Подходы к выделению и очистке нуклеиновых кислот из крови для генотипирования человеческого лейкоцитарного антигена
- Авторы: Баранов О.А.1, Байран Д.А.1, Маркин И.В.1, Щелканова Е.С.1, Журбин Е.А.1
-
Учреждения:
- Военный инновационный технополис «ЭРА»
- Выпуск: Том 24, № 1 (2022)
- Страницы: 111-124
- Раздел: Научные обзоры
- Статья получена: 06.07.2021
- Статья одобрена: 08.09.2021
- Статья опубликована: 20.04.2022
- URL: https://journals.eco-vector.com/1682-7392/article/view/75680
- DOI: https://doi.org/10.17816/brmma75680
- ID: 75680
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Гистосовместимость донора и реципиента обусловлена наличием на мембране клеток главного белкового комплекса гистосовместимости и является ключевым условием успешной трансплантации клеток, тканей и органов. Для определения гистосовместимости проводят генотипирование человеческого лейкоцитарного антигена, точность которого значительно зависит от качества и количества полученных из биоматериала нуклеиновых кислот. В лабораторной практике наиболее чистую и интактную дезоксирибонуклеиновую и рибонуклеиновую кислоты извлекают из крови, однако выбор доступной, эффективной и в то же время экономически оправданной методики их получения по-прежнему остается трудной задачей. Рассмотрены методики выделения и очистки нуклеиновых кислот из крови: органическая экстракция, высаливание, с помощью спин-колонок и магнитных частиц («бидов»), сопоставлены преимущества и недостатки, показатели их эффективности, практичности и стоимости. Обоснован выбор периферической крови в качестве источника генетического материала для генотипирования человеческого лейкоцитарного антигена. Проанализированы экспериментальные данные, сравнивающие соотношение «цена — качество» коммерческих протоколов извлечения дезоксирибонуклеиновой и рибонуклеиновой кислот из крови. Оценены перспективы модификации методик выделения и очистки нуклеиновых кислот из биоматериала для секвенирования генов человеческого лейкоцитарного антигена I и II классов с целью повышения эффективности оказания высокотехнологичной помощи. В целом потребность в доступных, недорогих и эффективных протоколах извлечения дезоксирибонуклеиновой и рибонуклеиновой кислот из минимальных объемов биоматериала стимулирует оптимизацию и модификацию уже существующих протоколов и создание новых методик на новых физико-химических принципах.
Полный текст
ВВЕДЕНИЕ
Актуальным вопросом в области иммуногенетики и трансплантологии остается модификация алгоритмов типирования человеческого лейкоцитарного антигена (HLA) (от англ. Human Leukocyte Antigens) для повышения точности результатов скрининга гистосовместимости и обеспечения эффективного подбора пар «донор — реципиент». Несовпадение HLA-статуса донора и реципиента приводит к иммунному ответу и отторжению трансплантата — реакциям «хозяин против трансплантата» (РХПТ) и «трансплантат против хозяина» (РТПХ), поэтому при аллотрансплантации клеток, тканей, органов критически важна гистосовместимость донора и реципиента [1]. За тканевую совместимость отвечают высокополиморфные гены главного комплекса гистосовместимости (ГКГ) (major histocompatibility complex — MHC), кодирующие специфические белки, которые презентируют антигены на поверхности мембран клеток лимфоцитам для распознавания и уничтожения собственных измененных и чужеродных клеток (у человека семейство генов MHC именуется как HLA).
Молекулярные методы анализа нуклеиновых кислот широко используются как в фундаментальных, так и в прикладных исследованиях. Одним из основных молекулярно-генетических методов анализа является генотипирование — выявление присутствующих в геномной последовательности организма генетических вариаций (полиморфизмов) посредством сравнения его генотипа с референтным геномом. Генотипирование нашло практическое применение в идентификации микроорганизмов, пренатальной диагностике, персонализированной медицине, при переливании крови, а также в трансплантологии [2–5]. Для эффективного подбора потенциального донора трансплантата проводят предтрансплантационный генетический скрининг — HLA-генотипирование [6, 7].
Высокое качество и достаточное количество нуклеиновых кислот — ключевые условия успешного проведения высокоточных молекулярно-биологических исследований. Однако научная и клиническая практика, как правило, требует значительных материальных и финансовых вложений, что вынуждает сотрудников подбирать метод получения нуклеиновых кислот, руководствуясь не только его эффективностью, но также время- и трудозатратностью, экономичностью и потребностью в дополнительном оборудовании и реагентах. Остается актуальной проблема разработки новых и оптимизации, модификации уже существующих методов выделения и очистки нуклеиновых кислот, адаптированных под конкретные задачи и возможности лабораторий.
Цель исследования — описать принцип действия наиболее распространенных методик получения нуклеиновых кислот из периферической крови, сравнить характеристики относительно друг друга исходя из практического и экономического критериев для установления оптимального протокола выделения и очистки дезоксирибонуклеиновой (ДНК) и рибонуклеиновой кислот (РНК) для HLA-генотипирования и дать рекомендации исследователям по выбору наиболее эффективных методик и протоколов.
РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
Выделение и очистка нуклеиновых кислот осуществляется на основе физико-химических методик, позволяющих отделить ДНК и РНК от балластных биомакромолекул и клеточного дебриса [8]. Первый этап любого протокола выделения заключается в механическом, химическом или ферментативном лизисе биоматериала, целью которого является максимально полное извлечение нуклеиновых кислот из образцов [9]. Высокая степень очистки нуклеиновых кислот обеспечивает их стабильность в течение продолжительного времени, поэтому полученный необработанный лизат необходимо подвергнуть физико-химической и ферментативной очистке от клеточных компонентов и химических соединений, препятствующих длительному хранению нуклеиновых кислот и их дальнейшему использованию в молекулярно-биологических исследованиях: рестрикционном анализе, ПЦР, молекулярном клонировании, секвенировании и т. д. Методики очистки нуклеиновых кислот подразделяют на жидкофазные (органическая экстракция и высаливание) и твердофазные (на спин-колонках и магнитных частицах) [10–12].
Качественный и количественный анализы препарата нуклеиновой кислоты осуществляются широко распространенными и хорошо зарекомендовавшими себя методиками спектрофотометрии (Nano Drop, Nano Photometer P-Class), флуориметрии (Qubit, Quantusтм Fluorometer) и гель-электрофореза. Спектрофотометрически концентрацию нуклеиновой кислоты определяют по величине поглощенного излучения определенной длины волны (пик абсорбции ~ 260 нм, A260), а качество — по отношению A260/A280, которое при значении < 1,8 для ДНК и < 2 для РНК указывает на недостаточную степень очистки от белков [8]. Флуориметрическая методика основана на специфическом связывании нуклеиновой кислоты с флуоресцентным зондом и флуоресценции образованного комплекса, интенсивность свечения которого пропорциональна концентрации нуклеиновой кислоты [13, 14].
Методика органической экстракции основана на фазовом разделении раствора нуклеиновых кислот и фенол-хлороформной смеси. При классической фенол-хлороформной очистке геномной ДНК к лизату клеток добавляют смесь фенола и хлороформа, затем центрифугируют для разделения двух фаз (рис. 1, а). После расслаивания нуклеиновые кислоты распределяются в верхней водной фазе; липиды, углеводы и клеточный дебрис попадают в более плотную органическую фазу, денатурированные белки — в интерфазу. Водную фазу аккуратно отбирают, повторяют процедуру при более низком pH (4–6) и отбирают органическую фазу. ДНК из полученного экстракта осаждают этанолом и растворяют в буфере TE или деионизированной воде (mQ) [15, 16].
Рис. 1. Органическая (фенол-хлороформная) экстракция нуклеиновых кислот: а — геномной ДНК; b — РНК
Для предотвращения пенообразования и улучшения разделения водной и органической фаз в фенол-хлороформную смесь добавляют изоамиловый спирт до объемного соотношения 25 : 24 : 1 соответственно, что способствует повышению эффективности очистки нуклеиновых кислот. Существуют готовые наборы реагентов — так называемые «киты» для органической экстракции, гидролизующие РНК и позволяющие избирательно выделять и очищать ДНК из клеточного лизата [17].
Методика органической экстракции РНК аналогична экстракции геномной ДНК (см. рис. 1, b). Биоматериал лизируют в феноле или тризоле (TRIzol Reagent), поддерживающих целостность РНК, добавляют хлороформ и разделяют фазы центрифугированием [18, 19]. Верхнюю водную фазу отбирают и повторяют процедуру при необходимости получить особо чистый препарат РНК. На финальной стадии РНК осаждают из водной фазы изопропанолом и растворяют в mQ [18–20].
Основными преимуществами классической фенол-хлороформной методики экстракции нуклеиновых кислот и ее модификаций являются относительно низкая стоимость, пригодность для основных типов биоматериала (кровь, моча, волосы, слюна и буккальный эпителий, ткани) и эффективность лизиса клеток. Несмотря на трудоемкость процесса очистки, варьируемость выхода нуклеиновых кислот и токсичность используемых реагентов, органическая экстракция не потеряла своей актуальности, удобна при получении нуклеиновых кислот из сложных гетерогенных образцов и служит ориентиром при оценке эффективности новых методик.
Выделение и очистка геномной ДНК способом высаливания основана на ее экстракции из клеточного лизата и преципитации белков под действием осаждающих реагентов или высокой концентрации солей [21, 22]. Методика применяется для получения геномной ДНК из растительных и животных клеток и особенно часто из клеток цельной крови (рис. 2) [21–24].
Рис. 2. Выделение геномной ДНК путем высаливания
Современные методики выделения и очистки геномной ДНК из клеток крови состоят из трех последовательных стадий: 1) лизис безъядерных клеток (эритроцитов), центрифугирование и удаление супернатанта, содержащего клеточный дебрис; 2) лизис ядерных клеток (лейкоцитов), осаждение белков и высвобождение ДНК насыщенным раствором NaCl в водную фазу, которую переносят в новую пробирку; и 3) осаждение ДНК из водной фазы этанолом или изопропанолом, очистка от примесей и растворение полученной ДНК в TE-буфере или mQ [23]. Альтернативный протокол содержит незначительные отличия, такие как предварительная промывка цельной крови от плазмы, термический лизис лейкоцитов и осаждение белков не только насыщенным раствором NaCl, но и хлороформом [24].
Методики высаливания привлекают внимание исследователей благодаря простоте исполнения, низкой стоимости реагентов и отсутствию потребности в дополнительном оборудовании, а полученная ДНК пригодна для ПЦР, клонирования, рестрикционного анализа и саузерн-блоттинга.
В основе колоночной методики очистки нуклеиновых кислот лежит высокая аффинность их отрицательно заряженного остова к положительно заряженным частицам мембраны. В условиях высокой ионной силы и наличия хаотропных солей (тиоцианата гуанидина) нуклеиновые кислоты избирательно связываются с мембраной и элюируются при низкой ионной силе раствора. Тиоцианат гуанидина дестабилизирует водородные связи, ван-дер-ваальсовы и гидрофобные взаимодействия, облегчает иммобилизацию нуклеиновых кислот на носителе и инактивирует нуклеазы. В качестве материала для мембраны используют силикатные носители (силикагель, силику), стеклянные частицы, диатомит и анионообменные носители. Пропускание клеточного экстракта через спин-колонку, промывку и элюирование нуклеиновых кислот проводят в центрифуге или посредством подключения к вакуумному насосу [25–27].
При выделении и очистке геномной ДНК на спин-колонках клетки лизируют в буфере, содержащем додецилсульфат натрия (SDS), протеиназу К (для удаления белковых примесей и инактивации нуклеаз) и РНКазу А (для очистки от РНК). Полученный экстракт пропускают через колонку, и геномная ДНК связывается фильтрующей мембраной, которую затем промывают от остаточных белков и солей, далее ДНК элюируют с поверхности мембраны (рис. 3 а). Геномная ДНК, полученная с помощью спин-колонок, отличается хорошим качеством и отсутствием ингибиторов ферментативных реакций и балластных примесей, что способствует получению воспроизводимых результатов анализов [26]. Колоночная методика выделения и очистки РНК в целом аналогична протоколу экстракции ДНК (рис. 3, b) и позволяет получать тотальную РНК — как мРНК, так и некодирующие РНК. Важным фактором является использование реагентов и колонок, не содержащих РНКаз [28].
Рис. 3. Выделение нуклеиновых кислот с использованием спин-колонок: a — геномной ДНК; b — РНК
Методика выделения и очистки нуклеиновых кислот на спин-колонках считается одной из лучших среди доступных вариантов и широко распространена благодаря своей универсальности, простоте выполнения и эффективности очистки от ингибиторов ферментативных реакций и примесей. Однако методика имеет существенные ограничения, связанные с высокой стоимостью анализа большого количества образцов и поэтому малопригодна для лабораторий с ограниченным бюджетом. В практическом плане возможности колоночной методики лимитированы пропускной способностью мембраны колонки, склонной к засорению пор вязкими образцами.
Принцип выделения и очистки нуклеиновых кислот на магнитных частицах («магнитных бидах» — от англ. magnetic beads) заключается в обратимом связывании нуклеиновых кислот на поверхности магнитных частиц [29, 30]. Современные магнитные частицы покрывают разным материалом: пористым стеклом, диоксидом кремния, неорганическими магнитными материалами, полистиролом, целлюлозой [31].
Эффективность выделения и очистки нуклеиновых кислот на магнитных частицах повышают путем иммобилизации олигонуклеотидов, нуклеотидная последовательность которых комплементарна последовательности целевых нуклеиновых кислот, например, поли(Т)-олигонуклеотидов для селективного связывания мРНК [32, 33].
Клетки лизируют в буфере и вносят в пробирку магнитные частицы, сорбирующие нуклеиновые кислоты из клеточного экстракта. Пробирку ставят на магнитный штатив, который притягивает магнитные частицы к стенке. Удаление супернатанта и промывка позволяют быстро очистить притянутые магнитные частицы от несвязанных примесей, в том числе от нуклеиновых кислот, не содержащих целевую последовательность (рис. 4) [29, 30].
Рис. 4. Выделение нуклеиновых кислот на магнитных частицах: a — геномной ДНК; b — РНК
Наборы на основе магнитных частиц предназначены для быстрого и эффективного получения нуклеиновых кислот и удобны при одновременном выделении из большого количества образцов. Метод сочетает в себе высокий выход ДНК и РНК хорошего качества и воспроизводимость получаемых результатов.
К основным типам биоматериала человека, применимых для генетических исследований, относят периферическую кровь, слюну, буккальный эпителий, мочу и волосы. Несмотря на инвазивность процедуры забора периферической крови, а также необходимость наличия квалифицированного медицинского персонала для проведения процедуры, получаемые из нее нуклеиновые кислоты превосходят по качественным и количественным показателям нуклеиновые кислоты из другого биоматериала, что делает кровь главным источником геномной ДНК и РНК в диагностических и эпидемиологических исследованиях [34–36]. В современной практике генотипирование проводится с использованием следующих методик: полиморфизм длин рестрикционных фрагментов (RFLP), случайно амплифицируемая полиморфная ДНК (RAPD), полиморфизм длин амплифицированных фрагментов ДНК (AFLPD), аллель-специфические олигонуклеотиды (ASO), секвенирование, ДНК-микрочипы. В зависимости от выбранной методики генотипирования для создания библиотек в качестве матрицы используют геномную ДНК или РНК. В геномных библиотеках, получаемых из геномной ДНК, заключена информация о полной нуклеотидной последовательности генома, что делает возможным выявление однонуклеотидных полиморфизмов интронных областей. Напротив, из РНК создают библиотеки кДНК, несущие в себе нуклеотидные последовательности экзонов.
Сравнение методик получения геномной ДНК. Лаборатории с недостаточным финансированием имеют ограниченные возможности использования дорогих коммерческих наборов для извлечения геномной ДНК из крови. Авторами работ [37–40] произведен поиск более дешевой альтернативы наборам со спин-колонками и сформулированы предложения по использованию имеющихся протоколов жидкофазных методик получения ДНК и разработке новых, чтобы снизить стоимость процедуры в пересчете на один образец при сохранении эффективности выделения и очистки ДНК.
Показано, что классическая фенол-хлороформная экстракция благодаря длительной обработке ядерных клеток крови (лейкоцитов) в лизирующем буфере с SDS и протеиназой К позволяет извлекать из крови геномную ДНК, пригодную для ПЦР-анализа [38]. Тем не менее, из-за вариабельного качества ДНК, полученной с помощью данной методики, она не может быть использована для создания ДНК-библиотек и генотипирования [39]. Исследователи отмечают непрактичность фенол-хлороформной экстракции в условиях проведения высокопроизводительных многоканальных и потоковых исследований, так как данная методика включает большое число сложных длительных процедур и манипуляций [38, 39].
В работе D. Chacon-Cortes et al. [37] обращено внимание на перспективы оптимизации протоколов выделения и очистки геномной ДНК способом высаливания и разработан менее дорогой и времязатратный протокол. В более поздних работах [40] указывается на то, что повышение эффективности очистки обеспечивается благодаря отделению безъядерных клеток крови (эритроцитов, тромбоцитов) от ядерных клеток (лейкоцитов) и лизису полученного осадка лейкоцитов при повышенной температуре в большем объеме лизирующего буфера и SDS [38, 39]. Разработанные протоколы позволяют извлекать качественную высокомолекулярную геномную ДНК и использовать ее для ПЦР [38, 40] и гибридизационного анализа на ДНК-микрочипах, таргетного секвенирования и секвенирования de novo [39].
Стандартные протоколы коммерческих наборов со спин-колонками («Nucleospin» («Macherey-Nagel», «Duren», Германия)) и наборов с магнитными частицами («ChargeSwitch gDNA Tissue Mini» («Invitrogen», США)), как показано в работе A. Psifidi et al. [41], не обеспечивают необходимого качества получаемой из крови геномной ДНК для проведения NGS секвенирования, создания и скрининга библиотек ДНК, вследствие чего отмечается острая необходимость в модификации стандартных протоколов, в том числе посредством введения дополнительных этапов пробоподготовки биоматериала и очистки ДНК. Кроме того, авторы предлагают 2 экспериментально подтвержденных решения данной проблемы: а) предварительное отделение ДНК-содержащих ядерных клеток (лейкоцитов) от белков плазмы крови и безъядерных клеток (эритроцитов и тромбоцитов); б) повышение эффективности лизиса лейкоцитов за счет увеличения температуры инкубации (56 °С), ее длительности и использования бóльших объемов лизирующего буфера и протеиназы К. Предложенные меры позволяют улучшить качество и увеличить выход геномной ДНК, пригодной для длительного хранения и удовлетворяющей требованиям чувствительных молекулярных методик анализа [41]. Так, для проведения гибридизационного анализа ДНК с использованием ДНК-микрочипов достаточно 2,5–3 мкг ДНК, для таргентного ресеквенирования ДНК — 3–6 мкг, для секвенирования de novo — 10–20 мкг [42]. Помимо эффективности разработанных протоколов, авторы оценили их стоимость и времязатратность, признав адекватным решение увеличить стоимость (с 3 до 4€ на один образец) и длительность процедуры получения ДНК для увеличения ее выхода и повышения качества [41].
Наибольшей эффективностью выделения и очистки геномной ДНК из малых объемов крови обладают коммерческие наборы, используемые в криминалистических лабораториях. Стандартные протоколы наборов со спин-колонками («DNA Investigator» («QIAGEN», CШA)) и магнитными частицами («PrepFiler® BTA» («Life Technologies™», CШA), «DNA IQ™» («Promega», США)) позволяют удалять ингибиторы ПЦР и создавать библиотеки ДНК для NGS-платформ «Ion S5™» и «MiSeq FGx™» [43]. Данные наборы не нашли повсеместного спроса из-за высокой себестоимости процедуры (от 6 до 10 $ и дороже за 1 выделенный образец геномной ДНК).
В таблице 1 приведены экспериментальные данные об основных характеристиках геномной ДНК, которая была получена из крови путем органической экстракции, высаливания, на спин-колонках и магнитных частицах [37–41, 43].
Таблица 1. Концентрация и чистота ДНК, полученной из крови разными методиками
Table 1. Concentration and purity of deoxyribonucleic acid obtained from blood by different methods
Протокол | Средние значения концентраций ДНК, нг/мкл | Средние значения A260/280 |
Органическая экстракция | ||
Фенол-хлороформная экстракция [38] | 302 | 1,83 |
Фенол-хлороформная экстракция с добавлением изоамилового спирта [39] | 68 | 1,71 |
Фенол-хлороформная экстракция [41] | 260 | 1,67 |
Высаливание | ||
Традиционный протокол высаливания [37] | 32 | 1,75 |
Модифицированный протокол высаливания [37] | 40 | 1,75 |
Стандартный протокол высаливания [38] | 21 | 1,93 |
Модифицированный протокол высаливания [38] | 368 | 1,84 |
Модифицированный протокол высаливания [39] | 347 | 1,73 |
Традиционный протокол высаливания [40] | 86 | 1,77 |
Протокол двойного высаливания [40] | 122 | 1,80 |
Выделение на спин-колонках | ||
Протокол со спин-колонками QIAamp DNA Blood Maxi Kit [37] | 103 | 2,02 |
Протокол со спин-колонками Roche Diagnostics GmbH Kit [38] | 24 | 1,86 |
Протокол со спин-колонками Origin Blood DNA Kit [39] | 67 | 1,58 |
Протокол со спин-колонками QIAamp DNA Blood Mini Kit [40] | 7 | 1,79 |
Стандартный протокол со спин-колонками Nucleospin [41] | 55 | 1,76 |
Модифицированные протоколы со спин-колонками Nucleospin Blood, Tissue и Dx [41] | 218–310 | 1,85–1,90 |
Протокол со спин-колонками DNA Investigator [43] | N/A | |
Выделение на магнитных частицах | ||
Протокол с магнитными частицами Charge-Switch gDNA Tissue Mini kit [41] | 7 | 1,47 |
Модифицированный протокол In-house с магнитными частицами PMSi-H1.0–5 [41] | 207 | 1,85 |
Протокол с магнитными частицами PrepFiler BTA [43] | N/A | |
Протокол с магнитными частицами DNA IQ [43] | N/A |
Примечание: M. Metzker [42] указывает, что минимальная концентрация ДНК для проведения NGS секвенирования соответствует 50 нг/мкл; X. Zeng et al. [43] не приводят данных о концентрации полученной геномной ДНК и соотношении A260/280, однако ее качество позволило провести STR-генотипирование и секвенирование на платформах «Ion S5™» и «MiSeq FGx™».
Для проведения HLA-генотипирования допустимо получать геномную ДНК из периферической крови не только коммерческими наборами со спин-колонками и магнитными частицами, но также недорогими протоколами высаливания. Заметим, что модифицированные лабораторные протоколы высаливания способны конкурировать по эффективности с готовыми «китами» [38–40], а доработка протокола со спин-колонками Nucleospin позволяет значительно улучшить выход и чистоту геномной ДНК [41].
Сравнение методик получения РНК. Лаборатории, занимающиеся разработкой и оптимизацией протоколов экстракции нуклеиновых кислот из крови, в случае с РНК отдают предпочтение коммерческим наборам со спин-колонками и магнитными частицами. В отличие от геномной ДНК, получать которую допустимо с использованием более дешевых жидкофазных методик, РНК извлекается в ущерб экономической составляющей, чтобы компенсировать недостаток опыта персонала при сохранении качественных и количественных показателей препарата РНК [44–48]. Подобная тенденция возникает из-за высоких требований к качеству РНК и сложности работы с ней, что опосредовано химической нестабильностью и восприимчивостью к РНКазам. Широко распространенным инструментом оценки целостности (интактности) выделенной РНК является «Agilent 2100 Bioanalyzer». Значения RIN (RNA integrity number) ≥ 7 свидетельствуют об интактном состоянии РНК, тогда как при значениях < 7 наблюдается ее деградация, что приводит к искажению результатов анализа уровня экспрессии генов путем количественного ОТ-ПЦР и РНК-секвенирования (RNA-seq) [49, 50].
По данным D. Schwochow et al. [48], полученные с использованием набора «TRIzol LS reagent» образцы РНК демонстрировали большой разброс значений RIN, а в работе J. Kim et al. [46] — низкие значения A260/A280 (≤ 1,7) и завышенные значения концентрации, поскольку авторы не обрабатывали полученные образцы РНК ДНКазой, что привело к их контаминации геномной ДНК.
Наивысшие качественные и количественные показатели были установлены у РНК, извлеченной коммерческим набором с магнитными частицами «MagMAX» [45, 47], аналогичный набор «easyMAG» был признан наихудшим из анализируемых по причине низкого выхода РНК, обусловленного ее большими потерями из клеточной пеллеты в супернатант [44]. Ручной и автоматизированный протоколы «MagMAX» дали сравнимые результаты по выходу тотальной РНК, A260/A280, целостности РНК, выходу малых РНК и соотношению мРНК/микроРНК. Автоматизированный протокол более предпочтителен, поскольку отличается меньшими трудозатратами и исключает разброс качественных и количественных показателей из-за человеческого фактора [45, 47].
Методики выделения и очистки РНК на основе спин-колонок представлены несколькими коммерческими наборами — «Tempus», «Norgen», «Nucleospin», «RiboPure», «LeukoLOCK», «PAXgene», «RNeasy» и др. У РНК, полученной из крови наборами «Tempus» и «Norgen», путем количественной ОТ-ПЦР были установлены уровни целевых мРНК, сравнимые с лидирующим по характеристикам набором «MagMAX» [45, 47]. Выводы и рекомендации по использованию наборов со спин-колонками RNeasy и RiboPure противоречивы: в работе A. Rodríguez et al. [44] при использовании этих наборов с совместимыми буферами для лизиса была получена РНК с высоким выходом и значениями RIN, однако в работе D. Schwochow et al. [48] эти же протоколы оказались в числе худших по количественным показателям и целостности очищенной РНК.
В таблице 2 приведены основные характеристики РНК, которая была получена из крови с помощью органической экстракции, на спин-колонках и магнитных частицах. Установлены функционально значимые особенности наиболее результативных протоколов: 1) использование расходных материалов, не содержащих РНКаз (RNase-free); 2) обработка полученной РНК ДНКазой; 3) отделение ретикулоцитов от лейкоцитов. При этом отделение лейкоцитов от остальных клеток крови признано целесообразным при получении геномной ДНК, в случае с РНК удаление ретикулоцитов оказывает позитивное влияние на качество РНК-препарата, а также облегчает последующее секвенирование. Так, за счет отделения ретикулоцитов снижается количество прочтений («ридов») мРНК-транскриптов гемоглобина, что позволяет секвенировать более редкие транскрипты [48].
Таблица 2. Выход, чистота и целостность (RIN) РНК, полученной из крови с помощью разных методик
Table 2. Yield, purity, and integrity (RIN) of ribonucleic acid derived from blood by various methods
Протокол | Выход РНК, мкг | Средние значения A260/280 | Средние значения RIN |
Органическая экстракция | |||
Фенол-хлороформная экстракция с TRI reagent [46] | 0,60 | 1,70 | 3,20 |
Фенол-хлороформная экстракция с TRIzol™ LS Reagent [48] | 0,2–15,1 | 1,90 | 6,20 |
Выделение на спин-колонках | |||
Протокол со спин-колонками RNeasy Mini Kit [44] | 0,90 | 2,10 | 8,80 |
Протокол со спин-колонками RiboPure RNA Purification Kit-Blood [44] | 3,30 | 2,00 | 8,60 |
Протокол со спин-колонками Norgen Preserved Blood RNA Purification Kit I [45] | 12,04 | 2,09 | 8,63 |
Протокол со спин-колонками Tempus Spin RNA Isolation Kit [45] | 10,14 | 2,05 | 8,70 |
Протокол со спин-колонками PAXgene Blood RNA system [46] | 0,10 | 2,00 | 6,00 |
Протокол со спин-колонками NucleoSpin RNA Blood Kit [46] | 0,40 | 2,00 | 6,40 |
Протокол со спин-колонками Norgen Preserved Blood RNA Purification Kit I [47] | 15,40 | 2,12 | 7,36 |
Протокол со спин-колонками Tempus™ Spin RNA Isolation Kit [47] | 15,40 | 2,09 | 8,97 |
Протокол со спин-колонками Tempus™ 6-Port RNA Isolation Kit [47] | 15,40 | 2,20 | 8,38 |
Протокол со спин-колонками RiboPure™ RNA Purification Kit [48] | 5,0–43,9 | 1,90 | 4,60 |
Протокол со спин-колонками RNeasy Mini Kit [48] | 0,0–6,20 | 2,10 | 6,90 |
Протокол со спин-колонками PAXgene Blood RNA Kit [48] | 0,10–10,2 | 2,10 | 7,70 |
Протокол со спин-колонками LeukoLOCK™ Fractionation & Stabilization Kit [48] | 0,10–3,70 | 2,00 | 7,60 |
Выделение на магнитных частицах | |||
Протокол с магнитными частицами NucliSENS easyMAG [44] | 0,60 | 2,10 | 1,00 |
Протокол с магнитными частицами MagMAX™ for Stabilized Blood Tubes RNA Isolation Kit [45] | 8,34 | 2,09 | 6,68 |
Ручной протокол с магнитными частицами MagMAX™ for Stabilized Blood Tubes RNA Isolation Kit [47] | 15,40 | 2,12 | 7,20 |
Автоматизированный протокол с магнитными частицами MagMAX™ for Stabilized Blood Tubes RNA Isolation Kit [47] | 15,40 | 2,09 | 7,85 |
Примечание: необходимое количество РНК для синтеза кДНК — 0,5 нг [52]; рекомендуемое количество РНК для РНК-секвенирования — 100 нг [53].
Для выделения и очистки РНК из крови мы рекомендуем использовать коммерческие наборы со спин-колонками «LeukoLOCK», «Nucleospin», «Tempus», «Norgen» и «PAXgene» и набор с магнитными частицами «MagMAX».
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Сегодня лаборатории имеют на вооружении достаточно большой набор проверенных методик для выделения (экстракции) и очистки нуклеиновых кислот — фенол-хлороформную экстракцию, высаливание, выделение на спин-колонках и магнитных частицах. Существуют универсальные методики выделения и очистки ДНК и РНК из типового биоматериала — культур прокариотических и эукариотических клеток, растений, вирусных частиц, сред и т. д., однако при получении нуклеиновых кислот из неоднородных, комплексных образцов — таких как периферическая кровь, следует учитывать фактор гетерогенности и вводить дополнительные меры на этапе очистки нуклеиновых кислот от примесей и биомолекул, чтобы предотвратить ингибирование протекающих при анализе процессов и искажение получаемых данных. Потребность в доступных, недорогих и эффективных протоколах извлечения ДНК и РНК из минимальных объемов биоматериала стимулирует оптимизацию и модификацию уже существующих протоколов и создание новых методик на новых физико-химических принципах. Мы находим целесообразными разработки в направлении автоматизации и масштабирования методик экстракции и очистки, уменьшения продолжительности и трудоемкости выполнения процедуры, снижении финансово-материальных затрат, а также их адаптации к применению с конкретными источниками нуклеиновых кислот. Кроме того, многообразие протоколов получения нуклеиновых кислот ставит исследователя в затруднительное положение, вынуждая самостоятельно выбирать стратегию на основе имеющегося собственного опыта в этой области. При этом эффективность выделения и очистки нуклеиновых кислот с помощью коммерческих наборов варьируется даже в руках опытных лабораторных сотрудников, в том числе по объективным причинам, таким как различия в составе используемых буферных растворов и наборе расходных материалов у разных производителей. Именно поэтому остаются востребованными как экспериментальные, так и обзорные статьи, сравнивающие характеристики коммерческих и оригинальных протоколов, что позволит исследователям лучше ориентироваться при их выборе, а руководителям научных и медицинских учреждений внедрять эти методики в лабораторную и клиническую практику для решения важных практических задач, таких как HLA-генотипирование.
Об авторах
Олег Александрович Баранов
Военный инновационный технополис «ЭРА»
Email: repit13254@gmail.com
старший оператор
Россия, АнапаДмитрий Алексеевич Байран
Военный инновационный технополис «ЭРА»
Email: dima.bayran@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-5527-5560
старший оператор
Россия, АнапаИлья Владимирович Маркин
Военный инновационный технополис «ЭРА»
Автор, ответственный за переписку.
Email: ilya.markin.92@bk.ru
SPIN-код: 6021-7645
кандидат технических наук
Россия, АнапаЕлена Сергеевна Щелканова
Военный инновационный технополис «ЭРА»
Email: schelkanova_el@mail.ru
SPIN-код: 8396-0602
кандидат биологических наук
Россия, АнапаЕвгений Александрович Журбин
Военный инновационный технополис «ЭРА»
Email: zhurbin-90@mail.ru
SPIN-код: 8426-1354
кандидат медицинских наук
Россия, АнапаСписок литературы
- Williams R., Opelz G., Weil E., et al. The risk of transplant failure with HLA mismatch in recent times // Transplantation. 2016. Vol. 100. No. 9. P. e52–e53. doi: 10.1097/tp.0000000000001365
- Ochoa-Dıaz M.M., Daza-Giovannetty S., Gómez-Camargo D. Bacterial genotyping methods: from the basics to modern. Host-Pathogen Interactions // Humana Press. 2018. P. 13–20. doi: 10.1007/978-1-4939-7604-1_2
- Westhoff C.M. Blood group genotyping // Blood. 2019. Vol. 133. No. 17. P. 1814–1820. doi: 10.1182/blood-2018-11-833954
- Jackson S.E., Chester J.D. Personalised cancer medicine // Int J Cancer. 2014. Vol. 137. No. 2. P. 262–266. doi: 10.1002/ijc.28940
- Shendure J., Findlay G.M., Snyder M.W. Genomic Medicine-Progress, Pitfalls, and Promise // Cell. 2019. Vol. 177. No. 1. P. 45–57. doi: 10.1016/j.cell.2019.02.003
- Osoegawa K., Vayntrub T.A., Wenda S., et al. Quality control project of NGS HLA genotyping for the 17th International HLA and Immunogenetics Workshop // Hum Immunol. 2019. Vol. 80. No. 4. P. 228–236. doi: 10.1016/j.humimm.2019.01.009
- Madden K., Chabot-Richards D. HLA testing in the molecular diagnostic laboratory // Virchows Archiv. 2018. Vol. 474. No. 2. P. 139–147. doi: 10.1007/s00428-018-2501-3
- Gupta N. DNA extraction and polymerase chain reaction // J Cytol. 2019. Vol. 36. No. 2. P. 116–117. doi: 10.4103/joc.joc_110_18
- Shehadul Islam M., Aryasomayajula A., Selvaganapathy P.R. A Review on Macroscale and Microscale Cell Lysis Methods // Micromachines (Basel). 2017. Vol. 8. No. 3. P. 83. doi: 10.3390/mi8030083
- Mullegama S.V., Alberti M.O., Au C., et al. Nucleic Acid Extraction from Human Biological Samples // Biobanking: Methods and Protocols. 2018. P. 359–383. doi: 10.1007/978-1-4939-8935-5_30
- Tan S.C., Yiap B.C. DNA, RNA, and Protein Extraction: The Past and The Present // J Biomed Biotechnol. 2009. Vol. 2009. P. 1–10. doi: 10.1155/2009/574398
- Greathouse K.L., Sinha R, Vogtmann E. DNA extraction for human microbiome studies: the issue of standardization // Genome Biol. 2019. Vol. 20. ID 212. doi: 10.1186/s13059-019-1843-8
- Singer V.L., Jones L.J., Yue S.T., Haugland R.P. Characterization of PicoGreen Reagent and Development of a Fluorescence-Based Solution Assay for Double-Stranded DNA Quantitation // Anal Biochem. 1997. Vol. 249. No. 2. P. 228–238. doi: 10.1006/abio.1997.2177
- Georgiou C.D., Papapostolou I. Assay for the quantification of intact/fragmented genomic DNA // Anal Biochem. 2006. Vol. 358. No. 2. P. 247–256. doi: 10.1016/j.ab.2006.07.035
- Sambrook J. Molecular cloning: a laboratory manual. NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989.
- Buckingham L. Molecular Diagnostics. 3 edition. Philadelphia: F.A. Davis Company, 2019. 576 p.
- Chomczynski P., Mackey K., Drews R., Wilfinger W. DNAzol®: A Reagent for the Rapid Isolation of Genomic DNA // Biotechniques. 1997. Vol. 22. No. 3. P. 550–553. doi: 10.2144/97223pf01
- Chomczynski P., Sacchi N. Single-Step Method of RNA Isolation by Acid Guanidinium Thiocyanate-Phenol-Chloroform Extraction // Anal Biochem. 1987. Vol. 162. No. 1. P. 156–159. doi: 10.1006/abio.1987.9999
- Simms D., Cizdziel P., Chomczynski P., et al. TRIzol: A new reagent for optimal single-step isolation of RNA // Focus. 1993. Vol. 15. No. 4. P. 532–535.
- Chomczynski P., Sacchi N. The single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate–phenol–chloroform extraction: twenty-something years on // Nat Protoc. 2006. Vol. 1. No. 2. P. 581–585. doi: 10.1038/nprot.2006.83
- Miller S.A., Dykes D.D., Polesky H.F. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells // Nucleic Acids Res. 1988. Vol. 16. No. 3. P. 1215–1215. doi: 10.1093/nar/16.3.1215
- Aljanabi S.M., Martinez I. Universal and rapid salt-extraction of high quality genomic DNA for PCR- based techniques // Nucleic Acids Res. 1997. Vol. 25. No. 22. P. 4692–4693. doi: 10.1093/nar/25.22.4692
- Suguna S., Nandal D., Kamble S., et al. Genomic DNA isolation from human whole blood samples by non-enzymatic salting out method // Int J pharm sci. 2014. Vol. 6. No. 6. P. 198–199.
- Moradi M., Yari K., Khodarahmi R. A novel, efficient, fast and inexpensive DNA extraction protocol from whole blood applicable for studying drug-DNA interaction // J Rep Pharm Sci. 2014. Vol. 3. No. 1. P. 80–84.
- Padhye V.V., York C., Burkiewicz A. Nucleic acid purification on silica gel and glass mixtures. United States patent US 5658548. 1997 Aug 19.
- Kojima K., Ozawa S. Method for isolating and purifying nucleic acids. United States patent US 6905825. 2005.
- Woodard D.L., Howard A.J., Down J.A. Process for purifying DNA on hydrated silica. United States patent US 5342931. 1994 Aug 30.
- Gjerde D.T., Hoang L., Hornby D. RNA Purification and Analysis: Sample Preparation, Extraction, Chromatography // RNA Purification and Analysis. 2009. P. 1–16. doi: 10.1002/9783527627196
- Nargessi R.D. Magnetic isolation and purification of nucleic acids. United States patent US 6855499B1. 2005.
- Berensmeier S. Magnetic particles for the separation and purification of nucleic acids // Appl Microbiol Biotechnol. 2006. Vol. 73. No. 3. P. 495–504. doi: 10.1007/s00253-006-0675-0
- Barbosa C., Nogueira S., Gadanho M., Chaves S. DNA extraction: finding the most suitable method // Molecular Microbial Diagnostic Methods. 2016. P. 135–154. doi: 10.1016/b978-0-12-416999-9.00007-1
- Albretsen C., Kalland K.-H., Haukanes B.-I., et al. Applications of magnetic beads with covalently attached oligonucleotides in hybridization: Isolation and detection of specific measles virus mRNA from a crude cell lysate // Anal Biochem. 1990. Vol. 189. No. 1. P. 40–50. doi: 10.1016/0003-2697(90)90041-7
- Bosnes M., Breivold E., Jobert L., et al. Solid-phase in vitro transcription and mRNA purification using DynabeadsTM, superparamagnetic beads // 5th International mRNA Health Conference. 2017.
- Philibert R.A., Zadorozhnyaya O., Beach S.R.H., Brody G.H. Comparison of the genotyping results using DNA obtained from blood and saliva // Psychiatr Genet. 2008. Vol. 18. No. 6. P. 275–281. doi: 10.1097/ypg.0b013e3283060f81
- Godderis L., Schouteden C., Tabish A., et al. Global Methylation and Hydroxymethylation in DNA from Blood and Saliva in Healthy Volunteers // Biomed Res Int. 2015. Vol. 2015. ID 845041. doi: 10.1155/2015/845041
- Elliott P., Peakman T. The UK Biobank sample handling and storage protocol for the collection, processing and archiving of human blood and urine // Int J Epidemiol. 2008. Vol. 37. No. 2. P. 234–244. doi: 10.1093/ije/dym276
- Chacon-Cortes D., Haupt L.M., Lea R.A., Griffiths L.R. Comparison of genomic DNA extraction techniques from whole blood samples: a time, cost and quality evaluation study // Mol Biol Rep. 2012. Vol. 39. No. 5. P. 5961–5966. doi: 10.1007/s11033-011-1408-8
- Ghaheri M., Kahrizi D., Yari K., et al. A comparative evaluation of four DNA extraction protocols from whole blood sample // Cell Mol Biol. 2016. Vol. 62. No. 3. P. 120–124.
- Koshy L., Anju A.L., Harikrishnan S., et al. Evaluating genomic DNA extraction methods from human whole blood using endpoint and real-time PCR assays // Mol Biol Rep. 2016. Vol. 44. No. 1. P. 97–108. doi: 10.1007/s11033-016-4085-9
- Sakyi S.A., Kumi B., Ephraim R.K.D., et al. Modified DNA extraction technique for use in resource-limited settings: comparison of salting out methods versus QIAamp blood mini kit // Annals of Medical and Health Sciences Research. 2017. Vol. 7. No. 3. P. 131–136.
- Psifidi A., Dovas C.I., Bramis G., et al. Comparison of Eleven Methods for Genomic DNA Extraction Suitable for Large-Scale Whole-Genome Genotyping and Long-Term DNA Banking Using Blood Samples // PLoS One. 2015. Vol. 10. No. 1. ID e0115960. doi: 10.1371/journal.pone.0115960
- Metzker M.L. Sequencing technologies – the next generation // Nat Rev Genet. 2009. Vol. 11. No. 1. P. 31–46. doi: 10.1038/nrg2626
- Zeng X., Elwick K., Mayes C., et al. Assessment of impact of DNA extraction methods on analysis of human remain samples on massively parallel sequencing success // Int J Legal Med. 2018. Vol. 133. No. 1. P. 51–58. doi: 10.1007/s00414-018-1955-9
- Rodríguez A., Duyvejonck H., Van Belleghem J.D., et al. Comparison of procedures for RNA-extraction from peripheral blood mononuclear cells // PLoS One. 2020. Vol. 15. No. 2. ID e0229423. doi: 10.1371/journal.pone.0229423
- Richards J., Unger E.R., Rajeevan M.S. Simultaneous extraction of mRNA and microRNA from whole blood stabilized in tempus tubes // BMC Res Notes. 2019. Vol. 12. No. 1. ID 39. doi: 10.1186/s13104-019-4087-5
- Kim J.-H., Jin H.-O., Park J.-A., et al. Comparison of three different kits for extraction of high-quality RNA from frozen blood // Springerplus. 2014. Vol. 3. No. 1. ID 76. doi: 10.1186/2193-1801-3-76
- Aarem J., Brunborg G., Aas K.K., et al. Comparison of blood RNA isolation methods from samples stabilized in Tempus tubes and stored at a large human biobank // BMC Res Notes. 2016. Vol. 9. No. 1. ID 430. doi: 10.1186/s13104-016-2224-y
- Schwochow D., Serieys L.E.K., Wayne R.K., Thalmann O. Efficient recovery of whole blood RNA – a comparison of commercial RNA extraction protocols for high-throughput applications in wildlife species // BMC Biotechnol. 2012. Vol. 12, No. 1. ID 33. doi: 10.1186/1472-6750-12-33
- Fleige S., Pfaffl M.W. RNA integrity and the effect on the real-time qRT-PCR performance // Mol Aspects Med. 2006. Vol. 27. No. 2-3. P. 126–139. doi: 10.1016/j.mam.2005.12.003
- Fleige S., Walf V., Huch S., et al. Comparison of relative mRNA quantification models and the impact of RNA integrity in quantitative real-time RT-PCR // Biotechnol Lett. 2006. Vol. 28. No. 19. P. 1601–1613. doi: 10.1007/s10529-006-9127-2
Дополнительные файлы
