Нейрональный белок GAP-43 в ранних эмбрионах мыши

Обложка


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Обоснование. GAP-43 (growth-associated protein 43) — специфический нейрональный белок позвоночных животных, локализованный преимущественно на плазматической мембране аксонных окончаний. GAP-43 играет важную роль в ориентации конусов роста аксонов, в регенеративных процессах в нервной системе и в синаптической пластичности. Недавно нами было показано, что GAP-43 присутствует в ооцитах и зиготах мыши, где он локализован в цитоплазме, что, предположительно, связано с особенностями его экспрессии и модификаций в этих клетках.

Цель — исследование особенностей локализации GAP-43 в клетках ранних (предимплантационных) эмбрионов мыши — от стадии зиготы до стадии бластоцисты.

Материалы и методы. В работе были использованы мыши гибриды F1 C57BL/CBA. Ооциты и зиготы получали с помощью гормональной стимуляции самок. Для иммуноцитохимического окрашивания ооцитов и ранних эмбрионов использовали первичные поликлональные антитела к белку GAP-43 и к его фосфорилированной (по остатку Ser41) форме.

Результаты. С помощью иммуноцитохимического окрашивания было исследовано внутриклеточное распределение белка GAP-43 в ооцитах (на стадии метафазы II) и в ранних эмбрионах мыши — от одноклеточной стадии (зиготы) до стадии бластоцисты. В ооцитах наблюдается равномерное распределение белка по цитоплазме с наибольшей интенсивностью окрашивания в области веретена деления. В ранних эмбрионах GAP-43 присутствует в ядрах и цитоплазме. Соотношение количества GAP-43 в ядре и цитоплазме меняется в зависимости от стадии развития эмбриона и фазы клеточного цикла бластомеров. Характерное для нейронов фосфорилирование GAP-43 по остатку Ser41 также наблюдается в ядрах и цитоплазме клеток ранних эмбрионов. В бластоцистах высокое содержание белка GAP-43 сохраняется только в плюрипотентных клетках внутренней клеточной массы.

Заключение. В настоящей работе мы впервые продемонстрировали присутствие белка GAP-43 в клетках ранних эмбрионов мыши и выявили существенные особенности локализации белка GAP-43 в них — локализацию в цитоплазме и ядре клеток вместо локализации на плазматической мембране, характерной для нейронов. Полученные данные позволяют сделать заключение об особой роли GAP-43 в тоти- и плюрипотентных клетках ранних эмбрионов.

Полный текст

Обоснование

GAP-43 (growth-associated protein 43) — это специфический нейрональный белок позвоночных животных. В нейронах данный белок локализован преимущественно в примембранной области аксонных окончаний [1–3]. GAP-43 играет важную роль в эмбриональном развитии нервной системы, участвуя в ориентации конусов роста аксонов. Во взрослом организме GAP-43 обеспечивает синаптическую пластичность и регенеративные процессы в нервной системе [4–9]. Было показано, что на молекулярном уровне GAP-43 способен кластеризовать кислые фосфоинозитиды в плазматической мембране с помощью поликатионного эффекторного домена под контролем кальмодулина и протеинкиназы С, что обусловливает его участие в регуляции динамики актинового скелета [10, 11]. Предположительно, функционирование белка GAP-43 связано с образованием крупных олигомерных комплексов в присутствии кислых фосфолипидов [12, 13]. GAP-43 относится к нативно-неупорядоченным белкам, для которых характерно многообразие белок-белковых взаимодействий и полифункциональность [13]. Длительное время полагали, что этот белок нейроспецифический [1, 7]. Однако в настоящее время имеются данные о присутствии белка GAP-43 в клетках глии, в хромафинных клетках [1], в подоцитах [14], в мышечных [15] и раковых [16] клетках. Недавно нами было показано, что GAP-43 присутствует также в ооцитах и зиготах мыши. При этом в ооцитах на стадии метафазы II GAP-43 локализован на тубулиновых структурах — мейотическом веретене и центрах организации микротрубочек — и фосфорилируется протеинкиназой С [17]. Примечательно, что особенности экспрессии, модификации и функции GAP-43 в различных типах клеток значительно отличаются, в то время как взаимодействия данного белка со своими основными внутриклеточными партнерами (протеинкиназой С, кальмодулином, актином и кислыми фосфолипидами) сохраняются [17]. GAP-43 также был обнаружен в пролиферирующих плюрипотентных клетках (клетках эмбриональной карциномы мыши) [18] и мультипотентных клетках (нейрональных предшественниках), где он локализован в цитоплазме, на центросомах и в области хроматина [19].

Цель — исследование особенностей локализации GAP-43 в клетках ранних (предимплантационных) эмбрионов мыши, обладающих тоти- и плюрипотентными свойствами.

Материалы и методы

В работе были использованы мыши гибриды F1 C57BL/CBA. Для получения ооцитов и зигот проводили гормональную стимуляцию самок введением 10 МЕ гонадотропина сыворотки жеребой кобылы (Мосагроген, Россия) и 10 МЕ хорионического гонадотропина человека (Intervet International B.V., Нидерланды) с интервалом 42–46 ч. Самок подвергали эвтаназии путем цервикальной дислокации через 13–20 ч после введения хорионического гонадотропина человека, после чего комплекс ооцитов/зигот с кумулюсными клетками извлекали из яйцевода мыши. Культивирование эмбрионов мыши до стадии бластоцисты проводили в CO2-инкубаторе (5 % CO2, 37 °С) в среде G-1 Plus (Vitrolife, Швеция).

Иммуноцитохимическое окрашивание ооцитов и ранних эмбрионов проводили по стандартной методике [17]. В работе использовали первичные антитела к GAP-43 AB5312 и AB5401 (Millipore, США), разведение в 200 раз, и вторичные антитела A-11034 с флуоресцентной меткой Alexa Fluor 488 (Invitrogen, США), разведение в 500 раз. Хромосомы окрашивали DAPI. Препараты готовили на предметном стекле с использованием заключающей среды Vectashield (Vector Laboratories, США) и анализировали с помощью конфокального микроскопа LSM-510 Meta (Carl Zeiss, Германия) в ресурсном центре «Развитие молекулярных и клеточных технологий» СПбГУ.

Результаты и обсуждение

Ранее для исследования белка GAP-43 в ооцитах и зиготах мыши мы использовали специфические поликлональные антитела AB5220 к белку GAP-43 крысы и AB5401 к фосфорилированной (по остатку Ser41) форме белка GAP-43 (Millipore) [17]. В настоящей работе были использованы поликлональные антитела AB5312 к белку GAP-43 кошки (Millipore). С помощью иммуноцитохимического окрашивания было исследовано распределение белка GAP-43 в ооцитах на стадии метафазы II и в ранних эмбрионах мыши — от одноклеточной стадии (зиготы) до стадии бластоцисты.

В ооцитах наблюдается равномерное распределение белка по цитоплазме за исключением зоны веретена деления, в области которого интенсивность окрашивания выше (рис. 1, a). В зиготе GAP-43 присутствует как в пронуклеусах (за исключением ядрышек), так и в цитоплазме. При этом количество белка в пронуклеусах выше, чем в цитоплазме (рис. 1, b). На стадии двух и четырех бластомеров наблюдается схожая картина: белок GAP-43 равномерно распределен по цитоплазме бластомеров и присутствует в ядрах, в ядрышках отсутствует (рис. 1, c, d).

 

Рис. 1. Локализация белка GAP-43 в ооците и ранних эмбрионах мыши: a — ооцит на стадии метафазы II (стрелкой указано положение веретена с хромосомами); b — зигота на стадии интерфазы (pb — второе полярное тельце); c — эмбрион на стадии двух бластомеров; d — эмбрион на стадии четырех бластомеров. DIC — дифференциально-интерференционный контраст, DAPI — окрашивание ДНК, AB5312 — окрашивание GAP-43 антителами AB5312, Merge — совмещение каналов DAPI и AB5312

Fig. 1. Localization of GAP-43 protein in the oocyte and early mouse embryos: a — metaphase II oocyte (the arrow indicates the position of the metaphase spindle); b — zygote at the interphase stage (pb — the second polar body); c — embryo at the stage of two blastomeres; d — embryo at the stage of four blastomeres. DIC — differential interference contrast, DAPI — DNA, AB5312 — anti-GAP-43 antibodies, Merge — combination of DAPI and AB5312 channels

 

На стадии морулы белок GAP-43 также локализован в цитоплазме и в ядрах (рис. 2, a, b). Количество GAP-43 в некоторых бластомерах может быть выше, чем в других бластомерах этого же эмбриона. На рис. 2, a показана морула в начале компактизации, в которой два из восьми бластомеров имеют более яркое окрашивание антителами к GAP-43. Это, вероятно, свидетельствует о том, что экспрессия GAP-43 в клетках ранних эмбрионов динамически зависит от стадии клеточного цикла. Поэтому из-за несинхронности деления бластомеров внутри эмбриона количество GAP-43 в разных бластомерах может различаться.

 

Рис. 2. Локализация белка GAP-43 в ранних эмбрионах мыши: a — морула на стадии восьми бластомеров; b — поздняя морула; c — ранняя бластоциста; d — бластоциста на стадии вылупления (ICM — клетки внутренней клеточной массы, tb — клетки трофобласта). DIC — дифференциально-интерференционный контраст, DAPI — окрашивание ДНК, AB5312 — окрашивание GAP-43 антителами AB5312, Merge — совмещение каналов DAPI и AB5312

Fig. 2. Localization of GAP-43 protein in early mouse embryos: a — morula of eight blastomeres, b — late morula, c — early blastocyst, d — blastocyst at the hatching stage (ICM — inner cell mass, tb — trophoblast cells). DIC — differential interference contrast, DAPI — DNA, AB5312 — anti-GAP-43 antibodies, Merge — combination of DAPI and AB5312 channels

 

Следующая рассмотренная нами стадия — бластоциста, в которой происходит дифференцировка клеток эмбриона на трофобласт (клетки которого расположены на периферии бластоцисты) и внутреннюю клеточную массу, которая в дальнейшем формирует плюрипотентный эпибласт. На рис. 2, c показана ранняя бластоциста с формирующейся полостью. При этом в ядрах клеток количество белка больше, чем в цитоплазме. В бластоцисте на более поздней стадии (в процессе вылупления из zona pellucida) хорошо видно более яркое окрашивание клеток внутренней клеточной массы по сравнению с клетками трофобласта (рис. 2, d).

В данной работе мы впервые продемонстрировали экспрессию GAP-43 в клетках ранних эмбрионов мыши, начиная с зиготы до стадии бластоцисты. GAP-43 в ранних эмбрионах проявляет цитоплазматическую и ядерную локализацию, что существенно отличается от преимущественно мембранной локализации GAP-43 в нейронах. Яркое окрашивание цитоплазмы антителами к белку GAP-43 наблюдается в эмбрионах до 4–8-клеточной стадии. GAP-43 также локализован в пронуклеусах зиготы и ядрах бластомеров в 2–4-клеточных эмбрионах. Такой результат впервые демонстрирует возможность ядерной локализации у белка GAP-43. Чтобы подтвердить присутствие GAP-43 в ядре, мы использовали также антитела к фосфорилированной (по остатку Ser41) форме GAP-43 — AB5401 (Millipore) и моноклональные антитела к белку GAP-43 — G9264 (Sigma-Aldrich, США). Оба вида антител также окрашивают ядра клеток в ранних эмбрионах мыши (рис. 3, для антител G9264 данные не показаны). Окраска белка в ядрах и цитоплазме с помощью антител AB5401 говорит о том, что белок в ранних эмбрионах фосфорилирован, причем, предположительно, протеинкиназой С, как и в нейронах.

 

Рис. 3. Локализация белка GAP-43, фосфорилированного по остатку Ser41, в моруле. DIC — дифференциально-интерференционный контраст, DAPI — окрашивание ДНК, AB5401 — окрашивание pSer41-GAP-43 антителами AB5401, Merge — совмещение каналов DAPI и AB5401

Fig. 3. Localization of Ser41-phosphorylated GAP-43 protein in morula. DIC — differential interference contrast, DAPI — DNA, AB5401 — anti-pSer41-GAP-43 antibodies, Merge — combination of DAPI and AB5401 channels

 

Хорошо известно, что мембранная локализация GAP-43 в нейронах связана с пальмитоилированием двух его остатков Cys3 и Cys4 [20, 21]. Поэтому можно заключить, что в ранних эмбрионах мыши GAP-43 не содержит остатков пальмитиновой кислоты. Как мы предположили ранее, это может быть следствием того, что в ранних эмбрионах экспрессируется не полная, а укороченная с N-конца форма GAP-43-2, лишенная остатков 1–4 за счет альтернативной трансляции с кодона Met5 [17]. Мы проанализировали аминокислотную последовательность GAP-43 с помощью компьютерных алгоритмов, предназначенных для предсказания субклеточной локализации белка. Программы PSORT II [22], SCLpred [23], ESLPred2 [24], Cello v.2.5 [25] предсказывают для GAP-43 ядерную локализацию, программы MultiLoc2 [26] и BUSCA [27] — ядерно-цитоплазматическую локализацию, программы cNLS Mapper [28] и NLStradamus [29] — что участок 43–57, расположенный внутри поликатионного эффекторного домена GAP-43, — это одинарный сигнал ядерной локализации («monopartite nuclear localization signal»). Интересно отметить, что для двух родственных белков — MARCKS и BASP1 — также было показано, что их эффекторные домены могут выступать в качестве сигнала ядерной локализации [30, 31]. Таким образом, можно заключить, что при отсутствии пальмитоилирования белка GAP-43 наиболее вероятная его локализация в клетке — именно локализация в ядре и цитоплазме, что и было обнаружено в настоящей работе.

Сравнивая данные, полученные с помощью антител к белку GAP-43 в этой работе (AB5312), с полученными ранее результатами по окрашиванию белка GAP-43 в ооцитах и зиготах мыши с помощью других поликлональных антител к белку GAP-43 (AB5220) [17] можно отметить два различия. 1) Использованные в данной работе антитела AB5312 дают более яркое окрашивание цитоплазмы, чем антитела AB5220. На фоне яркого окрашивания цитоплазмы ооцита окрашивание тубулин-содержащих структур (мейотического веретена и центров организации микротрубочек) не так отчетливо выражено, хотя окраска в области веретена все же сильнее, чем окраска цитоплазмы (рис. 1, a). 2) Антитела AB5312, в отличие от AB5220, окрашивают ядра клеток и пронуклеусы в зиготе. Таким образом, антитела AB5220 и AB5312 имеют различную специфичность при окрашивании разных внутриклеточных пулов GAP-43 (ядерного и цитоплазматического). Хотя оба вида антител — кроличьи поликлональные, они отличаются иммуногеном: AB5220 получены к GAP-43 крысы, а AB5312 — к GAP-43 кошки. Белки GAP-43 крысы и кошки имеют примерно 20 % различающихся остатков, что может объяснить существенные различия в наборе эпитопов для каждого вида антител.

Из полученных нами данных (здесь и в работе [17]) следует, что в ооцитах и клетках ранних эмбрионов мыши можно выделить три различных внутриклеточных пула белка GAP-43: а) цитоплазматический; б) ядерный; в) связанный с тубулиновыми структурами (веретеном деления и центрами организации микротрубочек). Более того, наши предварительные данные показывают, что различные пулы белка GAP-43 избирательно окрашиваются с помощью различных моноклональных антител к данному белку (данные готовятся к публикации). Это, вероятно, объясняется различными модификациями белка GAP-43 в этих пулах, что будет исследовано в дальнейшей работе.

Ранние (предимплантационные) эмбрионы вызывают интерес в связи с тем, что их клетки обладают уникальными свойствами — тотипотентностью и плюрипотентностью. Тотипотентность — способность к формированию полноценного организма из одной клетки — для плацентарных млекопитающих включает в себя способность давать начало собственно эмбриону и внезародышевым тканям. Для эмбрионов мыши показано, что тотипотентностью обладает лишь зигота и, как правило, лишь один бластомер эмбриона на двух- и четырехклеточной стадии [32]. Бластомеры эмбрионов мыши на более поздних стадиях развития уже не обладают данным свойством. На стадии поздней бластоцисты (перед имплантацией в матку) клетки внутриклеточной массы формируют эпибласт, обладающий свойством плюрипотентности. Клетки эпибласта способны дифференцироваться в клетки всех трех зародышевых листков эмбриона, однако не способны формировать внезародышевые ткани. Они являются источником для получения плюрипотентных эмбрионально-стволовых клеток in vitro. В настоящей работе белок GAP-43 был обнаружен в тотипотентных и плюрипотентных клетках эмбриона. В связи с этим существенный интерес вызывают литературные данные об экспрессии GAP-43 в плюрипотентных клетках эмбриональной карциномы мыши. Было показано, что в этих клетках транскрипция гена GAP43 происходит с промотора, отличного от того, который обусловливает экспрессию GAP-43 в нейронах [18, 33]. GAP-43 также был обнаружен в эмбрионально-стволовых клетках человека [34] и в раковых клетках [16]. Это позволяет сделать предположение, что GAP-43 имеет особую роль в недифференцированных клетках.

Заключение

В данной работе мы впервые продемонстрировали присутствие белка GAP-43 в клетках ранних эмбрионов мыши от стадии зиготы до стадии бластоцисты и выявили существенные особенности локализации белка GAP-43 в них в сравнении с нейронами — локализацию в цитоплазме и клеточном ядре вместо плазматической мембраны. Поскольку предполагаемая роль GAP-43 в нейронах так или иначе связана с регуляцией динамики плазматической мембраны и актинового скелета, полученные нами данные позволяют сделать предположение о специфических функциях GAP-43 в тоти- и плюрипотентных клетках ранних эмбрионов. Результаты также имеют важное значение для исследования функций GAP-43 в других недифференцированных (стволовых и раковых) клетках.

Дополнительная информация

Источник финансирования. Авторы заявляют об отсутствии внешнего финансирования при проведении исследования.

Этический комитет. Выполнение исследования одобрено протоколом этического комитета Института экспериментальной медицины № 2/24 от 25.04.2024.

Конфликт интересов. Авторы декларируют отсутствие явных и потенциальных конфликтов интересов, связанных с публикацией настоящей статьи.

Вклад авторов. Все авторы внесли существенный вклад в разработку концепции, проведение исследования и подготовку статьи, прочли и одобрили финальную версию перед публикацией.

Наибольший вклад распределен следующим образом: Ф.М. Захарова, В.В. Захаров — концепция и дизайн исследования, аналитическая обработка результатов, написание текста статьи; Ф.М. Захарова, Н.А. Яговкина — работа с животными, проведение иммуноцитохимических экспериментов, обзор результатов; Ф.М. Захарова — работа на конфокальном микроскопе; В.В. Захаров — работа с базами данных и программами.

×

Об авторах

Фаина Михайловна Захарова

Институт экспериментальной медицины; Санкт-Петербургский государственный университет

Автор, ответственный за переписку.
Email: fzakharova@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-9558-3979
SPIN-код: 9699-5744

канд. биол. наук, старший научный сотрудник отдела молекулярной генетики, старший преподаватель кафедры эмбриологии

Россия, Санкт-Петербург; Санкт-Петербург

Надежда Андреевна Яговкина

Санкт-Петербургский государственный университет

Email: st110082@student.spbu.ru
ORCID iD: 0009-0002-3090-9621

студентка 2-го курса магистратуры биологического факультета, кафедра эмбриологии

Россия, Санкт-Петербург

Владислав Викторович Захаров

Институт высокомолекулярных соединений Российской академии наук

Email: vlad.v.zakharov@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7871-632X
SPIN-код: 1203-0639

канд. биол. наук, научный сотрудник лаборатории № 5 (природных полимеров)

Россия, Санкт-Петербург

Список литературы

  1. Oestreicher A.B., De Graan P.N., Gispen W.H., et al. B-50, the growth associated protein-43: Modulation of cell morphology and communication in the nervous system // Prog Neurobiol. 1997. Vol. 53, N 6. P. 627–686. doi: 10.1016/s0301-0082(97)00043-9
  2. Mosevitsky M.I. Nerve ending “signal” proteins GAP-43, MARCKS, and BASP1 // Int Rev Cytol. 2005. Vol. 245. P. 245–325. doi: 10.1016/s0074-7696(05)45007-x
  3. Denny J.B. Molecular mechanisms, biological actions, and neuropharmacology of the growth-associated protein GAP-43 // Curr Neuropharmacol. 2006. Vol. 4. P. 293–304. doi: 10.2174/157015906778520782
  4. Benowitz L.I., Routtenberg A. GAP-43: An intrinsic determinant of neuronal development and plasticity // Trends Neurosci. 1997. Vol. 20, N 2. P. 84–91. doi: 10.1016/s0166-2236(96)10072-2
  5. Aarts L.H.J., Schotman P., Verhaagen J., et al. The role of the neural growth associated protein B-50/GAP-43 in morphogenesis // Adv Exp Med Biol. 1998. Vol. 446. P. 85–106. doi: 10.1007/978-1-4615-4869-0_6
  6. Caroni P. Neuro-regeneration: plasticity for repair and adaptation // Essays Biochem. 1998. Vol. 33. P. 53–64. doi: 10.1042/bse0330053
  7. Holahan M.R., Honegger K.S., Tabatadze N., Routtenberg A. GAP-43 gene expression regulates information storage // Learn Mem. 2007. Vol. 14, N 6. P. 407–415. doi: 10.1101/lm.581907
  8. Holahan M. A shift from a pivotal to supporting role for the Growth-Associated Protein (GAP-43) in the coordination of axonal structural and functional plasticity // Front Cell Neurosci. 2017. Vol. 11. P. 266. doi: 10.3389/fncel.2017.00266
  9. Chung D., Shum A., Caraveo G. GAP-43 and BASP1 in axon regeneration: implications for the treatment of neurodegenerative diseases // Front Cell Dev Biol. 2020. Vol. 8. P. 567537. doi: 10.3389/fcell.2020.567537
  10. Caroni P. New EMBO members’ review: actin cytoskeleton regulation through modulation of PI(4,5)P(2) rafts // EMBO J. 2001. Vol. 20, N 16. P. 4332–4336. doi: 10.1093/emboj/20.16.4332
  11. Tong J., Nguyen L., Vidal A., et al. Role of GAP-43 in sequestering phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate to raft bilayers // Biophys J. 2008. Vol. 94, N 1. P. 125–133. doi: 10.1529/biophysj.107.110536
  12. Zakharov V.V., Mosevitsky M.I. Oligomeric structure of brain abundant proteins GAP-43 and BASP1 // J Struct Biol. 2010. Vol. 170, N 3. P. 470–483. doi: 10.1016/j.jsb.2010.01.010
  13. Forsova O.S., Zakharov V.V. High-order oligomers of intrinsically disordered brain proteins BASP1 and GAP-43 preserve the structural disorder // FEBS J. 2016. Vol. 283, N 8. P. 1550–1569. doi: 10.1111/febs.13692
  14. Yang Y., Shi W., Li C., et al. Growth associated protein 43 deficiency promotes podocyte injury by activating the calmodulin/calcineurin pathway under hyperglycemia // Biochem Biophys Res Commun. 2023. Vol. 656. P. 104–114. doi: 10.1016/j.bbrc.2023.02.069
  15. Moradi F., Copeland E.N., Baranowski R.W., et al. Calmodulin-binding proteins in muscle: a minireview on nuclear receptor interacting protein, neurogranin, and growth-associated protein 43 // Int J Mol Sci. 2020. Vol. 21, N 3. P. 1016. doi: 10.3390/ijms21031016
  16. Zheng С., Quan R.-D., Wu C.-Y., et al. Growth-associated protein 43 promotes thyroid cancer cell lines progression via epithelial-mesenchymal transition // J Cell Mol Med. 2019. Vol. 23, N 12. P. 7974–7984. doi: 10.1111/jcmm.14460
  17. Захарова Ф.М., Захаров В.В. Обнаружение белков мозга BASP1 и GAP43 в ооцитах и зиготах мыши // Онтогенез. 2017. Т. 48, № 3. С. 192–202. EDN: YTLVRR doi: 10.7868/S0475145017030120
  18. Esdar C., Oehrlein S.A., Reinhardt S., et al. The protein kinase C (PKC) substrate GAP-43 is already expressed in neural precursor cells, colocalizes with PKCeta and binds calmodulin // Eur J Neurosci. 1999. Vol. 11, N 2. P. 503–516. doi: 10.1046/j.1460-9568.1999.00455.x
  19. Mishra R., Gupta S.K., Meiri K.F., et al. GAP-43 is key to mitotic spindle control and centrosome-based polarization in neurons // Cell Cycle. 2008. Vol. 7, N 3. P. 348–357. doi: 10.4161/cc.7.3.5235
  20. Skene J.H., Virag I. Posttranslational membrane attachment and dynamic fatty acylation of a neuronal growth cone protein, GAP-43 // J Cell Biol. 1989. Vol. 108, N 2. P. 613–624. doi: 10.1083/jcb.108.2.613
  21. Liu Y., Fisher D.A., Storm D.R. Intracellular sorting of neuromodulin (GAP-43) mutants modified in the membrane targeting domain // J Neurosci. 1994. Vol. 14, N 10. P. 5807–5817. doi: 10.1523/jneurosci.14-10-05807.1994
  22. Horton P., Nakai K. Better prediction of protein cellular localization sites with the k nearest neighbors classifier // Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol. 1997. Vol. 5. P. 147–152.
  23. Mooney C., Wang Y.-H., Pollastri G. SCLpred: protein subcellular localization prediction by N-to-1 neural networks // Bioinformatics. 2011. Vol. 27, N 20. P. 2812–2819. doi: 10.1093/bioinformatics/btr494
  24. Garg А., Raghava G.P.S. ESLpred2: improved method for predicting subcellular localization of eukaryotic proteins // BMC Bioinformatics. 2008. Vol. 9. P. 503. doi: 10.1186/1471-2105-9-503
  25. Yu C.S., Chen Y.C., Lu C.H., Hwang J.K. Prediction of protein subcellular localization // Proteins. 2006. Vol. 64, N 3. P. 643–651. doi: 10.1002/prot.21018
  26. Blum T., Briesemeister S., Kohlbacher O. MultiLoc2: integrating phylogeny and gene ontology terms improves subcellular protein localization prediction // BMC Bioinformatics. 2009. Vol. 10. P. 274. doi: 10.1186/1471-2105-10-274
  27. Savojardo C., Martelli P.L., Fariselli P., et al. BUSCA: an integrative web server to predict subcellular localization of proteins // Nucleic Acids Res. 2018. Vol. 46, N W1. P. W459–W466. doi: 10.1093/nar/gky320
  28. Kosugi S., Hasebe M., Tomita M., Yanagawa H. Systematic identification of yeast cell cycle-dependent nucleocytoplasmic shuttling proteins by prediction of composite motifs // Proc Natl Acad Sci. 2009. Vol. 106, N 25. P. 10171–10176. doi: 10.1073/pnas.0900604106
  29. Nguyen Ba A.N., Pogoutse A., Provart N., Moses A.M. NLStradamus: a simple Hidden Markov model for nuclear localization signal prediction // BMC Bioinformatics. 2009. Vol. 10. P. 202. doi: 10.1186/1471-2105-10-202
  30. Carpenter B., Hill K.J., Charalambous M., et al. BASP1 is a transcriptional cosuppressor for the Wilms’ tumor suppressor protein WT1 // J Mol Cell Biol. 2004. Vol. 24, N 2. P. 537–549. doi: 10.1128/MCB.24.2.537–549.2004
  31. Rohrbach T.D., Shah N., Jackson W.P., et al. The effector domain of MARCKS is a nuclear localization signal that regulates cellular PIP2 levels and nuclear PIP2 localization // PLoS One. 2015. Vol. 10, N 10. P. e0140870. doi: 10.1371/journal.pone.0140870
  32. Marino M., Hiroaki T., Yuki N., et al. Totipotency of mouse zygotes extends to single blastomeres of embryos at the four-cell stage // Sci Rep. 2021. Vol. 11, N 1. P. 11167. doi: 10.1038/s41598-021-90653-1
  33. Zhao J.-С., Zhang L.-Х., Zhang Y., Shen Y.F. The differential regulation of Gap43 gene in the neuronal differentiation of P19 cells // J Cell Physiol. 2012. Vol. 227, N 6. P. 2645–2653. doi: 10.1002/jcp.23006
  34. Zhao P., Schulz T.C., Sherrer E.S., et al. The human embryonic stem cell proteome revealed by multidimensional fractionation followed by tandem mass spectrometry // Proteomics. 2015. Vol. 15, N 2-3. P. 554–566. doi: 10.1002/pmic.201400132

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Локализация белка GAP-43 в ооците и ранних эмбрионах мыши: a — ооцит на стадии метафазы II (стрелкой указано положение веретена с хромосомами); b — зигота на стадии интерфазы (pb — второе полярное тельце); c — эмбрион на стадии двух бластомеров; d — эмбрион на стадии четырех бластомеров. DIC — дифференциально-интерференционный контраст, DAPI — окрашивание ДНК, AB5312 — окрашивание GAP-43 антителами AB5312, Merge — совмещение каналов DAPI и AB5312

Скачать (445KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Локализация белка GAP-43 в ранних эмбрионах мыши: a — морула на стадии восьми бластомеров; b — поздняя морула; c — ранняя бластоциста; d — бластоциста на стадии вылупления (ICM — клетки внутренней клеточной массы, tb — клетки трофобласта). DIC — дифференциально-интерференционный контраст, DAPI — окрашивание ДНК, AB5312 — окрашивание GAP-43 антителами AB5312, Merge — совмещение каналов DAPI и AB5312

Скачать (460KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Локализация белка GAP-43, фосфорилированного по остатку Ser41, в моруле. DIC — дифференциально-интерференционный контраст, DAPI — окрашивание ДНК, AB5401 — окрашивание pSer41-GAP-43 антителами AB5401, Merge — совмещение каналов DAPI и AB5401

Скачать (111KB)
Метаданные

© Эко-Вектор, 2024


СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 74760 от 29.12.2018 г.