Полногеномный подход в природоохранной биологии и его перспективы

Обложка


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Природоохранная биология ставит своей целью поддержание биологического разнообразия и защиту видов от вымирания. Число угрожаемых видов непрерывно возрастает год от года, отражая как ухудшение ситуации, так и увеличение числа исследованных видов. Для получения достоверной оценки статуса и планирования мер по охране угрожаемых видов необходима не только оценка текущей общей численности, но и данные по популяционной структуре, демографической истории, а также генетическому разнообразию. Разработка новых подходов и снижение стоимости секвенирования позволили решать задачи эти задачи на недоступном ранее уровне и привели к формированию природоохранной геномики. В данном обзоре рассмотрены возможности и перспективы, которые дает применение полногеномного секвенирования в природоохранной биологии, нюансы сбора образцов для секвенирования, а также некоторые особенности планирования полногеномных исследований. Кроме того, сделан акцент на важности формирования открытых биобанков образцов и клеточных культур на национальном уровне.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Сергей Федорович Кливер

Институт молекулярной и клеточной биологии СО РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: mahajrod@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-2965-3617
SPIN-код: 8635-4259
Scopus Author ID: 56449314300
ResearcherId: E-9613-2015

н. сотр.

Россия, 630090, Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева, д. 8/2

Список литературы

  1. Soulé M.E. What Is Conservation Biology? // BioScience. 1985. Vol. 35. No. 11. P. 727–734. doi: 10.2307/1310054
  2. Iucnredlist.org [Internet]. The IUCN Red List of Threatened Species. Version 2020–2. 2020 [дата обращения 10.08.2020]. Доступ по ссылке: https://www.iucnredlist.org
  3. Butchart S.H.M., Akçakaya H.R., Chanson J., et al. Improvements to the Red List Index // PLOS ONE. 2007. Vol. 2. No. 1. P. e140. doi: 10.1371/journal.pone.0000140
  4. Ceballos G., Ehrlich P.R., Raven P.H. Vertebrates on the brink as indicators of biological annihilation and the sixth mass extinction // Proc Natl Acad Sci USA. 2020. Vol. 117. No. 24. P. 13596–13602. doi: 10.1073/pnas.1922686117
  5. Frankham R. Conservation Genetics // Annu Rev Genet. 1995. Vol. 29. No. 1. P. 305–327. doi: 10.1146/annurev.ge.29.120195.001513
  6. Luikart G., England P.R., Tallmon D., et al. The power and promise of population genomics: from genotyping to genome typing // Nat Rev Genet. 2003. Vol. 4. No. 12. P. 981–994. doi: 10.1038/nrg1226
  7. Miller W., Hayes V.M., Ratan A., et al. Genetic diversity and population structure of the endangered marsupial Sarcophilus harrisii (Tasmanian devil) // PNAS. 2011. Vol. 108. No. 30. P. 12348–12353. doi: 10.1073/pnas.1102838108
  8. Waterson R.H., Lander E.S., Wilson R.K., et al. Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome // Nature. 2005. Vol. 437. No. 7055. P. 69–87. doi: 10.1038/nature04072
  9. Kirkness E.F., Bafna V., Halpern A.L., et al. The Dog Genome: Survey Sequencing and Comparative Analysis // Science. 2003. Vol. 301. No. 5641. P. 1898–903. doi: 10.1126/science.1086432
  10. Zimin A.V., Marçais G., Puiu D., et al. The MaSuRCA genome assembler // Bioinformatics. 2013. Vol. 29. No. 21. P. 2669–2677. doi: 10.1093/bioinformatics/btt476
  11. Li R., Fan W., Tian G., et al. The sequence and de novo assembly of the giant panda genome // Nature. 2010. Vol. 463. No. 7279. P. 311–317.
  12. Robinson J.A., Räikkönen J., Vucetich L.M., et al. Genomic signatures of extensive inbreeding in Isle Royale wolves, a population on the threshold of extinction // Sci Adv. 2019. Vol. 5. No. 5. ID eaau0757. doi: 10.1126/sciadv.aau0757
  13. Nuijten R.J.M., Bosse M., Crooijmans R.P.M.A., et al. The Use of Genomics in Conservation Management of the Endangered Visayan Warty Pig (Sus cebifrons) // Int J Genomics. 2016. Vol. 2016. P. 1–9. doi: 10.1155/2016/5613862
  14. Dobrynin P., Liu S., Tamazian G., et al. Genomic legacy of the African cheetah, Acinonyx jubatus // Genome Biol. 2015. Vol. 16. No. 1. P. 277. doi: 10.1186/s13059-015-0837-4
  15. Abascal F., Corvelo A., Cruz F., et al. Extreme genomic erosion after recurrent demographic bottlenecks in the highly endangered Iberian lynx // Genome Biol. 2016. Vol. 17. No. 1. P. 251. doi: 10.1186/s13059-016-1090-1
  16. Beichman A.C., Koepfli K-P., Li G., et al. Aquatic Adaptation and Depleted Diversity: A Deep Dive into the Genomes of the Sea Otter and Giant Otter. Kelley J, editor // Mol Biol Evol. 2019. ID msz101. doi: 10.1093/molbev/msz101
  17. Jones S.J., Haulena M., Taylor G.A., et al. The Genome of the Northern Sea Otter (Enhydra lutris kenyoni) // Genes. 2017. Vol. 8. No. 12. P. 379. doi: 10.3390/genes8120379
  18. Kolchanova S., Kliver S., Komissarov A., et al. Genomes of Three Closely Related Caribbean Amazons Provide Insight for Species History and Conservation // Genes. 2019. Vol. 10. No. 1. P. 54. doi: 10.3390/genes10010054
  19. Feng S., Fang Q., Barnett R., et al. The Genomic Footprints of the Fall and Recovery of the Crested Ibis // Curr Biol. 2019. Vol. 29. No. 2. P. 340–349.e7. doi: 10.1016/j.cub.2018.12.008
  20. de Manuel M., Barnett R., Sandoval-Velasco M., et al. The evolutionary history of extinct and living lions // Proc Natl Acad Sci USA. 2020. Vol. 117. No. 20. P. 10927–10934.
  21. Humble E., Dobrynin P., Senn H., et al. Chromosomal-level genome assembly of the scimitar-horned oryx: Insights into diversity and demography of a species extinct in the wild // Mol Ecol Resour. 2020. ID1755-0998.13181. doi: 10.1111/1755-0998.13181
  22. Cortes-Rodriguez N., Campana M., Berry L., et al. Population Genomics and Structure of the Critically Endangered Mariana Crow (Corvus kubaryi) // Genes. 2019. Vol. 10. No. 3. ID187. doi: 10.3390/genes10030187
  23. Gooley R.M., Tamazian G., Castañeda-Rico S., et al. Comparison of genomic diversity and structure of sable antelope (Hippotragus niger) in zoos, conservation centers, and private ranches in North America // Evol Appl. 2020. Vol. 13. No. 8. P. 2143–2154. doi: 10.1111/eva.12976
  24. Koepfli K.-P., Tamazian G., Wildt D., et al. Whole Genome Sequencing and Re-sequencing of the Sable Antelope (Hippotragus niger): A Resource for Monitoring Diversity in ex Situ and in Situ Populations // G3. 2019. Vol. 9. No. 6. P. 1785–1793. doi: 10.1534/g3.119.400084
  25. Yang J., Wariss H.M., Tao L., et al. De novo genome assembly of the endangered Acer yangbiense, a plant species with extremely small populations endemic to Yunnan Province, China // Gigascience. 2019. Vol. 8. No. 7. ID giz085. doi: 10.1093/gigascience/giz085
  26. Sutton J.T., Helmkampf M., Steiner C.C., et al. A High-Quality, Long-Read De Novo Genome Assembly to Aid Conservation of Hawaii’s Last Remaining Crow Species // Genes. 2018. Vol. 9. No. 8. ID393. doi: 10.3390/genes9080393
  27. van der Valk T., Díez-del-Molino D., Marques-Bonet T., et al. Historical Genomes Reveal the Genomic Consequences of Recent Population Decline in Eastern Gorillas // Curr Biol. 2019. Vol. 29. No. 1. P. 165–170.e6. doi: 10.1016/j.cub.2018.11.055
  28. Yi L., Dalai M., Su R., et al. Whole-genome sequencing of wild Siberian musk deer (Moschus moschiferus) provides insights into its genetic features // BMC Genomics. 2020. Vol. 21. No. 1. P. 108. doi: 10.1186/s12864-020-6495-2
  29. Mays H.L., Hung C.-M., Shaner P.-J., et al. Genomic Analysis of Demographic History and Ecological Niche Modeling in the Endangered Sumatran Rhinoceros Dicerorhinus sumatrensis // Curr Biol. 2018. Vol. 28. No. 1. P. 70–76.e4. doi: 10.1016/j.cub.2017.11.021
  30. Rogers R.L., Slatkin M. Excess of genomic defects in a woolly mammoth on Wrangel Island. Barsh G.S., editor // PLoS Genet. 2017. Vol. 13. No. 3. ID e1006601. doi: 10.1371/journal.pgen.1006601
  31. Gao J., Li Q., Wang Z., et al. Sequencing, de novo assembling, and annotating the genome of the endangered Chinese crocodile lizard Shinisaurus crocodilurus // Gigascience. 2017. Vol. 6. No. 7. ID: gix04. doi: 10.1093/gigascience/gix041
  32. Choo S.W., Rayko M., Tan T.K., et al. Pangolin genomes and the evolution of mammalian scales and immunity // Genome Res. 2016. Vol. 26. No. 10. P. 1312–1322. doi: 10.1101/gr.203521.115
  33. McManus K.F., Kelley J.L., Song S., et al. Inference of Gorilla Demographic and Selective History from Whole-Genome Sequence Data // Mol Biol Evol. 2015. Vol. 32. No. 3. P. 600–612. doi: 10.1093/molbev/msu394
  34. Li S., Li B., Cheng C., et al. Genomic signatures of near-extinction and rebirth of the crested ibis and other endangered bird species // Genome Biol. 2014. Vol. 15. No. 12. P. 557. doi: 10.1186/s13059-014-0557-1
  35. Fan Z., Zhao G., Li P., et al. Whole-Genome Sequencing of Tibetan Macaque (Macaca thibetana) Provides New Insight into the Macaque Evolutionary History // Mol Biol Evol. 2014. Vol. 31. No. 6. P. 1475–1489. doi: 10.1093/molbev/msu104
  36. Cho Y.S., Hu L., Hou H., et al. The tiger genome and comparative analysis with lion and snow leopard genomes // Nat Commun. 2013. Vol. 4. No. 1. ID2433 doi: 10.1038/ncomms3433
  37. Weisenfeld N.I., Kumar V., Shah P., et al. Direct determination of diploid genome sequences // Genome Res. 2017. Vol. 27. No. 5. P. 757–767. doi: 10.1101/gr.214874.116
  38. Burton J.N., Adey A., Patwardhan R.P., et al. Chromosome-scale scaffolding of de novo genome assemblies based on chromatin interactions // Nat Biotechnol. 2013. Vol. 31. No. 12. P. 1119–1125. doi: 10.1038/nbt.2727
  39. Vollger M.R., Logsdon G.A., Audano P.A., et al. Improved assembly and variant detection of a haploid human genome using single-molecule, high-fidelity long reads // Annals of Human Genetics. 2020. Vol. 84. No. 2. P. 125–140. doi: 10.1111/ahg.12364
  40. Rhie A., McCarthy S.A., Fedrigo O., et al. Towards complete and error-free genome assemblies of all vertebrate species // Nature. 2021. Vol. 592. No. 7856. P. 737–746.
  41. Convention on Biological Diversity [Internet]. Convention on Biological Diversity [дата обращения: 21.09.2020]. Доступ по ссылке: https://www.cbd.int
  42. Hoban S., Bruford M., D’Urban Jackson J., et al. Genetic diversity targets and indicators in the CBD post-2020 Global Biodiversity Framework must be improved // Biological Conservation. 2020. Vol. 248. doi: 10.1016/j.biocon.2020.108654
  43. Warr A., Robert C., Hume D., et al. Exome Sequencing: Current and Future Perspectives // G3. 2015. Vol. 5. No. 8. P. 1543–1550. doi: 10.1534/g3.115.018564
  44. Lowry D.B., Hoban S., Kelley J.L., et al. Breaking RAD: an evaluation of the utility of restriction site-associated DNA sequencing for genome scans of adaptation // Mol Ecol Resour. 2017. Vol. 17. No. 2. P. 142–152. doi: 10.1111/1755-0998.12635
  45. Illumina. Microarray Kits [Internet]. Illumina microarray lits. 2020 [дата обращения: 22.09.2020]. Доступ по ссылке: https://www.illumina.com/products/by-type/microarray-kits.html
  46. McVean G.A., Altshuler D.M., Durbin R.M., et al. An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes // Nature. 2012. Vol. 491. No. 7422. P. 56–65. doi: 10.1038/nature11632
  47. Bijlsma R., Loeschcke V. Genetic erosion impedes adaptive responses to stressful environments // Evol Appl. 2012. Vol. 5. No. 2. P. 117–129. doi: 10.1111/j.1752-4571.2011.00214.x
  48. Leroy G., Carroll E.L., Bruford M.W., et al. Next-generation metrics for monitoring genetic erosion within populations of conservation concern // Evol Appl. 2017. Vol. 11. No. 7. P. 1066–1083. doi: 10.1111/eva.12564
  49. Charlesworth D., Willis J.H. The genetics of inbreeding depression // Nat Rev Genet. 2009. Vol. 10. No. 11. P. 783–796. doi: 10.1038/nrg2664
  50. Frankham R., Ballou J.D., Eldridge M.D.B., et al. Predicting the Probability of Outbreeding Depression // Conserv Biol. 2011. Vol. 25. No. 3. P. 465–475. doi: 10.1111/j.1523-1739.2011.01662.x
  51. Gautschi B., Müller J.P., Schmid B., et al. Effective number of breeders and maintenance of genetic diversity in the captive bearded vulture population // Heredity. 2003. Vol. 91. No. 1. P. 9–16. doi: 10.1038/sj.hdy.6800278
  52. McLennan E.A., Gooley R.M., Wise P., et al. Pedigree reconstruction using molecular data reveals an early warning sign of gene diversity loss in an island population of Tasmanian devils (Sarcophilus harrisii) // Conserv Genet. 2018. Vol. 19. No. 2. P. 439–350. doi: 10.1007/s10592-017-1017-8
  53. Gooley R.M., Hogg C.J., Belov K., et al. The effects of group versus intensive housing on the retention of genetic diversity in insurance populations // BMC Zool. 2018. Vol. 3. No. 1. P. 2. doi: 10.1186/s40850-017-0026-x
  54. Steiner C.C., Putnam A.S., Hoeck P.E.A., et al. Conservation Genomics of Threatened Animal Species // Annu Rev Anim Biosci. 2013. Vol. 1. No. 1. P. 261–281. doi: 10.1146/annurev-animal-031412-103636
  55. Moradi M.H., Nejati-Javaremi A., Moradi-Shahrbabak M., et al. Genomic scan of selective sweeps in thin and fat tail sheep breeds for identifying of candidate regions associated with fat deposition // BMC Genet. 2012. Vol. 13. No. 1. P. 10. doi: 10.1186/1471-2156-13-10
  56. Zhu L., Deng C., Zhao X., et al. Endangered Père David’s deer genome provides insights into population recovering // Evol Appl. 2018. Vol. 11. No. 10. P. 2040–2053. doi: 10.1111/eva.12705
  57. Bosse M., Megens H.-J., Madsen O., et al. Using genome-wide measures of coancestry to maintain diversity and fitness in endangered and domestic pig populations // Genome Res. 2015. Vol. 25. No. 7. P. 970–981. doi: 10.1101/gr.187039.114
  58. Hoban S., Gaggiotti O., ConGRESS Consortium, et al. Sample Planning Optimization Tool for conservation and population Genetics (SPOTG): a software for choosing the appropriate number of markers and samples. O’Hara RB, editor // Methods Ecol Evol. 2013. Vol. 4. No. 3. P. 299–303. doi: 10.1111/2041-210x.12025
  59. Bashalkhanov S., Pandey M., Rajora O.P. A simple method for estimating genetic diversity in large populations from finite sample sizes // BMC Genet. 2009. Vol. 10. No. 1. P. 84. doi: 10.1186/1471-2156-10-84
  60. A reference standard for genome biology // Nature Biotechnology. 2018. Vol. 36. No. 12. P. 1121–1121. doi: 10.1038/nbt.4318
  61. Groves C.P., Cotterill F.P.D., Gippoliti S., et al. Species definitions and conservation: a review and case studies from African mammals // Conserv Genet. 2017. Vol. 18. No. 6. P. 1247–1256. doi: 10.1007/s10592-017-0976-0
  62. Ryder O.A. Species conservation and systematics: the dilemma of subspecies // Trends in Ecology and Evolution. 1986. No. 1. P. 9–10. doi: 10.1016/0169-5347(86)90059-5
  63. Frankham R, Ballou JD, Dudash MR, et al. Implications of different species concepts for conserving biodiversity // Biol Conserv. 2012. Vol. 153. P. 25–31. doi: 10.1016/j.biocon.2012.04.034
  64. Supple M.A., Shapiro B. Conservation of biodiversity in the genomics era // Genome Biol. 2018. Vol. 19. No. 1. P. 131. doi: 10.1186/s13059-018-1520-3
  65. Funk W.C., McKay J.K., Hohenlohe P.A., et al. Harnessing genomics for delineating conservation units // Trends in Ecology & Evolution. 2012. Vol. 27. No. 9. P. 489–496. doi: 10.1016/j.tree.2012.05.012
  66. Patterson N., Price A.L., Reich D. Population Structure and Eigenanalysis // PLOS Genetics. 2006. Vol. 2. No. 12. P. e190. doi: 10.1371/journal.pgen.0020190
  67. Pritchard J.K., Stephens M., Donnelly P. Inference of Population Structure Using Multilocus Genotype Data // Genetics. 2000. No. 155. P. 945–959. doi: 10.1093/genetics/155.2.945
  68. Guillot G., Mortier F., Estoup A. Geneland: a computer package for landscape genetics // Molecular Ecology Notes. 2005. Vol. 5. No. 3. P. 712–715. doi: 10.1111/j.1471-8286.2005.01031.x
  69. Kinoshita E., Abramov A.V., Soloviev V.A., et al. Hybridization between the European and Asian badgers (Meles, Carnivora) in the Volga-Kama Region, revealed by analyses of maternally, paternally and biparentally inherited genes // Mammalian Biology. 2019. Vol. 94. P. 140–148. doi: 10.1016/j.mambio.2018.05.003
  70. Hedrick P.W. Conservation Genetics and North American Bison (Bison bison) // J Hered. 2009. Vol. 100. No. 4. P. 411–420. doi: 10.1093/jhered/esp024
  71. Аракелян М.С. Микроэволюционные процессы в симпатрических популяциях некоторых видов рептилий Республики Армения и сопредельных территорий [PhD Thesis]. НАН РА, 2012.
  72. Wayne R.K., Shaffer H.B. Hybridization and endangered species protection in the molecular era // Molecular Ecology. 2016. Vol. 25. No. 11. P. 2680–2689. doi: 10.1111/mec.13642
  73. Li H., Durbin R. Inference of human population history from individual whole-genome sequences // Nature. 2011. Vol. 475. No. 7357. P. 493–496. doi: 10.1038/nature10231
  74. Noskova E., Ulyantsev V., Koepfli K.-P., et al. GADMA: Genetic algorithm for inferring demographic history of multiple populations from allele frequency spectrum data // Gigascience. 2020. Vol. 9. No. 3. ID giaa005. doi: 10.1093/gigascience/giaa005
  75. McVean G.A.T., Cardin N.J. Approximating the coalescent with recombination // Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 2005. Vol. 360. No. 1459. P. 1387–1393. doi: 10.1098/rstb.2005.1673
  76. Nielsen R. Estimation of Population Parameters and Recombination Rates From Single Nucleotide Polymorphisms // Genetics. 2000. Vol. 154. No. 2. P. 931–942. doi: 10.1093/genetics/154.2.931
  77. McLaren W., Gil L., Hunt S.E., et al. The Ensembl Variant Effect Predictor // Genome Biol. 2016. Vol. 17. No. 1. P. 122. doi: 10.1186/s13059-016-0974-4
  78. Cingolani P., Platts A., Wang L.L., et al. A program for annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms, SnpEff // Fly. 2012. Vol. 6. No. 2. P. 80–92. doi: 10.4161/fly.19695
  79. Ng P.C., Henikoff S. SIFT: predicting amino acid changes that affect protein function // Nucleic Acids Res. 2003. Vol. 31. No. 13. P. 3812–3814. doi: 10.1093/nar/gkg509
  80. Santymire R.M., Lonsdorf E.V., Lynch C.M., et al. Inbreeding causes decreased seminal quality affecting pregnancy and litter size in the endangered black-footed ferret // Anim Conserv. 2019. Vol. 22. No. 4. P. 331–40. doi: 10.1111/acv.12466
  81. Ruiz-Lopez M.J., Evenson D.P., Espeso G., et al. High Levels of DNA Fragmentation in Spermatozoa Are Associated with Inbreeding and Poor Sperm Quality in Endangered Ungulates // Biol Reprod. 2010. Vol. 83. No. 3. P. 332–338. doi: 10.1095/biolreprod.110.084798
  82. He X., Johansson M.L., Heath D.D. Role of genomics and transcriptomics in selection of reintroduction source populations // Conserv Biol. 2016. Vol. 30. No. 5. P. 1010–1018. doi: 10.1111/cobi.12674
  83. Phelps J., Webb E.L., Bickford D., et al. Boosting CITES // Science. 2010. Vol. 330. No. 6012. P. 1752–1753. doi: 10.1126/science.1195558
  84. Koepfli K.-P., Paten B., O’Brien S.J. The Genome 10K Project: A Way Forward // Annual Review of Animal Biosciences. 2015. Vol. 3. No. 1. P. 57–111. doi: 10.1146/annurev-animal-090414-014900
  85. Nadachowska-Brzyska K., Burri R., Smeds L., et al. PSMC analysis of effective population sizes in molecular ecology and its application to black-and-white Ficedula flycatchers // Mol Ecol. 2016. Vol. 25. No. 5. P. 1058–1072. doi: 10.1111/mec.13540
  86. Animal Genome Size Database [Internet] [дата обращения: 14.08.2020]. Доступ по ссылке: http://www.genomesize.com/
  87. Graphodatsky A., Perelman P., O’Brien S.J. Atlas of Mammalian Chromosomes. John Wiley & Sons, Incorporated; 2020. doi: 10.1002/9781119418061
  88. Graphodatsky A.S. Conserved and variable elements of mammalian chromosomes. In: Cytogenetics of animals. Oxon, UK: CAB International Press; 1989. P. 95–124.
  89. Wang O., Chin R., Cheng X., et al. Efficient and unique cobarcoding of second-generation sequencing reads from long DNA molecules enabling cost-effective and accurate sequencing, haplotyping, and de novo assembly // Genome Res. 2019. Vol. 29. No. 5. P. 798–808. doi: 10.1101/gr.245126.118
  90. Lewin H.A., Graves J.A.M., Ryder O.A., et al. Precision nomenclature for the new genomics // Gigascience. 2019. Vol. 8. No. 8. ID giz086. doi: 10.1093/gigascience/giz086
  91. NCBI. NCBI Genome [Internet] [дата обращения: 10.08.2020]. Доступ по ссылке: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/
  92. Vertebrate Genomes Project. GenomeArk [Internet] [дата обращения: 10.08.2020]. Available from: https://vgp.github.io/genomeark/
  93. DNAzoo. DNAzoo [Internet]. DNA Zoo [дата обращения: 10.08.2020]. Доступ по ссылке: https://www.dnazoo.org/assemblies
  94. The Cost of Sequencing a Human Genome [Internet]. Genome.gov [дата обращения: 28.08.2020]. Доступ по ссылке: https://www.genome.gov/about-genomics/fact-sheets/Sequencing-Human-Genome-cost
  95. Santymire R. Implementing the use of a biobank in the endangered black-footed ferret (Mustela nigripes) // Reprod Fertil Dev. 2016. Vol. 28. No. 8. ID1097. doi: 10.1071/RD15461
  96. Black-Footed Ferret | Revive & Restore [Internet] [дата обращения: 28.08.2020]. Доступ по ссылке: https://reviverestore.org/projects/black-footed-ferret/
  97. Kaebnick G.E., Jennings B. De-extinction and Conservation // Hastings Center Report. 2017. Vol. 47. No. S2. P. S2–4. doi: 10.1002/hast.728

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Динамика количества видов, находящихся под угрозой исчезновения, с разделением на категории Красной книги. На основе данных из [2]

Скачать (164KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Задачи природоохранной биологии, решаемые генетическими и биоинформатическими методами

Скачать (193KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Примеры визуализации гетерозиготности: а — график суммарной длины ROH при различном пороге отсечки по длине для львов из различных популяций; b — гетерозиготность особей сахарийского орикса из различных популяций. Точки на графике соответствуют среднему уровню гетерозиготности каждой хромосомы по отдельности; c — гистограмма числа гетерозиготных и гомозиготных вариантов в двух подвидах черной антилопы (Hippotragus niger). SB2027* и HN216* — особи южного подвида (H. n. niger), остальные — замбийского (H. n. kirkii); d — средний уровень гетерозиготности и суммарная длина ROH в геномах волков популяции острова Айл-Ройал; e — средняя гетерозиготность в скользящих окнах для гигантской выдры и двух подвидов морской выдры: северного и южного. Оригинальные изображения из [12, 16, 20, 21, 24]

Скачать (228KB)
Метаданные
5. Рис. 4. Распределение размера генома для 540 видов млекопитающих, присутствующих в Animal Genome Size Database [86]. Для видов с несколькими подвидами или измерениями было использовано медианное значение

Скачать (94KB)
Метаданные
6. Рис. 5. Количество видов позвоночных (Vertebrata), для которых были опубликованы сборки геномов хромосомного уровня и охват ими таксонов позвоночных: а — перекрывание по видам между тремя основными базами данных хромосомных сборок; b — представленность таксонов позвоночных в этих базах. *Sauropsida включая птиц (Aves)

Скачать (131KB)
Метаданные

© ООО "Эко-Вектор", 2021


СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 65617 от 04.05.2016.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах