УЧАСТИЕ НЕКОДИРУЮЩЕЙ РНК В РЕГУЛЯЦИИ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ ДРОЖЖЕЙ SACCHAROMYCES CEREVISIAE



Цитировать

Полный текст

Аннотация

Дрожжи Saccharomyces cerevisiae лишены основных компонентов, необходимых для осуществления сайленсинга генов (замалчивания) с помощью интерференции РНК. Тем не менее, регуляция экспрессии генов в клетках дрожжей S. cerevisiae может осуществляться посредством других типов некодирующей РНК, в частности антисмысловой. Хотя, процент нетранслируемой РНК в геноме дрожжей достаточно велик, в настоящее время известно немного примеров участия некодирующей РНК в регуляции экспрессии генов у сахаромицетов, часть из которых представлена в данном обзоре.

Ключевые слова

Об авторах

Ольга Вадимовна Коченова

Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, РФ

Email: olga.elka@gmail.com

Список литературы

  1. Макарова Ю. А., Крамеров Д. А., 2007. Некодирующие РНК//Биохимия. Т. 72. Вып. 11. С. 1427-1448.
  2. Репневская М. В., Инге-Вечтомов С. Г., 1986. Структура и функции локуса, определяющего тип спаривания у дрожжей-сахаромицетов//Молекулярная биология. Т. 20. Вып. 5. С. 1176-1191.
  3. Albers E., Laizé V., Blomberg A. et al., 2003. Ser3p (Yer081wp) and Ser33p (Yil074cp) are phosphoglycerate dehydrogenases in Saccharomyces cerevisiae//J Biol Chem. Vol. 278. N 12. P. 10264-10272.
  4. Amaral P. P., Dinger M. E., Mercer T. R., Mattick J. S., 2008. The eukaryotic genome as an RNA machine//Science. Vol. 319. P. 1787-1789.
  5. Amaral P. P., Mattick J. S., 2008. Noncoding RNA in development//Mamm. Genome. Vol. 19. P. 454-492.
  6. Andrulis E. D., Werner J., Nazarian A. et al., 2002. The RNA processing exosome is linked to elongating RNA polymerase II in Drosophila//Nature. Vol. 420. N 6917. P. 837-841.
  7. Boeger H., Griesenbeck J., Strattan J. S., Kornberg R. D., 2003. Nucleosomes unfold completely at a transcriptionally active promoter//Mol. Cell. Vol. 11. N 6. P. 1587-1598.
  8. Brantl S., 2002. Antisense-RNA regulation and RNA interference//Biochim. Biophys. Acta. Vol. 1575. N 1-3. P. 15-25.
  9. Brown C. J., Lafreniere R. G., Powers V. E. et al., 1991. Localization of the X inactivation centre on the human X chromosome in Xq13//Nature. Vol. 349. N 6304. P. 82-84.
  10. Camblong J., Beyrouthy N., Guffanti E. et al., 2009. Trans-acting antisense RNAs mediate transcriptional gene cosuppression in Saccharomyces cerevisiae//Genes Dev. Vol. 23. N 13. P. 1534-1545.
  11. Camblong J., Iglesias N., Fickentscher C. et al., 2007. Antisense RNA stabilization induces transcriptional gene silencing via histone deacetylation in Saccharomyces cerevisiae//Cell. Vol. 131. N 4. P. 706-717.
  12. Cerutti H., Casas-Mollano J. A., 2006. On the origin and functions of RNA-mediated silencing: from protists to man // Curr. Genet. Vol. 50. N 2. P. 81-99. 13. Darzacq X, Jády B., Verheggen C. et al., 2002. Cajal body-specific small nuclear RNAs: a novel class of 2'- O-methylation and pseudouridylation guide RNAs //EMBO J. Vol. 21. N 11. P. 2746-2756.
  13. David L., Huber W., Granovskaia M. et al., 2006. A high-resolution map of transcription in the yeast genome//PNAS. Vol. 103. N14. P. 5320-5325.
  14. Farazi T. A., Juranek S. A., Tuschl T., 2008. The growing catalog of small RNAs and their association with distinct Argonaute/Piwi family members//Development. Vol. 135. P. 1201-1214.
  15. Fire A., Xu S., Montgomery M. et al., 1998. Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans//Nature. Vol. 391. N 6669. P. 806-811.
  16. Garnier O., Serrano V., Duharcourt S., Meyer E., 2004. RNA-mediated programming of developmental genome rearrangements in Paramecium tetraurelia//Mol. Cell. Biol. Vol. 24. N17. P. 7370-7379.
  17. Harrison B. R., Yazgan O., Krebs J. E., 2009. Life without RNAi: noncoding RNAs and their functions in Saccharomyces cerevisiae//Biochem. Cell Biol. Vol. 87. N5. P. 767-779.
  18. He H., Wang J., Liu T. et al., 2007. Mapping the C. elegans noncoding transcriptome with a whole-genome tiling microarray//Genome Res. Vol. 17. N 10. P. 1471-1477.
  19. Heard E., Disteche C. M., 2006. Dosage compensation in mammals: fine-tuning the expression of the X chromosome//Genes. Dev. V. 20. P. 1848-1867.
  20. Hieronymus H., Yu M. C., Silver P. A., 2004. Genomewide mRNA surveillance is coupled to mRNA export//Genes Dev. Vol. 18. N 21. P. 2652-2662.
  21. Hongay C. F., Grisafi P. L., Galitski T., Fink G. R., 2006. Antisense transcription controls cell fate in Saccharomyces cerevisiae//Cell. Vol. 127. N 4. P. 735-745.
  22. Houseley J., Rubbi L., Grunstein M. et al., 2008. A ncRNA modulates histone modification and mRNA induction in the yeast GAL gene cluster//Mol. Cell. Vol. 32. N 5. P. 685-695.
  23. Inagaki S., Numata K., Kondo T. et al., 2005. Identification and expression analysis of putative mRNA-like non-coding RNA in Drosophila//Genes Cells. Vol. 10. P. 1163-1173.
  24. Jensen R., Sprague G. F., Jr., Herskowitz I., 1983. Regulation of yeast mating-type interconversions: feedback control of HO gene expression by mating type locus//PNAS. Vol. 80. P. 3035-3039.
  25. Kassir Y., Simchen G., 1976. Regulation of mating and meiosis in yeast by mating-type region//Genetics. Vol. 82. P. 187-202.
  26. Kapranov P., Cheng J., Dike S. et al., 2007. RNA maps reveal new RNA classes and a possible function for pervasive transcription//Science. Vol. 316. N 5830. P. 1484-1488.
  27. Kohtz J. D., Fishell G., 2004. Developmental regulation of EVF-1, a novel non-coding RNA transcribed upstream of the mouse Dlx6 gene//Gene Expr. Patterns. Vol. 4. P. 407-412.
  28. Lanz R. B., McKenna N. J., Onate S. A. et al., 1999. A steroid receptor coactivator, SRA, functions as an RNA and is present in an SRC-1 complex//Cell. Vol. 97. N 1. P. 17-27.
  29. Lanz R. B., Razani B., Goldberg A. D., O'Malley B. W., 2002. Distinct RNA motifs are important for coactivation of steroid hormone receptors by steroid receptor RNA activator (SRA)//PNAS. Vol. 99. N 25. P. 16081-16086.
  30. Lee J. T., Lu N., Han Y., 1999. Genetic analysis of the mouse X inactivation center defines an 80-kb multifunction domain//PNAS. V. 96. P. 3836-3841.
  31. Louro R., Nakaya H. I., Amaral P. P. et al., 2007. Androgen responsive intronic non-coding RNAs//BMC Biol. Vol. 5. P. 4.
  32. Manak J. R., Dike S., Sementchenko V. et al., 2006. Biological function of unannotated transcription during the early development of Drosophila melanogaster//Nat. Genet. Vol. 38. N10. P. 1151-1158.
  33. Mariner P. D., Walters R. D., Espinoza C. A. et al., 2008. Human Alu RNA is a modular transacting repressor of mRNA transcription during heat shock//Mol. Cell. Vol. 29. P. 499-509.
  34. Martens J. A., Laprade L., Winston F., 2004. Intergenic transcription is required to repress the Saccharomyces cerevisiae SER3 gene//Nature. Vol. 429. P. 571-574.
  35. Martens J. A., Wu P. Y., Winston F., 2005. Regulation of an intergenic transcript controls adjacent gene transcription in Saccharomyces cerevisiae//Genes Dev. Vol. 19. N 22. P. 2695-2704.
  36. Miura F., Kawaguchi N., Sese J. et al., 2006. A largescale full-length cDNA analysis to explore the budding yeast transcriptome//PNAS. Vol. 103. N 47. P. 17846-17851.
  37. Nagalakshmi U., Wang Z., Waern K. et al., 2008. The transcriptional landscape of the yeast genome defined by RNA sequencing//Science. Vol. 320. N 5881. P. 1344-1349.
  38. Penny G. D., Kay G. F., Sheardown S. A. et al., 1996. Requirement for Xist in X chromosome inactivation//Nature. V. 379. P. 131-137.
  39. Persson B. L., Berhe A., Fristedt U. et al., 1998. Phosphate permeases of Saccharomyces cerevisiae//Biochim. Biophys. Acta. Vol. 1365. N1-2. P. 23-30.
  40. Reinke H., Hörz W., 2003. Histones are first hyperacetylated and then lose contact with the activated PHO5 promoter//Mol. Cell. Vol. 11. N 6. P. 1599-1607.
  41. Schilders G., van Dijk E., Raijmakers R., Pruijn G. J., 2006. Cell and molecular biology of the exosome: how to make or break an RNA//Int. Rev. Cytol. Vol. 251. P. 159-208.
  42. Shabalina S. A., Koonin E. V., 2008. Origins and evolution of eukaryotic RNA interference//Trends Ecol. Evol. Vol. 23. N10. P. 578-587.
  43. Takeda K., Ichijo H., Fujii M. et al., 1998. Identification of a novel bone morphogenetic protein-responsive gene that may function as a noncoding RNA//J. Biol. Chem. Vol. 273. P. 17079-17085.
  44. Tsutsumi M., Itoh M., 2007. Novel transcript nort is a downstream target gene of the Notch signaling pathway in zebrafish//Gene Expr. Patterns. Vol. 7. P. 227-232.
  45. Uhler J. P., Hertel C., Svejstrup J. Q., 2007. A role for noncoding transcription in activation of the yeast PHO5 gene//Genetics. Vol. 104. P. 8011-8016.
  46. Vasiljeva L., Kim M., Terzi N. et al., 2008. Transcription termination and RNA degradation contribute to silencing of RNA polymerase II transcription within heterochromatin//Molecular Cell. Vol. 29. P. 313-323.
  47. Wang H., Iacoangeli A., Lin D. et al., 2005. Dendritic BC1 RNA in translational control mechanisms//J. Cell Biol. Vol. 171. P. 811-821.
  48. Weinstein L. B., Steitz J. A., 1999. Guided tours: from precursor snoRNA to functional snoRNP//Curr. Opin. Cell Biol. Vol. 11. N 3. P. 378-384.
  49. Werner A., 2005. Natural antisense transcripts//RNA Biol. Vol. 2. P. 53-62.
  50. Wyers F., Rougemaille M., Badis G. et al., 2005. Cryptic pol II transcripts are degraded by a nuclear quality control pathway involving a new poly (A) polymerase//Cell. Vol. 121. P. 725-737.
  51. Yeast Genome Database, Saccharomyces cerevisiae Genome Snapshot/Overview. URL: http://yeastgenome. org/cache/genomeSnapshot.html (дата обращения: 11.04.2010).
  52. Zhou Q., Yik J. H., 2006. The Yin and Yang of P-TEFb regulation: implications for human immunodeficiency virus gene expression and global control of cell growth and differentiation//Microbiol. Mol. Biol. Rev. Vol. 70. N 3. P. 646-659.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Коченова О.В., 2011

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС 77 - 65617 от 04.05.2016.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах