликлиники и стационара. Урология 2018; (6): 37–44. doi: 10.18565/urology.2018.6.37-44
  2. Kuznetsova M.V., Provorova S.V., Kubarev O.G., Yudin D.S., Karimova N.V., Bajandina N.V. et al. [Comparative characteristics of uropathogenic Escherichia coli strains, allocated in polyclinic and stationary conditions]. Urologiia 2018; (6): 37–44. (In Russ.). doi: 10.18565/urology.2018.6.37-44
  3. Javed S., Mirani Z.A., Pirzada Z.A. Phylogenetic group B2 expressed significant biofilm formation among drug resistant uropathogenic Escherichia coli. Libyan J. Med. 2021; 16(1): 1845444. doi: 10.1080/19932820.2020.1845444
  4. Zhong Z.X., Cui Z.H., Li X.J., Tang T., Zheng Z.J., Ni W.N. et al. Nitrofurantoin combined with amikacin: a promising alternative strategy for combating MDR uropathogenic Escherichia coli. Front Cell Infect. Microbiol. 2020; (10): 608547. doi: 10.3389/fcimb.2020.608547
  5. Magiorakos A.P., Srinivasan A., Carey R.B., Carmeli Y., Falagas M.E., Giske C.G. et al. Multidrug-resistant, extensively drug-resistant and pandrug-resistant bacteria: an international expert proposal for interim standard definitions for acquired resistance. Clin. Microbiol. Infect. 2012; 18(3): 268–81. doi: 10.1111/j.1469-0691.2011.03570.x
  6. Naziri Z., Derakhshandeh A., Soltani Borchaloee A., Poormaleknia M., Azimzadeh N. Treatment failure in urinary tract infections: a warning witness for virulent multi-drug resistant ESBL-producing Escherichia coli. Infect. Drug. Resist. 2020; 13: 1839–50. doi: 10.2147/IDR.S256131
  7. Manges A.R., Johnson J.R. Reservoirs of extraintestinal pathogenic Escherichia coli. Microbiol. Spectr. 2015; 3(5): 10.1128/microbiolspec.UTI-0006-2012. doi: 10.1128/microbiolspec.UTI-0006-2012
  8. Flament-Simon S.C., Toro M., García V., Blanco J.E., Blanco M., Alonso M.P. et al. Molecular characteristics of extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC), uropathogenic E. coli (UPEC), and multidrug resistant E. coli isolated from healthy dogs in Spain. Whole Genome Sequencing of Canine ST372 Isolates and Comparison with Human Isolates Causing Extraintestinal Infections. Microorganisms 2020; 8(11): 1712. doi: 10.3390/microorganisms8111712
  9. Nüesch-Inderbinen M.T., Baschera M., Zurfluh K., Hächler H., Nüesch H., Stephan R. Clonal diversity, virulence potential and antimicrobial resistance of Escherichia coli causing community acquired urinary tract infection in Switzerland. Front. Microbiol. 2017; (8): 2334. doi: 10.3389/fmicb.2017.02334
  10. Hojabri Z., Mirmohammadkhani M., Darabi N., Arab M., Pajand O. Characterization of antibiotic-susceptibility patterns and virulence genes of five major sequence types of Escherichia coli isolates cultured from extraintestinal specimens: a 1-year surveillance study from Iran. Infect. Drug. Resist. 2019; (12): 893–903. doi: 10.2147/IDR.S199759
  11. Shahbazi R., Salmanzadeh-Ahrabi S., Aslani M.M., Alebouyeh M., Falahi J., Nikbin V.S. The genotypic and phenotypic characteristics contributing to high virulence and antibiotics resistance in Escherichia coli O25-B2-ST131 in comparison to non-O25-B2-ST131. BMC Pediatr. 2023; 23(1): 59. doi: 10.1186/s12887-023-03866-w
  12. Kuzina E.S., Astashkin E.I., Lev A.I., Ageeva E.N., Kartsev N.N., Svetoch E.A. et al. Class 1 and 2 Integrons in Hospital Strains of Gram-Negative Bacteria Isolated in Moscow and in Regions of the Russian Federation. Molecular Genetics, Microbiology and Virology 2019; 34(1): 16–24. doi: 10.3103/S0891416819010051
  13. Казанцев А.В., Осина Н.А., Глинская Т.О., Кошелева О.Н., Максимов Ю.В., Девдариани З.Л. и др. Факторы вирулентности и филогенетическая характеристика уропатогенных штаммов Escherichia coli, выделенных на территории г. Саратова. Проблемы особо опасных инфекций; 2019: (4): 56–60. doi: 10.21055/0370-1069-2019-4-56-60
  14. Kazantsev A.V., Osina N.A., Glinskaya T.O., Kosheleva O.N., Maksimov Yu.V., Devdariani Z.L. et al. [Virulence factors and phylogenetic characteristics of uropathogenic Eschericihia coli strains isolated in Saratov]. Problems of Particularly Dangerous Infections; 2019: (4): 56–60. (In Russ.) doi: 10.21055/0370-1069-2019-4-56-60
  15. Iguchi A., Iyoda S., Seto K., Morita-Ishihara T., Scheutz F., Ohnishi M. Pathogenic E. coli working group in Japan. Escherichia coli O-genotyping PCR: a comprehensive and practical platform for molecular O serogrouping. J. Clin. Microbiol. 2015; 53(8): 2427–32. doi: 10.1128/JCM.00321-15
  16. Clermont O., Christenson J.K., Denamur E., Gordon D.M. The Clermont Escherichia coli phylo-typing method revisited: improvement of specificity and detection of new phylo-groups. Environ Microbiol. Rep. 2013; 5(1): 58–65. doi: 10.1111/1758-2229.12019
  17. Alikhan N.F., Zhou Z., Sergeant M.J., Achtman M. A genomic overview of the population structure of Salmonella. PLoS Genet. 2018; 14(4): e1007261. doi: 10.1371/journal.pgen.1007261
  18. Ny S., Edquist P., Dumpis U., Gröndahl-Yli-Hannuksela K., Hermes J., Kling A.M. et al. Аntimicrobial resistance of Escherichia coli isolates from outpatient urinary tract infections in women in six European countries including Russia. J. Glob. Antimicrob. Resist. 2019; 17: 25–34. doi: 10.1016/j.jgar.2018.11.004
  19. Platell J.L., Trott D.J., Johnson J.R., Heisig P., Heisig A., Clabots C.R. et al. Prominence of an O75 clonal group (clonal complex 14) among non-ST131 fluoroquinolone-resistant Escherichia coli causing extraintestinal infections in humans and dogs in Australia. Antimicrob. Agents Chemother. 2012; 56(7): 3898–904. doi: 10.1128/AAC.06120-11
  20. Gati N.S., Middendorf-Bauchart B., Bletz S., Dobrindt U., Mellmann A. Origin and evolution of hybrid shiga toxin-producing and uropathogenic Escherichia coli strains of sequence type 141. J. Clin. Microbiol. 2019; 58(1): e01309–19. doi: 10.1128/JCM.01309-19
  21. Reid C.J., Blau K., Jechalke S., Smalla K., Djordjevic S.P. Whole genome sequencing of Escherichia coli from store-bought produce. Front Microbiol. 2020; 10: 3050. doi: 10.3389/fmicb.2019.03050
  22. Halaji M., Shahidi S., Ataei B., Atapour A., Feizi A., Havaei S.A. Molecular epidemiology of blaCTX-M gene-producing uropathogenic Escherichia coli among Iranian kidney transplant patients: clonal dissemination of CC131 and CC10. Ann. Clin. Microbiol. Antimicrob. 2021; 20(1): 65. doi: 10.1186/s12941-021-00470-7
  23. Riley L.W. Pandemic lineages of extraintestinal pathogenic Escherichia coli. Clin. Microbiol. Infect. 2014; 20(5): 380–90. doi: 10.1111/1469-0691.12646
  24. Kubelová M., Koláčková I., Gelbíčová T., Florianová M., Kalová A., Karpíšková R. Virulence properties of mcr-1-positive Escherichia coli isolated from retail poultry meat. Microorganisms 2021; 9(2): 308. doi: 10.3390/microorganisms9020308

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рисунок. Представленность штаммов коллекции Е. coli (n = 303), устойчивых к антимикробным препаратам (а), несущих гены антибиотикорезистентности (b) и гены факторов патогенности (с) АМР - ампициллин, АМС - амоксициллин/клавуланат, СТХ - цефотаксим, CIP - ципрофлоксацин, LVX - левофлоксацин, GEN - гентамицин, AMI - амикацин, FOS - фосфомицин, NIT - нитрофурантоин, СТХ-М - ген blaстх-м, ТЕМ - ген blaTEM, ОХА - ген blaОХА-48

Скачать (227KB)
Метаданные

© ООО «Бионика Медиа», 2024