Компьютерное моделирование взаимодействия гидрогалогенидов амидразонов с белками-мишенями

  • Авторы: Сенина А.С.1, Пац К.М.2, Москвин А.В.1, Порозов Ю.Б.2,3
  • Учреждения:
    1. Санкт-Петербургский государственный химико-фармацевтический университет
    2. Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики (Университет ИТМО)
    3. Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова (Сеченовский университет)
  • Выпуск: Том 69, № 8 (2020)
  • Страницы: 50-56
  • Раздел: Статьи
  • URL: https://journals.eco-vector.com/0367-3014/article/view/113428
  • DOI: https://doi.org/10.29296/25419218-2020-08-07
  • ID: 113428

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Введение. Синтезирован ряд биологически активных гидрогалогенидов амидразонов, которые являются перспективной группой для разработки средств, обладающих антибактериальной и противогрибковой активностями. Цель исследования - осуществить прогноз и провести компьютерное моделирование взаимодействия синтезированных соединений с бактериальными и грибковыми мишенями. Материал и методы. Для полученных соединений с помощью программного обеспечения PASS, PASS Targets, Schrödinger Small-Molecule Drug Discovery Suite Release 2018-2, было проведено компьютерное моделирование взаимодействия производных амидразонов с потенциальными бактериальными и грибковыми мишенями. Результаты. Получен компьютерный прогноз спектра потенциальной биологической активности синтезированных гидрогалогенидов амидразонов 3a-f. Программой PASS Targets были предложены белки-мишени микроорганизмов: Escherichia coli -цистатионин--β-лиаза (1CL2), Bacillus cereus - фосфопантетеинил-трансфераза (1QR0), Candida albicans - экзо-β-(1,3)-глюканаза (2PB1), Staphylococcus aureus - дегидроскваленсинтаза (3ACX) для моделирования взаимодействия с амидразрнами 3a-f. Установлено, что две мишени (2PB1 и 3ACX) являются перспективными для разработки новых антибиотических препаратов на основе амидразонов. Результаты исследования могут быть использованы в качестве целенаправленного поиска и синтеза эффективных, малотоксичных противомикробных средств. Заключение. На основании предсказательного компьютерного моделирования ряда новых соединений (гидрогалогенидов амидразонов - 3) на основе N'-арилбензолкарбоксимидогидразидов определены возможные мишени для взаимодействия с производными амидразонов. Обоснована их важность в процессах жизнедеятельности исследуемых микроорганизмов. Выбраны мишени, которые могут являться целевыми для соединений класса амидразонов.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Анна Сергеевна Сенина

Санкт-Петербургский государственный химико-фармацевтический университет

Email: anna.senina@pharminnotech.com
младший научный сотрудник лаборатории регуляторных отношений и надлежащих практик Российская Федерация, 197376, Санкт-Петербург, ул. проф. Попова, д. 14

Карина Михайловна Пац

Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики (Университет ИТМО)

Email: karina.m.pats@gmail.com
аспирант факультета информационных технологий и программирования Российская Федерация, 197101, Санкт-Петербург, Кронверкский проспект, д. 49

Андрей Вадимович Москвин

Санкт-Петербургский государственный химико-фармацевтический университет

Email: andrei.moskvin@pharminnotech.com
заведующий кафедрой неорганической химии, профессор, доктор химических наук Российская Федерация, 197376, Санкт-Петербург, ул. проф. Попова, д. 14

Юрий Борисович Порозов

Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики (Университет ИТМО); Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова (Сеченовский университет)

Email: yuri.porozov@gmail.com
заведующий лабораторией биоинформатики Сеченовского Университета, ординарный доцент факультета биотехнологии, кандидат медицинских наук Российская Федерация, 197101, Санкт-Петербург, Кронверкский проспект, д. 49; Российская Федерация, 1 19991, Москва, Трубецкая улица, д. 8 стр. 2

Список литературы

  1. Евдокимов А.А., Сенина А.С., Москвин А.В. и др. Синтез, строение и биологическая активность некоторых амидразонов. Бутлеровские сообщения. 2014; 39 (8): 87-90. DOI: jbc-01/14-39-8-87.
  2. Сенина А.С., Гурина С.В., Москвин А.В. Противомикробная активность гидрогалогенидов амидразонов. Фармация. 2017; 8: 40-4.
  3. Сенина А.С., Москвин А.В., Гурина С.В., Авенирова Е.Л. Биологическая активность гидрогалогенидов амидразонов. Разработка и регистрация лекарственных средств. 2018; 1 (22): 114-9. doi: 10.1021/acs.jctc.5b00864.
  4. Harder E. et al. OPLS3: a force field providing broad coverage of drug-like small molecules and proteins. J. Chem. Theory Comput. 2016; 12: 281-96. doi: 10.1021/acs.jctc.5b00864.
  5. Sastry G.M. et al. Protein and ligand preparation: Parameters, protocols, and influence on virtual screening enrichments. J. Comput. Aid. Mol. Des. 2013; 27 (3): 221-34. doi: 10.1007/s10822-013-9644-8.
  6. Schrödinger Release 2018-2: Site Map, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2018.
  7. Schrödinger Release 2018-2: Glide, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2018.
  8. Schrödinger Release 2018-2: Lig Prep, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2018.
  9. Desmond Molecular Dynamics System, D.E. Shaw Research, New York, NY, 2018. Maestro-Desmond Interoperability Tools, Schrödinger, New York, NY, 2018.
  10. Beld J. et al. The Phosphopantetheinyl Transferases: Catalysis of a Posttranslational Modification Crucial for Life. Nat. Prod. Rep. 2014; 31 (1): 61-108. doi: 10.1039/C3NP70054B.
  11. Lodha P.H. et al. Characterization of site-directed mutants of residues R58, R59, D116, W340 and R372 in the active site of E. coli cystathionine b-lyase. Prorein Science. 2010; 19: 383-91. doi: 10.1002/pro.308.
  12. Nakatani Y. et al. Major Change in Regiospecificity for the Exo-1,3-ß-glucanase from Candida albicans following Its Conversion to a Glycosynthase. Biochemistry. 2014; 53: 331826. doi: 10.1021/bi500239m.
  13. Patrick W.M. et al. Carbohydrate binding sites in Candida albicans exo-b-1,3-glucanase and the role of the Phe-Phe «clamp» at the active site entrance. FEBS J. 2010; 277: 4549-61. doi: 10.1111/j.1742-4658.2010.07869.x.
  14. Lin F.-Y. et al. A Mechanism of action and inhibition of dehydrosqualene synthase. PNAS. 2010; 107 (50): 21337-42. doi: 10.1126/science.1153018.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© ИД "Русский врач", 2020

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах