УНИВЕРСАЛЬНЫЕ 16S РРНК ПРАЙМЕРЫ BD1 ДЛЯ ОПИСАНИЯ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ СООБЩЕСТВА ПОЧВЕННЫХ ПРОКАРИОТ



Цитировать

Полный текст

Аннотация

Были сконструированы и испытаны универсальные праймеры BD1 для гена 16S рРнк. Данные праймеры позволяют достоверно определять таксономическую принадлежность бактерий, а при анализе микробных популяций в почве дают возможность выявлять исключительно высокий уровень разнообразия последовательностей гена 16S рРнк. В составе библиотеки 16S рДнк дерновоподзолистой почвы (190 клонов) было идентифицировано 160 генетических типов. Работа финансировалась грантом РФФИ 06-0449785 и грантом CRDF BRHE 4056.

Об авторах

Елизавета Владимировна Коростик

Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии, Санкт-Петербург, РФ

Email: korostikliza@yahoo.com

Александр Георгиевич Пинаев

Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии, Санкт-Петербург, РФ

Email: a_pinaev@yahoo.com

Гульнар Асановна Ахтемова

Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии, Санкт-Петербург, РФ

Евгений Евгеньевич Андронов

Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии, Санкт-Петербург, РФ

Email: eeandr@gmail.com

Список литературы

  1. Altschul S.F. Basic local alignment search tool Altschul S.F., Gish W., Miller W. [et al.]//J. Mol. Biol. -1990. -N 215. -P. 403-410.
  2. Baker G.S. Review and re-analysis of domain-specific 16S primers/Baker G.S., Smith J., Cowan D.A.//J. Microbiol. Methods. -2003. -N 55. -P. 541-555.
  3. Chao A. Nonparametric estimation of the number of classes in a population/Chao A.//Scandinavian J. Stat. -1984. -N 11. -P. 265-270.
  4. Dunbar J. Assessment of microbial diversity in four United States soils by 16S rRNA gene terminal restriction fragment analysis/Dunbar J., Ticknor L.O., Kuske C.R.//Appl. Environ. Microbiol. -2000. -Vol. 66, N 7. -P. 2943-2950.
  5. Forney L.J. Molecular microbial ecology: land of the oneeyed king/Forney L.J., Zhou X., Brown C.J.//Curr. Opin. Microbiol. -2004. -Vol. 3. -P. 210-220.
  6. Hughes J.B. Counting the uncountable: statistical approaches to estimating microbial diversity/Hughes J.B., Hellmann J.J., Ricketts T.H. [et al.]//Appl. Environ. Microbiol. -2001. -Vol. 67, N 10. -P. 4399-4406.
  7. Janssen P.H. Identifying the dominant bacterial taxa in libraries of 16S rRNA and 16S rRNA genes/Janssen P.H.//Appl. Environ. Microbiol. -2006. -Vol. 72, N 3. -P. 1719-1728.
  8. Kauffmann I.M. DNA isolation from soil samples for cloning in different hosts/Kauffmann I.M., Schmitt J., Schmid R.D.//Appl. Environ. Microbiol. -2004. -Vol. 64. -P. 665-670.
  9. LaMontagne M.G. Comparison of subsurface and surface soil bacterial communities in California grassland as assessed by terminal restriction length polymorphisms of PCR-amplified 16S rRNA genes/LaMontagne M.G., Schimel J.P., Holden P.A.//Microb. Ecol. -2003. -N 46. -P. 216-227.
  10. Lipson D.A. Seasonal changes in an alpine soil bacterial community in the Colorado rocky mountains/Lipson D.A., Schmidt S.K.//Appl. Environ. Microbiol. -2004. -Vol. 70, N 5. -P. 2867-2879.
  11. Marchesi J.R. Design and evaluation of useful bacteriumspecific PCR primers that amplify genes coding for bacterial 16S rRNA/Marchesi J.R., Sato T., Weightman A. J. [et al.]//Appl. Environ. Microbiol. -1998. -Vol. 64, N 2. -P. 795-799.
  12. Miller D.N. Evaluation and optimization of DNA extraction and purification procedures for soil and sediment samples/Miller D.N., Bryant J.E., Madsen E. L.//Appl. Environ. Microbiol. -1999. -Vol. 65, N 11. -P. 4715-4724.
  13. Moyer C.L. A computer-simulated restriction fragment length polymorphism analysis of bacterial small-subunit rRNA genes: efficacy of selected tetrameric restriction enzymes for studies of microbial diversity in nature/Moyer C.L., Tiedje J.M., Dobbs F.C. [et al.]//Appl. Environ. Microbiol. -1996. -Vol. 62, N 7. -P. 2501-2507.
  14. Nogales B. Combined use of 16S ribosomal DNA and 16S rRNA to study bacterial community of polychlorinated biphenyl-polluted soil/Nogales B., Moore E.B., LlobetBrossa E. [et al.]//Appl. Environ. Microbiol. -2001. -Vol. 67, N. 4. -P. 1874-1884.
  15. Sambrook J. Molecular cloning: a laboratory manual Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. -NY.: Cold spring harbor laboratory press, 1989.
  16. Thompson J.D. The ClustalX windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools/Thompson J.D., Gibson T.J., Plewniak F.//Nucleic Acids Research. -1997. -Vol. 24. -P. 4876-4882.
  17. Torsvik V. Comparison of phenotypic diversity and DNA heterogeneity in a population of soil bacteria/Torsvik V., Salte K., Sorheim R. [et al.]//Appl. Environ. Microbiol. -1990. -Vol. 56, N 3. -P. 776-781.
  18. Weisburg W.G. 16S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study/Weisburg W.G., Barns S.M., Pelletier D.A. [et al.]//J. Bacteriol. -1991. -Vol. 173, N 2. -P. 697-703.
  19. Yeates C. Methods for microbial DNA extraction from soil for PCR amplification/Yeates C., Gillings M.R., Davison A.D. [et al.]//Biological procedures online. -1998. -Vol. 1, N 1. -P. 40-47.
  20. Zhou J. Microbial diversity and heterogeneity in sandy subsurface/Zhou J., Xia B., Huang H. [et al.]//Appl. Environ. Microbiol. -2004. -Vol. 70, N 3. -P. 1723-1734.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Коростик Е.В., Пинаев А.Г., Ахтемова Г.А., Андронов Е.Е., 2006

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 65617 от 04.05.2016.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах