МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ ДЛЯ ВИДОИДЕНТИФИКАЦИИ И ФИЛОГЕНЕТИКИ РАСТЕНИЙ
- Авторы: Матвеева Т.В.1, Павлова О.А.1, Богомаз Д.И.1, Демкович А.Е.2, Лутова Л.А.1
-
Учреждения:
- Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, РФ
- Донецкий ботанический сад, Донецк, Украина
- Выпуск: Том 9, № 1 (2011)
- Страницы: 32-43
- Раздел: Статьи
- Статья получена: 18.11.2016
- Статья опубликована: 15.03.2011
- URL: https://journals.eco-vector.com/ecolgenet/article/view/5743
- DOI: https://doi.org/10.17816/ecogen9132-43
- ID: 5743
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Ключевые слова
Об авторах
Татьяна Валерьевна Матвеева
Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, РФ
Email: olgunja_@mail.ru 199034, Saint-Petersburg, Universitetskaya nab, 7/9. Russia
Ольга Андреевна Павлова
Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, РФ
Email: olgunja_@mail.ru
Денис Игоревич Богомаз
Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, РФ
Email: bogomazden@mail.ru
Андрей Евгеньевич Демкович
Донецкий ботанический сад, Донецк, Украина
Email: radishlet@mail.ru
Людмила Алексеевна Лутова
Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, РФ
Email: olgunja_@mail.ru 199034, Saint-Petersburg, Universitetskaya nab, 7/9. Russia
Список литературы
- Антонова О. Ю., Гавриленко Т. А., 2006. Полиморфизм последовательностей органельных ДНК видов картофеля//Экологическая генетика. Т. 4. № 1. С. 3-10.
- Боронникова С. В., 2009. Молекулярное маркирование и генетическая паспортизация ресурсных и редких видов растений с целью оптимизации сохранения их генофондов//Аграрный вестник Урала. Т. 2. С. 57-59.
- Гостимский С. А., Кокаева З. Г., Боброва В. К., 1999. Использование молекулярных маркеров для анализа генома растений//Генетика. Т. 35. № 11. С. 1538-1549.
- Гостимский С. А., Кокаева З. Г., Коновалов Ф. А., 2005. Изучение организации и изменчивости генома растений с помощью молекулярных маркеров//Генетика. Т. 41. № 4. С. 480-492.
- Календарь Р. Н., Глазко В. И., 2002. Типы молекулярно-генетических маркеров и их применение//Физиология и биохимия культурных растений. Т. 34. № 4. С. 279-296.
- Кочиева Е. З., Оганисян А. Г., 2000. Молекулярный анализ RAPD-маркеров генома картофеля//Сельскохозяйственная биотехнология. Избранные работы/Под. ред. Шевелухи B. C.: Евразия, Т. 1. С. 24-32.
- Матвеева Т. В., Машкина О. С., Исаков Ю. Н., Лутова Л. А., 2008. Молекулярная паспортизация клонов карельской березы методом ПЦР с полуслучайны-ми праймерами//Экологическая генетика. Т. 4. № 3. С. 16-21.
- Рысков А. П., 1999. Мультилокусный ДНК-фингерпринтинг в генетико-популяционных исследованиях биоразнообразия//Молекуляр. биология. Т. 33. № 6.
- Сулимова Г. Е., 2004. ДНК-маркеры в генетических исследованиях: типы маркеров, их свойства и области применения//Успехи соврем. биологии. Т. 124. № 3. С. 260-271.
- Россия присоединяется к проекту «Штрихкод жизни»//Элементы. 2005. URL: http://elementy.ru/news/164539 (дата обращения: 20. 06. 10).
- Тахтаджян А. Л., 1974. Растения в системе организмов//Жизнь растений. В 6-ти т. Т. 1. Введение. Бактерии и актиномицеты/Под ред. Н. А. Красильникова,А. А. Уранова., М.: Просвещение, С. 49-57.
- Шестаков С. В., 2009. Горизонтальный перенос генов у эукариот//Вестник ВОГиС Т. 13. № 2. С. 345-354.
- Шнеер B. С., 2009. ДНК-штрихкодирование видов животных и растений -способ их молекулярной идентификации и изучения биоразнообразия//Журнал общей биологии. Т. 70. № 4. С. 296-315.
- Шнеер В. С., 2009. ДНК-штрихкодирование -новое направление в сравнительной геномике растений//Генетика. Т. 45. № 11. С. 1436-1448.
- Alvarez I., Wendel J. F., 2003. Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference//Molecular Phylogenetics and Evolution. Vol. 29. P. 417-434.
- Baldwin B. G., Sanderson M. J., Porter J. M. et al., 1995. The ITS region of nuclear ribosomal DNA: A valuable source of evidence on angiosperm phylogeny//Ann. Missouri Bot. Gard. Vol. 82 P. 247-277.
- Blouin M. S., Parsons M., Lacaille V., Lotz S. 1996. Use of microsatellite loci to classify individuals by relatedness//Molecular Ecology. Vol. 5 (3). P. 393-401.
- Bornet B., Branchard M., 2001. Nonanchored inter simple sequence repeat (ISSR) markers: reproducible and specific tools for genome fingerprinting//Plant Mol. Biol. Rep. Vol. 19. P. 209-215.
- Botstein D., White R. L., Scolnick M., Davis R. W., 1980. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms//Am. J. Human Genet. 1980. Vol. 32. P. 314-331).
- Buckler E. S., Ippolito A., Holtsford T. P., 1997. The evolution of ribosomal DNA: Divergent paralogous and phylogenetic implications//Genetics. Vol. 145. P. 821-832.
- Chang C. C. Lin H. C., Linet I. P. et al., 2006. The chloroplast genome of Phalaenopsis aphrodite (Orchidaceae): Comparative analysis of evolutionary rate with that of grasses and its phylogenetic implications//Mol. Biol. Evol. Vol. 23. P. 279-291.
- Chase M. W., Salamin N., Wilkinson M. et al., 2005. Land plants and DNA barcodes: short-term and longterm goals//Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. Vol. 360. P. 1889-1895.
- Chase M. W., Knapp S., Cox A. V. et al., 2003. Molecular systematics, GISH and the origin of hybrid taxa in Nicotiana (Solanaceae)//Ann. Bot. Vol. 92. I. 1. P. 107-127.
- Chen S., Yao H., Han J. et al., 2010. Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species//PLoS One. Vol. 5. I. 1. e8613.
- Chung S. M., Staub J. E., Chen J. F., 2006. Molecular phylogeny of Cucumis species as revealed by consensus chloroplast SSR marker length and sequence variation//Genome. Vol. 49 (3) P. 219-229.
- Cowan R. S., Chase M. W., Kress W. J., Savolainen V., 2006. 300000 species to identify: problems, progress, and prospects in DNA barcoding of land plants//Taxon. Vol. 55. I. 3. P. 611-616.
- Cronn R. C., Small R. L., Haselkorn T., Wendel J. F., 2002. Rapid diversification of the cotton genus (Gossypium: Malvaceae) revealed by analysis of sixteen nuclear and chloroplast genes//Am. J. Bot. Vol. 89. P. 707-725.
- Drouin G., Daoud H., Xia J., 2008. Relative rates of synonymous substitutions in the mitochondrial, chloroplast and nuclear genomes of seed plants//Mol. Phylogenet. Evol. Vol. 49. I. 3. P. 827-31.
- Feliner G. N., Rosselló J. A., 2007. Better the devil you know? Guidelines for insightful utilization of nrDNA ITS in species-level evolutionary studies in plants//Mol. Phylogenet. Evol. Vol. 44. I. 2. P. 911-919.
- Forte A. V., Dorochov D. B., Savelyev N. I., 2001. Phylogeny of wild Malus species revealed by morphology, RAPD markers, ITS1, 5.8S rRNA, ITS2 and chloroplast gene matK sequences//SALAŠ, P.: Proceedings of 9TH International Conference of Horticulture, September 3th-6th 2001 Lednice, Czech Republic, Vol. 1, P. 60- 65. 31. Gaweł M., Wiśniewska I., Rafalski A., 2002. Semi-specific PCR for the evaluation of diversity among cultivars of wheat and triticale // Cell Mol Biol Lett. Vol. 7. I. 2A. P. 577-582.
- Gobert V., Moja S., Taberlet P., Wink M., 2006. Phylogenetic relationships and genetic exchanges between cultivated and wild mints (Mentha; Lamiaceae) revealed by nucleotide sequences of ncDNA (ITS I, ITS II), cpDNA and genomic fingerprinting (AFLP, ISSR)//Plant Biology. Vol. 8. P. 470-485.
- Gupta M., Chyi Y. S., Romero-Severson J., Owen J. L., 1994. Amplification of DNA markers from evolutionarily diverse genomes using single primers of simplesequence repeats//Theoret. Appl. Genet. Vol. 89. P. 998-1006.
- Hebert P. D. N, Cywinska A, Ball SL., deWaard J. R., 2003b. Biological identifications through DNA barcodes//Proc. R. Soc. Vol. 270 P. 313-321.
- Hebert P. D. N, Ratnasingham S., de Waard J. R. 2003a. Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species//Proc. R. Soc. Vol. 270 P. 596-599.
- Hollingswortha P. M., Forresta L. L., Spouge J. L. et al., 2009. CBOL Plant Working Group. A DNA barcode for land plants//Proc Natl Acad Sci USA. Vol. 106 (31). P. 12794-12797.
- Jobst J., King K. and Hemleben V., 1998. Molecular evolution of the internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) and phylogenetic relationships among species of the family Cucurbitaceae//Mol. Phylogenet. Evol. Vol. 9. P. 204-219.
- Kema G. H., Goodwin S. B., Hamza S. et al., 2002. A combined amplified fragment length polymorphism and randomly amplified polymorphism DNA genetic kinkage map of Mycosphaerella graminicola, the septoria tritici leaf blotch pathogen of wheat//Genetics. Vol. 161. P. 1497-505.
- Kress W. J., Erickson D. L., 2007. A two-locus global DNA barcode for land plants: the coding rbcL gene complements the non-coding trnH-psbA spacer region//PLoS ONE. Vol. 2. e508.
- Kress W. J., Wurdack K. J., Zimmer E. A. et al., 2005. Use of DNA barcodes to identify flowering plants//Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. Vol. 102. I. 23. P. 8369-74.
- Lahaye R., Savolainen V., Duthoit S. et al., 2008. A test of psbK-psbI and atpF-atpH as potential plant DNA barcodes using the flora of the KrugerNational Park (South Africa) as a model system//URL: http://hdl.handle.net/10101/npre. 2008. 1896.1.
- Lahaye R., van der Bank M., Bogarin D., et al., 2008. DNA barcoding the floras of biodiversity hotspots//Proc. Natl. Acad. Sci. USA Vol. 105. P. 2923-2928.
- Landry B. S., Michelmore R. W., 1987. Methods and applications of restriction fragment length polymorphism analysis to plants/Eds. G. Bruening, et al., New York: Plenum.
- Lewin B., 1980. Gene Expression, 2, Eucariotic Chromosomes. Wiley, NY, P. 875-906.
- Matveeva T. V., Simonova A. V., Lutova L. A., 2002. Molecular markers of inbred radish (Raphanus sativus var. radicola pers) lines//Cell. and Mol. Biol. Lett. Vol. 7. P. 845-848.
- Meng B. Y., Wakasugi T., Sugiura M., 1991. 2 Promoters within the Psbk-Psbl-Trng Gene-Cluster in Tobacco Chloroplast DNA//Curr. Genet. Vol. 20. P. 259-264.
- Newmaster S. G., Fazekas A. J., Ragupathy S., 2006. DNA barcoding in land plants: evaluation of rbcL in a multigene tiered approach//Canad. J. Bot. Vol. 84. P. 335-341.
- Palombi M. A., Damiano C., 2002 Comparison between RAPD and SSR molecular markers in detecting genetic variation in kiwifruit (Actinidia deliciosa A. Chev)//Plant Cell Reports. Vol. 20, N11, P. 1061-1066.
- Prevost A., Wilkinson M., 1999. A new system of comparing PCR primers applied to ISSR fingerprinting of potato accessions.//TAG Vol. 98., P. 107-112.
- Rapini A., Chase M. W., Konno T. U. P., 2006. Phylogenetics of the New World Asclepiadeae (Apocynaceae)//Taxon. Vol. 55. I. 1. P. 119-124.
- Richardson A. O., Palmer J. D., 2007. Horizontal gene transfer in plants//Journal of Experimental Botany. Vol. 58. P. 1-9.
- Schultz J., Muller T., Achtziger M. et al., 2006. The internal transcribed spacer 2 database -a web server for (not only) low level phylogenetic analyses//Nucleic Acids Research. Vol. 34, Web Server issue doi:10. 1093/nar/gkl129. doi: 10.1093/nar/gkl129
- Selkoe K. A., Toonen R. J., 2006. Microsatellites for ecologists: a practical guide to using and evaluating microsatellite markers//Ecol Lett. Vol. 9. P. 615-29.
- Staub J. E., Knerr L. D., Holder D. J., May B., 1992. Phylogenetic relationships among several African Cucumis species.//Can. J. Bot. Vol. 70. P. 509-517.
- Suzuki K., Yamashita I., Tanaka N., 2002. Tobacco plants were transformed by Agrobacterium rhizogenes infection during their evolution//Plant J. Vol. 32. I. 5. P. 775-787.
- Tautz D., Renz M., 1984. Simple sequences are ubiquitous repetitive components of eukaryotic genomes//Nucl. Acids Res. Vol. 12. P. 4127-4138.
- Treutlein J., Smith G. F., van Wyk B.-E. Wink M., 2003. Phylogenetic relationships in the Asphodelaceae (subfamily Alooideae) inferred from chloroplast DNA sequences (rbcL, matK) and from genomic fingerprinting (ISSR)//Taxon. Vol. 52, P. 193-207.
- Treutlein J., Smith G. F., van Wyk B.-E., Wink M., 2003. Evidence for the polyphyly of Haworthia (Asphodelaceae, subfamily Alooideae; Asparagales) inferred from nucleotide sequences of rbcL, matK, ITS1 and genomic fingerprinting with ISSR-PCR//Plant Biology Vol. 5. P. 513-521.
- Treutlein J., Vorster P., Wink M., 2005. Molecular relationships in Encephalartos (Zamiaceae, Cycadales) based on nucleotide sequences of nuclear ITS 1&2, rbcL, and genomic ISSR fingerprinting//Plant. Biology. Vol. 7, P. 79-90.
- White F. F., Garfinkel D. J., Huffman G. A., et al., 1983. Sequence homologous to Agrobacterium rhizogenes TDNA in the genome of uninfected plants//Nature. V. 301 (5898). P. 348-350.
- Williams J. G., Kubelik A. R., Livak K. J., et al., 1990. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers//Nucleic Acids Res. Vol. 18. I. 22. P. 6531-6535.
- Wolfe A. D., Xiang Q-Y and Kephart S. R., 1998. Assessing hybridization in natural populations of Penstemon (Scrophulariaceae) using hypervariable inter simple sequence repeat markers//Molecular Ecology. Vol. 7. P. 1107-1125.
- Yamazaki M., Sato A., Saito K., Murakoshi I., 1993. Molecular phylogeny based on RFLP and its relation with alkaloid patterns in Lupinus plants.//Biol Pharm Bull. Vol. 16 (11). P. 1182-1184.
- Yockteng R., Ballard H. E. Jr., Mansion G., et al. 2003. Relationships among pansies (Viola section Melanium) investigated using ITS and ISSR markers//Plant Systematics and Evolution. Vol. 241, N. 3-4, P. 153-170.
- Young N. D., de Pamphilis C. W., 2000. Purifying selection detected in the plastid gene matK and flanking ribozyme regions within a group II intron of nonphotosynthetic plants//Mol. Biol. Evol. Vol. 12. P. 1933-1941.
- Zabeau M., Vos P., 1993. Selective restriction fragment amplification: a general method for DNA fingerprinting//European Pattent Office, publication 0 534 858 A1, bulletin 93/13.
- Zietkiewicz E., Rafalski A., Labuda D., 1994. Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification//Genomics. Vol. 20. P. 176-183.