ГЕНОТИПИРОВАНИЕ И СУБТИПИРОВАНИЕ ПАТОГЕННЫХ МИКРООРГАНИЗМОВ В РАЗВИТИИ ТЕХНОЛОГИЙ ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОГО НАДЗОРА

  • Авторы: ЖЕБРУН АБ1, МУКОМОЛОВ СЛ1, НАРВСКАЯ ОВ1
  • Учреждения:
    1. ФГУН «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени Пастера» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
  • Выпуск: Том 9, № 4 (2009)
  • Страницы: 59-67
  • Раздел: Статьи
  • Статья опубликована: 15.12.2009
  • URL: https://journals.eco-vector.com/MAJ/article/view/9397
  • ID: 9397

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Генотипирование и молекулярное маркирование микроорганизмов - основные методические направления современной молекулярной эпидемиологии. В данной статье представлены некоторые результаты фундаментальных и прикладных исследований Санкт-Петербургского института имени Пастера в области молекулярной эпидемиологии. Использованы методы: полного и лимитированного сиквенса генов, анализ полиморфизма длин фрагментов рестрикции ДНК, сполиготипирование, VNTR-типирование, резистотипирование и др. Получены новые знания о популяционной структуре и доминирующих генотипах микобактерий туберкулеза, коринебактерий дифтерии, хеликобактерий, вирусов гепатитов А, В, С, вирусов папилломы человека, циркулирующих в России, и в частности на северо-западе страны и в Санкт-Петербурге. Выявлена генетическая дивергенция популяции вируса краснухи и вакцинных штаммов полиовируса в условиях массовой вакцинации. Получены прямые доказательства более высокой эффективности методов генотипирования патогенов в эпидемиологической диагностике по сравнению с традиционным эпидемиологическим расследованием.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

А Б ЖЕБРУН

ФГУН «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени Пастера» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека

Член-корреспондент РАМН 197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, д. 14

С Л МУКОМОЛОВ

ФГУН «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени Пастера» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, д. 14

О В НАРВСКАЯ

ФГУН «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени Пастера» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, д. 14

