Архитектура промоторов генов “домашнего хозяйства” в междисках политенных хромосом drosophila melanogaster

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Впервые изучили молекулярно-генетическую организацию междисков политенных хромосом, локализованных одновременно на молекулярной и цитологической картах генома Drosophila melanogaster. Большая часть изученных междисков содержала один ген, имеющий единственный старт транскрипции, остальные междиски – по одному гену с несколькими альтернативными промоторами, два и более однонаправленных гена и гены с расположением “голова-к-голове”. Также обнаружили сложноорганизованные междиски, в которых локализовались три и более гена, имеющие как однонаправленную, так и двунаправленную ориентацию. Инсуляторные белки, ORC, Р-инсерции, гиперчувствительные к ДНКазе I сайты и другие характеристики открытого хроматина располагались в промоторной области генов, находившихся в междисках. Эта область – критическая для образования междиска, участка открытого хроматина, в котором совмещаются процессы инициации транскрипции и репликации генов.

Об авторах

Т. Ю. Зыкова

Институт молекулярной и клеточной биологии Сибирского отделения Российской Академии наук

Автор, ответственный за переписку.
Email: vatolina@mcb.nsc.ru
Россия, 630090, г. Новосибирск, пр-т акад. Лаврентьева, д. 8/2

В. Г. Левицкий

Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской Академии наук; Новосибирский национальный исследовательский государственный университет

Email: vatolina@mcb.nsc.ru
Россия, 630090, г. Новосибирск, проспект Академика Лаврентьева, 10; 630090, г. Новосибирск, ул. Пирогова, 1

И. Ф. Жимулёв

Институт молекулярной и клеточной биологии Сибирского отделения Российской Академии наук; Новосибирский национальный исследовательский государственный университет

Email: vatolina@mcb.nsc.ru

академик РАН

Россия, 630090, г. Новосибирск, пр-т акад. Лаврентьева, д. 8/2; 630090, г. Новосибирск, ул. Пирогова, 1

Список литературы

  1. Kharchenko P. V., Alekseyenko A. A., Schwartz Y. B., et al. Comprehensive Analysis of the Chromatin Landscape in Drosophila melanogaster // Nature. 2011. V. 471. № 7339. P. 480-485.
  2. Zhimulev I. F., Zykova T. Y., Goncharov F. P., Khoro- shko V. A., Demakova O. V., Semeshin V. F., Pok- holkova G. V., Boldyreva L. V., Demidova D. S., Babenko V. N., Demakov S. A., Belyaeva E. S. Genetic Organization of Interphase Chromosome Bands and Interbands in Drosophila melanogaster // PLoS One. 2014. V. 9. № 7. e101631.
  3. Zhimulev I., Belyaeva E., Makunin I., Pirrotta V., Volkova E., Alekseyenko A. Influence of the SuUR Gene on Intercalary Heterochromatin in Drosophila mela- nogaster Polytene Chromosomes // Chromosoma. 2003. V. 111. № 6. P 377-398.
  4. Vatolina T.Yu., Boldyreva L. V., Demakova O. V., Demakov S. A., Kokoza E. B., Semeshin V. F., Babenko V. N., Goncharov F. P., Belyaeva E. S., Zhimu- lev I. F. Identical Functional Organization of Cell Line Interphase and Polytene Chromosomes in Drosophila melanogaster // PLoS One. 2011. V. 6. № 10. e25960.
  5. Khoroshko V. A., Levitsky V. G., Zykova T. Y., Antonenko O. V., Belyaeva E. S., Zhimulev I. F. Chromatin Heterogeneity and Distribution of Regulatory Elements in the Late-Replicating Intercalary Heterochromatin Domains of Drosophila melanogaster Chromosomes // PLoS One. 2016. V. 11. № 6. e0157147.
  6. Zhimulev I. F., Belyaeva E. S., Semeshin V. F., Koryakov D. E., Demakov S. A., Demakova O. V., Pokholkova G. V., Andreyeva E. N. Polytene Chromosomes: 70 Years of Genetic Research // Int. Rev. Cytol. 2004. V. 241. P. 203-275.
  7. Beermann W. Chromomeres and Genes // Results and Problems in Cell Differentiation. 1972. V. 4. P. 1-33.
  8. Зыкова Т., Попова О., Хорошко В., Левицкий В., Лавров С., Жимулев И. Генетическая организация доменов открытого типа, расположенных в междисках политенных хромосом дрозофилы // ДАН. 2018. Т. 483. № 1. С. 98-102.
  9. Zykova T., Levitsky V., Belyaeva E., Zhimulev I. Poly- tene Chromosomes – A Portrait of Functional Organization of the Drosophila Genome // Curr. Genomics. 2018. V. 19. № 3. P 179-191.
  10. Pokholkova G., Demakov S., Andreenkov O., Andreen- kova N., Volkova E., Belyaeva E., Zhimulev I. Tethering of CHROMATOR and dCTCF Proteins Results in Decompaction of Condensed Bands in the Drosophila melanogaster Polytene Chromosomes but Does Not Affect Their Transcription and Replication Timing // PLoS One. 2018. V. 13. № 4. e0192634.
  11. Vogelmann J., Le Gall A., Dejardin S., Allemand F., Gamot A., Labesse G., Cuvier O., Negre N., Cohen- Gonsaud M., Margeat E., Ndllmann M. Chromatin Insulator Factors Involved in Long-Range DNA Interactions and Their Role in the Folding of the Drosophila Genome // PLoS Genet. 2014. V. 10. № 8. e1004544.
  12. Henriques T., Gilchrist D., Nechaev S., Bern M., Muse G., Burkholder A., Fargo D., Adelman K. Stable Pausing by RNA Polymerase II Provides an Opportunity to Target and Integrate Regulatory Signals // Mol. Cell. 2013. V. 52. № 4. P 517-528.
  13. Nechaev S., Fargo D., dos Santos G., Liu L., Gao Y., Adelman K. Global Analysis of Short RNAs Reveals Widespread Promoter-Proximal Stalling and Arrest of Pol II in Drosophila // Science. 2010. V. 327. № 5963. P. 335-338.
  14. Eaton M. L., Prinz J. A., MacAlpine H.K., Tretyakov G., Kharchenko P. V., MacAlpine D. M. Chromatin Signatures of the Drosophila Replication Program // Genome Res. 2011. V. 21. № 2. P. 164-174.
  15. Hoskins R. A., Landolin J. M., Brown J. B., Sandler J. E., Takahashi H., et al. Genome-Wide Analysis of Promoter Architecture in Drosophila melanogaster // Genome Res. 2011. V. 21. № 2. P. 182-192

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2019

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах