Филогеномный анализ изолятов Salmonella enterica subsp. enterica серовар Enteritidis, ассоциированных со спорадической и групповой заболеваемостью в России
- Авторы: Кулешов К.В.1, Павлова А.С.1, Егорова А.Е.1, Гусева А.Н.1, Крутова Н.Е.1, Акулова Н.К.1, Бикметова К.Р.1, Паркина Н.В.1, Михайлова Ю.В.1, Веселова О.А.1, Подколзин А.Т.1, Акимкин В.Г.1
-
Учреждения:
- Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора
- Выпуск: Том 13, № 2 (2023)
- Страницы: 76-82
- Раздел: Статьи
- URL: https://journals.eco-vector.com/2226-6976/article/view/554167
- DOI: https://doi.org/10.18565/epidem.2023.13.2.76–82
- ID: 554167
Цитировать
Полный текст
Открытый доступ
Доступ предоставлен
Доступ платный или только для подписчиков
Аннотация
Цель исследования. Оценка генетического разнообразия циркулирующих в России изолятов Salmonella enterica subsp. enterica серовар Enteritidis, выделенных при случаях групповой и спорадической заболеваемости, с использованием данных полногеномного секвенирования.
Материалы и методы. Проведены полногеномное секвенирование и филогенетический анализ 460 изолятов S. Enteritidis, полученных в ходе работы референс-центра по мониторингу за сальмонеллезами.
Результаты. Полученные данные позволили описать популяционную структуру российских изолятов S. Enteritidis и понять их филогенетическое положение в контексте глобального разнообразия патогена, оценить конкордантность эпидемиологических данных с данными генетической кластеризации и показать пространственно-временные особенности кластеризации изолятов, относящихся к эпидемиологически несвязанным случаям групповой заболеваемости.
Заключение. Результаты исследования создают предпосылки к созданию единой национальной лабораторно-информационной системы по мониторингу S. Enteritidis и расследованию эпидемических очагов групповой заболеваемости сальмонеллезами.
Полный текст
Об авторах
Константин Валерьевич Кулешов
Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора
Автор, ответственный за переписку.
Email: konstantinkul@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-5238-7900
к.б.н., старший научный сотрудник лаборатории молекулярной диагностики и эпидемиологии кишечных инфекций
Россия, МоскваАнастасия Сергеевна Павлова
Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора
Email: nasty-pavlov@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-4619-9337
младший научный сотрудник лаборатории молекулярной диагностики и эпидемиологии кишечных инфекций
Россия, МоскваАнна Евгеньевна Егорова
Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора
Email: bioanna1995@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-0486-1353
научный сотрудник лаборатории молекулярных механизмов антибиотикорезистентности
Россия, МоскваАнна Николаевна Гусева
Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора
Email: anguseva@cmd.su
ORCID iD: 0000-0001-7028-0253
младший научный сотрудник лаборатории молекулярной диагностики и эпидемиологии кишечных инфекций
Россия, МоскваНаталья Евгеньевна Крутова
Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора
Email: nkrutova@cmd.su
ORCID iD: 0000-0003-2925-5376
младший научный сотрудник лаборатории молекулярной диагностики и эпидемиологии кишечных инфекций
Россия, МоскваНадежда Константиновна Акулова
Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора
Email: akulova.n@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-0208-7165
старший научный сотрудник лаборатории молекулярной диагностики и эпидемиологии кишечных инфекций
Россия, МоскваКристина Романовна Бикметова
Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора
Email: c.bicmetowa@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-3368-7833
младший научный сотрудник лаборатории молекулярной диагностики и эпидемиологии кишечных инфекций
Россия, МоскваНаталья Владимировна Паркина
Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора
Email: parkina@cmd.su
ORCID iD: 0000-0003-3948-1385
научный сотрудник лаборатории молекулярной диагностики и эпидемиологии кишечных инфекций
Россия, МоскваЮлия Владимировна Михайлова
Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора
Email: mihailova@cmd.su
ORCID iD: 0000-0002-5646-538X
заведующая лабораторией молекулярных механизмов антибиотикорезистентности
Россия, МоскваОльга Александровна Веселова
Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора
Email: sapienscri@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-5041-4370
научный сотрудник лаборатории молекулярной диагностики и эпидемиологии кишечных инфекций
Россия, МоскваАлександр Тихонович Подколзин
Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора
Email: apodkolzin@pcr.ru
ORCID iD: 0000-0002-0044-3341
д.м.н., зам. директора по эпидемиологии
Россия, МоскваВасилий Геннадьевич Акимкин
Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора
Email: vgakimkin@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-4228-9044
академик РАН, д.м.н., профессор; директор
Россия, МоскваСписок литературы
- Li Y.J., Yang Y.F., Zhou Y.J., Zhang R.H., Liu C.W., Liu H. et al. Estimating the burden of foodborne gastroenteritis due to nontyphoidal Salmonella enterica, Shigella and Vibrio parahaemolyticus in China. PLoS One 2022; (11): e0277203. doi: 10.1371/journal.pone.0277203
- Majowicz S.E., Musto J., Scallan E., Angulo F.J., Kirk M., O’Brien S.J. et al. The global burden of nontyphoidal Salmonella gastroenteritis. Clin. Infect. Dis. 2010 50(6): 882–9. doi: 10.1086/650733
- Braden C.R. Salmonella enterica serotype Enteritidis and eggs: a national epidemic in the United States. Clin. Infect. Dis. 2006; 43(4): 512–7. doi: 10.1086/505973
- Kuleshov K.V., Pavlova A.S., Shedko E.D., Mikhaylova Y.V., Margos G., Hepner S. et al. Mobile Colistin Resistance Genetic Determinants of Non-Typhoid Salmonella enterica Isolates from Russia. Microorganisms 2021; 9(12): 2515. doi: 10.3390/microorganisms9122515
- Li S., He Y., Mann D.A., Deng X. Global spread of Salmonella Enteritidis via centralized sourcing and international trade of poultry breeding stocks. Nat. Commun. 2021; 12(1): 5109. doi: 10.1038/s41467-021-25319-7
- Rodrigue D.C., Tauxe R.V., Rowe B. International increase in Salmonella Enteritidis: a new pandemic? Epidemiol. Infect. 1990; (1): 21–7. doi: 10.1017/s0950268800047609
- Wright A.P., Richardson L., Mahon B.E., Rothenberg R., Cole D.J. The rise and decline in Salmonella enterica serovar Enteritidis outbreaks attributed to egg-containing foods in the United States, 1973-2009. Epidemiol. Infect. 2016; 144(4): 810–9. doi: 10.1017/S0950268815001867
- Pijnacker R., Dallman T.J., Tijsma A.S.L., Hawkins G., Larkin L., Kotila S.M. et al. An international outbreak of Salmonella enterica serotype Enteritidis linked to eggs from Poland: a microbiological and epidemiological study. Lancet Infect Dis. 2019; 9(7): 778–86. doi: 10.1016/S1473-3099(19)30047-7
- Allard M.W., Luo Y., Strain E., Pettengill J., Timme R., Wang C. et al. On the evolutionary history, population genetics and diversity among isolates of Salmonella Enteritidis PFGE pattern JEGX01.0004. PLoS One 2013; 8(1): e55254. doi: 10.1371/journal.pone.0055254
- Botteldoorn N., van Coillie E., Goris J., Werbrouck H., Piessens V., Godard C. et al. Limited genetic diversity and gene expression differences between egg- and non-egg-related Salmonella Enteritidis strains. Zoonoses Public Health. 2010; 57(5): 345–57. doi: 10.1111/j.1863-2378.2008.01216.x
- Ribot E.M., Fair M.A., Gautom R., Cameron D.N., Hunter S.B., Swaminathan B. et al. Standardization of pulsed-field gel electrophoresis protocols for the subtyping of Escherichia coli O157:H7, Salmonella, and Shigella for Pulse Net. Foodborne Pathog Dis. 2006; 3(1): 59–67. doi: 10.1089/fpd.2006.3.59
- Prjibelski A., Antipov D., Meleshko D., Lapidus A., Korobeynikov A. Using SPAdes De Novo Assembler. Curr. Protoc. Bioinformatics 2020; 70(1): e102. doi: 10.1002/cpbi.102
- Robertson J., Yoshida C., Kruczkiewicz P., Nadon C., Nichani A., Taboada E.N. et al. Comprehensive assessment of the quality of Salmonella whole genome sequence data available in public sequence databases using the Salmonella in silico Typing Resource (SISTR). Microb. Genom. 2018; 4(2): e000151. doi: 10.1099/mgen.0.000151
- Croucher N.J., Page A.J., Connor T.R., Delaney A.J., Keane J.A., Bentley S.D. et al. Rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences using Gubbins. Nucleic Acids Res. 2015; 43(3): e15. doi: 10.1093/nar/gku1196
- Tonkin-Hill G., Lees J.A., Bentley S.D., Frost S.D.W., Corander J. Fast hierarchical Bayesian analysis of population structure. Nucleic Acids Res. 2019; 47(11): 5539–49. doi: 10.1093/nar/gkz361
- Chattaway M.A., Dallman T.J., Larkin L., Nair S., McCormick J., Mikhail A. et al. The Transformation of Reference Microbiology Methods and Surveillance for Salmonella with the Use of Whole Genome Sequencing in England and Wales. Front Public Health 2019; (7): 317. doi: 10.3389/fpubh.2019.00317
Дополнительные файлы
