Открытый доступ Открытый доступ  Доступ закрыт Доступ предоставлен  Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Том 18, № 4 (2020)

Обложка

Весь выпуск

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Генетические основы эволюции экосистем

Индуцированная экспрессия rolC для изучения его влияния на экспрессию генов, связанных с синтезом никотина в табаке

Амини Г., Сокорнова С.В., Мохаджел-Шожа Х., Ставрианиди А.Н., Родин И.А., Матвеева Т.В.

Аннотация

Гены rol Agrobacterium rhizogenes вызывают не только синдром волосистых корней у растений, но и влияют на их вторичный метаболизм. Описаны случаи увеличения содержания никотина в трансгенных корнях табака, экспрессирующих rolC отдельно или в комбинации с другими rol-генами. В этой работе мы оценили изменение экспрессии генов синтеза никотина и их регуляторов в ответ на индукцию экспрессии rolC. Растительный материал был представлен тремя генотипами Nicotiana tabacum: сорт Samsun и две трансгенные линии, полученные на основе этого сорта, и содержащие rolC под индуцируемым дексаметазоном промотором A rhizogenes rolC (Pdex-A4rolC) и N. tabacum rolC (Pdex-NtrolC) соответственно. Систему ПЦР в реальном времени Fluidigm Biomark использовали для оценки экспрессии QPT1, QPT2, A622, ODC, ADC, PMT1, PMT2, PMT3, PMT4, MPO1, MPO2, BBL, MATE1, MATE2, ARF6, ERF168, ERF189, A4rolC, NtrolC и контрольного гена gapdh. Анализ ВЭЖХ-МС/МС использовали для определения содержания никотина и его производных в растительных тканях. Экспрессия генов синтеза пирролидинового кольца РМТ, а также генов, контролирующих фермент конечной стадии синтеза никотина, была выше в трансгенных линиях без индукции экспрессии rolC. Регуляторные гены были активированы дексаметазоном как в трансгенных, так и в контрольных линиях, что указывает на неприменимость индукции rolC дексаметазоном для их исследования. В то же время уровень экспрессии генов PMT и MPO со временем повышался в трансгенных дексаметазон-индуцированных растениях, а содержание никотина снижалось. Таким образом, ген rolC не играет первостепенной роли в регуляции генов синтеза никотина. Механизм регуляции изученных генов неодинаков.

Экологическая генетика. 2020;18(4):413-422
pages 413-422 views

Оценка вариабельности признаков яйценоскости на основе анализа SNP-маркеров и поиск следов селекции в геноме кур русской белой породы

Митрофанова О.В., Дементьева Н.В., Федорова Е.С., Позовникова М.В., Тыщенко В.И., Щербаков Ю.С., Племяшов К.В.

Аннотация

Цель. Оценить вариабельность признаков яйценоскости по девяти SNP, провести поиск следов селекции в геноме кур русской белой породы на основе ROH-паттернов.

Методы. Материалом для исследования послужила ДНК, выделенная из крови кур русской белой породы (n = 141). Для анализа были отобраны девять SNP, ассоциированные с яйценоскостью при р < 5,16 · 10–5, по данным GWAS. Рассчитаны частоты аллелей и генотипов, взаимосвязь между генотипами и признаками яйценоскости, идентифицированы ROH-паттерны.

Результаты. Достоверные различия между генотипами обнаружены по признаку возраста снесения первого яйца (р < 0,005) и массы яйца (р < 0,05). Проанализированы геномные регионы, окружающие целевые SNPs, по распределению в них гомозиготных районов.

Выводы. По заменам rs317565390 и rs16625488, расположенным в регионе 4,8–10,2 Mb на хромосоме 8, отмечен полиморфизм, несмотря на то, что гомозиготные локусы в этом участке генома встречаются у 58 % животных. По большинству SNPs наблюдали преобладание частоты одного из аллелей. Как кластер повышенного селекционного давления выявлен участок генома кур в регионе 4,8–10,2 Mb на хромосоме 8.

Экологическая генетика. 2020;18(4):423-432
pages 423-432 views

Злаковые мухи рода Meromyza (Diptera, Chloropidae) и злаки (Poaceae): эволюция пищевых приоритетов

Сафонкин А.Ф., Горюнова С.В., Горюнов Д.В., Триселева Т.А.

Аннотация

По литературным и собственным данным показано, что злаковые мухи Meromyza развиваются на злаках из 5 триб: Poeae, Triticeae, Bromeae, Nardeae, Arundinarieae. Проанализирована пищевая специализация 25, в основном западно-палеарктических видов, меромиз: 11 видов развиваются на злаках трибы Poeae, 4 — Triticeae, 9 — на злаках из разных триб, 1 вид на бамбуке. Филогенетическое дерево по участку гена СО1 мтДНК построено в программе BEAST для 28 видов меромиз, из которых для 19 видов известны кормовые злаки, Campiglossa pygmaea и 8 видов дрозофил. Приведен обзор по эволюции злаков. Ко времени возникновения рода Meromyza (не ранее середины миоцена), определенному в сравнении с известной шкалой эволюции дрозофил, уже произошло обособление злаков Pooideae и их дифференциация на трибы. Для видов, близких к предковым гаплотипам (M. nigriseta, M. pratorum, M. saltatrix, M. variegata) или представляющих самостоятельные ветви в своих кластерах (M. acuminata, M. mosquensis, M. nigriventris), предположено наличие признаков неспециализированного фитофага-олигофага (кроме M. acuminata), подтвержденное широким спектром кормовых злаков. Последующая дифференциация рода с преобладанием узких олигофагов или монофагов связана с увеличением обилия «core pooids» (Triticodae + Poodae) злаков и распространением травяных биомов в миоцене. Олигофаги M. nigriventris, M. nigriseta, M. variegata и монофаги M. acuminata и M. grandifemoris повреждают культурные злаки.

Экологическая генетика. 2020;18(4):433-444
pages 433-444 views

Анализ вариабельности участков trnH–psbA, trnY–trnT И rpoB–trnC хлоропластного генома у представителей рода Pisum L. (Триба Fabeae)

Дьяченко Е.А., Семенова Е.В., Кочиева Е.З.

Аннотация

Хлоропластный геном растений консервативен по структуре, но достаточно полиморфен по нуклеотидному составу, в связи с чем участки хпДНК часто используются в таксономических и филогенетических исследованиях. Несмотря на повсеместное распространение и широкое использование представителей трибы Fabeae, и в первую очередь гороха (род Pisum), данные о внутривидовом разнообразии отдельных участков хпДНК ограничены. Целью работы являлся анализ внутривидовой вариабельности трех участков пластидного генома у видов Pisum. В результате работы были секвенированы участок trnYtrnT и межгенные спейсеры trnHpsbA, и rpoBtrnC у 38 образцов рода Pisum и близких видов трибы Fabeae. Несмотря на то что выбранные участки хпДНК в целом считаются достаточно вариабельными у растений и часто используются для филогенетических исследований, у представителей рода Pisum не было выявлено внутривидовых различий в двух из трех анализируемых участках. Всего у образцов Pisum было выявлено 97 SNPs, из них 7 были между видами P. sativum и P. fulvum. Наиболее вариабельным из анализируемых участков оказался межгенный спейсер rpoBtrnC, который у P. sativum был представлен 17 гаплотипами, P. fulvum — четырьмя. По результатам анализа трех участков хпДНК был проведен филогенетический анализ. Образец Vavilovia formosa формировал отдельную от образцов гороха ветвь. Представители рода Pisum формировали единый кластер, который включал отдельные подкластеры видов P. sativum и P. fulvum (индекс бутстрепа (ИБ) = 99 %).

Экологическая генетика. 2020;18(4):445-456
pages 445-456 views

Стрессорная дестабилизация генома в клетках префронтальной коры, гиппокампа и костного мозга крыс с контрастной возбудимостью нервной системы

Павлова М.Б., Вайдо А.И., Хлебаева Д.А., Даев Е.В., Дюжикова Н.А.

Аннотация

Изучали изменение стабильности генома в клетках двух районов головного мозга (префронтальная кора и гиппокамп), а также в костном мозге у крыс с наследственно обусловленным высоким и низким порогом возбудимости нервной системы (линии ВП и НП соответственно) после длительного эмоционально-болевого стрессорного воздействия. Для исследования реактивности генома клеток головного мозга использовали фосфорилированный гистон γ-H2AX (γ-H2AX phospho Ser139). Оценивали уровень митотических нарушений в клетках костного мозга. Между животными контрольных групп не выявлено межлинейных различий по изучаемым показателям. Стрессорное воздействие повышает иммунореактивность к γ-H2AX phospho Ser139 клеток префронтальной коры и уровень хромосомных аберраций в клетках костного мозга у животных обеих линий. В клетках зубчатой извилины гиппокампа выявлено специфическое повышение иммунореактивности к γ-H2AX phospho Ser139 у крыс низковозбудимой линии ВП. Обсуждается связь реакции клеток этой зоны гиппокампа на стрессорное воздействие с наследственно обусловленным уровнем возбудимости нервной системы животных.

Экологическая генетика. 2020;18(4):457-466
pages 457-466 views

Малые РНК в защите растений от болезней

Третьякова П.Я., Соловьев А.А.

Аннотация

Двухцепочечные малые РНК (дцРНК), включаясь в процесс РНК-интерференции, выполняют различные регуляторные функции во многих организмах. Были описаны случаи обмена малыми РНК между разными видами растений и поражающими их патогенами и вредителями посредством внеклеточных везикул (крошечных пузырьков), которые защищают их от действия нуклеаз. Растения секретируют двухцепочечные короткие молекулы РНК для борьбы с возбудителями заболеваний, а те, в свою очередь, используют малые РНК как инструмент, позволяющий им ослабить иммунитет хозяев. Некоторые дцРНК патогенов получили название «рибонуклеиновых эффекторов». Технология HIGS (host induced gene silencing — сайленсинг, индуцируемый растением-хозяином) показала свою эффективность в создании устойчивых сортов сельскохозяйственных культур и изучении различных патосистем. Однако использование ее ограничено из-за сложности создания трансгенных линий и запрета на их выращивание во многих странах. Распыление дцРНК по поверхности листьев, стеблей и соцветий растений может стать новым приемом контроля заболеваний, способным заменить использование пестицидов. На данный момент такая стратегия требует тщательного анализа и доработки, а также создания дешевых систем, стабильно синтезирующих дцРНК хорошего качества.

Экологическая генетика. 2020;18(4):467-482
pages 467-482 views

Генетическая токсикология

Цитогенетические эффекты в интеркалярной меристеме хвои красной японской сосны в отдаленный период после аварии на АЭС «Фукусима»

Васильев Д.В., Гераськин С.А., Йощенко В.И., Лыченкова М.А., Нанба К.

Аннотация

Введение. Несмотря на значительный объем исследований, до настоящего времени отдаленные последствия хронического радиационного воздействия на растения и животных остаются предметом научных дискуссий. После аварии на АЭС «Фукусима» у молодых сосен и елей была обнаружена повышенная частота снятия апикального доминирования. Наиболее вероятная причина наблюдаемых морфозов связана с повреждением излучением апикальных меристем хвойных растений в первые годы после аварии, когда они получили наиболее высокие поглощенные дозы. Если эта гипотеза верна, то даже спустя 8 лет в интеркалярной меристеме хвои растений из этих популяций с высокой долей вероятности можно будет обнаружить повышенный уровень цитогенетических нарушений.

Целью настоящей работы была проверка этой гипотезы.

Материалы и методы. Широкая распространенность на территориях, загрязненных радионуклидами в результате аварии на АЭС «Фукусима», и высокая радиочувствительность обусловили выбор красной японской сосны (Pinus densiflora Siebold et Zucc.) в качестве объекта наших исследований. Цитогенетические эффекты были оценены в пяти ее популяциях. Частоту и спектр цитогенетических нарушений в интеркалярной меристеме хвои определяли ана-телофазным методом.

Результаты. Частота аберрантных клеток в интеркалярной меристеме хвои статистически значимо превышает контрольный уровень на всех импактных участках и растет с увеличением дозы. Хотя корреляции между частотой цитогенетических нарушений в хвое и наличием нарушений апикального доминирования у растений не обнаружено, все популяции сосны с радиоактивно загрязненных территорий характеризуются повышенной частотой как цитогенетических нарушений, так и морфозов, связанных со снятием апикального доминирования.

Вывод. Повреждение излучением апикальных меристем хвойных растений в первые годы после аварии, когда они получили наиболее высокие поглощенные дозы, — наиболее вероятная причина повышенной частоты снятия апикального доминирования в исследованных популяциях красной японской сосны из зоны, подвергшейся радиоактивному загрязнению в результате аварии на АЭС «Фукусима».

Экологическая генетика. 2020;18(4):483-492
pages 483-492 views

Методология экологической генетики

ДНК окружающей среды: история изучения, современные и перспективные направления в фундаментальных и прикладных исследованиях

Пинахина Д.В., Чекунова Е.М.

Аннотация

Статья посвящена сравнительно молодому и активно развивающемуся подходу в исследовании биоразнообразия — анализу ДНК окружающей среды (environmental DNA — eDNA). В ней изложены современные представления о природе eDNA, краткая история ее изучения, охарактеризованы основные методы анализа. Описаны основные направления современных исследований, использующих методы eDNA, и перспективы их использования для изучения биоразнообразия. Обсуждаются достоинства, недостатки и ключевые проблемы в развитии этого подхода.

Экологическая генетика. 2020;18(4):493-509
pages 493-509 views


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах