Изменчивость последовательности ITS1-ген 5.8S рРНК-ITS2 в ходе дивергенции видов рода Манник (Glyceria R. Br.)



Цитировать

Полный текст

Аннотация

Секвенирование и сравнительный анализ района ITS1-ген 5.8S рРНК -ITS2 ядерного генома 13 видов рода Glyceria, 4 видов рода Melica и 1 вида монотипного рода Pleuropogon показало, что виды рода Glyceria имеют три гаплотипа: 1) Гаплотипы группы А найдены только у видов подрода Glyceria секции Glyceria (G. septentrionalis, G. fluitans, G. declinata, G. occidentalis, G. notata, G. borealis, G. leptostachya) и у вида Pleuropogon sabinii; 2) Гаплотипы группы С характерны для видов подрода Hydropoa секции Hydropoa (G. grandis, G. х amurensis, G. triflora, G. maxima) и G. leptolepis, относимая к sect. Lithuanicae; 3) Гаплотипы группы В - для видов подрода Hydropoa секций Striatae (G. elata, G. striata, G. neogaea, G. canadensis), Scolochloiformes (G. alnasteretum, G. spiculosa) и G. lithuanica из sect. Lithuanicae. Виды с гаплотипами группы В при разных моделях построения филогенетического древа располагаются в основании древа рода и группируются в кладу всегда с низкими бутстрэпиндексами. Судя по нуклеотидным последовательностям ITS и гена 5.8S рРНК , виды секций Hydropoa и Glyceria представляют собой две независимо возникшие монофилетичные ветви в эволюции рода Glyceria, к последней из которых относится и Pleuropogon sabinii.

Об авторах

Александр Викентьевич Родионов

Ботанический институт им. В.Л. Комарова РАН, Санкт-Петербург, РФ

Email: avrodionov@mail.ru

Армен Размикович Коцинян

Ботанический институт им. В.Л. Комарова РАН, Санкт-Петербург, РФ

Email: avrodionov@mail.ru Professora Popova st., 2., St.Petersburg, 197376, Russia

Александр Александрович Гнутиков

Ботанический институт им. В.Л. Комарова РАН, Санкт-Петербург, РФ

Email: avrodionov@mail.ru Professora Popova st., 2., St.Petersburg, 197376, Russia

Марина Александровна Доброрадова

Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, РФ

Email: avrodionov@mail.ru 7-9, Universitetskaya nab., St.Petersburg, 199034, Russia

Эдуард Модрисович Мачс

Ботанический институт им. В.Л. Комарова РАН, Санкт-Петербург, РФ

Email: Professora Popova st., 2., St.Petersburg, 197376, Russia

Список литературы

  1. Ким Е. С., Большева Н. Л., Саматадзе Т. Е. и др., 2009. Уникальный геном двухромосомных злаков Zingeria и Colpodium, его происхождение и эволюция // Генетика. Т. 45. С. 1506-1515.
  2. Комаров В. Л., 1934. Род 176. Манник - Glyceria R. Br. // Флора СССР. Т. 2 / Ред. В. Л. Комаров, Ленинград: Издательство Академии наук СССР. С. 449- 460.
  3. Родионов А. В., Ким Е. С., Носов Н. Н. и др., 2008. Молекулярно-филогенетическое исследование видов рода Colpodium sensu lato (Poeae, Poaceae) // Экологическая генетика. Т. 6. № 4. С. 34-46.
  4. Родионов А. В., Тюпа Н. Б., Ким Е. С. и др., 2005. Геномная конституция автотетраплоидного овса Avena macrostachya, выявленная путем сравнительного анализа последовательностей ITS1 и ITS2: к вопросу об эволюции кариотипов овсов и овсюгов на ранних этапах дивергенции видов рода Avena // Генетика. Т. 41. C. 646-656.
  5. Цвелев Н. Н., 2006. Краткий обзор рода манник Glyceria (Poaceae) // Бот. журн. Т. 91. С. 255-276.
  6. Шнеер В. С., 2009. ДНК штрихкодирование - новое направление в сравнительной геномике растений // Генетика. Т. 54. С. 1436-1448.
  7. Alvarez A. E., Wendel J. F., 2003. Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference // Molec. Phylogenet. Evol. Vol. 29. P. 417-434.
  8. Calonje M., Martin-Bravo S., Dobeš C. et al., 2009. Non-coding nuclear DNA markers in phylogenetic reconstruction // Plant Syst. Evol. Vol. 282. P. 257-280.
  9. Charch G. L., 1949. A cytotaxonomic study of Glyceria and Puccinellia// Am. J. Bot. Vol. 36. P. 155- 165.
  10. Coleman A. W., 2009. Is there a molecular key to the level of "biological species" in eukaryotes? A DNA guide // Molec. Phylogenet. Evol. Vol. 50. P. 197- 203.
  11. Gillespie L. J., Archambault A., Soreng R. J., 2007. Phylogeny of Poa (Poaceae) based on trnT-trnP sequence data: major clades and basal relationships // Monocots: comparative biology and evolution-Poales. /Eds. J. T. Columbus, E. A. Friar, J. M. Porter et al. Claremont, Calif.: Rancho Santa Ana Botanic Garden. P. 420-434.
  12. Koš M., Tollervey D., 2010. Yeast pre-rRNA processing and modification occur cotranscriptionally // Mol. Cell. Vol. 37. P. 809-820.
  13. Mejia-Saules T., Bisby F., 2000. A. preliminary views on the tribe Meliceae (Gramineae: Pooideae) // Grasses: systematics and evolution / Eds. S. W. L. Jacobs, J. Everett. Collingwood, VIC, Australia: CSIRO Publishing. P. 83-88.
  14. Nieto Feliner G., Rosello J. A., 2007. Better the devil you know? Guidelines for insightful utilization of nrDNA ITS in species-level evolutionary studies in plants // Molec. Phylogenet. Evol. Vol. 44. P. 911-919.
  15. Ridgway K. P., Duck J. M., Young J. P. W., 2003. Identification of roots from grass swards using PCR RFLP and FFLP of the plastid trnL (UAA) intron // BMC Ecol. Vol. 3. P. 8.
  16. Schneider J., Doring E., Hilu K. W., Roser M. 2009. Phylogenetic structure of the grass subfamily Pooideae based on comparison of plastid matK gene-3' trnK exon and nuclear ITS sequences // Taxon. Vol. 58. P. 405- 424.
  17. Tamura K., Dudley J., Nei M., Kumar S., 2007. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) soft ware version 4.0 // Mol. Biol. Evol. Vol. 24. P. 1596- 1599.
  18. Tzvelev N. N., 1989. The system of Grasses (Poaceae) and their evolution // Botanical Review. Vol. 55. P. 141- 203.
  19. Whipple I. G., Barkworth M. E., Bushman B. S., 2007. Molecular insights into the taxonomy of Glyceria (Poaceae: Meliceae) in North America // Am. J. Bot. Vol. 94. P. 551-557.
  20. White T. J., Bruns T., Lee S., Taylor J., 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics // PCR Protocols: a Guide to Methods and Applications / Eds M. A. Innis, D. H. Gelfand,J. J. Sninsky, T. J. White. San Diego: Academic Press Inc. P. 315-322.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Родионов А.В., Коцинян А.Р., Гнутиков А.А., Доброрадова М.А., Мачс Э.М., 2011

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 65617 от 04.05.2016.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах