Система эукариот в третьем обновлении интерфейса «Eukaryotic supergroups: Taxonomy/Biotechnology interface» (2024 г.)

Полный текст

Эукариоты – группа организмов с богатейшим биотехнологическим потенциалом, а создание классификационной системы этих организмов, обладающей эвристической силой и большими прогностическими возможностями, востребовано биотехнологическим сообществом. Требования, предъявляемые к биологической классификации со стороны прикладных наук (и биотехнологии в частности), сводятся к: 1) консенсусному и «мейнстримному» характеру классификационной системы; 2) верному отражению ею природных взаимосвязей, т. е. эвристической силе и прогностическим возможностям [1].

В 2022 г. мы приступили к разработке интерфейса, обеспечивающего взаимодействие таксономического и биотехнологического сообществ. Ранговая структура классификатора была подробно разобрана нами в монографии «Nomenclature and rank correlation of higher taxa of eukaryotes» [2].

За прошедший период опубликованы результаты нескольких исследований, проливающих свет на детали базальной и кроновой структуры древа эукариот.

Полногеномные сравнения позволили сделать вывод о близком возрасте метамонад и аморфей, а объединенное выравнивание аминокислотных последовательностей 183 белков эукариот подтвердило древность метамонад (экскават), а также показало порядок дивергенции их основных групп на эукариотном древе: «парабазалии – форникаты – преаксостили» [3].

Определено положение загадочной группы Meteora – вблизи Hemimastigophora, т. е. «базальных кортикат» [4].

Уточнена структура ветвления в кроновой области эукариот [5]. Важным выводом из цитируемой работы является подтверждение принадлежности Cryptista к группировке, которую мы называем Plantae, принадлежности Glaucophyta к «Viridiplantae», а Picozoa – к Rhodophyta. Эти данные – шаг по пути нивелирования дихотомии Кавалье-Смита – «Plantae/Chromista» – и неожиданный выход на авансцену мегасистематики более крупной группировки – Сorticata [6].

Третье обновление интерфейса «Eukaryotic supergroups: Taxonomy/Biotechnology interface» учитывает сделанные за прошедший период важные обобщения, а также аккумулирует проведенную за год работу по корреляции рангов таксонов [7].

Domain EUKARYA Margulis

•Subdomain I. EXCAVATA Caval.-Sm.

••Kingdom 1. Archezoa Caval.-Sm.

••••••Phylum Parabasalia Honigberg

•••••••••Class Hypotrichomonadea Cepicka, Hampl et Kulda

•••••••••Class Pimpavickea Boscaro et Keeling

•••••••••Class Trichomonadea Kirby

•••••••••Class Lophomonadea Boscaro et Keeling

•••••••••Class Trichonymphea Poche

•••••••••Class Cristamonadea Cepicka, Hampl et Kulda

•••••••••Class Dienamoebea Boscaro et Keeling

•••••••••Class Monocercomonadea Boscaro et Keeling

•••••••••Class Tritrichomonadea Cepicka, Hampl et Kulda

•••••••••Class Spirotrichonymphea Grasse

••••••Phylum Anaeramoebea ined. (sole class, order, family)

••••••Phylum Preaxostyla Simpson

•••••••••Class Anaeromonadea Caval.-Sm.

•••••••••Class Paratrimastigideained.

••••••Phylum Oxymonada Karpov

•••••••••Class Oxymonadidae ined.

•••••••••Class Polymastigidea ined.

•••••••••Class Streblomastigidea ined.

•••••••••Class Pyrsonymphidea ined.

•••••••••Class Saccinobaculidea ined.

••••••Phylum Fornicata Simpson

•••••••••Class Carpediemonadea Caval.-Sm.

•••••••••Class Eopharingea Caval.-Sm.

••••••Phylum Planomonada Tedersoo

•••••••••Class Planomonadea Tedersoo

••Kingdom 2. Discoba Simpson in Hampl et al.

•••••Superphylum Jakobea Caval.-Sm.

••••••Phylum Jakobida Leontyev

••••••Phylum Tsukubea Caval.-Sm.

•••••Superphylum Percolozoa Caval.-Sm.

••••••Phylum Pharyngomonada Caval.-Sm. et Nikolaev

••••••Phylum Tetramitia Caval.-Sm.

•••••••••Class Lyromonadea Caval.-Sm.

•••••••••Class Heterolobosea Page et Blanton

•••••Superphylum Euglenozoa Caval.-Sm.

••••••Phylum Kinetoplastea Honigberg

••••••Phylum Diplonemia Caval.-Sm.

••••••Division Euglenophyta Pascher

••••••Phylum Calkinsea ined.

•Subdomain II. OBIMODA Zmitr., Perelygin, Zharikov

••Kingdom 3. Crumalia Zmitr., Perelygin et Zharikov

••••••Phylum Malawimonadea Caval. -Sm.

••••••Phylum Mantamonada Zmitr., Perelygin et Zharikov

••••••Phylum Rigifilida Zmitr., Perelygin et Zharikov

••••••Phylum Collodictyonida Zmitr., Perelygin et Zharikov

••Kingdom 4. Amoebozoa Caval.-Sm.

••••••Phylum Lobosa Schultze

•••••••••Class Tubulinea Smirnov et al.

••••••••••Ordo Euamoebida Lepsi

••••••••••Ordo Arcellinida Kent

••••••••••Ordo Leptomyxida Pussard et Pons

••••••••••Ordo Nolandida Smirnov et al.

••••••••••Ordo Echinamoebida Caval.-Sm. et al.

•••••••••Class Discosea Caval.-Sm. et al.

••••••••••Ordo Flabellinia Smirnov et al.

••••••••••Ordo Longamoebia Smirnov et al.

••••••Phylum Conosa Caval.-Sm.

•••••••Subphylum Variosea Caval.-Sm.

•••••••••Class Varipodida Caval.-Sm.

•••••••••Class Phalansteriida Hibberd

•••••••••Class Holomastigida Lauterborn

•••••••Subphylum Archamoebae Caval.-Sm.

•••••••••Class Mastigamoebida Caval.-Sm.

•••••••••Class Pelobiontida Caval.-Sm.

•••••••Subphylum Mycetozoa de By ex Rostaf.

••••••Superclass Dictyosteliomycia ined.

•••••••••Class Acytosteliomycetes ined.

•••••••••Class Dictyosteliomycetes Doweld

••••••Superlass Ceratiomyxomycia ined.

•••••••••Class Protosporangiomycetes ined.

•••••••••Class Ceratiomyxomycetes D. Hawksw., B. Sutton et Ainsw. in Leontyev et al.

••••••Superclass Myxogasteromycia ined.

•••••••••Class Liceomycetes ined.

•••••••••Class Physaromycetes Doweld

••Kingdom 5. Obazoa Brown et al.

•••Infrakingdom Breviatea ined. (sole phylum, class, order)

•••Infrakingdom Apusomonadea ined. (sole phylum, class, order)

•••Infrakingdom Opisthokonta Copeland

••••Subkingdom Holomycota Liu et al.

•••••Superphylum Cristidiscoidea Caval.-Sm.

••••••Phylum Fonticulida ined.

••••••Phylum Nucleariida ined.

•••••Superphylum Zoosporia ined.

••••••Phylum Opisthosporidia Karpov et al.

••••••Division Eumycota Arx

•••••••Subdivision Chytridiomycotina Caval.-Sm.

••••••••Superclass Chytridiomycia ined.

••••••••Superclass Monoblepharomycia ined.

••••••••Superclass Neocallimastigomycia ined.

•••••••Subdivision Olpidiomycotina ined.

•••••••Subdivision Sanchytriomycotina ined.

•••••••Subdivision Blastocladiomycotina ined.

•••••••Subdivision Basidiobolomycotina ined.

•••••••Subdivision Zoopagomycotina ined.

••••••••Superclass Entomophthoromycia ined.

••••••••Superclass Kickxellomycia ined.

•••••••Subdivision Glomeromycotina ined.

•••••••Subdivision Phycomycotina ined.

••••••••Superclass Phycomycia ined.

••••••••Superclass Mortierellomycia ined.

••••••••Superclass Calcarisporiellomycia ined.

•••••••Subdivision Dikaryomycotina ined.

••••••••Superclass Entorrhizomycia ined.

••••••••Superclass Agaricomycia ined.

••••••••Superclass Saccharomycia ined.

••••Subkingdom Holozoa Lang

•••••Superphylum Ichtyosporea Caval.-Sm.

•••••Superphylum Pluriformea Hehenberger et al.

••••••Phylum Corallochytrea Caval.-Sm.

••••••Phylum Syssomonadea ined.

••••••Phylum Filozoa Shalchian-Tabrizi et al.

•••••••Subphylum Filasterea Shalchian-Tabrizi et al.

•••••••Subphylum Choanozoa Caval.-Sm.

••••••••Superclass Choanoflagellatea Caval.-Sm.

••••••••Superclass Metazoa Haeckel

•••••••••[rank lowering needed] Porifera Grant

•••••••••[rank lowering needed] Eumetazoa Bütschli

•Subdomain III. CORTICATA Caval.-Sm.

••Kingdom 6. Eocorticata ined.

••••••Phylum Hemimastigophora Foissner et al.

••••••Phylum Provora Tikhonenkov et al.

••••••Phylum Meteora ined.

••Kingdom 7. Haptista Caval.-Sm. et al.

••••••Division Haptophyta Hibberd

•••••••••Class Pavlovaphyceae Edvardsen et al.

•••••••••Class Prymnesiophyceae Hibberd

••••••Phylum Centroplasthelida Febvre-Chevalier et Febvre

•••••••••Class Pterocystida Caval.-Sm., von der Heyden

•••••••••Class Panacanthocystida Shishkin et Zlatogursky

••Kingdom 8. Tsaralia ined. (= TSAR)

•••••Superphylum Eochromista ined.

••••••Phylum Telonemia Shalchian-Tabrizi et al.

•••••Superphylum Rhizaria Caval.-Sm.

••••••Phylum Gymnosphaerida Poche

••••••Phylum Cercozoa Caval.-Sm.

•••••••••Class Cercomonadida Poche

•••••••••Class Paracercomonadida Caval.-Sm.

•••••••••Class Glissomonadida Howe et al.

•••••••••Class Viridiraptoridae Hess, Melkonian

•••••••••Class Pansomonadidae Vickerman et al.

•••••••••Class Helkesea Caval.-Sm.

•••••••••Class Thecofilosea Caval.-Sm.

•••••••••Class Cryomonadida Caval.-Sm.

•••••••••Class Ventricleftida Howe et al.

•••••••••Class Tectofilosida Caval.-Sm.

•••••••••Class Ebriacea Lemmermann

•••••••••Class Thaumatomastigidae Patterson, Zölfell

•••••••••Class Euglyphida Copeland

••••••Phylum Metromonadea Howe et al.

••••••Phylum Granofilosea Howe et al.

••••••Phylum Chlorarachnea Hibberd, Norris

••••••Phylum Endomyxa Caval.-Sm.

•••••••••Class Vampyrellida Hess et al.

•••••••••Class Phytomyxea Engler et Prantl

•••••••••Subclassis Plasmodiophorida Cook

•••••••••Subclassis Phagomyxida Caval.-Sm.

•••••••••Class Filoretidae Caval.-Sm.

•••••••••Class Gromiida Reuss

••••••Phylum Ascetosporea Caval.-Sm.

•••••••••Class Haplosporida Caullery et Mensil

•••••••••Class Microcystida Hartikainen et al.

•••••••••Class Paradiniidae Schiller

••••••Phylum Retaria Caval.-Sm.

•••••••••Class Foraminifera d’Orbigny

•••••••••Class Acantharea Haeckel

•••••••••Class Taxopodida Fol

•••••••••Class Polycystinea Ehrenberg

••••••Phylum Aquavolonida Bass et Berney

•••••••••Class Tremulida Howe et al.

•••••Superphylum Alveolata Caval.-Sm.

••••••Phylum Acavomonidia Tikhonenkov et al.

••••••Phylum Colponemidia Tikhonenkov et al.

••••••Phylum Apicomplexa Levine

•••••••••Class Aconoidasida Mehlhorn et al.

•••••••••Class Coccidia Leuckart

•••••••••Class Gregarinasina Dufour

•••••••••Class Blastogregarinea Chatton et Villeneuve

••••••Phylum Perkinsozoa Noren et Moestrup

•••••••••Class Perkinsida Levine

•••••••••Class Phagodiniida Caval.-Sm.

•••••••••Class Rastromonadida Caval.-Sm. et Chao

••••••Division Dinophyta Jeffrey

•••••••••Class Dinophyceae F. E. Fritsch

•••••••••Class Blastodiniphyceae Fensome et al.

•••••••••Class Syndiniophyceae Loeblich

•••••••••Class Noctilucophyceae Fensome et al.

••••••Phylum Colpodellida Caval.-Sm.

••••••Phylum Ciliophora Doflein

•••••••••Class Prostomatea Schewiakoff

•••••••••Class Colpodea Small et Lynn

•••••••••Class Oligohymenophorea de Puytorac et al.

•••••••••Class Plagiopylea Small et Lynn

•••••••••Class Nassophorea Small et Lynn

•••••••••Class Phyllopharyngea de Puytorac et al.

•••••••••Class Spirotrichea Bütschli

•••••Superphylum Heterokonta Caval.-Sm.

••••••Phylum Bicosoecea Caval.-Sm.

••••••Phylum Developea Aleoshin et al.

••••••Division Ochrophyta Caval.-Sm.

•••••••••Class Chrysophyceae Pascher

•••••••••Class Eustigmatophyceae Hibberd et Leedale

•••••••••Class Phaeophyceae Hansgirg

•••••••••Class Phaeothamniophyceae Bailey et al.