Список литературы

  1. Беляков В.Д., Каминский Г.Д. Молекулярная эпидемиология // Будущее науки. М., 1988. Т. 21. С. 172-184.
  2. Жебрун А.Б. Инфекция Helicobacter pylori. СПб.: Феникс, 2006.
  3. Жебрун А.Б., Лялина Л.В., Бичурина М.А. и др. Проблемы контроля инфекционных заболеваний. СПб.: Русь, 2003.
  4. Инфекционная заболеваемость в Северо-Западном федеральном округе России / А.Б. Жебрун (ред.). СПб.: Феникс, 2007.
  5. Лаврентьева И.Н., Семериков В.В., Жебрун А.Б. и др. Краснуха в России: изменчивость возбудителя в период вакцинопрофилактики инфекции // Журн. микробиол. 2003. № 3. С. 26-31.
  6. Мокроусов И.В., Оттен Т.Ф., Нарвская О.В., Вишневский Б.И. Способ экспрессного определения устойчивости к рифампицину у микобактерий туберкулеза. Патент 2287586. 2006.
  7. Мокроусов И.В., Оттен Т.Ф., Нарвская О.В., Вишневский Б.И. Способ экспрессного определения устойчивости к изониазиду у микобактерий туберкулеза. Патент 2339040. 2008.
  8. Онищенко ГГ., Дроздов С.Г., Грачев В.П. и др. Проблемы ликвидации полиомиелита. СПб.: Феникс, 2008.
  9. Опыт борьбы с дифтерией в Ленинграде / В.И. Иоффе (ред.). Л.: Медгиз, 1962.
  10. Тотолян А.А., Суворов А.Н., Дмитриев А.В. Стрептококки группы В в патологии человека. СПб.: Человек, 2009.
  11. Хазенсон Л.Б. Становление, развитие и перспектива исследований по проблеме «Кишечные инфекции» в Петроградском-Ленинградском-Санкт-Петербургском НИИЭМ имени Пастера // Актуальные проблемы инфекционной патологии. Ч. I / СПб НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера. СПб., 1993. С. 3-5.
  12. Ando Т., Peek R.M., Pride D. et al. Polymorphisms of Helicobacter pylori HP0638 Reflect Geographic Origin and Correlate with cagA Status // J. Clin. Microbiol. 2002. Vol. 40. № 1. P. 239-246.
  13. Arauz-Ruiz P., Norder H., Robertson В., Magnius L. Genotype H: a new Amerindian genotype of hepatitis В virus revealed in Central America // J. Gen. Virol. 2002. Vol. 83. P. 2059-2073.
  14. De Francesco V., Margiotta M., Zullo A. Clarithro-mycin-resistant genotypes and eradication of Helicobacter pylori //Ann. Intern. Med. 2006. Vol. 144. № 2. P. 94-100.
  15. Garrido L., Toledo H. Novel genotypes in Helicobacter pylori involving domain V of the 23S rRNA gene // Helicobacter. 2007. Vol. 12. № 5. P. 505-509.
  16. Grimont P. Grimont F., Efstratiou A. et al. International nomenclature for Corynebacterium diphtheriae ribotypes // Res. Microbiol. 2004. Vol. 155. № 3. P. 162-166.
  17. Holm-Hansen C, Vainio K. Sequencing of viral genes //Methods Mol. Biol. 2009. Vol. 551. P. 203-215.
  18. Houben R.M., Glynn J.R. A systematic review and metaanalysis of molecular epidemiological studies of tuberculosis: development of a new tool to aid interpretation // Trop. Med. Int. Health. 2009. Vol. 14. № 8. P. 892-909.
  19. Kalinina O., Norder H., Mukomolov S., and Magnius L.O. A natural interogenotypic recombinant of hepatitis С virus identified in St. Petersburg // J. Virology. Vol. 76. №8. P. 4034-4043.
  20. Kalinina O., Norder H., Magnius L. Full-length open reading frame of a recombinant hepatitis С virus strain from St Petersburg: proposed mechanism for its formation // J. Gen. Virol. 2004. Vol. 85. P. 18531857.
  21. Kamerbeek J., Schouls A., Kolk M. et al. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology // J. Clin. Microbiol. 1997. Vol. 35. P. 907-914.
  22. Mokrousov I., Ly H., Often T. Origin and primary dispersal of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: clues from human phylogeography // Genome Res. 2005. Vol. 15. № 10. P. 1357-1364.
  23. Mokrousov I., Narvskaya O., Limeschenko E., Vyazovaya A. Efficient discrimination within a Corynebacterium diphtheriae epidemic clonal group by a novel macroarray-based method // J. Clin. Microbiol. 2005. Vol. 43. №4. P. 1662-1668.
  24. Narvskaya O., Mokrousov I., Otten Т., Vishnevsky B. Molecular markers: application for studies of Mycobacterium tuberculosis population in Russia // Trends in DNA fingerprinting research / ed. M.M. Read. Nova Science Publishers. NY, USA. 2005. P. 111-125.
  25. Narvskaya O., Otten Т., Limeschenko E. et al. Nosocomial outbreak of multidrug-resistant tuberculosis caused by a strain of Mycobacterium tuberculosis W-Beijing family in St. Petersburg, Russia // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2002. Vol. 21. № 8. P. 596-602.
  26. Okamoto PL, Tsuda R, Sakugawa H., Sastrosoewignjo R.I. et al. Typing hepatitis В virus by homology in nucleotide sequence: comparison of surface antigen subtypes. Gen. Virol. 1988. Vol. 69. P. 2575-2583.
  27. Robertson B.H., Jansen R.W., Khanna B. et al. Genetic relatedness of hepatitis A virus strains recovered from different geographical regions // J. Gen. Virol. 1992. Vol. 73. P. 1365-1377.
  28. Simmonds P., Holmes E.C., Cha T.A., Chan S-W. et al. Classification of hepatitis С virus into six major genotypes and a series of subtypes by phylogenetic analysis of the NS5 region // J. Gen. Virol. 1993. Vol. 74. P. 2391-2399.
  29. Supply P., Magdalena J., Flimpens S., Locht C. Identification of novel intergenic repetitive units in a mycobacterial two-component system operon // Mol. Microbiol. 1997. Vol. 26. P. 991-1003.
  30. Tarasova E.A., Suvorova M.A., SvarvalA.V. etal. Molecular genetic analisis of 23S RNA mutations associated with clarythromycin resistance in Helicobacter pylori strains isolated in St. Petersburg, Russia // ECCMID. 2008. P. 830.
  31. Tettelin H., Feldblyum T. Bacterial genome sequencing // Methods Mol. Biol. 2009. Vol. 551. P. 231-247.
  32. Van Embden J.D.A., Cave M.D., Crawford J.T. et al. Strain identification of Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: recommendations for a standardized methodology // J. Clin. Microbiol. 1993. Vol. 31. P. 406-409.
  33. WHO. Manual for the laboratory diagnosis of measles and rubella virus infection. Second edition. Geneva, 2006.
  34. World health organization. Imported wild poliovirus causing poliomyelitis, Bulgaria, 2001 // Weekly epidemiological record. 2001. Vol. 76. № 43. P. 332-335.
  35. Yamaoka Y. Helicobacter pylori typing as a tool for tracking human migration // Clin. Microbiol. Infect. 2009. Vol. 15. № 9. P. 829-834.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© ЖЕБРУН А.Б., МУКОМОЛОВ С.Л., НАРВСКАЯ О.В., 2009

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 74760 от 29.12.2018 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах