Компьютерное моделирование взаимодействия изовальтрата с аденозиновым рецептором A1


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Изовальтрат - содержащийся в корнях валерианы валепотриат - является обратным агонистом аденозинового рецептора A1 с микромолярной аффинностью. Проведено молекулярное моделирование взаимодействия изовальтрата с данным рецептором методом гибкого докинга. Моделирование показало, что изовальтрат при связывании с аденозиновым рецептором A1 имитирует ксантиновые антагонисты, занимая сходное положение и образуя аналогичные связи. Такое взаимодействие возможно за счёт геометрически сходного бициклического ядра, а также аналогичного расположения боковых цепей и акцепторов водородных связей. Полученные данные могут быть использованы в дизайне новых лекарственных препаратов на основе валепотриатов.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Г. Ф Куракин

ФГБОУ ВО «Тверской государственный медицинский университет» Минздрава России

Email: phyzyk@mail.ru
ординатор, кафедра биохимии с курсом клинической лабораторной диагностики

Н. П Лопина

ФГБОУ ВО «Тверской государственный медицинский университет» Минздрава России

к.х.н., доцент, кафедра химии

Г. Е Бордина

ФГБОУ ВО «Тверской государственный медицинский университет» Минздрава России

к.б.н., доцент, кафедра химии

Список литературы

  1. Awang D.V.C. Valerian // In: Encyclopedia of Dietary Supplements, Second Edition. Ed. by P. Coates, J. Betz, M. Blackman, G. Cragg, M. Levine, J. Moss, J. White. Boca Raton, CRC Press, 2010.
  2. Patočka J., Jakl J. Biomedically relevant chemical constituents of Valeriana officinalis // Journal of applied biomedicine. 2010; 8(1): 11-18.
  3. Dingermann T., Loew D. Phytopharmakologie: experimentelle und klinische Pharmakologie pflanzlicher Arzneimittel. Stuttgart: Wiss. Verlagsges. mbH. 2003. XIV, 367 S.
  4. Lacher S. K., Mayer R., Sichardt K., Nieber K., Muller C. E. Interaction of valerian extracts of different polarity with adenosine receptors: identification of isovaltrate as an inverse agonist at A1 receptors // Biochemical pharmacology. 2007; 73(2): 248-258.
  5. Sachdeva S., Gupta M. Adenosine and its receptors as therapeutic targets: an overview // Saudi Pharmaceutical Journal. 2013; 21(3): 245-253.
  6. Schingnitz G., Kufner-Muhl U., Ensinger H., Lehr E., Kuhn F.J. Selective A1-antagonists for treatment of cognitive deficits // Nucleosides & Nucleotides. 1991; 10(5): 1067-1076.
  7. Daina A., Michielin O., Zoete V. SwissTargetPrediction: updated data and new features for efficient prediction of protein targets of small molecules // Nucleic acids research. 2019.
  8. Berman H. M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G., Bhat T. N., Weissig H., Shindyalov I. N., Bourne, P. E. The Protein Data Bank // Nucleic Acids Res. 2000; 28 (1): 235-242.
  9. Draper-Joyce C.J., Khoshouei M., Thal D. M. et al. Structure of the adenosine-bound human adenosine A1 receptor-Gi complex // Nature. 2018; 558 (7711): 559-563.
  10. Jarmolinska A.I., Kadlof M., Dabrowski-Tumanski P., Sulkowska J.I. GapRepairer - a server to model a structural gap and validate it using topological analysis // Bioinformatics. 2018; 1: 8.
  11. Waterhouse A., Bertoni M., Bienert S., Studer G., Tauriello G., Gumienny R., Heer F.T., de Beer T.A.P., Rempfer C., Bordoli L., Lepore R., Schwede T. SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes // Nucleic Acids Res. 2018; 46 (W1): W296-W303.
  12. The UniProt Consortium. UniProt: the universal protein knowledgebase // Nucleic Acids Research. 2017; 45 (D1): D158-D169.
  13. Kim S., Thiessen P. A., Bolton E. E. et al. PubChem Substance and Compound databases // Nucleic Acids Res. 2016; 44(Database issue): D1202-D1213.
  14. Irwin J.J., Sterling T., Mysinger M.M., Bolstad E.S., Coleman R.G. ZINC: a free tool to discover chemistry for biology // Journal of chemical information and modeling. 2012; 52 (7): 1757-1768.
  15. Lee G.R., Seok C. Galaxy7TM: flexible GPCR-ligand docking by structure refinement // Nucleic acids research. 2016; 44 (W1): W502-W506.
  16. Pettersen E.F., Goddard T.D., Huang C.C., Couch G.S., Greenblatt D.M., Meng E.C., Ferrin T.E. UCSF Chimera - a visualization system for exploratory research and analysis // Journal of computational chemistry. 2004; 25 (13): 1605-1612.
  17. Jiménez Luna J., Skalic M., Martinez-Rosell G., De Fabritiis G. Kdeep: Protein-ligand absolute binding affinity prediction via 3D-convolutional neural networks // Journal of chemical information and modeling. 2018; 58 (2): 287-296.
  18. Doré A.S., Robertson N., Errey J.C. et al. Structure of the adenosine A2A receptor in complex with ZM241385 and the xanthines XAC and caffeine // Structure. 2011; 19(9): 1283-1293.
  19. Cheng R.K.Y., Segala E., Robertson N., Deflorian F., Doré A.S., Errey J.C., Fiez-Vandal C., Marshall F.H., Cooke R.M. Structures of human A1 and A2A adenosine receptors with xanthines reveal determinants of selectivity // Structure. 2017; 25(8): 1275-1285. e4.
  20. Куракин Г.Ф., Лопина Н.П., Бордина Г.Е. Компьютерное моделирование взаимодействия флавоноидов с аденозиновыми рецепторами // Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии. 2019; 22(1): 42-47
  21. Harding S.D., Sharman J.L., Faccenda E. et al. The IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY in 2018: updates and expansion to encompass the new guide to IMMUNOPHARMACOLOGY // Nucl. Acids Res. 2018; 46(D1): D1091-D1106.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© ИД "Русский врач", 2019