Email this article 
Characterization and identification of naturally transgenic species Linaria vulgaris pathogenic mycromycetes
- Authors: Sokornova S.V.1, Gasich E.L.1, Bemova V.D.2, Matveeva T.V.2
-
Affiliations:
- All-Russia Institute of Plant Protection
- Saint Petersburg State University
- Issue: Vol 16, No 1 (2018)
- Pages: 27-34
- Section: Genetic basis of ecosystems evolution
- URL: https://journals.eco-vector.com/ecolgenet/article/view/8785
- DOI: https://doi.org/10.17816/ecogen16127-34
- ID: 8785
Cite item
Full Text
Abstract
In nature there are species containing homologs of T-DNA genes of agrobacteria (сT-DNA) in their genomes. Such plants are called naturally transgenic ones. Interaction with the microbiota is one of the possible functions of cT-DNA, discussed in the literature. Linaria plants are the most suitable for the investigation of the probable ecological role of T-DNA, since they widely spread. The first stage in the evaluation of plant-microbial interactions involving these plants is the description of isolates with contrasting virulence for toadflax. The search and DNA-barcoding of such isolates of Phoma-like fungi was the goal of this work. 14 strains isolated from the plants of the families Plantaginaceae and Scrophullariaceae were analyzed. The of multilocus analysis included amplification and sequencing of internal transcribed spacers, a large subunit of RNA, a tubulin gene. Based on molecular data, 9 strains were assigned to the species Boeremia exigua, which has a wide range of habitats and a wide specialization. Strains of this species were virulent against L. vulgaris, but differed in aggressiveness with respect to this plant. Thus, a collection of strains was characterized, which can later be used for a more detailed study of the immune response of the naturally-transgenic L. vulgaris plant in response to inoculation with the B. exigua phytopathogen. As a result of the work, we identified the narrow host range fungi Heterophoma novae-verbascicola, and broad host range pathogens Plectosphaerella cucumerina, Phoma herbarum and Trichothecium roseum. Among them, only P. cucumerina was a weak pathogen of L. vulgaris. These results confirm the early data on the depleted mycobiota of L. vulgaris.
Full Text
Введение
В настоящий момент известно три рода растений Nicotiana, Ipomoea и Linaria, в пределах которых выявлены представители, содержащие в геноме участки ДНК, гомологичной Т-ДНК агробактерий, как результат горизонтального переноса генов. Многочисленные исследования показывают, что у природно-трансгенных растений, относящихся к родам Nicotiana и Ipomoea, экспрессируются гены Т-ДНК [1, 2]. Недавно была продемонстрирована экспрессия гена rolC и у льнянок [3]. Это свидетельствует о том, что клТ-ДНК функ циональна. На каллусных культурах показано влияние онкогенов rolA, rolB и rolC Agrobacterium rhizogenes на повышение стресс-устойчивости, в том числе за счет повышения уровня вторичных метаболитов, образования активных форм кислорода, экспрессии PR-белков и изменения путей метаболизма сахарозы [4–7]. Ряд этих механизмов растения реализуют при защите от патогенных микромицетов, но на данный момент не изучена устойчивость к болезням у видов, экспрессирующих гены rolA, rolB и rolC. Из природно-трансгенных растений только льнянки широко распространены в дикой природе [8]. Поэтому они могут служить моделью для изучения возможной экологической роли горизонтально перенесенных в их геномы последовательностей ДНК. Для этого требуется проведение большой подготовительной работы в разных направлениях, в том числе необходимы детальные исследования возможных межвидовых взаимодействий с участием льнянок. Частным случаем таких взаимодействий являются отношения растение — фитопатоген. На начальных этапах данного исследования необходимо выявить наиболее распространенных и агрессивных в отношении льнянок патогенов. Обедненный состав микобиоты природно-трансгенного вида Linaria vulgaris, преимущественно состоящий из фомоидного микромицета Boeremia exigua (Desm.) Aveskamp, Gruyter & Verkley (=Phoma exigua var. exigua), а также представителей родов Ramularia и Phomopsis может служить косвенным доказательством возможной роли rolC в регуляции устойчивости к патогенам [9]. Идентификация фомоидных патогенов затруднена из-за схожести морфолого-культуральных признаков, так как у представителей близкородственных секций размер конидий, характер роста на агаре и другие признаки могут быть неразличимы [10]. В то же время даже у близкородственных видов паразито-хозяинные отношения имеют свои особенности как со стороны микромицета, так и со стороны ответа растения. Поэтому точная видоидентификация патогенов природно-трансгенных льнянок представляет особый интерес. Эта работа важна для обнаружения и паспортизации изолятов, характеризующихся контрастными проявлениями вирулентности, так как это позволит в дальнейшем создать коллекцию для определения особенности иммунного ответа трансгенных растений при заражении. Ранее было показано, что патогенами льнянок являются преимущественно фомоидные микромицеты [9]. Филогенетическая специализация этих патогенов различна. Есть как узкоспециализированные виды, приуроченные к растениям, лежащим в пределах одного семейства, так и виды, способные заражать представителей более 10 семейств [10]. Для расширения коллекции фитопатогенных микромицетов с различной агрессивностью в отношении льнянок был проведен дополнительный скрининг среди фитопатогенов семейства Plantaginaceae, а также родственного ему семейства Scrophullariaceae (куда ранее относили льнянку). Поэтому в данную работу вошел материал, собранный не только на растениях L. vulgaris, но и на видах Plantago major, Veronica sp. (Plantaginaceae), Verbascum sp, Verbascum thapsus (Scrophullariaceae). Для видоидентификации фомоидных грибов на практике широко используются молекулярные методы, в частности мультилокусный анализ по участкам внутренних транскрибируемых спейсеров, большой субъединицы РНК, гена тубулина [11, 12]. Таким образом, целью данной работы стала уточняющая идентификация видов, встречающихся на растениях семейств Plantaginaceae и Scrophullariaceae, оценка их вирулентности в отношении природно-трансгенного растения L. vulgaris, создание коллекции штаммов для изучения влияния генов клТ-ДНК на взаимодействие растений льнянки с фомоидными микромицетами.
Материал и методы
В работе использовали штаммы из коллекции лабораторий микологии и фитопатологии и токсикологии и биотехнологии ФГБНУ ВИЗР, хранящиеся при 5 °C в пробирках на скошенном картофельно-глюкозном агаре (КГА) (табл. 1).
Таблица 1. Штаммы микромицетов, использованных в работе
Table 1. Strains of micromycetes used in the researchwork
№ | Маркировка | Семейство | Вид | Место |
1 | 12_18 | Scrophulariaceae | Verbascum sp. | Липецк |
2 | 17_39 | Plantaginaceae | Plantago major | Лен. обл., Гатчинский р-н |
3 | 17_82 | Plantaginaceae | Plantago major | Лен. обл., Ломоносовский р-н, п. Горелово |
4 | 17_87 | Plantaginaceae | Plantago major | Лен. обл., Ломоносовский р-н, п. Горелово |
5 | 32_11 | Plantaginaceae | Plantago major | Лен. обл., Кировский р-н, п. Назия |
6 | 32_13 | Plantaginaceae | Plantago major | Московская обл., Голицыно |
7 | 32_25 | Plantaginaceae | Plantago major | Ростовская обл., Славский р-н |
8 | 32_36 | Scrophulariaceae | Verbascum nigrum | Ставрополь |
9 | 32_150 | Scrophulariaceae | Verbascum thapsus | Адыгея, Майкопский район, п. Подгорный |
10 | 32_151 | Plantaginaceae | Veronica sp. | Иркутская обл. |
11 | 32_226 | Plantaginaceae | Plantago major | Сев. Осетия, Даргавс |
12 | Ph 6 | Plantaginaceae | Linaria vulgaris | Тульская обл. |
13 | 263_Ph6 | Plantaginaceae | Linaria vulgaris | Тульская обл. |
14 | 263_Ph6_2 | Plantaginaceae | Linaria vulgaris | Тульская обл. |
Патогенность штаммов оценивали методом заражения листовых дисков [9].
Для получения препарата ДНК фрагменты мицелия гриба объемом около 10 мкл помещали в микроцентрифужную пробирку, содержащую 500 мкл буфера ТЕ. Далее пробирку инкубировали в течение 10 минут на кипящей водяной бане, затем центрифугировали 3 минуты при 8000 g, далее 1 мкл надосадочной жидкости брали в реакционную смесь для проведения ПЦР.
ПЦР проводили в объеме 20 мкл. В состав смеси входили: DreamTaq™ Green Master Mix (2X) (ThermoScientific), по 5 пикомолей каждого праймера и 1 мкл препарата ДНК. Последователь ности праймеров представлены в таблице 2. Праймеры синтезированы компанией «Евроген».
Таблица 2. Праймеры, использованные в работе
Table 2. Primers, used in the researchwork
№ | Название | Последовательность 5’–3’ | Ссылка |
1 | ITS4 | TCCTCCGCTTATTGATATGC | 14 |
2 | ITS5 | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAG | |
3 | LROR | GTACCCGCTGAACTTAAGC | 15 |
4 | LR5 | TCCTGAGGGAAACTTCG | 16 |
5 | T1 | AACATGCGTGAGATTGTAAGT | 17 |
6 | T2 | TAGTGACCCTTGGCCCAGTTG | |
7 | Btub2Fd | GTBCACCTYCARACCGGYCARTG | 18 |
8 | Btub4Rd | CCRGAYTGRCCRAARACRAAGTTGTC |
Анализ нуклеотидных последовательностей выполняли при помощи программы MEGA 7.0.21 [13]. Референсные последовательности представлены в таб лице 3.
Результаты и обсуждение
Молекулярно-генетический анализ 14 штаммов, 11 из которых были выделены в чистую культуру из некротических пятен на листьях растений семейства Plantaginaceae и 3 из семейства Scrophulariaceae, показал, что 9 штаммов относятся к виду B. exigua (табл. 4). В описании этого вида, данном Van der Aa et al. [19], говорится, что в Евразии вид B. exigua имеет обширный ареал обитания [20] и широкую специализацию, то есть один и тот же штамм может поражать растения нескольких семейств [10, 19]. Любопытно, что среди проанализированных штаммов B. exigua восемь исходно были выделены из растений семейства Plantaginaceae. Также в пределах этого семейства были найдены штаммы Phoma herbarum Westend. и Trichothecium roseum (Pers.) (см. табл. 4).
Таблица 3. Референсные последовательности
Table 3. Reference sequences
№ | Номер GenBank | Растение-хозяин | Семейство | Место обнаружения |
1 | LT158235.1 | Glycine max | Fabaceae | Китай, Цзилинь |
2 | KT309446.1 | Cytisus scoparius | Fabaceae | Новая Зеландия |
3 | KT309407.1 | Cynara scolymus | Asteraceae | Новая Зеландия |
4 | KT309519.1 | Cynara scolymus | Asteraceae | Новая Зеландия |
5 | GU237495.1 | Cichorium intybus | Asteraceae | Нидерланды |
6 | KT309512.1 | Fragaria ananassa | Rosaceae | Новая Зеландия |
7 | КТ309489.1 | Linum usitatissimum | Linaceae | Венгрия |
8 | GU237499.1 | Linum usitatissimum | Linaceae | Нидерланды |
9 | GU237500.1 | Linum usitatissimum | Linaceae | Нидерланды |
10 | KT389784.1 | Nicotiana tabacum | Solanaceae | Китай, Пекин |
11 | KT309500.1 | Lycopersicon esculentum | Solanaceae | Новая Зеландия |
12 | KR653202.1 | Ipomoea batatas | Solanaceae | Китай, Ханчжоу |
13 | KR653203.1 | Ipomoea batatas | Solanaceae | Китай, Ханчжоу |
14 | KR653201.1 | Ipomoea batatas | Solanaceae | Китай, Ханчжоу |
15 | KT309617.1 | Cyphomandra betacea | Solanaceae | Новая Зеландия |
16 | FJ427112.1 | Solanum tuberosum | Solanaceae | Нидерланды |
17 | KT309470.1 | Actinidia chinensis | Actinidiaceae | Новая Зеландия |
18 | GU237493.1 | Forsythia sp. | Oleaceae | Нидерланды |
19 | GU237494.1 | Forsythia sp. | Oleaceae | Нидерланды |
20 | GU237498.1 | Syringa vulgaris | Oleaceae | Нидерланды |
21 | GU237503.1 | Syringa vulgaris | Oleaceae | Нидерланды |
22 | GU237504.1 | Coffea arabica | Rubiaceae | Бразилия |
23 | GU237505.1 | Coffea arabica | Rubiaceae | Камерун |
Патогены, выявленные на растениях семейства Scrophulariaceae, относились к различным видам: Heterophoma novae-verbascicola (Aveskamp, Gruyter & Verkley) Q. Chen & L. Cai, Plectosphaerella cucumerina (Lindf.) W. Gams и B. exigua. Из них патоген H. novae-verbascicolaимеет узкую специализацию и приурочен к семейству Scrophulariaceae. Фитопатогены P. cucumerina, P. herbarum и T. roseum имеют широкую специализацию, встречаются на растениях Lamiaceae, Apiaceae, Solanaceae, Asteraceae и т. д. Интересно, что патоген P. cucumerina (штамм WST1, KU640393) был обнаружен на заразихе, среди вторичных метаболитов которой есть антиррид [20]. Антиррид — редко встречающийся иридоидный гликозид с фунгицидной активностью, который является мажорным компонентом конститутивной защиты льнянок [21]. Патоген P. herbarum хорошо изучен, встречается в различных географических точках как на однодольных, так и на двудольных растениях. В базе NCBI имеется полногеномный сиквенс P. herbarum штамма JCM 15942 (GenBank: BCGR00000000.1).
Оценка вирулентности анализируемых штаммов показала, что среди изученных штаммов наиболее агрессивные в отношении льнянок формы найдены в пределах вида B. exigua. Кроме штаммов из микобиоты льнянок, L. vulgaris заражал штамм B. exigua 32_36, выделенный из Verbascum nigrum (Scrophulariaceae). Менее агрессивными, но все же вызывающими достоверные некротические пятна на отрезках листьев L. vulgaris на 3-и сутки после заражения были штаммы B. exigua 32_226 и 32_11, выделенные из Plantago major (Plantaginaceae) (см. табл. 4). Крайне слабую агрессивность в отношении L. vulgaris проявляли выделенные из того же растения-хозяина штаммы B. exigua 17_82, 17_87, 32_11, 32_13. Среди других видов можно выделить штамм P. cucumerina 32_150, вызвавший слабое заражение льнянки.
Таблица 4. Суммарные данные по видоидентификации и вирулентности штаммов
Table 4. Species identification and virulence
№ | Штамм | Номер последовательности маркера | Вид | Вирулентность | ||
ITS | LSU | beta-tubulin | ||||
1 | 12_18 | KY234213.1 | KY234154 | MG029466 | Heterophoma novae-verbascicola | – – – |
2 | 17_39 | MF599110 | MF599105 | MG029470 | Boeremia exigua | + – – |
3 | 17_82 | KY234205 | KY234146 | KY273917 | Boeremia exigua | + – – |
4 | 17_87 | KY234206 | KY234147 | KY273918 | Boeremia exigua | + – – |
5 | 32_11 | KY234207 | KY234148 | KY273919 | Boeremia exigua | + – – |
6 | 32_13 | KY234209 | KY234150 | MG029464 | Boeremia exigua | + – – |
7 | 32_25 | MF599106 | MF599101 | MG029469 | Phoma herbarum | – – – |
8 | 32_36 | MF599107 | MF599102 | MG029468 | Boeremia exigua | + + – |
9 | 32_150 | KY234211 | KY234152 | MG029465 | Plectosphaerella cucumerina | + – – |
10 | 32_151 | KY234208 | KY234149 | KY273920 | Phoma sp. | – – – |
11 | 32_226 | KY234212 | KY234153 | KY273922 | Boeremia exigua | + + – |
12 | 263 Ph6 | MF599109 | MF599104 | MG029467 | Boeremia exigua | + + + |
13 | 263 Ph6 2 | MF599108 | MF599103 | MG029471 | Boeremia exigua | + + + |
14 | Ph6 | KY234210 | KY234151 | KY273921 | Trichothecium roseum | – – – |
Примечание: + + + — площадь некрозов отрезков листьев 75–100 %; + + – — площадь некрозов 45–75 %; + – – — площадь некрозов 20–45 %; – – – — площадь некрозов менее 20 % | ||||||
Среди изученных фрагментов таксономически значимых районов ДНК наиболее вариабельным оказался фрагмент гена tub2. На его основе было построено филогенетическое древо, отражающее родство изолятов B. exigua (рис. 1). При его построении были использованы также последовательности данного маркера из базы NCBI (см. табл. 3). Они относятся к изолятам, выделенным с разных растений-хозяев и из различных географических точек. Хотя для фомоидных микромицетов принято считать, что взаимосвязи между растением-хозяином и родством его заражающих патогенов не существует [25], на нашем древе обнаружены некоторые моменты, которые трудно считать случайными. Так, несмотря на то, что изоляты, выделенные с Plantaginaceae, распределены по всему древу, тем не менее есть группа наиболее вирулентных в отношении льнянки патогенов, которая образует общую ветвь на древе. Аналогично обстоит дело с изолятами, выделенными с батата. То есть, несмотря на широкий спектр хозяев, можно говорить о склонности отдельных рас заражать преимущественно родственные виды из одного или близких семейств. При поиске таких рас имеет смысл обращать внимание на несколько факторов, по крайней мере таких, как растение-хозяин и география сбора. Хотя для более ясной картины требуются дополнительные исследования.
Рис. 1. Филогенетическое древо изолятов Boeremia exigua с указанием растений-хозяев. Древо построено с применением метода максимального правдоподобия. Консенсусное древо построено на основе 500 реплик бутстрепа. Начальное древо для эвристического поиска было получено автоматически, путем применения алгоритмов Neighbor-Join и BioNJ к матрице попарных расстояний, оцененных с использованием модели JTT, а затем выбора топологии с более высоким значением логарифма правдоподобия [22–24]
Вирулентные в отношении льнянок штаммы B. exigua были выделены из растений, чей конститутивный иммунитет против болезней основан на синтезе таких вторичных метаболитов, как иридоидные гликозиды и флавоноиды. Одна из возможных функций гена rolCзаключается в увеличении синтеза мажорных вторичных метаболитов, что в свою очередь могло дать преимущество предковым формам, в чьих геномах закреплялась и передавалась по наследству Т-ДНК, гомологичная агробактериальной [21]. Выявленная, благодаря проведенному исследованию, система L. vulgaris/B. exigua предоставляет уникальную возможность для изучения особенностей защиты таких природно-трансгенных растений. Хорошо известно, что паразито-хозяинные отношения претерпевают ряд изменений в процессе эволюции. Превалирование среди патогенов льнянок B. exigua указывает на то, что патогенез у природно-трансгенных растений может иметь ряд индивидуальных особенностей. На наш взгляд, в дальнейшем необходимо более тонкое изучение патогенеза, в частности, инокуляция целых растений L. vulgaris различающимися по агрессивности штаммами B. exigua и анализ развития болезни на организменном и клеточном уровнях. Кроме того, целесообразно оценить внутривидовую изменчивость штаммов B. exigua при помощи микросателлитных маркеров.
Таким образом, нами охарактеризовано 14 изолятов микромицетов. Больше всего вирулентных к льнянке образцов выявлено среди представителей вида B. exigua. На основе изолятов этого вида создана коллекция, которая в дальнейшем может быть использована для более детального изучения иммунного ответа природно-трансгенного растения L. vulgaris в ответ на инокуляцию данным фитопатогеном. Итогом выполнения работы стала идентификация узкоспециализированного вида H. novae-verbascicola и широко специализированных видов P. cucumerinа, P. herbarum и T. roseum, среди которых только P. cucumerina был слабым патогеном льнянок. Результаты подтверждают раннее полученные данные об обедненной микобиоте L. vulgaris.
Работа выполнена при финансовой поддержке РНФ, грант № 16-16-10010. Авторы благодарят РЦ СПбГУ «Развитие молекулярных и клеточных технологий» и лично Е.Ю. Городилову и А.Э. Машарского за содействие в проведении секвенирования ДНК.
About the authors
Sofia V. Sokornova
All-Russia Institute of Plant Protection
Author for correspondence.
Email: mymryk@gmail.com
SPIN-code: 3223-0513
Senior Researcher
Russian Federation, Pushkin, Saint PetersburgElena L. Gasich
All-Russia Institute of Plant Protection
Email: elena_gasich@mail.ru
SPIN-code: 1101-5323
Senior Researcher
Russian Federation, Pushkin, Saint PetersburgVictoria D. Bemova
Saint Petersburg State University
Email: viktoria.bemova@yandex.ru
Master Student
Russian Federation, Saint PetersburgTatiana V. Matveeva
Saint Petersburg State University
Email: radishlet@gmail.com
SPIN-code: 3877-6598
Professor
Russian Federation, Saint PetersburgReferences
- Kyndt T, Quispe D, Zhai H, et al. The genome of cultivated sweet potato contains Agrobacterium T-DNAs with expressed genes: An example of a naturally transgenic food crop. Proc Natl Acad Sci USA. 2015;112(18): 5844-5849. doi: 10.1073/pnas.1419685112.
- Chen K, Otten L. Natural Agrobacterium Transformants: Recent Results and Some Theoretical Considerations. Front Plant Sci. 2017;8:1600. doi: 10.3389/fpls.2017.01600.
- Матвееева Т.В., Богомаз О.Д., Голованова Л.А., и др. Гомологи гена rolC природно-трансгенных льнянок Linaria vulgaris и Linaria creticola экспрессируются in vitro // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2018;22(2):273-278. [Mat veeva TV, Bogomaz OD, Golovanova LA et al. Homologs of the rolC gene of naturally transgenic toadflaxes Linaria vulgaris and Linaria creticola are expressed in vitro. Russian Journal of Genetics: Applied Research. 2018;22(2):273-278 (In Russ.)]. doi: 10.18699/VJ18.359.
- Bulgakov VP, Tchernoded GK, Mischenko NP, et al. Effect of salicylic acid, methyl jasmonate, ethephon and cantharidin on anthraquinone production by Rubia cordifolia callus cultures transformed with the rolB and rolC genes. J Biotechnol. 2002;97(3):213-221. doi: 10.1016/s0168-1656(02)00067-6.
- Гюнтер Е.А., Попейко О.В., Шкрыль Ю.Н., и др. Влияние агробактериальных генов rol на содержание, строение пектиновых веществ и активность гликаназ в культурах трансгенных клеток Rubia cordifolia // Прикладная биохимия и микробиология. – 2013. – Т. 49. – № 4. – С. 409–416. [Gunter EA, Popeyko OV, Shkryl YN, et al. Effect of the rol Genes from Agrobacterium rhizogenes on the Content and Structure of Pectic Substances and Glycanase Activity in Rubia cordifolia Transgenic Cell Cultures. Applied biochemistry and microbiology. 2013;49(4):409-416. (In Russ.)]. doi: 1134/S0003683813040066.
- Veremeichik GN, Shkryl YN, Bulgakov VP, et al. Molecular cloning and characterization of seven class III peroxidases induced by overexpression of the agrobacterial rolB gene in Rubia cordifolia transgenic callus cultures. Plant Cell Rep. 2012;31(6):1009-1019. doi: 10.1007/s00299-011-1219-3.
- Bulgakov VP, Shkryl YN, Veremeichik GN, et al. Recent advances in the understanding of Agrobacterium rhizogenes-derived genes and their effects on stress resistance and plant metabolism. Adv Biochem Eng Biotechnol. 2013;134:1-22. doi: 10.1007/10_2013_179.
- plantarium.ru [интернет]. Определитель растений on-line [доступ от 01.10.2017]. Доступ по ссылке http://www.plantarium.ru/. [Plantarium.ru [Internet]. Identification guide for plants [cited 2017 October 1]. Available from: http://www.plantarium.ru/. (In Russ.)]
- Сокорнова С.В., Гасич Е.Л., Матвеева Т.В., Афонин А.Н. Микромицеты растений рода Linaria, содержащих в геноме т-ДНК // Микология и фитопатология. – 2015. – Т. 49. – № 3. – С. 188–193. [Sokornova SV, Gasich EL, Matveeva TV, Afonin AN. Micromycetes of plants Linariacontaining DNA sequences of agrobacterial origin in their genomes. Mikol Fitopatol. 2015;49(3):188-193. (In Russ.)]
- Boerema GH, de Gruyter J, Noordeloos ME, Hamers MEC Phoma identification Manual: differentiation of Specific and Infra-specific Taxa in Culture. Wallingford: CABI Publishing; 2004.
- Aveskamp MM, de Guyter J, Crous PW. Biology and recent developments in the systematics of Phoma, a complex genus of major quarantine significance. Fungal Divers. 2008;31:1-18.
- Chen Q, Jiang JR, Zhang GZ, et al. Resolving the Phoma enigma. Stud Mycol. 2015;82:137-217. doi: 10.1016/j.simyco.2015.10.003.
- Kumar S, Stecher G, Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets. Mol Biol Evol. 2016;33(7):1870-1874. doi: 10.1093/molbev/msw054.
- White TJ, Bruns T, Lee S, Taylor JW. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In: Innis MA, Gelfand DH, Sninsky JJ, White TJ, editors. PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications. New York: Academic Press; 1990. P. 315-322.
- Rehner SA, Samuels GJ. Taxonomy and phylogeny of Gliocladium analysed from nuclear large subunit ribosomal DNA sequences. Mycol Res. 1994;98(6):625-34. doi: 10.1016/s0953-7562(09)80409-7.
- Vilgalys R, Hester M. Rapid genetic identification and mapping of enzymatically amplified ribosomal DNA from several Cryptococcus species. J Bacteriol. 1990;172(8):4238-4246. doi: 10.1128/jb.172.8.4238-4246.1990.
- O’Donnell K, Cigelnik E. Two divergent intragenomic rDNA ITS2 types within a monophyletic lineage of the fungus Fusarium are nonorthologous. Mol Phylogenet Evol. 1997;7(1):103-116. doi: 10.1006/mpev.1996.0376.
- Woudenberg JH, Aveskamp MM, de Gruyter J, et al. Multiple Didymella teleomorphs are linked to the Phoma clematidina morphotype. Persoonia. 2009;22:56-62. doi: 10.3767/003158509X427808.
- Van der Aa HA, Boerema GH, de Gruyter J Contributions towards amonograph of Phoma (Coelomycetes) VI-1. Section Phyilostictoides: Characteristics and nomenclature of its type species Phoma exigua. Persoonia. 2000;17(Pt 1): 435-456.
- Tsuchiya Y, McCourt P. Strigolactones: a new hormone with a past. Curr Opin Plant Biol. 2009;12(5):556-61. doi: 10.1016/j.pbi.2009.07.018.
- Matveeva TV, Sokornova SV, Lutova LA. Influence of Agrobacterium oncogenes on secondary metabolism of plants. Phytochem Rev. 2015;14(3):541-554. doi: 10.1007/s11101-015-9409-1.
- Tamura K, Nei M. Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees. Molecular Biology and Evolution. 1993;10:512-526.
- Kumar S, Stecher G, Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular Biology and Evolution. 1993;33:1870-1874.
- Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies: An approach using the bootstrap. Evolution. 1985;39: 783-791.
- Rai MK, Tiwari VV, Irinyi L, Kövics GJ. Advances in Taxonomy of Genus Phoma: Polyphyletic Nature and Role of Phenotypic Traits and Molecular Systematics. Indian J Microbiol. 2013;54(2):123-128. doi: 10.1007/s12088-013-0442-8.
Supplementary files
