Посмотреть метаданные

Методы «прогулки по геному» на основе ПЦР (обзор)

Dublin Core PKP метаданные Метаданные этого документа
1. Название Название документа Методы «прогулки по геному» на основе ПЦР (обзор)
2. Создатель Автор, учреждение, страна Елена Сергеевна Окулова; Санкт-Петербургский государственный университет; Всероссийский научно-исследовательский институт защиты растений
; Россия
2. Создатель Автор, учреждение, страна Михаил Сергеевич Бурлаковский; Санкт-Петербургский государственный университет
; Россия
2. Создатель Автор, учреждение, страна Людмила Алексеевна Лутова; Санкт-Петербургский государственный университет; Россия
3. Предмет Дисциплины
3. Предмет Ключевые слова прогулка по геному; прогулка по хромосоме; ПЦР; фланкирующие последовательности; сайт встраивания; сайт интеграции; Т-ДНК 
4. Описание Аннотация

В обзоре рассматриваются ряд классических и современных методов, позволяющих установить нуклеотидную последовательность неизвестных участков ДНК, фланкирующих известные. Они применяются для расшифровки регуляторных областей генов, определения сайтов встраивания Т-ДНК или вирусов и т. д., в тех случаях, когда использование полногеномного секвенирования неоправданно. Чтобы амплифицировать участок ДНК, к концу неизвестной последовательность необходимо добавить участок связывания для праймера; это реализуется либо путем лигирования адаптера, либо посадкой вырожденного праймера в мягких условиях, либо закольцовыванием фрагмента ДНК, чтобы изучаемый участок оказался окружен известными. Второй важной задачей является избавление от неизбежно возникающих продуктов неспецифического связывания адаптеров либо вырожденных праймеров — чаще всего данная проблема разрешается несколькими раундами вложенной ПЦР. Разные методы существенно отличаются по трудоемкости, распространенности и доступности необходимых реактивов.
5. Издатель Организатор, город Eco-Vector
6. Контрибьютор Спонсоры
7. Дата (ДД-ММ-ГГГГ) 14.05.2024
8. Тип Тип исследования или жанр Отрецензированная статья
8. Тип Тип Обзорная статья
9. Формат Формат файла
10. Идентификатор Универсальный идентификатор, URI https://journals.eco-vector.com/ecolgenet/article/view/624820
10. Идентификатор Digital Object Identifier (DOI) 10.17816/ecogen624820
10. Идентификатор Digital Object Identifier (DOI) (PDF (Rus)) 10.17816/ecogen624820-146805
10. Идентификатор Digital Object Identifier (DOI) (PDF (Eng)) 10.17816/ecogen624820-149728
11. Источник Журнал/конференция, том., №. (год) Экологическая генетика; Том 22, № 1 (2024)
12. Язык Russian=ru, English=en en
13. Связь Дополнительные файлы Рис. 1. Схематическое изображение принципа инвертированной ПЦР (на основе E.K. Hui и соавт. [6]). Сплошная линия — известная последовательность ДНК; штриховая линия — неизвестный участок ДНК; стрелка — сайт посадки праймера; белые прямоугольники — сайты рестрикции. ДНК расщепляют рестриктазой, которая не имеет сайта разрезания в интегрируемом участке, закольцовывают в условиях, благоприятных для образования мономерных колец и амплифицируют. При ПЦР используют разнонаправленные праймеры, комплементарные концам интегрируемого фрагмента (152KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4187093
Рис. 2. Схематическое изображение принципа ПЦР, опосредованной лигированием. Сплошная линия — известная последовательность ДНК; штриховая линия — неизвестный участок ДНК; пунктирная линия — продукт амплификации; маленькая стрелка — сайт посадки праймера; черные прямоугольники — адаптер (230KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4187094
Рис. 3. Схематическое изображение принципа «vectorette PCR» (на основе E.K. Hui и соавт. [6]). Сплошная линия — известная последовательность ДНК; штриховая линия — неизвестный участок ДНК; заштрихованная стрелка — сайт посадки праймера к «vectorette»; заштрихованный участок — фрагмент ДНК, комплементарный праймеру к «vectorette»; черная стрелка — сайт посадки праймера к ДНК-мишени. ДНК расщепляется рестриктазой с образованием липкого 5'-конца. Затем к 5'-концу лигируется синтетический олигонуклеотид (линкер), называемый «vectorette». ПЦР-амплификацию фрагмента ДНК проводят с использованием внутреннего праймера, специфического для ДНК-мишени, и праймера, специфического для «vectorette» (485KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4187095
Рис. 4. Схематическое изображение структур кассет «vectorette» и «splinkerett» (на основе E.K. Hui и соавт. [6]) (102KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4187097
Рис. 5. Схематическое изображение принципа ПЦР с захватом (CPCR) (на основе M. Lagerstrom и соавт. [10]). Сплошная линия — геномная ДНК; черные прямоугольники — адаптер; стрелка — сайт посадки праймера; В — биотин. Первая цепь синтезируется на основе одного генспецифического биотинилированного праймера, что позволяет зафиксировать этот фрагмент на покрытой стрептавидином подложке. Немеченная ДНК удаляется в ходе промывки. Целевой фрагмент амплифицируют с праймером к адаптору и вторым специфическим праймером (205KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4187098
Рис. 6. Схематическое изображение принципа T-linker ПЦР (на основе Y. Yuanxin и соавт. [15]). Сплошная линия — известная последовательность ДНК; штриховая линия — неизвестный участок ДНК; стрелка — сайт посадки праймера; черные прямоугольники — линкер; S1, S2 и S3 — специфические праймеры, связывающиеся с известной последовательностью молекулы-мишени; W1 и W2 — шагающие праймеры, связывающиеся с последовательностью Т-линкера; А — А-«хвост» молекулы-мишени; Т — Т-нуклеотид Т-линкера; Δ — предполагаемая разница в продуктах амплификации со специфическими праймерами S2 и S3 в разделенных реакциях второго цикла (456KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4198576
Рис. 7. Общая схема расположения праймеров при ПЦР со случайными праймерами. Сплошная линия — известная последовательность ДНК; штриховая линия — неизвестный участок ДНК; стрелки — сайты посадки праймеров (93KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4198577
Рис. 8. Схематическое изображение принципа метода UFW (на основе K.W. Myrick и W.M. Gelbart [21]). Сплошная линия — известная последовательность ДНК; штриховая линия — неизвестный участок ДНК; пунктирная линия — продукт амплификации; короткие стрелки с числами — праймеры UFW, пронумерованы в порядке использования (459KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4198578
Рис. 9. Схематическое изображение принципа метода ПЦР SiteFinding (на основе G. Tan и соавт. [22]). Сплошная линия — известная последовательность ДНК; штриховая линия — неизвестный участок ДНК; стрелка — сайт посадки праймера; белый прямоугольник — сайт рестрикции; GSP — генспецифические праймеры, SFP — праймеры SiteFinding (599KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4198579
Рис. 10. Схематическое изображение принципа метода TAIL-PCR (на основе Y.-G. Liu и соавт. [23]). Сплошная линия — известная последовательность ДНК; штриховая линия — неизвестный участок ДНК; стрелка — сайт посадки праймера; TR1, TR2, TR3 — вложенные праймеры, комплементарные известной последовательности; AD — короткие произвольные вырожденные праймеры (15–16 п. н.) с низкой температурой плавления и различной степенью вырожденности. Чередуя температуру отжига от высокой (62 до 68 °С) в циклах высокой точности до низкой (44 °С) в циклах низкой точности, термически контролируется относительная эффективность амплификации специфических и неспецифических продуктов (524KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4198580
Рис. 11. Схематическое изображение принципа метода POP-PCR (на основе H. Li и соавт. [26]). Сплошная линия — известная последовательность ДНК; штриховая линия — неизвестный участок ДНК; стрелка — сайт посадки праймера (600KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4198581
Рис. 12. Схематическое изображение принципа RCA–GIP (на основе A. Tsaftaris и соавт. [36]). Черная линия — геномная ДНК; стрелки — случайные гексамерные праймеры; пунктирные линии — копии конкатемеров (273KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4198582
Рис. 13. Схематическое изображение принципа 4SEE. Заштрихованный круг — область сшивки ДНК формальдегидом; серая линия — последовательность известной ДНК; черная линия — неизвестный участок ДНК; белые и серые прямоугольники — сайты рестрикции (332KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4198583
Изображение 1. Схематическое изображение принципа EPTS/LM-PCR (на основе Schmidt et al., 2001) (75KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4200622
Изображение 2. Схематическое изображение принципа «Panhandle»-PCR (на основе Douglas et al., 1992) (113KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4200624
Изображение 3. Схематическое изображение принципа «boomerang»-PCR (на основе Hengen, 1995) (112KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4200626
Изображение 4. Схематическое изображение принципа ПЦР с лигированием адаптера (на основе O'Malley et al., 2007) (121KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4200627
Изображение 5. Схематическое изображение принципа ПЦР с удлинением сайта рестрикции (на основе Ji et al., 2010) (70KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4200628
Изображение 6. Схематическое изображение принципа Template-blocking PCR (на основе Bae and Sohn, 2010) (81KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4200629
Изображение 7. Схематическое изображение принципа SSP-PCR (на основе Shyamala and Ames, 1989) (103KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4200630
Изображение 8. Схематическое изображение принципа ПЦР сайта рестрикции (на основе Sarkar, Turner and Bolander, 1993) (45KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4200631
Изображение 9. Схематическое изображение принципа метода FPNI-PCR (на основе Wang et al., 2011) (71KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4200637
Изображение 10. Схематическое изображение принципа метода SWPOP-PCR (на основе Chang et al., 2018). (77KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4200638
Изображение 11. Схематическое изображение принципа метода PST-PCR (на основе Kalendar, Shustov and Schulman, 2021) (75KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4200639
Изображение 12. Схематическое изображение принципа метода SLRA-PCR (на основе Li, Fu and Li, 2019) (60KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4200640
Изображение 13. Схематическое изображение принципа метода FPR-PCR (на основе Pei et al., 2022) (183KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4200641
Изображение 14. Схематическое изображение принципа метода wristwalch PCR (на основе Wang et al., 2022) (236KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4200644
Изображение 15. Схематическое изображение принципа независимого от рестрикции метода клонирования сегментов геномной ДНК за пределами известных последовательностей (на основе Rudi, Fossheim and Jakobsen, 1999) (101KB) doi: 10.17816/ecogen624820-4200645
14. Покрытие Пространственно-временной охват, методика исследования
15. Права Права и разрешения © Эко-Вектор, 2024