Исследование генетического разнообразия риновирусов человека на территории Санкт-Петербурга в 2021–2022 гг.

Обложка


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Обоснование. Риновирусы — одни из наиболее распространенных респираторных патогенов, поэтому необходимо постоянно исследовать циркуляции их видов и типов.

Цель статьи — изучение циркуляции различных видов и типов риновирусов в Санкт-Петербурге.

Материалы и методы. Детекцию риновирусов проводили методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени коммерческими наборами «АмплиСенс ОРВИ-скрин-FL» (Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва); исследование генетического разнообразия риновирусов осуществляли секвенированием по методу Сэнгера; применяли программы: выравнивание полученных последовательностей — MAFFT, построение филогенетического дерева — RAxML, визуализация — FigTree.

Результаты. На территории Санкт-Петербурга определен наиболее распространенный вид риновируса — HRV-A; типы риновирусов практически не повторяются.

Заключение. На территории Санкт-Петербурга генетическое разнообразие риновирусов представлено очень широко. С декабря 2020 по октябрь 2021 г. было типировано 70 риновирусов, самыми распространенными оказались риновирусы вида HRV-A (38 риновирусов, или 54 %). HRV-C и HRV-B детектированы в равном количестве (по 16 риновирусов, или 23 % каждый). Построены филогенетические деревья генетических типов риновирусов видов A, B и C. Типы риновирусов высоко вариабельны, что осложняет их изучение и разработку вакцин против них. Тем не менее риновирусы существенно влияют на эпидемиологическую ситуацию, риновирусные инфекции могут приводить к серьезным последствиям для здоровья, поэтому их необходимо изучать.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Андрей Дмитриевич Ксенафонтов

Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева

Автор, ответственный за переписку.
Email: ksenandrey@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-4532-6210

аспирант, лаборант-исследователь

Россия, Санкт-Петербург

Мария Михайловна Писарева

Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева

Email: maria.pisareva@influenza.spb.ru
ORCID iD: 0000-0002-1499-9957
SPIN-код: 9662-5361
Scopus Author ID: 6506831021

канд. биол. наук, ведущий научный сотрудник

Россия, Санкт-Петербург

Вероника Анатольевна Едер

Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева

Email: veronika.eder@influenza.spb.ru
ORCID iD: 0000-0002-9970-3325
SPIN-код: 4793-1377

д-р биол. наук, старший научный сотрудник

Россия, Санкт-Петербург

Тамила Даировна Мусаева

Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева

Email: tamilamusaeva94@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-3050-1936
SPIN-код: 3767-2899
Scopus Author ID: 57189459858

младший научный сотрудник

Россия, Санкт-Петербург

Ирина Васильевна Киселева

Институт экспериментальной медицины; Санкт-Петербургский государственный университет

Email: irina.v.kiseleva@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-3892-9873
SPIN-код: 7857-7306
Scopus Author ID: 7102041346

д-р биол. наук, профессор, заведующая лабораторией

Россия, Санкт-Петербург; Санкт-Петербург

Список литературы

  1. Chonmaitree T., Alvarez-Fernandez P., Jennings K. et al. Symptomatic and asymptomatic respiratory viral infections in the first year of life: association with acute otitis media development // Clin. Infect. Dis. 2015. Vol. 60, No. 1. P. 1–9. doi: 10.1093/cid/ciu714
  2. Cho G.S., Moon B.J., Lee B.J. et al. High rates of detection of respiratory viruses in the nasal washes and mucosae of patients with chronic rhinosinusitis // J. Clin. Microbiol. 2013. Vol. 51, No. 3. P. 979–984. doi: 10.1128/JCM.02806-12
  3. Miller E.K., Gebretsadik T., Carroll K.N. et al. Viral etiologies of infant bronchiolitis, croup and upper respiratory illness during 4 consecutive years // Pediatr. Infect. Dis. J. 2013. Vol. 32, No. 9. P. 950–955. doi: 10.1097/INF.0b013e31829b7e43
  4. Jain S., Self W.H., Wunderink R.G. et al. CDC EPIC Study Team. Community-acquired pneumonia requiring hospitalization among U.S. adults // N. Engl. J. Med. 2015. Vol. 373, No. 5. P. 415–427. doi: 10.1056/NEJMoa1500245
  5. Jain S., Williams D.J., Arnold S.R. et al. CDC EPIC Study Team. Community-acquired pneumonia requiring hospitalization among U.S. children // N. Engl. J. Med. 2015. Vol. 372, No. 9. P. 835–845. doi: 10.1056/NEJMoa1405870
  6. Greve J.M., Davis G., Meyer A.M. et al. The major human rhinovirus receptor is ICAM-1 // Cell. 1989. Vol. 56, No. 5. P. 839–847. doi: 10.1016/0092-8674(89)90688-0
  7. Jensen L.M., Walker E.J., Jans D.A., Ghildyal R. Proteases of human rhinovirus: role in infection // Methods Mol. Biol. 2015. Vol. 1221. P. 129–141. doi: 10.1007/978-1-4939-1571-2_10
  8. Tam J.C., Bidgood S.R., McEwan W.A., James L.C. Intracellular sensing of complement C3 activates cell autonomous immunity // Science. 2014. Vol. 345, No. 6201. P. 1256070. doi: 10.1126/science.1256070
  9. Jacobs S.E., Lamson D.M., St George K., Walsh T.J. Human rhinoviruses // Clin. Microbiol. Rev. 2013. Vol. 26, No. 1. P. 135–162. doi: 10.1128/CMR.00077-12
  10. Bochkov Y.A., Watters K., Ashraf S. et al. Cadherin-related family member 3, a childhood asthma susceptibility gene product, mediates rhinovirus C binding and replication // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2015. Vol. 112, No. 17. P. 5485–5490. doi: 10.1073/pnas.1421178112
  11. Zlateva K.T., van Rijn A.L., Simmonds P. et al. Molecular epidemiology and clinical impact of rhinovirus infections in adults during three epidemic seasons in 11 European countries (2007–2010) // Thorax. 2020. Vol. 75, No. 10. P. 882–890. doi: 10.1136/thoraxjnl-2019-214317
  12. Demirkan E., Kırdar S., Ceylan E. et al. Genotypes of rhinoviruses in children and adults patients with acute respiratory tract infections // Mikrobiyol. Bul. 2017. Vol. 51, No. 4. P. 350–360. (In Turkish). doi: 10.5578/mb.61820
  13. Panda S., Mohakud N.K., Panda S., Kumar S. Epidemiology and phylogenetic analysis of human rhinovirus/Enterovirus in Odisha, Eastern India // Indian J. Med. Microbiol. 2019. Vol. 37, No. 4. P. 569–573. doi: 10.4103/ijmm.IJMM_20_23
  14. Da Costa Souza L., Bello E.J.M., Dos Santos E.M., Nagata T. Molecular and clinical characteristics related to rhinovirus infection in Brasília, Brazil // Braz. J. Microbiol. 2021. Vol. 52, No. 1. P. 289–298. doi: 10.1007/s42770-020-00411-0
  15. Esposito S., Daleno C., Baggi E. et al. Circulation of different rhinovirus groups among children with lower respiratory tract infection in Kiremba, Burundi // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2012. Vol. 31, No. 11. P. 3251–3256. doi: 10.1007/s10096-012-1692-9
  16. Turunen R., Jartti T., Bochkov Y.A. et al. Rhinovirus species and clinical characteristics in the first wheezing episode in children // J. Med. Virol. 2016. Vol. 88, No. 12. P. 2059–2068. doi: 10.1002/jmv.24587
  17. Zhao Y., Shen J., Wu B. et al. Genotypic diversity and epidemiology of human rhinovirus among children with severe acute respiratory tract infection in Shanghai, 2013–2015 // Front. Microbiol. 2018. Vol. 9. P. 1836. doi: 10.3389/fmicb.2018.01836
  18. Baillie V.L., Moore D.P., Mathunjwa A. et al. Molecular subtyping of human rhinovirus in children from three Sub-Saharan African countries // J. Clin. Microbiol. 2019. Vol. 57, No. 9. P. e00723–19. doi: 10.1128/JCM.00723-19

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Строение генома риновирусов [9]. VPg — прайминговый протеин; 5ʹUTR — 5ʹ-нетранслируемая поверхность, цель для молекулярной детекции риновирусов; протеины капсида P1: VP4 — регион, кодирующий белок, который располагается под капсидом и прикрепляет вирусную РНК к капсиду; VP2, VP3, VP1 — располагаются на поверхности вириона, по ним определяется антигенное разнообразие; неструктурные протеины P2, P3: 2A и 3C протеазы — расщеплют вирусный полипротеин; 2B — освобождает вирусные частицы от клетки посредством увеличения пропускной способности клеточной мембраны и оттока кальция из эндоплазматического ретикула; 2C, 2B и 3A — заякоривают репликативный комплекс на мембранной структуре клетки-хозяина; 3B (VPg) — закодированная последовательность праймингового протеина; 3C — расщепляет хозяйский комплемент C3, который предотвращает передачу сигнала комплемента; 3D — РНК-зависимая РНК-полимераза

Скачать (143KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Филогенетическое дерево, генетическое разнообразие типов риновирусов A

Скачать (309KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Филогенетическое дерево, генетическое разнообразие типов риновирусов B

Скачать (249KB)
Метаданные
5. Рис. 4. Филогенетическое дерево, генетическое разнообразие типов риновирусов C

Скачать (413KB)
Метаданные

© Эко-Вектор, 2022


СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 74760 от 29.12.2018 г.