•••••••••Class Raphidophyceae Chadefaud

•••••••••Class Schizocladiophyceae Kawai et al.

•••••••••Class Xanthophyceae Fritsch

•••••••••Class Bolidophyceae Guillou et al.

•••••••••Class Bacillariophyceae Hendey

•••••••••Class Dictyochophyceae Silva

•••••••••Class Pelagophyceae Andersen et al.

•••••••••Class Pinguiophyceae Kawachi et al.

•••••••••Class Actinophryida Hartmann

••••••Division Hyphochytriomycota Whittaker

••••••Division Peronosporomycota Dick

•••••••••Class Saprolegniomycetes Hawksworth

•••••••••Class Peronosporomycetes Dick

••••••Phylum Pirsonionea Caval.-Sm.

••••••Phylum Sagenista Caval.-Sm.

•••••••••Class Eogyrea Caval.-Sm. et Scoble

•••••••••Class Labyrinthulea Olive

••••••Phylum Opalinata Wenyon

•••••••••Class Proteromonadea Grasse

•••••••••Class Opalinatea Wenyon

••••••Phylum Placidozoa Caval.-Sm.

••••••Phylum Platysulcea Caval.-Sm.

••Kingdom 9. Plantae Haeckel

•••••Superphylum Cryptista Adl et al.

••••••Division Cryptophyta Silva

•••••••••Class Palpitomonadophyceae ined.

•••••••••Class Katablepharidophyceae N. Okamoto et I. Inouye

•••••••••Class Cryptomonadophyceae Pascher ex Schoenichem

•••••••••Class Cyathophyta ined.

•••••••••Class Microheliellophyceae ined.

•••••Superphylum Glaucophyta Adl et al.

••••••Division Glaucocystophyta L. Kies et B. P. Kremer

•••••Superphylum Rhodophyta Karpov

••••••Division Rhodelphidiophyta Gavryluk et al.

••••••Division Cyanidiophyta Bold et Wynne

••••••Division Proteorhodophyta ined.

••••••Division Eurhodophyta ined.

•••••Superdivision Chloroplastida Adl et al.

••••••Division Prasinodermophyta Li et al.

•••••••••Class Prasinodermophyceae Li et al.

•••••••••Class Palmophyllophyceae Leliaert et al.

••••••Division Chlorophyta Pascher

•••••••Subdivision Chlorodendrophytina ined.

•••••••Subdivision Pedinophytina ined.

•••••••Subdivision Chloropicophytina ined.

•••••••Subdivision Picocystophyceae ined.

•••••••••Class Pyramimonadophyceae Moestrup et Daugbjerg

•••••••••Class Mamiellophyceae Marin, Melkonian

•••••••••Class Nephroselmidophyceae T. Nakayama, S. Suda, M. Kawachi et I. Inouye

•••••••••Class Pycnococcophyceae ined.

••••••Division Streptophyta Bremer

•••••••Subdivision Chlorokybophytina ined.

•••••••Subdivision Mesostigmatophytina ined.

•••••••Subdivision Klebsormidiophytina ined.

•••••••Subdivision Zygnematophytina ined.

•••••••Subdivision Coleochaetophytina ined.

•••••••Subdivision Charophytina ined.

•••••••Subdivision Embryophytina ined.

Об авторах

Иван Викторович Змитрович

Ботанический институт им. В. Л. Комарова Российской академии наук

Автор, ответственный за переписку.
Email: iv_zmitrovich@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-3927-2527
SPIN-код: 4155-3190
Scopus Author ID: 56521442400
ResearcherId: I-1523-2013

д-р биол. наук, ведущий научный сотрудник лаборатории систематики и географии грибов

Россия, Санкт-Петербург

Владимир Вениаминович Перелыгин

Санкт-Петербургский государственный химико-фармацевтический университет Министерства здравоохранения Российской Федерации

Email: vladimir.pereligin@pharminnotech.com
ORCID iD: 0000-0002-0999-5644
SPIN-код: 3128-7451
Scopus Author ID: 13105602000
ResearcherId: AAV-6556-2020

д-р мед. наук, профессор, заведующий кафедрой промышленной экологии

Россия, Санкт-Петербург

Михаил Владимирович Жариков

Санкт-Петербургский государственный химико-фармацевтический университет Министерства здравоохранения Российской Федерации

Email: zharikov.mihail@pharminnotech.com
ORCID iD: 0000-0003-0720-501X
SPIN-код: 7818-7228
ResearcherId: AAS-9156-2021

ст. лаборант кафедры промышленной экологии

Россия, Санкт-Петербург

Список литературы

Дополнительные файлы